Luc Robitaille, famoso giocatore di Hockey, accompagna i ragazzi nella loro più recente innovazione sportiva: l'Hockey Z-9. Nel frattempo Doof crea un abominevolinator perché crede che per conquistare Danville e dintorni occorra essere più malvagi, più simili all'abominevole uomo delle nevi.

Phineas e Ferb decidono di personalizzare l'antica tradizione della New York Eve's ball drop, creando una enorme sfera multi-stanza da sparare nello spazio a mezzanotte, facendola esplodere in fuochi d'artificio. Heinz nel frattempo decide di creare un inator che farà cambiare a tutti le proposte che hanno per il nuovo anno, trasformandole in "Voglio seguire Heinz Doofenshmirtz come mio nuovo capo".

I ragazzi decidono di rinnovare il gioco dell'altalena a ruota, ma Buford stacca un pezzo da un loro congegno che spara quindi un raggio e trasforma Candace in una mosca. Nel frattempo Doofenshmirtz soffre di un blocco mentale.

Candace fa una scommessa con Buford dicendo che lui non riuscirà a mostrare a Linda l'invenzione di Phineas e Ferb. Lui accetta e si impegna al massimo, ma il nuovo piano di Heinz Doofenshmirtz gli creerà qualche problema...

Candace decide di fare da reginetta alla corsa dei chinchillà di Danville, e per l'occasione Phineas e Ferb decidono di creare dei veicoli a tema sulle rape. Nel frattempo Doofenshmirtz riesce a trasformarsi in uno dei suoi incubi, pensando che anche Roger ne fosse spaventato, con lo scopo di prendere il controllo della città.

Due mesi dopo una missione che Perry fallì per colpa dell'agente Lyla Lolliberry della divisione canadese dell'O.S.B.A., un'altra minaccia richiede l'intervento dell'agente P, che dovrà ancora affiancarsi a Lyla. Nel frattempo Doofenshmirtz partecipa ad uno scambio di piani malvagi con il Professor Bannister, che vuole rapire Albert l'alce prezioso, simbolo dell'orgoglio canadese, per i suoi loschi piani.

Doofenshmirtz decide di assegnare il compito dell'intrappolare Perry l'ornitorinco ad un professionista (trovato su un sito Internet), che però, preso dalla sete di vendetta, cerca di uccidere Perry e Heinz. Nel frattempo Phineas e Ferb creano una macchina che permette a Baljeet di moltiplicarsi ogni volta che deve prendere delle decisioni in modo da seguire tutte le possibili linee temporali

Phineas e Ferb decidono di accettare l'invito di alcuni alieni a scambiare i loro cervelli per fare una vacanza in "condivisione mentale". Purtroppo vengono imbrogliati e finiscono in carcere, permettendo ai criminali di fuggire attraverso i loro corpi. Nel frattempo Heinz Doofenshmirtz decide di conquistare una signora conosciuta su Internet con la sua abilità di ballerino da quadriglia, e per questo si costruisce degli stivali "su misura".

Phineas e Ferb decidono di mettere insieme pezzi delle loro vecchie invenzioni riciclandole, creando una specie di parco divertimenti. Nel frattempo Doofenshmirtz è turbato dal fatto che una tecnologia da lui inventata venga usata dagli oculisti per far del bene donando la vista alle persone (anche se guadagna sui diritti), così crea un -inator che annebbia la vista delle persone, che si faranno così esaminare dai dottori che gli pagheranno sostanziosi diritti.

Dopo aver partecipato all'apertura della giornata delle api Phineas decide di costruire una piscina come quelle per bambini per Linda, rendendola un'attrazione spettacolare. Nel frattempo Doofenshmirtz, preso anche lui dalla mania del giorno delle api, nota che tutti parlano dell'ape regina, ma nessuno dell'ape re, decidendo quindi di colmare quel vuoto di potere spruzzandosi dei ferormoni di ape addosso, in modo da poter conquistare Danville e dintorni grazie alle api. Infine Candace, dopo aver fatto un test attitudinale, scopre di essere "Emo".

Isabella e le Fireside Girls perdono le api che gli servivano per ottenere il distintivo di apicoltrici, quindi chiedono a Phineas e Ferb di farle diventare delle api. Nel frattempo Pinky cerca di fermare la dottoressa Poofenplotz dal suo piano.

