Az sikertelen támadás után Janewayt, Tuvokot és Torrest asszimilálják, de a korábban beléjük ültetett borg implantátumok segítségével meg tudják őrizni az egyéniségüket. A csapat megpróbálja szabotálni a borg kockát, de Tuvok implantátumai megsérülnek, így a királynő rá tudja venni, hogy állítsa meg Janewayéket a vírus betöltésében. A vírust végül sikerül bejuttatni a rendszerbe, de a kapitányt elfogják, és kapcsolatba léptetik királynővel. Eközben Hetes az Unimátrix Zérón belül elmondja a tervet, és a többiek beleegyeznek, hogy segítenek. A Voyager újra megtámadja a borg kockát. A Voyagerhez egy borg gömb is csatlakozik.

Rebi, Azan visszakerülnek a népükhöz, és Mezoti is csatlakozik hozzájuk. Egyedül Icheb marad a hajón. A gyerekek távozásakor Hetes sírni kezd. Hétkilenced a Doktorhoz megy kivizsgálásra, amikor is felfedezik, hogy megsérült a kortikális egysége. Nem sokkal később Hetes az étkezdében lesz rosszul. A Doktor megállapítja, hogy a helyzet sokkal súlyosabb, mint azt korábban gondolta. A kortikális egysége destabilizálódott, és ha nem cserélik ki, akkor meghal.

Paris és Kim a Delta komp fedélzetén találkozik egy Irinával, aki egy versenyre hívja ki őket. A verseny közben Irina hajója megsérül, és a Voyagerre viszik kijavítani. A javítások során elmondja, hogy néhány nappal később sor kerül egy versenyre, amibe végül Paris és Kim is benevez. Ezalatt B'Elanna megharagszik Tomra, és azt kezdi fontolgatni, hogy szakít vele. B'Elanna végül ráveszi Harryt, hogy adja át a másodpilótai helyét. Paris igencsak meglepődik, amikor B'Elannát a Delta kompon találja. De a versenynek az verseny...

A legénység két tagját, Tabort és Yosát különös támadás éri a Voyager fedélzetén. A nyomozást végző Tuvok egyre furcsábban kezd viselkedni. A vulkáni megtámadja Torrest és Chakotayt is. Tuvok és a támadás áldozatai sem emlékeznek a történtekre. Nem sokkal később kiderül, hogy a támadásokért a vulkáni a felelős, ezért a kapitány a fogdába záratja. Tuvok elmondja, hogy egy belső hang próbálja átvenni a tudata feletti irányítást. A kapitány kideríti, hogy Tuvok fia által írt levélbe egy tudatalattira ható üzenetet rejtett el egy Teero nevű bajori. A vulkáni ezek után teljesen Teero hatása alá kerül, és bajori nyelven kiad egy parancsot Chakotaynak, mire a parancsnok hozzálát elfoglalni a hajót.

Egy Gar nevű kereskedő ellopja a Doktor programját, és azt egy kórházhajó vezetőjének, Chellicknek adja el. A Doktor persze azonnal vissza akar jutni a Voyagerre, de hirtelen újabb betegek érkeznek, és a Doktor beleegyezik, hogy segít a gyógyításban. Eközben a Voyageren észreveszik, hogy az igazi OSH-t ellopták, és elindulnak a keresésére. A Doktor hamarosan megtudja, hogy a hajón a betegeket különböző csoportokba sorolják, és ezek alapján kapják - vagy nem kapják - az ellátást. A Doktor ezt elfogadhatatlannak tartja, ezért elhatározza, hogy valamit tesz ez ellen.

Az Alfa Kvadránsból érkező üzenetek helyett ezúttal Reginald Barclay hologramja érkezik meg. A Holo-Barclay elmondja, hogy kidolgoztak egy tervet a Voyager hazajuttatására, és azért érkezett, hogy ezt elősegítse. Eközben az Útkereső laborban az igazi Barclay azt próbálja kideríteni, hogy a Voyagerre küldött adatfolyam miért nem érte el a célját. Később kiderül, hogy egy ferengi hajó szerezte meg az adatfolyamot, és a Voyagerről küldött válaszok is hozzájuk futnak be. Céljuk, hogy minél többet tudjanak meg Hétkilencedről és az ő borg nanoszondáiról, amelyeket a nagy profit reményében akarnak megszerezni. Eközben az Útkereső laborban tovább folyik a nyomozás az eltűnt adatfolyam ügyében. A Voyageren pedig a holo-Barclay kezd egyre furcsábban viselkedni.

