Situé dans la ville fictive de Landmark City, Janus Lee, à la tête de Lee Industries, organise un concours de télévision pour recruter un groupe d’adolescents talentueux. Les gagnants du concours, Axel, King, Lioness, Hawk et Shark, reçoivent des armes prototypes, des gadgets et des véhicules et unissent leurs forces pour lutter contre le génie criminel Alexander Paine, également responsable de la mort du père d'Axel. À la fin de la première saison, ils parviennent à le vaincre.

Cependant, après la défaite de Paine, il est révélé que le véritable objectif de Lee était d'utiliser l'ADN des adolescents pour créer des clones alimentés par des gènes animaux. Au cours de la deuxième saison, les Alpha Teens doivent à nouveau faire équipe pour arrêter Lee et son armée de mutants.