54014.4 Доктор заранее сделал прививку нейронного ингибитора Джейнвэй, Тувоку и Б’Еланне, и они запустили вирус, позволяющий дронам из Униматрицы Ноль сохранять индивидуальность вне периодов регенерации. Королева стала уничтожать корабли, в которых «пробудился» хотя бы один дрон. Несколько кораблей Борг было захвачено бывшими дронами.

54058.6 Корковый имплантат Седьмой неисправен. Ей нужен новый, но единственный источник — живой дрон. Ичеб жертвует ей свой, так как он не был полностью ассимилирован и может обойтись без имплантата.

54090.4 Том Пэрис, Б’Еланна и Гарри Ким участвуют в гонках, проводящихся в честь заключения мира, но кто-то саботирует гонки.

54129.4 Тувок получает из Альфа-квадранта закодированное сообщение, активирующее заложенную в нём программу: он гипнотически заставляет «Маки» поднять мятеж. Справившись с внушением, Тувок нейтрализует своё влияние на остальных членов команды.

54208.3 Голограмма Реджинальда Баркли отправляется на «Вояджер». Ференги перехватили голограмму и перепрограммировали с тем, чтобы захватить «Вояджер».

54238.3 Во время чрезвычайной ситуации, чтобы спастись, Доктор переносит себя в имплантаты Седьмой.

54274.7 Гарри Ким принимает командование медицинским кораблём пришельцев и обнаруживает, что корабль является военным.

54337.5 «Вояджер» прибывает к кораблю хироджинов, экипаж которого был уничтожен голограммами, созданными по технологии Федерации. Голограммы обнаружили, что повсюду в квадранте голограммы находятся в подчинённом положении. Доктор решает присоединиться к голограммам в войне против «органических», но обнаруживает, что Иден, лидер голограмм-ренегатов, стал не лучше хироджинов.

54337.5 - «Вояджер» продолжает преследовать корабль-ренегат с голограммами. Иден, самозваный лидер группы, начинает проявлять признаки бредового поведения, когда он считает себя «спасителем своего народа» и считает, что его люди будут поклоняться ему как Богу в своем новом поселении. Доктор и Б’Еланна Торрес пытаются помешать Идену выполнить свой план.

«Вояджер» распадается на части, находящиеся в разных временных отрезках. Чакотай оказывается единственным, кто может перемещаться по всему кораблю. Доктор создаёт сыворотку, которую следует ввести в нейронные гель-пакеты по всему кораблю, и позволяющая перемещаться по всему кораблю. Чакотай объединяется с Борг, «Маки» и другими против кейзонов во главе с Сеской.

54452.6 Б’Еланна Торрес обнаруживает, что беременна. Она хочет избавить ребёнка от клингонских признаков.

«Вояджер» спасает людей с терпящего бедствие корабля. Это оказывается тюремный корабль, везущий заключённых к месту казни.

«Вояджер» встречает клингонский корабль, который покинул Альфа-квадрант 80 лет назад. Когда они узнают о ребёнке Б’Еланны, то утверждают, что он — их спаситель.

«Вояджер» попадает в карман подпространства, где экипажи множества кораблей воруют ресурсы друг у друга для того, чтобы выжить. Только объединившись, можно вырваться из пустоты.

После возвращения с задания Чакотай, Ким и Ниликс обнаруживают «Вояджер», на котором из команды остался только один Доктор. Вся команда была похищена, их воспоминания были стёрты, и теперь они работают в промышленном комплексе. Чакотай и Ниликс проникают в комплекс, чтобы помочь капитану Джейнвей вспомнить правду.

Обнаруживается, что некоторые рабочие на заводе обработаны психотропными препаратами, чтобы стереть память и привить новую личность.

Используя голопалубу, Седьмая совершенствует свои социальные навыки.

Когда Кью понимает, что его сын слишком отбился от рук, он поручает капитану Джейнвэй перевоспитать его.

После того, как «Вояджер» устанавливает постоянную связь с Землёй и Звёздным флотом, Доктор отсылает сочинённую им голографическую новеллу.

Впервые за шестилетнее путешествие «Вояджер» получает задание от командования Звёздного флота: поиск зонда, отправленного с Земли много веков назад. Зонд обнаруживается на планете, на которой царит ядерная зима, а местные жители считают, что это было спланировано землянами.

Шаттл Чакотая и Седьмой сталкивается с энергетическим щитом и терпит крушение на планете, где обитают первобытные люди.

54868.6 «Вояджер» обнаруживает колонию талаксиан, находящуюся далеко от родной планеты, скрытую в недрах астероида, но их заставляют покинуть астероид. «Вояджер» вступается за них. Ниликс остаётся с талаксианами.

Когда капитана похищают и требуют варп-ядро «Вояджера», Доктор похищает, а потом изображает членов команды. Капитана не возвращают, но Доктор смог передать координаты похитителей.

Спустя 10 лет после 23-летнего путешествия, адмирал Джейнвэй, пренебрегая всеми временны́ми правилами, возвращается назад в прошлое, чтобы изменить решение, которое продлило путешествие «Вояджера» на 16 лет.

Адмирал Джейнвэй жертвует собой, убивая Королеву Борг, а «Вояджер» благополучно перемещается в Альфа-квадрант.