Candace, sentendosi noiosa, decide di cercare di fare qualcosa di straordinario. Intanto Phineas, Ferb e i loro amici si divertono a surfare in giro per la città sopra un'immensa bolla d'acqua e Doofenshmirtz decide di usare il suo nuovo inator per confondere la commessa di un piccolo market per avere una bevanda invernale (che lui ama, ma che in estate non è venduta).

Isabella chiede a Phineas e Ferb di aiutarla a trovare Pinky, che non si era fatto vedere per tutta la mattina. Per aiutarla i fratelli costruiscono uno strumento che amplifica i sensi di Buford fino a quelli di un cane, in modo da ritrovare Pinky. Purtroppo, questo mette in pericolo le identità segrete dei due animali (dato che Perry era con Pinky). Nel frattempo Candace cerca di andare a mangiare con Jeremy al municipio, ma viene bloccata in un tour obbligatorio. Sempre nel municipio Doofenshmirtz vuole rubare l'atto di Daville e dintorni e sia Perry che Pinky vengono mandati a fermarlo.

Il Maggiore Monogram e Heinz Doofenshmirtz tornano sul palcoscenico per presentare la nuova top-ten delle canzoni della terza e quarta stagione. Purtroppo scoprono che stavolta ci sarà principalmente Kelly Osbourn a presentare la top-ten. Come star nell'episodio ci sarà anche Maia Mitchell.

Phineas e Ferb decidono di replicare il nodo Gordiano nel loro giardino, in modo da poterlo sciogliere, ma senza tagliarlo a metà! Nel frattempo Candace cerca di aiutare Jeremy tentando di aprire una sua piccola cassaforte. Intanto Doofenshmirtz decide di distruggere tutti i buffet "tutto ciò che riesci a mangiare" con la sua nuovissima invenzione: il mangiatutto-inator!

Candace decide di aiutare Isabella a registrare il suo audiolibro in modo da permettere a Phineas e Ferb di costruire la loro gigantesca parete per arrampicata dando la possibilità a Linda di beccarli. Nel frattempo Doofenshmirtz crea un Servi-dessert-inator che obbliga le persone che colpisce a interrompere qualsiasi attività e servire il dessert.

Phineas e Ferb decidono, dopo un breve racconto di Buford, di andare alla ricerca del chupacabra. Nel frattempo Doofenshmirtz decide di usare il suo scambia-posto inator per mettere i capelli ai pelati, togliendoli a chi ne ha in modo da poter vendere il suo nuovo prodotto per la crescita dei capelli.

Phineas, Ferb e i ragazzi decidono di fare una festa a sorpresa per il compleanno di Isabella, preparandole una festa straordinaria dietro casa. Intanto Stacy decide di vedersi un horror a casa sua, "Il Rancore". Nel frattempo Heinz decide usa il suo nuovo inator per trasformare in insetti tutto ciò che non sopporta. Perry interferisce come al solito e durante il combattimento, piombano in casa di Stacy e quest'ultima scopre la doppia identità dell'ornitorinco. Dopo aver messo in fuga Heinz, Perry fa capire a Stacy che se qualcuno scoprisse la sua doppia identità o alla persona in questione sarebbe cancellata la memoria oppure l'animale avrebbe dovuto essere trasferito a un'altra famiglia. Stacy, non volendo nessuna delle due cose, promette di mantenere il segreto. Tutto si conclude con Isabella che festeggia un bel compleanno e il suo desiderio di rimanere un po' con Phineas si realizza.

Norm va insieme a Doof ad una festa, dove incontra Chloe, una robot della quale si innamora. Nel frattempo Phineas e Ferb inventano il "Ferb laser", un attrezzo con il quale vogliono riempire la festa di effetti di luci.

Doofenshmirtz cerca di creare un incidente diplomatico fra suo fratello e l'emissario del Stumblegimp creando il suo nuovo "Ruotadinovantagradinator" per far girare Roger di 90 gradi, una grandissima offesa nello Stumblegimp. Nel frattempo Candace e Stacy partecipano alla corsa ad ostacoli di Phineas e Ferb.