A Delta kompot, fedélzetén a Doktorral, Hetessel és Harryvel egy idegen hajó támadja meg. Az idegen hajó kapitánya, Ranek elmondja, hogy a komp egy fotonikus lázadót szállít a fedélzetén, ezért lefoglalják. Kim elmondja, hogy a fotonikus kivetítés a Doktoruk. Az idegen hajó egy olyan mezőt gerjeszt a komp köré, amely destabilizálja a Doktor mátrixát. Kim utasítja Hetest, hogy rejtse el a Doktort. Hetes Raneknek elmondja, hogy megölte a Doktort, de Kim és a borg így is egy cellában kötnek ki. Itt Harry megdöbbenve tapasztalja, hogy Hétkilenced valahogy letöltötte a Doktor programját az ő kibernetikus implantátumaiba, és így már a hologram irányítja a testét. A Hetes testébe bújt Doktor minél jobban igyekszik kiélvezni az újonnan megtapasztalt élet apró örömeit.

Kim, Hétkilenced és Neelix a Delta komp fedélzetén dilítium keresés közben két idegen hajó kereszttüzébe kerül. A kraylor hajó kapitányától segélykérő hívást kapnak, és megtudják, hogy a hajó humanitárius küldetésen van. Amikor az annari hajó megtámadja a kompot, Kim a kraylor hajó oldalára áll. Miután az annari hajó visszavonult, Kim és Neelix a sérült kraylor hajóra sugároznak. A csata közben a hajó kapitánya és a főtisztek meghaltak. Loken, a hajó orvosa ráveszi Kimet, hogy vegye át a parancsnokságot. Kim a hajót Nightingale-nek nevezi el. Eközben a Voyager fedélzetén Icheb egyre többet van együtt B'Elannával, és úgy gondolja, hogy valamiféle "jelzéseket" kap a hadnagytól, ezért igyekszik még közelebb kerülni hozzá.

A Voyager segélykérő jeleket fog egy harogin frekvencián. A jeleket követve egy különös hajóra bukkannak. A kiküldött csapat halott haroginokra bukkan, akik egy Csillagflotta tervezésű holofedélzeti szimulációban vesztették életüket. Találnak egy túlélőt is, Donikot, akit a hajóra sugároznak. A Voyageren Donik elmondja, hogy a hajó a haroginok kiképző telepe volt, de a hologramok meghibásodtak, átvették az irányítást, és kikapcsolták a biztonsági protokollokat. A hologramok egy holokivetítőkkel felszerelt hajóra sugározták magukat, és elmenekültek. A Voyager legénységéhez még két harogin csatlakozik, és elindulnak a hologramok keresésére. A hologramok hajóját nem sokkal később meg is találják, a két hajó összecsap, és a hologramok áttöltik a Doktor programját a saját hajójukra. A Doktornak meg kell "gyógyítania" a "sérült" hologramokat. A Doktor meggyőzi a hologramok vezetőjét, hogy a Voyager segíthet rajtuk.

A Voyagert egy tértorzulásból származó gravimetrikus erő rázza meg. A térhajtómű destabilizálódik, és egy energia kisülés eltalálja Chakotayt. Torres észreveszi, hogy Chakotay arcának egyik fele megöregedett, a másik megfiatalodott. A gyengélkedőn a Doktor elmondja, hogy a parancsnok teste időelcsúszásban volt, de ezen egy kronoton szérummal segített. Chakotay megdöbben, amikor egy kérdésére a Doktor azt válaszolja, hogy nem tudja elhagyni a gyengélkedőt, és a mobilsugárzóról sem tud semmit. A hídra érkező Chakotayt Janeway le akarja tartóztatni, mert maquis tagnak véli. A parancsnok a gépházban néhány kazont, és Seskát találja. Chakotay rájön, hogy a hajón az idő több részre esett szét, és csak ő képes ezek között átjárni, köszönhetően a kronoton szérumnak.

