Unimatrix Zero, una sorta di centro di recupero per droni borg affetti da problemi d'individualità, è sotto attacco da parte della Regina Borg, che vuole vedere Unimatrix distrutta a tutti i costi. Nel frattempo Janeway, B'Elanna e Tuvok, vestendo i panni di droni borg, cercano d'infiltrarsi nella Collettività. La Regina, nel tentativo di distruggere Janeway e Unimatrix, è disposta a sacrificare l'intera razza borg.

Sette di Nove è inspiegabilmente sopraffatta da alcune emozioni quando tre dei quattro bambini borg lasciano la Voyager, ma il dottore le conferma che è vittima di un malfunzionamento dei suoi impianti oculari. Il giovane borg rimasto a bordo, Icheb, decide di voler intraprendere gli studi all'Accademia della Flotta. Nel frattempo Sette accusa disturbi sempre di maggiore entità ed è necessaria una sostituzione di alcuni impianti. L'unica persona a poterli fornire è il giovane Icheb.

Mentre Paris e Kim compiono dei test di funzionalità sul nuovo Delta Flyer, entrano in contatto con Irina, un misterioso pilota di navette che li sfida ad una gara di velocità. Incredibilmente gli ufficiali della Flotta rimangono implicati in una gara tra quattro concorrenti, che rappresentano quattro diverse culture, con in palio la pace in quell'area di spazio. Ma purtroppo la corsa è truccata

I Maquis a bordo della Voyager sembrano preda di attacchi incontrollabili di violenza. Mentre la sicurezza a bordo della nave vacilla, Tuvok cerca d'investigare non trovando, però, alcuna motivazione logica al comportamento dei Maquis. Ma presto la verità emerge

Il programma del Dottore Olografico viene rubato dalla Voyager e installato su una immensa nave ospedale. Mentre Janeway cerca di recuperare il membro del suo equipaggio, il Dottore si adopera per migliorare le condizioni dei pazienti nella nave ospedale, cercando anche di riaffermare quei valori etici e morali di cui i dottori della Flotta vanno fieri.

Nel consueto file di posta che la Voyager riceve dal Quadrante Alfa è questa volta incluso un ologramma di Barclay, che spiega all'equipaggio un nuovo piano per facilitare il loro ritorno a casa. Il piano sembra molto pericoloso ma garantirebbe un rientro nello spazio federale in pochi giorni. L'ologramma convince l'equipaggio mentre al quartier generale il reale Barclay non è a conoscenza dell'esistenza del suo ologramma.

Mentre eseguono alcuni test funzionali sul nuovo Delta Flyer, Sette, Kim e il Dottore vengono attaccati da una razza sconosciuta che vede i 'fotonici' (gli ologrammi come il Dottore) come propri mortali nemici. Per salvarsi il Dottore scarica il proprio programma nei circuiti borg di Sette e ne prende involontariamente il controllo. Per poter sopravvivere il Dottore deve così cercare di comportarsi come Sette di Nove.

Durante una missione esplorativa alla ricerca di dilitio, Kim, Sette e Neelix, a bordo del Delta Flyer, si trovano in mezzo a un conflitto tra due razze locali. L'equipaggio di una nave aliena, vedendo la perizia di Kim in combattimento, propone al guardiamarina di assumere il comando del proprio vascello e di rimanere a combattere con loro. Kim si trova così combattuto tra realizzare il sogno di diventare un Capitano o rimanere leale ai suoi amici.

La Voyager risponde ad una chiamata di soccorso di un complesso di addestramento Hirogen, scoprendo che la tecnologia olografica data loro dal Capitano Janeway si è in realtà 'ribellata' facendo strage degli alieni. Gli ologrammi che impersonavano le prede hanno infatti guadagnato una sorta di autocoscienza e sono diventati essi stessi cacciatori. Gli stessi ologrammi sono ora motivati da una forma di ribellione e di sentimento di libertà contro la schiavitù imposta loro dagli 'organici'. Entrati in contatto con la Voyager gli ologrammi cercano di liberare il Dottore da quella che loro reputano la sua schiavitù. Il Dottore è molto combattuto tra la lealtà alla Voyager e al suo equipaggio e la nuova famiglia di suoi simili da poco guadagnata, ma alla fine passa dalla parte degli ologrammi e si schiera contro gli Hirogeni e la Voyager, arrivando a rivelare agli ologrammi dei dati essenziali per poter distruggere la nave federale.