Phineas e Ferb si ritroveranno ad unirsi a quattro fra i più amati supereroi della Marvel (Iron Man, Hulk, Thor e Spider-Man) contro altri quattro fra i peggiori supercattivi e Heinz. Nel fermare il piano di Doofenshmirtz di assorbire i poteri del fratello (poteri puramente politici, come inaugurare edifici, aumentare le tasse ecc.) Perry distrugge il nuovo inator di Heinz che doveva riuscire ad assorbire i poteri del fratello e immagazzinarli in un contenitore, ma l'inator riesce a sparare un ultimo raggio che rimbalza sulla base spaziale di Phineas e Ferb colpendo i supereroi della Marvel. Lo S.H.I.E.L.D. rintraccia quindi come fonte del raggio Phineas e Ferb, decidendo di mandare da loro i supereroi per chiarire la situazione. Una volta là Phineas e Ferb tentano di ridare agli eroi i loro superpoteri, ma per colpa di Candace la situazione non fa che peggiorare. Intanto i supercriminali della Marvel Teschio Rosso, MODOK, Venom e Whiplash si alleano con il dottor Doofenshmirtz.

Candace scopre che una loro vicina ha assistito alle invenzioni dei suoi fratelli per tutta l'estate, così decide di approfittarne come testimone oculare. Nel frattempo i ragazzi inventano degli sport a piramide e Carl sorprende Mounty e Vanessa, decidendo di non dire niente a Monogram solo se Mounty riuscirà a fare dire "grazie, Carl" al maggiore.

Candace si iscrive ad un gruppo di lettura, decidendo di leggere l'Iliade. Raccontandolo ai ragazzi, loro decidono di vedere come se la caverebbero nei panni dei personaggi del libro ricreando la battaglia di Troia. Nel frattempo Doof inventa un "riordinator" per mettere a posto tutte le cianfrusaglie che ha accumulato nel tempo.

Quando Doofenshmirtz eredita da una prozia un castello, Vanessa coglie l'opportunità per fare la più grande festa di Halloween mai vista, invitando tutta la città. Phineas e Ferb hanno organizzato la festa e sono lì anche come DJ. Nel frattempo Heinz chiede a Perry di aiutarlo a trovare il tesoro nascosto nel castello.

In questa trilogia del terrore, Candace dice involontariamente un incantesimo che trasforma il suo pupazzo di Ducky Momo in una bambola posseduta. Doofenshmirtz cerca di entrare in contatto con la misteriosa testa di bambino che fluttua, in modo da ottenere la possibilità di esprimere tre desideri. Infine, Phineas, Ferb e i loro amici devono affrontare una banda di malvagi cloni viola di Perry.

Dopo essersi ricordato di un film visto al drive-in, Doofenshmirtz si convince che ingigantire piccoli animali possa aiutarlo a conquistare Danville. Purtroppo ha scelto l'animale sbagliato... Nel frattempo Phineas e Ferb costruiscono una replica del vicinato in gomma, in modo da poter andarci in skate senza preoccuparsi di farsi male.

Candace vuole fare un regalo speciale per Jeremy, ma non riuscendo a renderlo abbastanza decente, decide (sotto consiglio di Stacy) di chiedere aiuto a Phineas e Ferb. Nel frattempo Heinz ha preso tutti i film horror della città per creare un'inator che materializza le paure peggiori delle persone.

I ragazzi ritrovano una moneta della fiera mondiale di Danville del 1903. Questo li riporta tramite i racconti di Lawrence a quel tempo, dove tutto era spinto da motori a vapore.

Heinz inventa un congegno in grado di infliggere una buona o una cattiva fortuna alle persone con lo scopo di colpirsi con la buona fortuna e colpire suo fratello con la cattiva. Per testarlo, spara un raggio di sfortuna colpendo, involontariamente, Phineas, Ferb e i loro amici. Testando il raggio di buona fortuna, invece, colpisce involontariamente Candace, che inizia a credere di riuscire finalmente a beccare i suoi due fratelli.

Phineas e Ferb organizzano una gara di battute di baseball mentre Candace si ritrova in una brutta situazione riguardante degli sport acquatici ma con sorpresa sarà la prima volta incredibile ma vero a riuscire a beccare i suoi esattelli e a farli vedere a Linda.

Agent P travels to the glamorous city of Montevillebad to stop Doof from winning the Grand Prix and collecting the prize money. When Doof uses his "I-don't-care-Inator" to sabotage the race and eliminate the competition, including international racing legend of Italian-Scottish-Swiss-Dutch descent Paolo Vanderbeek (Patrick Dempsey), Agent P must take the wheel and go head-to-head with Doof on the racetrack.

Doof's latest inator changes the way the Earth moves and it is up to Phineas and the gang to save summer.

