Die Crew der Voyager muss einen Weg finden Captain Janeway und Seven of Nine zu retten.

Seven of Nine entdeckt, dass sie in der Vergangenheit bereits schon einmal zusammen mit ein paar anderen aus dem Kollektiv befreit wurde und für ihre erneute Assimilation verantwortlich war. Diese Anderen möchten nun zu ihrer Individualität zurückkehren, aber es kann Sie das Leben kosten, genauso wie Seven. (Sternzeit: 53049,2)

Während einer Nahtoderfahrung befindet sich B'Elanna an Bord der klingonischen Barke der Toten, einem Spektralschiff, das unwürdige Seelen nach Grethnor transportiert. Nachdem sie ihre Mutter dort gesehen hat, riskiert B'Elanna ihr Leben, um zurück zu gehen und die Seele ihrer Mutter vor diesem Schicksal zu retten, selbst auf Kosten ihrer eigenen.

Tom Paris überredet Chakotay, ihm zu gestatten, auf einem Schrottplatz ein Shuttle zu kaufen. Während der Reparatur beginnt das Shuttle mit dem Namen 'Alice' die Kontrolle über Toms Verstand zu erlangen.

Tuvok wird von einer geheimnisvollen Rasse, die versucht sich zu verstecken, mit einer Energiewaffe angegriffen, die ihn traumatisiert und einen neurologischen Schaden verursacht. Bald beginnt er Gefühle zu erleben, die er noch nie hatte. Die Crew muss die fremde Rasse finden, um Tuvok helfen zu können.

Das Schiff gerät in Gefahr, als es von einer als Turei bekannten Territorialrasse angegriffen wird. Während die Voyager sich auf einem Planeten befindet, versucht Captain Janeway, sich mit seinen Einwohnern, dem Vaadwaur, zu verbünden. Sie beginnt jedoch bald zu glauben, dass der Vaadwaur eine größere Bedrohung darstellt als der andere Feind im Orbit.

Die Voyager sucht nach einem lange verlorenen Mars-Raumschiff, welches durch eine Raumanomalie bis in den Deltaquadranten geraten ist.

Eine durch zu viele Daten überlastete Seven of Nine verbreitet Gerüchte über Meuterei und Aufstand, als das Schiff einem außerirdischen Fremden begegnet. Der Fremnde verfügt über eine Technologie, die das Schiff um Lichtjahre näher nach Hause katapultieren und die Reise um Jahre verkürzen kann.

Ein besessener Barclay versucht einen Weg zu finden, um mit dem Raumschiff Voyager unter Verwendung eines künstlich erzeugten Mikrowurmlochs zu kommunizieren. Er ist so engagiert, dass er die Hilfe von Counsellor Troi benötigt, um die Realität im Griff zu behalten.

Während sich die Crew in einem von Tom Paris kreierten Holo-Programm in einem irischen Dorf mit dem Namen "Fair Haven" ausruht, verguckt sich Captain Janeway in eine hübsche Holo-Figur, die speziell für sie entworfen wurde. Eine tödliche Neutrino-Welle, die sich der Voyager nähert, bringt die Feierlichkeiten allerdings zum Stehen, da sich diese Welle als gefährlicher erweisen könnte, als sie sich zuerst vorgestellt hatte.

Die Voyager wird zum Ziel einer Gesellschaft, an deren Entstehung sie in kurzer Zeit unabsichtlich mitgewirkt hat.

Als das Gesangstalent des Doktors von einem technologisch überlegenen Volk entdeckt wird, führt seine neu entdeckte Popularität dazu, dass er seinen Rücktritt einreicht, um bei seinen Millionen begeisterten Fans auf der fremden Welt zu bleiben.

Die Crew der Voyager erlebt lebendige Erinnerungen und Träume von einer Schlacht, an die sie sich nicht erinnern können, mit einem Feind, dem sie noch nie begegnet sind.

Seven of Nine wird zu einem Wettkampf um ihr Leben gezwungen, das als "Tsunkatse" bekannt ist, nachdem sie und Tuvok vom Delta-Flyer entführt wurden. Als sie sich weigert zu kämpfen, wird Tuvok die medizinische Hilfe für seine tödlichen Verletzungen verweigert, die er durch die Entführung erlitt.

