Dr. Csont első ügye egy tóból kihalászott, ismeretlen csontvázhoz kapcsolódik, amiről rögtön megállapítja, hogy hány éves, illetve hogy teniszezni is tudott. Olyan "finomságokra" is rögtön fény derül, mint hogy a lányt szándékosan fogyókúrára fogták, minden bizonnyal azzal a céllal, hogy a holttest örök időkre a víz mélyén maradjon.

Hirtelen robbanás tép darabokra egy autót, amelyben az Arab-Amerikai Baráti Társaság prominens vezetője ült éppen, és a helyszínen méregnyomokat is találnak. Bones és csapata nehéz feladattal szembesül, aminek során azt is ki kell deríteni, hogy az elhunyt férfi családjának lehetett-e bármilyen szerepe a robbantásban, avagy a mérgezésben.

Egy előkelő bentlakásos középiskolában, ahová fontos emberek és védett személyek gyermekei járnak, napok óta oszló holttestet találnak egy fára akasztva. Brennan és csapata munkához lát, és hamarosan kiderül, hogy magányos, befelé forduló diplomatagyerek az áldozat - a legvalószínűbb pedig az öngyilkosság. Booth ösztöne azonban mást súg, az iskola vezetői pedig mielőbb szeretnék elaltatni az ügyet.

Egy északi, hegyvidéki körzetben orvvadászoktól lelőtt medve tetemét találja meg a helyi erdész. Amikor az állatorvos megvizsgálja a tetemet, legnagyobb megdöbbenésére emberi kéz maradványa kerül elő belőle. Brennan és Booth azonnal a helyszínre sietnek, és a nyomozás során meglepő felfedezésekre jutnak. Lehet, hogy kannibállal állnak szemben?

Brennan és Angela együtt mennek mulatni egy bárba, ahol hirtelen összeszólalkoznak a többi vendéggel, és a csetepaté eredményeként ledől egy válaszfal, ami mögül mumifikálódott holttest bukkan elő. Az azonosítás kideríti, hogy az illető egy feltörekvő, sikeres fiatal rap-énekes, akinek több ember több okból is az ellensége lehetett. Ráadásul egy újabb holttest is előkerül.

Amy, a fiatal, agilis ügyvédnő, aki nem éppen Booth szíve csücske, arra kéri a férfit, hogy segítsen elhalasztatni annak a gyilkosnak a kivégzését, akit egykor éppen ő tartóztatott le. Egyes bizonyítékok arra utalnak ugyanis, hogy mégsem ő ölte meg a fiatal lányt. Brennan és csapata pedig igen aprólékosan nekilát a tények felderítésének.

Brennant meglátogatja régi tanára az egyetemről, aki egykor a példaképe, mentora, és szeretője is volt. A nosztalgiánál is fontosabbá válik azonban hamarosan egy gyilkossági ügy, amelyben az áldozatot azonosító Brennannel Michael hamar ellenkezni kezd, és a doktornőnek nemsokára azt is meg kell tudnia, hogy a férfi, akiben megbízik, a vádlottak szakértő tanúja, és nem is mindig tiszta eszközökkel küzd ellenük.

Karácsony előtt egy nappal Booth beállít az intézetbe egy csontvázzal, amelyet egy ház alá épített óvóhelyen találtak. A csontok vizsgálata közben elszabadul egy fertőző anyag, ami után az egész laboratórium hermetikus karantén alá kerül, és a csapatnak nincs más választása, mint együtt tölteni a karácsonyt. Ez mindenkiben másfajta reakciókat vált ki.

A Los Angeles-i nemzetközi repülőtéren - több helyen elrejtve - ismeretlen nő maradványaira bukkannak. Booth és Brennan a helyszínre siet, és hamarosan kiderítik, hogy az áldozat prostituáltként dolgozó fiatal lány volt, akivel kegyetlenül végeztek. Az azonosításnál viszont komoly nehézségekbe ütköznek, és a nyomozás nem nagyon halad előre. Eközben az intézetben Hodgins és Dr. Goodman összevitázik egymással.

Booth és Brennan egy gépkocsitűz után arra utaló nyomokat találnak, hogy a bennégett sofőrnek lehetett egy gyereke, akit elraboltak. A nyomozás során kiderül, hogy az elrabolt kisfiú apja fontos és védett koronatanú egy cég elleni perben, és hogy sokaknak érdekében állhatott elrabolni a fiát, ha így akarták zsarolni őt.

Fiatal fiú bomló tetemét találják meg egy sikátorban. A nyomozás hamarosan kideríti, hogy Warren Granger magányos kamasz volt, aki a szerepjátékokban találta meg a valódi életét: szuperhősöket képzelt maga elé, és ha kellett, alakított is. Booth és Brennan arra kezdenek gyanakodni, hogy egy ilyen játék válhatott túlságosan komollyá és véressé a fiú számára.

Közlekedési rendőr állít meg egy autót, majd annak átvizsgálásakor kiderül, hogy a csomagtartóban egy hónapokkal korábban elhunyt, földdel borított női csontváz található. Brennan és Hodgins a felderítés során nemsokára egy újabb csontvázat is találnak, és bizonyos nyomokból arra következtetnek, hogy rokonok lehettek. Booth hamarosan kideríti, hogy nem csak a kisvárosi közösséghez, és a bűnbandához, de egy gazdag szenátorhoz is kapcsolat fűzte őket.