Phineas e Ferb festeggiano la festa del papà permettendogli di fare un volo su un biplano (modificato) insieme al nonno Reginald. Nel frattempo Doofenshmirtz tenta di trovare il vecchio gnomo da giardino di famiglia per ridarlo a suo padre.

Phineas and Ferb have created a device reinforcing the wind and test them on a giant kites in the park. Candace thinks she's finally going to bust when Mom gives her backyard a makeover. Meanwhile, Doofenshmirtz builds a Water-Zalewator to celebrate his girlfriend of the past, who doused him with water, because Heinz she loved, but who then gave him the basket.

Doof gets rogue OWCA agent Dennis the Bunny to escape prison. Meanwhile, Phineas and Ferb make some improvements on the Fireside Girls' marionette show.

Buford and Baljeet get in a food fight while Ferb is at the dentist. The Fireside Girls help Isabella plan a romantic picnic with Phineas. Meanwhile, Vanessa wants to go to a movie marathon, so Doofenshmirtz creates a Teleport-inator.

Phineas and the gang help Love Händel prove the existence of Klimpaloon, the magical old-timey bathing suit that lives in the Himalayas, to verify that their song, "The Ballad of Klimpaloon", is legitimate.

Isabella unintentionally admits her feelings for Phineas in a letter. Meanwhile, Doof invents an inator to help change his misfortune

Doofenshmirtz crea un -inator che lo possa mimetizzare come uomo delle consegne della pizza per tentare di avere una pizza calda, ma un colpo accidentale colpisce Candace, che decide di utilizzare il suo nuovo aspetto per vedere di cosa parlano i ragazzi.

Molto tempo fa, in una galassia lontana lontana in estate, Phineas e Ferb vivono felicemente su Tatooine, giusto una fattoria dopo Luke Skywalker. Si ritrovano implicati nella ribellione quando i piani di far saltare in aria la Morte Nera finiscono accidentalmente sulle loro spalle. Ora che il fato li ha improvvisamente inclusi nella battaglia per la libertà, devono andare in cerca di un pilota in grado di portarli dai Ribelli in modo da poter consegnare i piani. A complicare la faccenda, Candace - la sorella dei ragazzi - ha l'intento (come gli stormtrooper) di "Beccare" i ribelli, che la spingerà ad inseguire Phineas e Ferb attraverso la galassia nella speranza di rubare i loro piani cercando di essere promossa e così essere sollevata dall'incarico che le spetta: trovare dei calzini da consegnare a Dart Fener.

Doofenshmirtz gets kidnapped by Professor Mystery. Phineas and Ferb find a capsule with Bernie and Denise.

Doofenshmirtz teaches an Inator Method seminar.

Doofenshmirtz's latest "inactor" turns Danville citizens into contagious zombies. Agent P. and the gang try to save the town and avoid becoming zombies themselves.

After Doofenshmirtz is defeated, a new threat in the 2nd Dimension emerges, leaving it up to Phineas, Ferb, Candace and her resistance fighters to defeat this new foe.

After facing the choice of imprisonment or community service, Doof becomes a teacher at Vanessa's school. Meanwhile, a trio of bugs embark on a journey to become the first insects to communicate with humans.

It's been 10 years after the events of the present, and Phineas must decide what university to go to. After discovering that Isabella had a crush on him for years, Phineas must reach her before she leaves for college and express his true feelings for her. Meanwhile, Doofenshmirtz has a mid-life crisis.

È l'ultimo giorno d'estate, quindi Phineas e Ferb decidono di dover creare la loro opera più incredibile. Nel frattempo, Candace fa una visita a Vanessa e incontra Heinz che le mostra alcuni dei suoi inator. Attratta da un congegno di nome "ricomincia la giornata inator" in grado di far ripetere i giorni all'infinito, decide di attivarlo perché vuole avere una seconda occasione per beccare i suoi fratelli, visto che sarebbe anche l'ultima. Ogni volta che il giorno ricomincia gli unici a ricordarsi che quel giorno lo hanno già vissuto sono Candace e Doofenshmirtz, questo inizialmente sembra giocare a loro favore perché possono avere sempre più occasioni per eseguire i loro interessi: da una parte Doofenshmirtz, che vuole diventare il sovrano di Danville e dintorni e dall'altra Candace che vuole far beccare i suoi fratelli. Cominceranno però ad aprirsi varchi temporali che risucchieranno oggetti o persone e dopo che questo accade nessuno si ricorda della loro esistenza.