Alcuni alieni, appartenenti alla stessa razza di quelli utilizzati dalla U.S.S. Equinox come carburante, fanno irruzione sulla plancia della Voyager passando attraverso fessure subspaziali, e attaccano i membri dell'equipaggio con il loro tocco fatale. Janeway riesce a chiudere tutte le fessure e impedire l'ingresso di altri alieni, ma l'attacco ha causato molte perdite e anche Chakotay è gravemente ferito. La Voyager si lancia immediatamente all'inseguimento della Equinox, la quale, grazie all'intervento di Sette di Nove, è impossibilitata ad utilizzare i suoi motori a curvatura modificati. Il Capitano Ransom disattiva le subroutine etiche del Dottore Olografico della Voyager per poterlo costringere ad estrarre dalla memoria di Sette di Nove i codici necessari per sbloccare il sistema di propulsione a curvatura. Quando Janeway cattura uno dei membri dell'equipaggio di Ransom e cerca di estorcergli informazioni minacciando di lasciarlo in balia degli alieni subspaziali, Chakotay reagisce con tale insistenza da costringere Janeway a sospenderlo dal servizio.

La U.S.S. Voyager è attraccata a una stazione spaziale e Janeway ne approfitta per concedere una licenza di sbarco all'equipaggio, permettendo anche ad alcuni ospiti di visitare la nave federale. La piccola Naomi Wildman convince una riluttante Sette di Nove ad accompagnarla nella Sala Mensa, affollata di visitatori, per un pranzo insieme. Improvvisamente, un uomo con diverse cicatrici sul volto si avvicina al loro tavolo, mostrando un contenitore nel cui interno vi sono alcuni relay sinaptici borg. Sette di Nove li riconosce immediatamente come appartenenti alla sua unimatrice originale. Dopo averli acquistati, li fa esaminare da B'Elanna, che non vi riscontra caratteristiche insolite, nonostante alla loro vista Sette di Nove sia stata travolta da un flusso di immagini e suoni provenienti dal suo passato di Borg. Nel frattempo, l'uomo dalle cicatrici comunica telepaticamente, a una donna che si trova nella sezione ingegneria della nave, di essere riuscito a consegnare i relay e che la fase due del loro piano è stata completata...

La navetta di B'Elanna Torres, gravemente danneggiata da una tempesta ionica, riesce a malapena a rientrare nell'hangar della U.S.S. Voyager. Chakotay mostra a B'Elanna ciò che è stato ritrovato conficcato in una delle gondole di curvatura della navetta: un manufatto, apparentemente molto antico, che mostra chiaramente uno stemma klingon. Rimasta sola, B'Elanna nota con stupore che il manufatto ha cominciato a sanguinare, mentre la stanza si riempie di voci che urlano frasi klingon. Le analisi sull'oggetto non rivelano però nulla di insolito. Tuvok, durante una seduta di meditazione, afferma che il manufatto ha solo agito da catalizzatore per far riemergere dal subconscio di B'Elanna l'odio represso per la sua parte klingon. Quando la ragazza mostra di non condividere questa ipotesi, Tuvok tenta di provocarla, finendo per ferirla lievemente con una bat'leth. Di fronte all'autocontrollo di Torres, Tuvok incredibilmente reagisce come ci si aspetterebbe da un Klingon, congedandola con disprezzo e dicendole di andarsene via con il suo disonore.

L'equipaggio della U.S.S. Voyager assiste deliziato ad una performance canora del Dottore Olografico, che si esibisce in una superba interpretazione de La donna è mobile. Tuvok, impazzito per il Pon Farr, tiene in ostaggio alcuni membri dell'equipaggio brandendo pericolosamente un phaser, ma il coraggioso Dottore riesce a risolvere brillantemente la situazione. Tutte le donne dell'equipaggio, da Sette di Nove alla stessa Janeway, lo adorano, arrivando addirittura a scene di gelosia per lui. Poco dopo, il neo promosso Comandante Olografico di Emergenza riesce a salvare la nave e l'equipaggio, assumendo il controllo della Voyager durante l'attacco di una minacciosa Sfera Borg. Non siamo in un universo parallelo, semplicemente il Dottore Olografico ha sviluppato la tendenza a sognare ad occhi aperti. All'interno di una piccola nave nascosta in una vicina nebulosa, alcuni alieni sono riusciti ad interfacciarsi con il computer principale della Voyager, e osservano con interesse i sogni del Dottore Olografico credendo che siano avvenimenti reali!

