Dr Temperance Brennan (nazywana też Bones), antropolog sądowa, musi rozwiązać zagadkę i zidentyfikować kości, które wyłowiono z dna jeziora. Jednakże gdy odkrywa, kim była ofiara, morderstwo okazuje się wiązać ze śmierdzącą polityczną sprawą. Bones szuka pomocy u agenta FBI, Seeleya Bootha, który przekonuje swojego szefa, by ten pozwolił Bones zostać jego partnerką w sprawach, w których przydatne są jej umiejętności.

Mężczyzna ginie, prowadząc pojazd zarejestrowany na pochodzącego z Bliskiego Wschodu człowieka. Wkrótce ekipa Bones orientuje się, że znajduje się na tropie terrorysty.

W kampusie ekskluzywnej prywatnej szkoły zostają znalezione wiszące na drzewie gnijące zwłoki syna wenezuelskiej ambasador. Złudnie prosta sprawa, która łączy pracowników szkoły i uczniów, szybko zmienia się w mieszankę kłamstw, seksu i skandalu.

Brennan i Booth jadą do stanu Waszyngton w sprawie śledztwa dotyczącego ludzkiej ręki, którą znaleziono w brzuchu niedźwiedzia.

Booth prosi Brennan o pomoc w odszukaniu i zidentyfikowaniu szczątków sześcioletniego chłopca, Charliego, który zniknął z lokalnego parku.

Kiedy Brennan i Angela wszczęły bójkę w nocnym klubie, Brennan rzuca kogoś na ścianę, która pęka, odkrywając zmumifikowane szczątki.

Prawnik skazanego na śmierć prosi Bootha, by ten pomógł w udowodnieniu niewinności jego klienta, nim wyrok zostanie wykonany. Agent zgadza się i prosi Bones oraz jej ekipę o pomoc.

Brennan wychodzi na kolację wraz ze swoim byłym profesorem, a zarazem byłym kochankiem, kiedy Booth prosi ją i jej ekipę o zidentyfikowanie szczątków młodej kobiety znalezionej w lodówce.

Brennan i jej ekipa zajmują się identyfikacją ciała znalezionego w schronie. W trakcie cięcia kości Zack przypadkowo uwalnia trujący pył, który staje się powodem kwarantanny, jakiej na czas świąt musi się poddać ekipa.

Brennan i Booth prowadzą śledztwo w sprawie części ciała kobiety, które znaleziono w pobliżu L.A. International Airport. Ich praca jest utrudniona ze względu na liczne operacje plastyczne, które przeszła ofiara.

Kiedy spalone ciało kobiety zostaje znalezione w samochodzie, w którym są ślady porwania dziecka, Brennan i Booth podejrzewają ojca chłopca, Carla Deckera. Sprawa bardziej się komplikuje, gdy Decker okazuje się człowiekiem chronionym przez program ochrony świadków.

Brennan i Booth prowadzą śledztwo w sprawie pochodzenia rozkładającego się ciała, które znaleziono ubrane w niecodzienny kostium w jednej z uliczek. Bones i Booth odkrywają, że nastolatek, którego szczątki znaleźli, prowadził drugie życie.

Booth i Brennan zostają wezwani, gdy w bagażniku samochodu członka gangu zostaje znalezione ciało. W czasie przesłuchania mężczyzny nadjeżdża samochód. Wybucha strzelanina, która ułatwia ucieczkę podejrzanemu. Booth i Brennan podążają za wskazówkami, które doprowadzają ich zarówno do kolejnego pustego grobu, jak i do domu senatora, gdzie pracował członek gangu.

Brennan i Zack przeszukują miejsce rozbicia samolotu z chińskimi dyplomatami i kobietą. Na miejscu zdarzenia Brennan znajduje fragmenty kości, które nie mogą należeć do żadnego z pasażerów, ale mogą należeć do człowieka, który zaginął pięć lat wcześniej. Dr Goodman nakazuje ekipie skupić się wyłącznie na sprawie dyplomatów, ale Bones decyduje się, za jego plecami prowadzić śledztwo w sprawie fragmentów kości.

Brennan właśnie umawia się na randkę przez Internet, kiedy dostaje bardzo pilne zadanie – w zatoce Chesapeake znaleziono podziurawione kulami zwłoki, a FBI chce wiedzieć, czy jest to James Cugini, mafioso, który zaginął sześć lat temu. Booth, który prowadzi śledztwo, jest jednocześnie pochłonięty inną sprawą – w opuszczonym magazynie znaleziono przywiązany do łóżka szkielet, wszystko wskazuje na to, że ciało było bardzo poważnie okaleczone. Wieczorem, kiedy Brennan idzie na randkę, ktoś strzela do niej. Brennan roztrzęsiona wraca do Instytutu – jest przekonana, że ktoś próbuje ją powstrzymać od rozwiązania zagadki jednego z morderstw, którymi obecnie się zajmuje. Dlatego tym bardziej jest zdeterminowana, by jak najszybciej wyjaśnić obie sprawy.

Brennan i Booth schodzą do innego świata, który bezdomni stworzyli sobie w tunelach. Bones i Booth znajdują w szybie wentylacyjnym szczątki kobiety-filmowca.

Podczas wakacji Angela znajduje czaszkę. Prosi Bones o pomoc w zidentyfikowaniu ofiary, ponieważ obawia się, że może to być czaszka jej chłopaka, który zaginął z miejscową przewodniczką. Śledztwo wiedzie ekipę od agresywnego chłopaka strażniczki przez lokalnego szeryfa aż do grupy fałszerzy.

Brennan bierze urlop i jedzie do Nowego Orleanu, by pomóc w identyfikacji ofiar huraganu Katrina. Któregoś dnia budzi się w hotelu pobita i cała we krwi, nie pamięta, co się stało. Booth przyjeżdża, by pomóc jej dowiedzieć się, co się wydarzyło. Gdy miejscowa policja odnajduje martwego eksperta medycznego, Brennan zostaje główną podejrzaną. Śledztwo kieruje bohaterów w świat voodoo.

Ekipa pomaga córce szefa Bootha, Sama Cullena – Amy. Wykryto u niej raka po przeszczepie fragmentu kości. Booth i Brennan odkrywają, że Amy nie jest jedyną ofiarą, która zaraziła się rakiem po przeszczepie.

Brennan i Booth prowadzą śledztwo w sprawie samobójstwa na cmentarzu Arlington, wkrótce dowiadują się, że było to morderstwo, a ofiara była żołnierzem, który służył w Iraku. Podczas śledztwa mnożą się pytania bez odpowiedzi o stosunek ofiary do wojska. Wskazówki pomagają znaleźć odpowiedzi. W międzyczasie Booth wspomina swoją ciemną przeszłość jako snajpera w wojsku oraz horror wojny.

Brennan identyfikuje pewne kości i kamienieje, gdy orientuje się, że znalazła szczątki swojej matki. To ciężki cios dla Bones, która nie wiedziała, co stało się z jej rodzicami, którzy zaginęli 15 lat wcześniej. Śledztwo w tej sprawie otwiera Booth. Brennan jest zszokowana dowodami, które znajdują. Okazuje się, że jej rodzice mogli być kimś innym niż sądziła. Bones musi sobie poradzić z przeszłością rodziców i własną.