Tom Paris és B'Elanna Torres gyereket várnak. A Doktor szerint az eltérő génállomány miatt a gyerek gerincoszlopa egészségtelen lenne, ezért genetikai beavatkozást javasol. A Doktor elmondja, hogy a gyerek lány lesz, és egy holografikus képet is mutat róla. Gyerekének klingon homlokát látva, B'Elanna visszaemlékezik arra, amikor 12 évesen az apjával és annak barátaival éppen sátorozni voltak. Eszébe jut, hogy milyen sok gondja volt amiatt, hogy félig klingon. Nem akarja, hogy a lánya is átélje azokat, amit ő, ezért elhatározza, hogy komoly genetikai beavatkozást hajtat végre a Doktorral. Mivel Tom és a kapitány is ellene vannak, drasztikus lépésre szánja el magát.

A Voyager egy sérült idegen hajóra bukkan, amelyről 11 utast transzportálnak át. Közülük három nygeai őr, akik a többi rab fölött őrködnek. A gyengélkedőn az egyik rab Iko foglyul ejti Hetest, de Tuvok lelövi. Yediq, a felügyelő elmondja, hogy a rabokat visszaviszik az anyabolygójukra, ahol kivégzik. A Voyager legénysége nem örül a dolognak, de az Elsődleges Irányelv miatt nem avatkozhatnak be. Egy összeszólalkozás után a nygeai őrök megverik Ikot, és a Voyager biztonsági tisztjeinek kell közbeavatkozniuk. Erre Janeway inkább Tuvokra bízza a foglyok felügyelését. Ikot a gyengélkedőre viszik, ahol a Doktor Hetes nanoszondáinak segítségével helyreállítja a neurális sérüléseit, és miután felébred, kiderül, hogy Iko teljesen megváltozott. Eközben kiderül néhány dolog a nygeai igazságszolgáltatással kapcsolatban. Neelix igyekszik segíteni az egyik rabnak, de ez később hibának bizonyul.

A Voyager egy régi klingon hajóval csap össze a Delta Kvadránsban. A klingon hajó kapitánya, Kohlar nem hiszi el, hogy a klingonok már nem a Föderáció ellenségei, ezért Janeway bemutatja neki B'Elannát. A hajójára visszatérve Kohlar elmondja a többi klingonnak, hogy a "Tekercsek" próféciái beigazolódtak, és elérkezett az "Elválás Napja". Kohlar felrobbantja a hajóját, és a több mint 200 klingont a Voyager fedélzetére sugározzák. A klingon elmondja, hogy egy ősi, szent szöveget követtek, amelyben az állt, hogy egy hosszú utazás során megtalálják a "Kuvah'Magh"-t, a klingonok Megváltóját. Kohlar úgy gondolja, hogy a szöveg B'Elanna meg nem született gyermekéről szól.

A Voyager egy baleset során az űr teljesen sötét részébe zuhan. Rögtön ezután egy hajó támadja meg őket, majd egy második hajó is megjelenik, amely készleteket transzportál el a Voyagerről. Nem sokkal később egy újabb hajó jelenik meg, amelynek kapitánya, Valen tábornok, elmondja, hogy a "Semmibe", a szubtér egyik tartományába kerültek. Mivel nincs kiút, így a többi ittlévő hajó egymástól lopja a készleteket. Egy sikertelen menekülési kísérlet után a Voyager elindul megkeresni az ellopott készleteit. A rájuk támadó hajót sikeresen megtalálják, de a dolgaikat nem. Találnak viszont egy sérült idegen lényt, akiről kiderül, hogy a faja a "Semmi" lakója. A készleteiket végül Valen hajóján találják meg. Miután visszaszerzik az ellopott dolgokat, Janeway a túlélés érdekében igyekszik szövetségeseket szerezni. Ez sikerül is, de idővel a kapitánynak rá kell jönnie, hogy még bennük sem bízhat.