Egy vidéki golfpályára magángép zuhan le, és Dr. Brennan csapatát kérik fel a maradványok azonosítására. Az ügy politikailag is kényes, mivel a gépen utazott egy külügyminisztériumi tisztviselő, és két magasrangú kínai diplomata. Brennan és Zack azonban olyan csontmaradványokra is bukkannak, amely aligha származhatott a gépen ülőktől, így újabb titokzatos szál nyílik meg az ügyben.

Évek óta bomló hullát találnak, és a körülmények egyértelműen arra utalnak, hogy maffia-leszámolás áldozata lett az illető. Booth kollégája, aki egykor a nyomozást vezette, bekapcsolódik a munkába, és Booth-nak meg is van a gyanúsítottja, aki már korábban is sok ügyet megúszott bizonyíthatóság hiányában. Amikor Brennant támadás éri, világossá válik, hogy valaki nagyon szeretné elkerülni a gyilkos azonosítását.

A Washington utcaszintje alatti alagutak és járatok labirintusában több napja oszló hullát találnak. Booth és Brennan, akik a helyszínre sietnek, egész kis föld alatti hajléktalan-társadalmat fedeznek fel, akik saját törvényeik szerint élnek. Amikor egy dokumentumfilmes nő kameráját és véres ruháit a hajléktalan közösség vezetőjénél, Haroldnál találják meg, a gyanú a férfira terelődik. Ám Brennan hamarosan olyan felfedezést tesz, amely minden korábbi vélt indítékot felülírhat.

Angela, aki fiújával a mexikói határ közelében fekvő sivatagban vakációzik, aggódva hívja fel Brennant, ugyanis a barátja, Kirk és bennszülött vezetője napok óta eltűnt. Amikor egy lecsupaszított koponya kerül elő, Angela a legrosszabbtól tart, és megkéri Brennant, utazzon a helyszínre, hogy felderítse az ügyet. Mivel a bonyolódó szálak között felmerül az emberrablás és a kábítószer-kereskedelem gyanúja is, Booth is odautazik, hogy szövetségi ügynökként irányítani tudja a nyomozást.

Megölnek egy férfit, aki egy Washingtonhoz közeli szigeten dolgozott egy kincskereső-expedíciónál. Brennan a holttest vizsgálatakor felfedez egy csontdarabot, ami nem a hullához tartozik, és hamarosan kiderül: egy 300 éves csontvázból származik a lelet. Hodgins, aki fellelkesül a kalózok kincsének hírére, maga is az expedíció részese akar lenni. A szó szerint is a dolgok mélyére hatoló nyomozók nem éppen kincset találnak, viszont egy újabb hulla is előkerül.

Brennan a Katrina-hurrikántól elpusztított New Orleans-ban segít az árvíz áldozatainak azonosításában. Egy napon, miután különös, azonosítatlan holttestre bukkantak, és miután kollégájával töltötte az estét, reggel csurom véresen tér magához, és nem emlékszik semmire. Amikor a kollégát, Grahamet holtan találják, a gyanú Brennanre terelődik, és a helyzetét csak tovább nehezíti, hogy különös vudu rontást hozó tárgyak bukkannak fel körülötte.

Cullen FBI-igazgatóhelyettes kamaszlánya súlyos tüdőrákban szenved, amikor Booth és Brennan meglátogatják. A kislányt látva Brennan-nek azonnal gyanús lesz, hogy a kór minden előzmény nélkül, egy csonttörést követő operációnál beültetett szövet nyomán alakulhatott ki. Booth-szal együtt nyomozni kezdenek, és hamarosan egy lélektelen, pénzéhes szervkereskedő társaság nyomára bukkannak. A kérdés csak az: a kórházi ellenőrző vizsgálatok dacára hogyan fertőződhetett meg Amy a rákkal?

Booth és Brennan az arlingtoni nemzeti katonai temetőben történt halálesetet vizsgál. Egy iraki háborús hős sírjánál gyújtotta fel magát valaki. Az azonosítás során nemsokára kiderül, hogy az áldozat maga is abban az egységben szolgált, amelyben az elesett katona. Brennan kideríti, hogy nem öngyilkos lett, ahogy először gondolták, hanem megölték. Az egység túlélő tagjaival és a századparancsokkal elbeszélgetve mind szövevényesebb történet bontakozik ki az elesett katona halála körül?

Brennan-nek az intézetben ismeretlen nő csontjait kell azonosítania, ám döbbenete annál nagyobb, amikor kiderül, hogy az illető nem más, mint saját anyja, aki még kamaszkorában tűnt el. Mivel sosem tudta, pontosan mi történt a szüleivel, a felfedezés annál fájdalmasabb, így hát Booth segítségével nekilát, hogy kiderítse az igazságot. A nyomozás során megdöbbentő tényekkel kell szembesülnie: találkozik rég nem látott bátyjával, de még az is kiderül, hogy a neve valójában nem is az, amit visel.