La U.S.S. Voyager si imbatte in un venditore di navi stellari in disuso, un alieno di nome Abaddon, che invita l'equipaggio a visionare la sua merce. Tom Paris trova una vecchia navetta arrugginita e se ne innamora all'istante. Con l'aiuto di Harry Kim, e dopo molte ore di lavoro, Paris riesce a rimettere in sesto la navetta e la ribattezza Alice. La navetta ha un sistema di guida a interfaccia neurogenica, che rende la nave e il suo pilota un'unica entità. Dopo aver collaudato l'interfaccia, Tom risente di alcuni strani effetti collaterali: la sua ossessione per la navetta cresce di giorno in giorno, e quando Chakotay gli nega il permesso di prendere alcune parti meccaniche di ricambio per completare le riparazioni di Alice, Tom decide di rubarle. Alice sembra effettivamente possedere una coscienza propria e, volendo Paris tutto per sé, cerca di convincerlo a lasciare la Voyager insieme a lei.

Dopo una missione diplomatica sul pianeta Kesat, Tuvok e Neelix sono diretti verso la Voyager a bordo della Delta Flyer. Il viaggio è lungo, e Neelix cerca in tutti i modi di fare un po' di conversazione con l'impassibile Vulcaniano, il quale invece preferisce rilassarsi in silenzio. Ritiratosi nel retro della navetta, mentre esamina alcune insolite letture del tricorder Tuvok viene attaccato da una strana entità, e riporta gravi danni neurologici. Sulla Voyager giunge un investigatore kesat, di nome Naroq. Egli è convinto che Tuvok sia stato attaccato dai Ba'Neth, una specie paranoica e xenofoba il cui unico pensiero è quello di nascondere la propria identità. Nessuno ha mai effettivamente visto uno di questi alieni e, ufficialmente, per il governo kesat i Ba'Neth non esistono. Tuvok aveva probabilmente individuato una delle loro frequenze di occultamento segrete e gli alieni gli hanno impedito di rivelare ciò che aveva scoperto.

La U.S.S. Voyager viene accidentalmente trascinata in un corridoio subspaziale, ove viene attaccata da una nave dei Turei, i quali reclamano quel dominio subspaziale come loro proprietà. La nave federale subisce ingenti danni, e Sette di Nove suggerisce di raggiungere un pianeta nelle vicinanze, apparentemente disabitato, la cui atmosfera risulta essere carica di particelle radiogeniche. Le navi nemiche rinunciano all'inseguimento. La superficie del pianeta mostra i segni di un bombardamento termonucleare, risalente a circa 900 anni prima. Una squadra di sbarco, guidata da Janeway, individua dei deboli segni di vita provenienti dal sottosuolo, ove vengono trovate alcune centinaia di camere di stasi contenenti gli ultimi sopravvissuti della razza dei Vaadwaur. Dopo aver riportato in vita Gedrin, uno dei sopravvissuti, Janeway apprende che i corridoi subspaziali sono stati in realtà creati dai Vaadwaur. I Turei localizzano la Voyager e danno inizio ad un nuovo bombardamento. Gedrin chiede quindi a Janeway di aiutare lui e gli altri sopravvissuti a lasciare il pianeta, permettendo in cambio alla Voyager di utilizzare il sistema di corridoi subspaziali per avvicinarsi al Quadrante Alfa.

Una potentissima emissione di energia subspaziale, nota nei database della Flotta Stellare come 'ellisse di gravitoni', viene avvistata dalla U.S.S. Voyager. Questa anomalia spaziale è stata già avvistata diverse volte in passato, ed è responsabile della scomparsa del modulo di comando della Aries Four e del suo pilota nel 2032, in una delle prime missioni su Marte con uomini a bordo. Sette di Nove e Tuvok individuano un nucleo stabile all'interno dell'anomalia, una sorta di occhio del ciclone nel quale si trova il relitto di un veicolo spaziale proveniente dal Settore 001, quello della Terra. Viene organizzata una squadra esplorativa che, a bordo della Delta Flyer, avrà il compito di localizzare e recuperare il relitto. Tom Paris e Chakotay sono entusiasti, mentre Sette di Nove, la cui conoscenza dei precedenti tentativi dei Borg di penetrare nell'ellisse di gravitoni è necessaria al buon esito della missione, è riluttante all'idea di rischiare la vita per un compito che potrebbe essere svolto anche da una sonda automatica. Il tempo massimo a disposizione per la missione è di 16 ore, dopodiché l'anomalia scomparirà nuovamente nel subspazio.

