U zadnjoj epizodi prethodne sezone borgovska kraljica otkriva da neke radilice razvijaju recesivne mutacije koje ih vraćaju u gotovo ljudsko stanje i odluči ih u tome spriječiti. Sedma istodobno sanja prekrasnu šumu prepunu cvijeća u kojoj je ljudi zovu Anika. Budi se s neugodnim osjećajem jer nije navikla sanjati... Sedma sezona nastavlja se drugim dijelom te epizode u kojoj se ekipa Enterprisea mora infiltrirati u kolektivnu svijest Borga kako bi ga potkopala, čak i ako to znači da će zauvijek uništiti Unimatrix Zero.

Rebi i Azan vraćaju se kući i napuštaju posadu Voyagera. Mezoti misli kako mora ostati s djecom i odlazi živjeti s njima. Sedma se nađe u opasnoj situaciji kad se borgovski usatci pokvare i može preživjeti jedino ako ih zamijeni dijelovima žive radilice. Icheb dobrovoljno nudi svoje usatke i podvrgnut je rizičnoj operaciji koja ih oboje može stajati života.

Paris i Kim dobrovoljno se natječu u utrci koja simbolizira mirovni dogovor među četiri zaraćene rase. No, postoje planovi da se utrka sabotira. B'Elanna Torres boji se da se njezina veza s Parisom bliži kraju.

Makiji su žrtve tajanstvenih napada na Voyageru. Tuvok je na čelu ekipe koja istražuje napade i dolazi do začuđujućih otkrića.

S Voyagera je otet doktor i prisiljen je raditi u bolnici u kojoj s pacijentima postupaju prema socijalnom statusu.

Hologram Reginalda Barclaya donosi na Voyager vijesti da brod može stići kući za nekoliko sati kroz umjetno stvoren geodetski nabor. Ipak, posada sumnja na holografskog Barclaya kad se on počne čudno ponašati.

Doktora, Haryja Kima i Sedmu napadaju u delta flyeru jer prevoze hologram kroz Lokirrim što je strogo zabranjeno. Prije nego što ih odvedu u pritvor, Sedma sakrije doktora u svoje kibernetske usatke. Na Voyageru Tuvok ulazi u pon farr.

Voyager je na redovnom održavanju, a Kim, Sedma i Neelix delta flyerom idu u potragu za dilitijem i nađu se usred rata dviju rasa. Primivši poziv u pomoć s oštećenog broda koji tvrdi da je u humanitarnoj misiji, Kim dobiva priliku da prvi put zapovijeda svojim brodom.

Posada Voyagera nailazi na hirogenški logor za trening i otkriva da je hologramska tehnologija koju su dali Hirogenima toliko uznapredovala da su hologrami sada lukaviji i mudriji od svojih lovaca. Banda holograma otima doktora, bježi iz logora i traži od njega da im se pridruži u stvaranju novoga života. Voyager uz pomoć Hirogena ide u potragu za odbjeglim

Voyager bešumno slijedi dva hirogenska broda u potrazi za hologramima. Iden, samozvani šef hologramske bande, smatra sebe spasiteljem i traži da ga štuju kao boga. Doktor i Torres, koju su također oteli, pokušavaju onemogućiti Idenove planove i onesposobiti hologramski brod.

Voyager prolazi blizu prostorne pukotine i Chakotay je ozlijeđen. Nakon zaliječenja ima sposobnost prolaska kroz vremenske pukotine koje se nalaze razbacane po brodu te tako prolazi razne faze Voyagera u proteklih sedam godina.

B'Elanna saznaje da je ostala trudna s Tomom Parisom i da će dijete imati klingonske crte lica te se prisjeća svog djetinjstva kad je prolazila teške trenutke zbog klingonskog nasljeđa.

Posada Voyagera je pred etičkom dilemom kad naiđu na transportni brod pun zatvorenika. Neki od njih su dospjeli u zatvor zbog toga što su određene rase ili zbog pogrešnih mišljenja o njima.

Voyager nailazi na generacijski klingonski brod. Posada prelazi na Voyager nakon eksplozije jezgre warpa i vjeruje da su B'Elanna ili njezino dijete spasitelji koje su najavljivali sveti svici.

Posada Voyagera živi i radi na planetu Quarra nesvjesna Voyagera i situacije u kojoj se našla u kvadrantu Delta. Chakotay, Kim i Neelix vraćaju se s trgovačke misije i nalaze opustjeli brod na kojem je jedina živa duša doktor. Od njega saznaju da se brod našao u zamci, a posada je uhvaćena i odvedena. Otad se više nitko nije javio. Chakotay, Kim i Neelix stižu na Quarru kako bi posadi vratili sjećanje, a istodobno izbjegli istrazi lokalnih vlasti koja zna za njihove namjere.

Chakotay mora uvjeriti kapetanicu Janeway i ostale da su nekada živjeli na Voyageru. Ali netko izda Chakotaya i on je priveden na saslušanje...

Sedma pokušava usavršiti svoje društvene vještine u holodeku, no taj joj hobi postaje opsesija zbog koje zapušta dužnosti na brodu i tako sve dovodi u veliku opasnost...

Q dovodi svog sina kapetanici Janeway na čuvanje na tjedan dana u nadi da će ga naučiti disciplini. Mladi Q dovodi brod u opasnost i stavlja kapetaničinu strpljivost na kušnju.John de Lancie (Q) i Keegan de Lancie (Q2) otac i sin su i u pravom životu, a ne samo u seriji.

Uspostavljena je izravna veza s Voyagerom te posada sada može razgovarati s članovima obitelji i prijateljima. Doktor šalje na tiskanje holo-roman o izgubljenom svemirskom brodu s liječnikom prema kojemu se ponašaju kao prema robu što izaziva uzbunu među posadom.

Komunikacija s brodom je redovita te posada prima i prvu zapovijed - pronaći sondu Friendship 1 koja je u 21. stoljeću poslana sa Zemlje. Ali sondu je promijenila rasa iz kvadranta Alfa, a promjene možda i nisu unaprijedile sondu.

Chakotay i Sedma su se nasukali na nepoznati planet nastanjen primitivnim plemenima. Voyager ih ne može naći zbog tajanstvene energijske barijere koja ih okružuje.

Voyager otkriva naselje Talaksianaca na asteroidu, koje se našlo u industrijskom sukobu. Posada stanovnicima nalazi novi dom, ali kad izbije sukob između njih i rudara, Neelixu se pruži prilika da započne novi život daleko od Voyagera.

Doktor mora glumiti razne članove posade kad kapetanicu Janeway otmu i drže kao taokinju zbog jezgre warpa u Voyageru.

Nakon lutanja koje je trajalo mnoga desetljeća admiralica Kathryn Janeway spremna je na hrabru odluku kojom će promijeniti prošlost kako bi izbrisala sve muke koje je posada proživjela na dugom putovanju kući.

Drugi dio epizode u kojoj, nakon lutanja koje je trajalo mnoga desetljeća, admiralica Kathryn Janeway donosi hrabru odluku kojom će promijeniti prošlost kako bi izbrisala sve muke koje je posada proživjela na dugom putovanju kući.