A Voyager legénységét elrabolják, és a Quarra nevű bolygóra viszik dolgozni. A legénység tagjai nem emlékeznek korábbi életükre, mindannyian másnak hiszik magukat. Csak Chakotay, Kim, Neelix és a Doktor menekül meg, és elindulnak megkeresni a többieket. Miután a Quarra nagykövetétől elutasító válaszokat kapnak a legénység tagjait illetően, Chakotay úgy dönt, hogy maguk keresik meg őket. Közben Tuvok egyre több mindenre kezd emlékezni valódi életéből. Sikerül Torrest visszavinniük a Voyagerre, ahol a Doktor igyekszik visszaállítani eredeti személyiségét. Chakotayt elkapják, de nem sokkal később sikerül megszöknie, és végül Janewaynél köt ki. Tuvok agyegyesítése után Hétkilencedet is megrohanják az emlékek, és igyekeznek kideríteni, hogy kik is valójában. Chakotay elmondja Janewaynek, hogy mi történt vele, és a többiekkel, de a kapitány persze nem hisz neki...

A Voyager legénységét elrabolják, és a Quarra nevű bolygóra viszik dolgozni. A legénység tagjai nem emlékeznek korábbi életükre, mindannyian másnak hiszik magukat. Csak Chakotay, Kim, Neelix és a Doktor menekül meg, és elindulnak megkeresni a többieket. Miután a Quarra nagykövetétől elutasító válaszokat kapnak a legénység tagjait illetően, Chakotay úgy dönt, hogy maguk keresik meg őket. Közben Tuvok egyre több mindenre kezd emlékezni valódi életéből. Sikerül Torrest visszavinniük a Voyagerre, ahol a Doktor igyekszik visszaállítani eredeti személyiségét. Chakotayt elkapják, de nem sokkal később sikerül megszöknie, és végül Janewaynél köt ki. Tuvok agyegyesítése után Hétkilencedet is megrohanják az emlékek, és igyekeznek kideríteni, hogy kik is valójában. Chakotay elmondja Janewaynek, hogy mi történt vele, és a többiekkel, de a kapitány persze nem hisz neki...

Hétkilenced igyekszik minél jobban megismerni emberi oldalát, ezért "emberibb" holoprogramokat futtat, amelyben az egész legénység létrehozza. A Doktor felfedezi, hogy Hetes elfelejtett regenerálódni, és így leesett az elektrolit szintje. A hajót hirtelen egy energiakisülés találja el, amely, mint kiderül, egy szubtéri robbanófejből ered. Hetes eközben folytatja a holoprogramjai futtatását, és egyikben még csókolózik is a holo-Chakotayjel. Nem sokkal később három idegen torpedó találja el a Voyagert, és több is közeledik felé, de végül sikerül kikerülni őket. A legénység egyre több tagja figyel fel Hetes furcsa viselkedésére. Miután Hétkilenced kortikális egysége elromlik, a Doktor megtudja, hogy Hetes tapasztalatszerzés céljából létrehozta "második életét".

Csillagidő: 54704.5. Q ismét meglátogatja Janeway-t és rábízza a fiát egy hétre, abban reménykedve, hogy a kapitánynak sikerül fiút fegyelemre nevelni. A fiú korlátlan hatalma és nemtörődöm kockázatvállalásai alaposan próbára teszik mind a legénység, mind Janeway türelmét...

A Doktor egy új holoregényt ír, amelynek a címe: "A fotonok legyenek szabadok." Paris meggyőzi a Doktort, hogy segít neki, és ezért belenéz a regényébe. Paris az OSH szerepében találja magát a Vortex csillaghajó fedélzetén, és észreveszi, hogy a történet teljesen megegyezik a Doktor által tapasztalttal. A többi szereplő a legénység többi része, de megváltozott külsővel, pl. Chakotay egy bajori. A regény egyes jelenetein megdöbbenő Tom elmondja élményeit a barátainak is, és arra biztatja őket, hogy próbálják ki. A regény alapján beleláthatnak a Doktor életébe, és megtudhatják, hogy hogyan látja ő a saját létezésének kérdéseit. A Doktor végül elküldi a regényt az Alfa Kvadránsba, ahol komoly vita tör ki arról, hogy vannak-e a hologramoknak valamiféle jogaik.

