In een gevecht tegen de effecten van assimilatie haasten Janeway, Tuvok en Torres zich om een nanovirus los te laten in het centrale netwerk, terwijl de Borg koningin wanhopig duizenden van haar eigen soldaten begint te vernietigen.

Wanneer een vitaal onderdeel van de Borg-technologie van Seven of Nine problemen begint te vertonen, moeten haar bemanningsleden een vervangend onderdeel van een dode drone vinden om hun vriendin te redden. Het inbrengen van het nieuwe onderdeel kan echter ook fataal aflopen.

Torres en Paris maken een testvlucht met een nieuwe Delta Flyer. Hierbij worden ze aangeroepen door een piloot die hen overhaalt deel te nemen aan een race. De inzet is helaas veel hoger dan de twee officiers beseffen.

Wanneer verscheidende bemanningsleden besmet worden met een onbekende ziekte, wordt Tuvok gevraagd om onderzoek te doen. Hij ontdekt hierbij dat alle slachtoffers vormalige officiers van de Maquis zijn. Wanneer hij nog dieper graaft, ontdekt de Vulcan een geheim plan om de Starfleet-bemanning te verslaan.

De Doctor wordt ontvoerd en in een buitenaardse medische instelling aan het werk gesteld. Hij ontdekt dat het aangeboden zorgpeil afhankelijk is van de waarde van de patient. Terwijl zijn vrienden naar hem op zoek zijn, gaat de Doctor het gevecht aan met het systeem.

In plaats van het maandelijks bericht uit het Alfa Kwadrant ontvangt Voyager een datastroom die een hologram bevat van Reg Barclay. Hij zet een plan van Starfleet uiteen om de bemanning met hoge snelheid naar huis te brengen.

Harry Kim en Seven worden in het gebied van Lokirrim vastgehouden onder beschuldiging van vervoer van een "fotonische opstandeling". Zonder dat hun overweldigers dit weten, is het programma van de Doctor verborgen in de cybernetische implantaten van Seven waardoor hij de controle heeft over haar lichaam.

Kim komt in een strijd tussen twee rassen tussenbeide. Hierbij ontdekt hij dat de kapitein van een schip gedood is. Nadat hij de tegenstanders gedwongen heefft zich terug te trekken, wordt Kim de funtie van kapitein aangebodenn, totdat de missie van het schip voltooid is.

Wanneer ze reageert op een noodoproep, ontdekt Janeway een holografische trainingvoorziening van de Hirogene. De strijdlustige personages van deze voorziening zijn met mobiele zenders ontsnapt. Voyager neemt deel aan de jacht op een team intelligente, gevaarlijke holografische Starfleet officiers! Wanneer het plan van Voyager om de afvalligen uit te schakelen mislukt, wordt Torres door de hologrammen ontvoerd. Wanneer de Doctor moet kiezen of hij hen wel of niet moet helpen, dwingen de daden van Torres hem ertoe een medehologram te doden.

Wanneer ze reageert op een noodoproep, ontdekt Janeway een holografische trainingvoorziening van de Hirogene. De strijdlustige personages van deze voorziening zijn met mobiele zenders ontsnapt. Voyager neemt deel aan de jacht op een team intelligente, gevaarlijke holografische Starfleet officiers! Wanneer het plan van Voyager om de afvalligen uit te schakelen mislukt, wordt Torres door de hologrammen ontvoerd. Wanneer de Doctor moet kiezen of hij hen wel of niet moet helpen, dwingen de daden van Torres hem ertoe een medehologram te doden.

Wanneer zij hoort dat zij zwanger is, hoort B'Elanna Torres ook dat haar kind lijdt aan een misvorming die door een genetische aanpassing gecorrigeerd kan worden. Deze mogelijkheid werpt de vraag op of Torres haar Klingon genen volledig uit het kind zou moeten laten verwijderen.

Janeway bevrijdt Nygeaanse wachten en hun gevangenen uit een beschadigd schip en ontdekt hierbij dat de gevangenen onderweg waren om geexecuteerd te worden. Wanneer de nanosonders van Seven een moordenaar "genezen", beschouwt de captain hem niet meer als de dezelfde man.

Wanneer de bemanning van een verouderd Klingon schip erachter komt dat Torres zwanger is, beschouwt de bemanning het kind als de ware profeet die op de proef gestelde Klingons naar een nieuw thuis zal leiden.

Voyager wordt naar een volledig zwart gebied in de ruimte gezogen, waaruit nog geen enkel schip ontsnapt is. Voyager wordt belaagd door schepen die overleven door voorraden te stelen van nieuwe schepen die in de Leegte aankomen.

Op de planeet Quarra heeft de bemanning van Voyager nieuwe levens ontdekt, die in verschillende rollen in de industriele maatschappij werken. Vreemd genoeg herinnert niemand van hen zich hun tijd aan boord van Voyager.

Wanneer Voyager wordt aangevallen door patrouilleschepen van Quarra, duikt Chakotay onder op de planeet om zijn ongelovige collega's uit hun nieuwe bestaan los te breken.

Wanneer Seven haar sociale vaardigheden op het holodeck oefent, merkt ze dat ze minder aandacht besteed aan haar taken, naarmate ze steeds meer geobsedeerd wordt door haar fantasieleven en haar nieuwe vriend, een holografische Chakotay.

Q verschijnt weer op Voyager met zijn supermachtige tienerzoon, Q2 die uit het Continuum dreigt te worden verstoten als hij niet leert zich te gedragen. Q dringt zijn zoon aan Janeway op en vraagt haar Q2 te helpen zijn gedrag te veranderen.

De holo-roman "Photons Be Free" van de Doctor veroorzaakt enige consternatie, wanneer blijkt dat de personages zijn gebaseerd op bemanningsleden van Voyager die ook nog overdreven en weinig flatteus worden voorgesteld. Tot ergernis van Starfleet is het werk al gepubliceerd op Aarde.

Voyager wordt uitgestuurd om "Friendship One" op te pikken, een sonde die driehonderd jaar eerder naar hun sector van de ruimte gelanceerd was. Wanneer ze de sonde vinden, valt het expeditieteam in een hinderlaag van zieke plaatselijke bewoners, die Voyager verantwoordelijk houden voor hun lot.

Wanneer hun shuttle neerstort op een door een geheimzinnig energieveld beschermde planeet, worden Chakotay en Seven verzorgd door een stam van primitieve mensachtigen. Wanneer Janeway de twee redt, moet zij beslissen of zij het energieveld vernietigt dat ervoor zorgt dat de primitieve mensen zich niet verder ontwikkelen.

Neelix vindt een Talaxiaanse kolonie die hulp nodig heeft bij de onderhandelingen met een groep mijnwerkers. Hij raakt zo gehecht aan zijn mede Talaxianen dat hij overweegt om bij hen te blijven en Voyager definitief te verlaten.

Wanneer Janeway door aliens gevangen gehouden wordt, is de Doctor gedwongen zijn mede-bemanningsleden te bedriegen door zich voor te doen als de captain. Wanneer echter steeds meer bemanningsleden de truc doorzien, neem de Doctor meer rollen aan.

Tien jaar na de triomfantelijke terugkeer van Voyager na drieentwintig jaar in het Delta Kwadrant, koestert Janeway een plan om terug te reizen in de tijd om de loop van de geschiedenis te veranderen. Hiervoor moet zij achterdochtige Klingon handelaren overbluffen, de Borg-koningin uitdagen en een jongere, meer uitbundige Kathryn Janeway aanstellen, die de aandacht van haar oudere zelf niet waardeert!