Drużyna gości musi przeniknąć do Kolektywu Borg i wykonać swój plan, aby je podważyć, nawet jeśli może zniszczyć Unimatirix Zero na zawsze.

Rebi i Azan łączą się ze swoimi rodzinnymi światami i opuszczają załogę Voyagera. Mezoti ma szansę zostać z Rebi i Azanem i akceptuje ich zaproszenia do życia z nimi. Siedem z Dziewięciu znajduje się w sytuacji zagrożenia życia, kiedy implanty Borg zaczynają działać nieprawidłowo. Jedynym sposobem, w jaki może przetrwać, jest znalezienie części zamiennych od żywego drona. Teraz, gdy Icheb jest ostatnim z pozostałych dzieci Borg na statku, on sam oferuje swoje implanty poprzez ryzykowną procedurę, która może kosztować ich życie.

Paris i Kim zgłaszają się na ochotnika, aby wziąć udział w wyścigu, który symbolizuje traktat pokojowy między czterema wojującymi rasami. Jednak pokojowe intencje rasy są podważane planami sabotażu i morderstwa. Torres czuje, że zbliża się koniec jej związku z Parisem. Jednak pracują z zaskakującymi rezultatami.

Dawni członkowie Maquis padają ofiarą tajemniczych ataków na pokładzie Voyagera. Tuvok jest odpowiedzialny za śledztwa i wkrótce dokonuje pewnych niezwykłych odkryć.

Doktor zostaje uprowadzony z Voyagera i zmuszony do pracy w szpitalu, w którym pacjenci są leczeni na podstawie ich statusu społecznego.

Hologram Reginald Barclay zostaje wysłany do Voyagera, który informuje, że statek może zostać odesłany do domu w ciągu kilku godzin za sprawą "złoża geodezyjnego". Jednak załoga staje się podejrzliwa co do holograficznych intencji Barclaya po tym, jak zobaczyła go dziwnie zachowującego się.

Podczas pobytu w DeltaFlayerze lekarz, Harry Kim i Siedem z Dziewięciu są atakowani za przetransportowanie hologramu przez przestrzeń Lokirrim - czyn, który jest surowo zabroniony. Aby ukryć lekarza, Siedem z Dziewięciu pobiera go do jej cybernetycznych implantów krótko przed ich zabraniem do brygu Lokirrim. Na pokładzie Voyagera, Tuvok wchodzi w Pon Farr.

Podczas gdy Voyager zatrzymuje się na konserwację, Harry Kim, Seven i Neelix używają DeltaFlayera, by szukać dilithium, gdy natkną się na wojnę między dwoma obcymi rasami. Po otrzymaniu wezwania pomocy od uszkodzonego statku, który twierdzi, że znajduje się w misji humanitarnej, Harry ma pierwszą szansę na dowodzenie własnym statkiem.

Załoga Voyagera znajduje ośrodek treningowy Hirogenów i odkrywa, że technologia hologramu, którą Hirogenom kilka lat temu dostarczyła, została zmodyfikowana do tego stopnia, że Hologramy są mądrzejsze i bardziej przebiegłe niż ich myśliwi. Doktor zostaje uprowadzony przez grupę hologramów, które uciekły z zakładu w Hirogenów i został poproszony o dołączenie do nich, aby stworzyć nowe życie jako niezależne "istoty fotoniczne". Załoga Voyagera musi sprzymierzyć się z Hirogenami, aby znaleźć Doktora i ponownie przejąć Hologramy renegata. Po konfrontacji ze statkiem hologramów, Voyager zostaje unieszkodliwiony, a B'Elanna zostaje uprowadzona z pomocą doktora, aby pomóc Hologramom w ich trudnej sytuacji.

Voyager potajemnie śledzi dwa okręty Hirogenów w pogoni za statkiem hologramów renegatów. Iden, samozwańczy przywódca zespołu, zaczyna wykazywać oznaki urojenia, gdy uważa się za "zbawcę swego ludu" i wierzy, że jego lud będzie go czcił jako Boga w ich nowej osadzie. W pobliżu czekają statki Voyagera i Hirogenów, a Doktor i Torres muszą znaleźć sposób na wyłączenie okrętu i hologramów, zanim zostaną zaatakowani przez Hirogenów i zanim Iden zdoła wykonać swój plan.

Po tym jak Voyager przekroczy szczelinę przestrzenną, Chakotay zostaje ranny w Inżynierii, pozostawiając ciało w stanie strumienia czasowego. Po otrzymaniu leczenia w ambulatorium, nieumyślnie uzyskuje zdolność do przechodzenia przez szczeliny w czasie, które są rozproszone po całym statku, umożliwiając mu przejście w różnych etapach historii Voyagera w ciągu ostatnich siedmiu lat.