Borg-Kinder, die von den Borg als unwürdige Drohnen abgelehnt wurden, entführen Chakotay, Kim, Neelix und Paris.

Die Bewohner der Holo-Stadt Fair Haven vermuten, dass die Crew der Voyager mystische Kräfte besitzt, als sie Zeuge ihrer futuristischen Technologie werden.

Fähnrich Lindsay Ballard kehrt zu Voyager zurück, nachdem sie während einer vorangegangenen Aussenmission getötet wurde. Eine außerirdische Rasse, die als Kobali bekannt ist und deren einzige Fortpflanzungsmethode die „Auferstehung“ der Toten durch Gentechnik ist, hatte sie wiederbelebt und sie als neues Mitglied ihrer Rasse aufgenommen. Als das volle Ausmaß ihrer neuen Kobali-Gene aktiviert ist, erreicht sie einen Punkt, an dem sie zwischen ihrem alten Zuhause auf dem Schiff oder ihrem neuen Zuhause bei ihrer Adoptivfamilie Kobali wählen muss.

Ichebs Eltern werden gefunden und wollen ihren Sohn gerne wieder bei sich haben. Icheb ist erst skeptisch, weil die Lebensart auf seiner Heimat im Vergleich zur Voyager sehr einfach zu sein scheint. Auch Seven widerstrebt der Gedanke Icheb gehen zu lassen, aber die Familienbande werden stärker. Es gibt jedoch ein dunkles Geheimnis im Zusammenhang mit Ichebs Assimilation, das zu einer Überraschenden Wendung führt.

Captain Janeway nimmt drei Besatzungsmitglieder mit schlechten Leistungsbewertungen auf eine einfache Aussenmission im Delta Flyer mit, um sie auf die Standards der Sternenflotte zu bringen. Eine unerwartete Kollision mit einem Dunkle-Materie-Kometen bringt die Besatzung jedoch in eine gefährliche Situation.

Eine Gruppe von Trickbetrügern verkörpern Captain Janeway und die Crew der Voyager. Die Crew muss die Betrüger bald finden, sonst werden sie für die Verbrechen der Betrüger bestraft.

Eine außerirdische Dichterin auf einem rückständigen Planeten entdeckt die bewusstlose B'Elanna Torres nach ihrer Bruchlandung im Delta Flyer. Die Dichterin beabsichtigt jedoch, sie in einem Spiel zu verwenden, das auf ihrem Leben auf der Voyager basiert, um Gunst bei seinem Kriegsherrn zu gewinnen.

Kes kehrt voller Wut zur Voyager zurück und macht Captain Janeway für ihre Vergangenheit verantwortlich. Mit ihren erweiterten Ocampa-Kräften reist sie durch die Zeit, um die Crew den Vidiianern zu übergeben.

Eine Neuigkeit erreicht die Voyager durch das laufende Pfadfinder-Projekt, dass der Schöpfer des Doktors, Lewis Zimmerman, schwer krank ist. In einem Versuch, sein Leben zu retten, wird das Programm des Doktors in den Alpha-Quadranten übertragen, aber sobald er dort ist, stellt sich heraus, dass Zimmerman nicht von einem "veralteten" MHN-Programm untersucht werden möchte.

Als die Voyager auf technische Probleme stößt, hält Neelix die Borg-Kinder bei Laune, indem er die Geschichte eines Abenteuers erzählt, das die Crew vor einigen Monaten mit dem Geist, der auf Deck zwölf lebt, erlebte.

Seven of Nine wird an einen Ort geführt, der als Unimatrix Zero bekannt ist. Ein Ort, an dem Borg-Drohnen während ihrer Regeneration für kurze Zeit Individuen sind. Sobald die Regeneration abgeschlossen ist, werden alle Erinnerungen an das Ereignis gelöscht. Captain Janeway verwendet dies, um einen Angriffsplan zu erstellen, der eine Meuterei innerhalb des Kollektivs hervorruft.