A Voyager egyenesen az Alfa Kvadránsból kapja új feladatát: megkeresni és visszahozni a Barátság-1 nevű űrszondát, amelyet 2067-ben indítottak el a Földről. Öt nappal később meg is találják a szondát egy nukleáris téllel borított bolygón. A bolygó pusztulását antianyag sugárzás okozta. A kiküldött csapat lakottnak tűnő barlangokat és aktív robbanófejeket talál. Nem sokkal később idegenek támadnak rájuk, és csak Chakotaynak sikerül elmenekülnie, aki magával viszi az egyik idegent. Az idegenek vezetője, Verin azzal vádolja az elfogottakat, hogy ők okozták népe szenvedéseit. A Voyager lévő idegen, Otrin elmondja, hogy az emberek okozták a bolygója pusztulását, mert a Barátság-1 szonda segítéségével fejlesztették ki az antianyag technológiájukat, ami később a vesztüket okozta. Miután a Doktor átprogramozott nanoszondák segítségével semlegesíti Otrin sugárzását, hozzálátnak, hogy megmentsék az egész bolygót.

Chakotay és Hetes éppen egy ledóziai konferenciára utazik, amikor egy különös bolygóhoz érnek, amelyet valamilyen erőtérrel van körülvéve. A komp megsérül, miután nekiütköznek az erőtérnek. Hetes fézerrel átvágja az erőteret, és lesugároznak a felszínre, ahol egy fejletlen idegen fajjal találkoznak. Eközben Parisnek repülési órákon kell részt vennie, mert megsértett egy helyi törvényt. A bolygón Chakotay egyre közelebb kerül a lakosokhoz, a kézjeleiket is kezdi megtanulni, hogy kommunikálhasson velük. Hetes pedig egy jeladót igyekszik készíteni a komp megmaradt darabjaiból. Közben Janewayék az eltűntek után erednek, és meg is találják a bolygót, de az erőtéren nem látnak át. A kapitány a ledóziai nagykövettől megtudja, hogy az erőteret az őseik építették, hogy megvédjék maguktól a ventu népét. De mivel már a ledóziaiak sem ismerik a technológia működését, így nem segíthetnek.

A Voyager talaxiai életjeleket fog egy aszteroidáról. A Delta kompon Paris, Tuvok és Neelix az aszteroidához megy, és egy robbanás leszállásra kényszeríti őket. Neelix megismerkedik Dexával, aki elmondja, hogy a többieket bezárták. Neelixnek és társainak végül távoznia kell, ezért nekilátnak a komp megjavításának. A javítások végeztekor Dexa fia, Brax a kompra szökik, akit Neelix visszavisz az anyjához. Ekkor szemtanúja lesz a bányászok és a talaxiaiak vitájának. A bányászok azt akarják, hogy a talaxiaiak elmenjenek, de ők nem akarják elhagyni új otthonaikat. A bányászok végül három napot adnak a kiköltözésre. Neelix kérésére Janeway találkozott hoz létre a két fél között, de ez sem jár sikerrel. Ezért Janeway felajánlja, hogy elviszi a talaxiaiakat a legközelebbi M típusú bolygóra. Eközben Neelix egyre közelebb kerül Dexához.

Janeway a Voyagerre való visszatértekor elmondja, hogy találkozott egy r'kaal nevű fajjal, akik megtiltották, hogy a Voyager térváltással haladjon át a területükön, ezért úgy döntött, hogy átadja a reaktormagot, és a legénységet letelepíti egy M típusú bolygóra. Chakotay teljességgel ellenzi ezt, és megpróbálja kideríteni, hogy mi történhetett a kapitánnyal. A parancsnok felfedezi, hogy a kapitány egy imposztor, aki erre elkábítja és elmenekül. A gyengélkedőn kiderül, hogy valójában a Doktor "öltötte" magára a kapitány alakját. A Doktort valójában egy idegen faj utasításait hajtja végre, akik túszul ejtették a kapitányt. A Doktornak a kapitányért cserébe meg kell szereznie a Voyager reaktormagját. Eközben Tuvok és Chakotay továbbfolytatja a nyomozást a titokzatos imposztor után.

Stardate: 54973.4 - Twenty-six years in the future, a regretful Admiral Janeway hatches an audacious plan to bring Voyager home sooner, rather than have it spend an additional sixteen years making its journey.