Po otrzymaniu wiadomości, że jest w ciąży z dzieckiem Toma Parisa, i po dowiedzeniu się, że dziecko będzie miało dominujące cechy Klingona, B'Elanna ma retrospekcje, kiedy była dzieckiem, pamiętając, jak trudne było jej życie z powodu jej dziedzictwa Klingonów.

Voyager znajduje się w dylemacie etycznym, gdy napotka uszkodzony statek transportowy przewożący więźniów. Okazało się, że niektórzy więźniowie są uwięzieni ze względu na swój gatunek, a także społeczne nieporozumienia wokół nich.

Voyager napotyka pokoleniowy statek klingoński. Kiedy załoga statku przesyła się do Voyagera po eksplozji rdzenia osnowy, wierzą, że albo B'Elanna, albo jej dziecko jest ich zbawicielem, jak przewidują ich religijne zwoje i proroctwa.

Voyager zostaje wciągnięty w pustą warstwę podprzestrzeni, w której statki są zmuszane do atakowania się nawzajem i kradną zapasy w celu przeżycia. Jedyną nadzieją Voyager na przetrwanie jest tworzenie sojuszy z innymi statkami, które chcą uciec przed "Pustką".

Załoga Voyagera wykonuje swoje normalne życie jako robotnicy na przemysłowej planecie zwanej Quarra, całkowicie nieświadomi swojego czasu na Voyagerze lub jego sytuacji w Kwadrancie Delta. Chakotay, Kim i Neelix, wracają z misji handlowej na DeltaFlayerze, by znaleźć statek opuszczony i dryfujący w mgławicy, na pokładzie znajduje się tylko Doktor. Doktor informuje ich, że statek wpadł w pułapkę, która zmusiła ich do porzucenia statku w kapsułach ratunkowych, umożliwiając ich schwytanie. Doktor od tego czasu nic nie słyszał. Po przybyciu pod przykrywką na planetę, Chakotay, Kim, Neelix i Doktor muszą teraz znaleźć sposób, aby znaleźć załogę i przywrócić wspomnienia, unikając lokalnych władz, które odkryły ich plan.

Chakotay musi przekonać Janeway i pozostałych członków załogi z poprzednich wcieleń na pokładzie Voyagera. Sprawy są skomplikowane, gdy Chakotay jest narażony i wzięty na przesłuchanie.

Kiedy Seven próbuje doskonalić swoje umiejętności społeczne na holodeku, jej hobby szybko staje się obsesją, co prowadzi ją do zaniedbania obowiązków, stawiając Voyagera w wielkim niebezpieczeństwie.

Q umieszcza swojego syna pod opieką kapitan Janeway na tydzień, mając nadzieję, że będzie mogła nauczyć go poczucia dyscypliny. Jednak jego moc i lekkomyślność zagrażają załodze i sprawdzają cierpliwość Janeway.

Ustanowiono sposób bezpośredniej komunikacji z Voyagerem, umożliwiając każdemu członkowi załogi rozmowę z rodziną i przyjaciółmi. Doktor wysyła holo-powieść do publikacji w oparciu o zaginiony statek kosmiczny z lekarzem, który traktowany jest jak niewolnik, co wywołuje kontrowersje wśród członków załogi.

Przy regularnej łączności z Kwadrancie Alfa ustanowionym, Gwiezdna Flota wysyła misję do Voyagera: odzyskuje sondę z 21-tego Century wysłaną z Ziemi, zwaną "Friendship One". Jednak sonda została zmodyfikowana przez gatunek z Kwadrantu Delta, a zmiany mogły nie nastąpić na lepsze.

Chakotay i Siedem z Dziewięciu zostają pozostawieni osamotnieni na obcej planecie, gdy uderzą w planetę zamieszkałą przez prymitywne plemiona. Voyager nie może znaleźć ich przez tajemniczą barierę energetyczną wokół nich.

Kiedy Voyager odkrywa osadę Talaxian na asteroidzie uwięzionym w konflikcie przemysłowym, załoga zarządza znalezieniem nowego domu dla ludności. Kiedy zbrojny konflikt między operacjami wydobywczymi i ponownie osiadłymi Talaxianami wybucha, Neelix otrzymuje szansę nowego życia z dala od Voyagera w kolonii.

Po dziesięcioleci podróży do kwadratu alfa, Admirał Kathryn Janeway odważnie podejmuje decyzję o zmianie przeszłości, próbując zniwelować poświęcenie poniesione przez załogę podczas ich żmudnej podróży do domu. To jest ostatni odcinek serii.