La Voyager risponde ad una chiamata di soccorso di un complesso di addestramento Hirogen, scoprendo che la tecnologia olografica data loro dal Capitano Janeway si è in realtà 'ribellata' facendo strage degli alieni. Gli ologrammi che impersonavano le prede hanno infatti guadagnato una sorta di autocoscienza e sono diventati essi stessi cacciatori. Gli stessi ologrammi sono ora motivati da una forma di ribellione e di sentimento di libertà contro la schiavitù imposta loro dagli 'organici'. Entrati in contatto con la Voyager gli ologrammi cercano di liberare il Dottore da quella che loro reputano la sua schiavitù. Il Dottore è molto combattuto tra la lealtà alla Voyager e al suo equipaggio e la nuova famiglia di suoi simili da poco guadagnata, ma alla fine passa dalla parte degli ologrammi e si schiera contro gli Hirogeni e la Voyager, arrivando a rivelare agli ologrammi dei dati essenziali per poter distruggere la nave federale.

Un'anomalia temporale colpisce la Voyager frammentando il tempo a bordo della nave e facendo vivere all'equipaggio diversi momenti temporali in diversi ambienti della nave. Chakotay sembra essere l'unico a poter passare indenne da un tempo ad un altro e, con l'aiuto di un siero cronotonico creato dal Dottore e di alcuni membri dell'equipaggio del passato e del futuro, riuscirà a portare il tutto ancora una volta alla normalità.

Data Stellare 54452.6. Tom Paris e B'Elanna Torres arrivano a un punto nella loro relazione in cui devono prendere delle decisioni importanti e B'Elanna si trova ad affrontare il proprio passato. Quando era giovane, infatti, B'Elanna e suo padre parteciparono ad un campeggio ma successe qualcosa che ora potrebbe incrinare per sempre il rapporto con Paris e neanche la tecnologia potrà venire in suo aiuto!

Data Stellare 54474.6. L'equipaggio della Voyager presta soccorso ad una nave in pessime condizioni adibita al trasporto di alcuni condannati a morte e si trova costretta ad accogliere a bordo i suoi passeggeri. In seguito alle indagini di Sette e del Dottore, il Capitano Janeway si troverà a dover decidere se seguire il suo senso di giustizia o la Prima Direttiva mettendo in gioco la salvezza della nave.

Data Stellare 54518.2. Molte generazioni fa, una nave da guerra klingon lasciò il proprio pianeta natio alla volta dello spazio inesplorato. Oggi i discendenti di quei guerrieri incontrano la U.S.S. Voyager. Il Capitano Janeway si troverà a dover convincere i Klingon dei nuovi rapporti tra l'Impero e la Federazione e, in conseguenza alla distruzione della loro nave, dovrà accogliere i 200 membri dell'equipaggio sulla Voyager.

Data Stellare 54553.4. La Voyager si trova imprigionata in una regione di spazio completamente buia e vuota... senza via di fuga. L'unica speranza è depredare le altre navi che si trovano ad incappare in questa strana bolla di 'vuoto'. Il Capitano dovrà venire a patti con se stessa e decidere se seguire i giusti principi della Flotta o se applicare la proverbiale regola che vuole che 'il fine giustifica i mezzi' e diventare un predatore per sopravvivere.

Quando Chakotay, Harry Kim e Neelix tentano di tornare verso la Voyager dopo una missione di scambi commerciali, scoprono che la nave non si trova al punto di incontro prestabilito. Nel frattempo, il resto dell'equipaggio della nave si trova su un pianeta molto distante impegnato in una nuova carriera: sconosciuti gli uni agli altri, gli ex membri della Voyager sono impiegati in una gigantesca forza lavoro di tipo industriale per conto dei Quarren.

