Uma cápsula do tempo enterrada pela turma de 1987 de uma escola secundária é desenterrada por um grupo de ex-alunos. Ao abrí-la, eles são surpreendidos com o corpo de um colega de turma. Booth e Brennan descobrem que a vítima era um estudante rejeitado e investigam o passado dos demais alunos numa tentativa de descobrir o assassino.

Quando um bombeiro voluntário é assassinado em um rinque de patinação, Booth e Brennan começam a investigar o caso, mas Booth precisa recusá-lo por motivo de conflito de interesse. Quando detalhes vêm à tona, Booth se torna um dos suspeitos do homicídio.

Booth e Brennan investigam o assassinato de um anão que costumava ser uma estrela de luta livre. Enquanto isso, Booth descobre que ele não é tão bom artilheiro como ele era antes de sua cirurgia, e tem dificuldade para se re-certificado pelo FBI. Dr. Gordon Wyatt também volta.

Um metrô que Sweets está, descarrilha por causa de uma inundação e, posteriormente, o transbordamento releva restos humanos. Enquanto a equipe estuda os restos no laboratório, Sweets sofre de estresse pós-traumático. Enquanto isso, o lançamento do segundo livro de Brennan prova ser muito bem sucedido.

Quando restos mortais são encontrados no meio da floresta, a equipe é chamada para determinar como e por que este funcionário da empresa de transporte rodoviária foi assassinado.

A equipe do Jeffersonian corre para prevenir um surto viral, enquanto investiga o assassinato da jornalista Mia Garrett depois de seu corpo infectado ter sido achado num lugar tóxico. Quando o vírus mutante que matou Mia infecta o estagiário Arastoo Vaziri, a única chance de salvá-lo será resolvendo o assassinato. A tensão e as emoções chegam ao ápice enquanto a equipe corre contra o tempo para encontrar o assassino - e a cura.

É Halloween no Jeffersonian e o time recebe a visita surpresa da recém-formada agente do FBI, Abbie Mills, e de Ichabod Crane, que viajaram de Sleepy Hollow a fim de recuperar um corpo sem cabeça. No entanto, os restos mortais já estão sob investigação de Brennan e de seu time.

A fim de resolver um assassinato, Brennan e Booth seguem disfarçados para uma competição de tiros inspirada no Velho Oeste, ao mesmo tempo em que Angela e Hodgins discutem o futuro da família e Cam se aproxima do fotógrafo Sebastain Kohn.