Dopo che gran parte dell'equipaggio è stato sottoposto ad un profondo lavaggio del cervello da parte dei Quarren, Chakotay, Harry Kim, Neelix e il Dottore pensano come ripristinare la situazione e riprendere il viaggio, benché si rendano conto che i numeri non depongono a loro favore.

La Voyager penetra una regione di spazio utilizzata come area di test di armamenti a lungo raggio da una razza aliena. La nave è quindi nelle mani dei sistemi sensori a lungo raggio sviluppati da Sette di Nove, gli unici sistemi che consentono di evitare le armi aliene. Sette di Nove, è però impegnata in un esperimento personale che potrebbe cambiare radicalmente i suoi rapporti con il resto dell'equipaggio.

Il lavoro di genitore non è impresa da poco, nemmeno per un Q. Dal momento che il Janeway e tutto l'equipaggio della Voyager hanno avuto un ruolo così decisivo per la nascita di suo figlio, Q decide che tocca a Zia Kathy mostrare a suo figlio alcune delle virtù più nobili. Benché all'apparenza sembri un normale adulto, il giovane Q si dimostra ancora più difficile da gestire del padre e, con i suoi poteri, la gestione di un essere simile non è solamente impossibile, ma anche molto pericolosa.

Ora che sono state stabilite comunicazioni regolari tra la Federazione e la Voyager, la Flotta Stellare ha una missione per la Voyager: localizzare e recuperare la sonda Friendship One, lanciata 2067 appena dopo la scoperta della propulsione warp, che, secondo i calcoli della Flotta, si dovrebbe trovare nelle vicinanze dell'astronave. Mentre i calcoli della Flotta si rivelano esatti, nessuno ha potuto prevedere il destino della sonda una volta che una civiltà del quadrante delta l'ha recuperata.

Chakotay e Sette di Nove sono intrappolati in una tribù di alieni primitivi in quanto il loro shuttle ha incontrato una barriera di energia che impedisce ai loro compagni di localizzarli e soccorrerli. L'unica soluzione possibile sembra essere quella di violare la Prima Direttiva e contaminare la cultura primitiva in cui si trovano. Nel frattempo Paris, a causa della sua guida spericolata, viene condannato dagli alieni che abitano la parte tecnologicamente avanzata del pianeta a prendere delle lezioni di volo.

Quando la Voyager si imbatte in un asteroide abitato, Neelix è stupefatto di trovare una comunità di Talaxiani che lottano per sopravvivere contro degli oppressori mercenari che vorrebbero utilizzare l'asteroide come fonte di minerali. Toccherà a Neelix infondere coraggio e ai propri simili perché combattano contro agli oppressori per mantenere ciò che appartiene loro.

Di ritorno da una missione nello spazio profondo, Janeway stupisce Chakotay quando annuncia che accetta il ricatto degli R'Kaal e decide di cedere loro il nucleo a curvatura della Voyager. Il fatto che il capitano rinuncia ad una parte fondamentale della nave senza nemmeno combattere insospettisce Chakotay, che chiede aiuto al Dottore, ma questi risponde che il Capitano è perfettamente sano di mente. Chackotay, dapprima scettico, trova ulteriori motivi di preoccupazione quando si accorge di altre decisioni prese dal Capitano.

Sono passati 23 anni da quando la Voyager è riuscita a tornare a casa, e la vita dei membri del suo equipaggio è assai cambiata, nel bene o nel male. Janeway è diventata ammiraglio, Harry Kim ha ottenuto i gradi di capitano, il Dottore si è sposato ed ora ha anche un nome (Joe, il nome del padre di sua moglie Lana), la figlia di Tom Paris e B'Elanna (Miral Paris), ormai adulta, è un valente ufficiale della Flotta Stellare. Non a tutti però è andata altrettanto bene: Seven, poco dopo aver sposato Chakotay sulla Voyager, è morta durante una missione prima del ritorno sulla Terra, ed anche il marito ha ormai fatto la stessa fine, mentre Tuvok è rinchiuso in un manicomio e sostiene che Janeway è un impostore...