Sette di Nove modifica la sua cella di rigenerazione borg aggiungendo una sottounità di elaborazione corticale, che le permetterà di scaricare ed assimilare l'intero database della Voyager. Sfortunatamente, il sovraccarico di informazioni provoca strani effetti nella ex-Borg, che la portano, tra l'altro, ad accusare Neelix di aver indirettamente provocato dei danni ai sensori della nave portando a bordo delle spezie infestate da 'pulci fotoniche'. Nel frattempo, la Voyager si imbatte in un alieno di nome Cash, impegnato nelle riparazioni di una 'catapulta nello spazio nullo', un dispositivo che può far superare ad una nave migliaia di anni luce in pochi secondi. L'equipaggio accetta di aiutare Cash nelle riparazioni in cambio dell'utilizzo della catapulta, ma l'alieno chiede agli uomini della Flotta Stellare di non teletrasportarsi a bordo, temendo un'instabilità del nucleo energetico della catapulta. Sette di Nove inizia a sospettare che Cash stia per attirarli in una trappola, notando delle somiglianze tra la tecnologia del dispositivo e quella utilizzata dal Guardiano, l'essere che ha trascinato la Voyager nel Quadrante Delta.

L'ex ingegnere della U.S.S. Enterprise Reginald Barclay è stato assegnato al progetto Pathfinder, istituito per cercare di localizzare la U.S.S. Voyager e di riportarla nel Quadrante Alfa. Col passare del tempo, Barclay ha sviluppato una vera e propria ossessione per la vicenda, ed è costretto a chiedere aiuto al Consigliere Deanna Troi. Quando il suo progetto di utilizzare un raggio tachionico contro una pulsar itinerante per creare un tunnel spaziale artificiale attraverso il quale istradare una comunicazione bidirezionale con la Voyager viene bocciato dal suo superiore, il Comandante Harkins, Barclay decide di passare un po' di tempo nella simulazione olografica della sala mensa della Voyager, in cerca di ispirazione in vista del colloquio del giorno successivo, nel quale dovrà convincere l'Ammiraglio Paris in persona della validità del suo progetto. Ma l'ansia di Barclay compromette l'esito del colloquio, e l'ingegnere decide di alleviare la cocente delusione insieme agli amici olografici della Voyager, rischiando così di precipitare nuovamente nell'olodipendenza. (Titolo della versione TV: Pathfinder)

Tom Paris è decisamente soddisfatto della nuova simulazione olografica da lui creata: Fair Haven, una tranquilla e pacifica cittadina nell'Irlanda del XIX secolo. La gente è cordiale e schietta, e il pub di Sullivan è il luogo ideale per rilassarsi dopo uno stressante turno di lavoro sulla plancia della Voyager. Anche il capitano Janeway non può fare a meno di subire il fascino di questo luogo idilliaco, e in particolare di un personaggio olografico di nome Michael. Intanto, un fronte d'onda neutronico di grande potenza probabilmente generato dalla collisione di due stelle di neutroni, sta per investire la U.S.S. Voyager. L'impatto è previsto entro 15 ore, ma le radiazioni generate dall'anomalia interferiscono con il campo di curvatura della nave, consentendo unicamente l'utilizzo dei motori ad impulso. Essendo impossibile allontanarsi in tempo, all'equipaggio della Voyager non rimane che proteggere la nave dalla turbolenza, generando un campo di curvatura inverso, e rimanere in attesa della collisione. Janeway decide di lasciare in funzione la simulazione di Fair Haven 24 ore su 24.

Dopo aver localizzato e raggiunto un insolito pianeta, il quale compie 58 rotazioni al minuto ed ha un comportamento gravitazionale simile a quello di una stella nana collassata, la Voyager rimane intrappolata nella sua orbita. Il pianeta possiede un nucleo di tachioni, il quale produce un campo subspaziale che unisce i suoi due poli. L'arrivo della Voyager ha destabilizzato tale campo, rendendo la nave il terzo polo del pianeta. La situazione peggiora quando si scopre che il nucleo di tachioni ha creato un differenziale spaziotemporale tra il pianeta e lo spazio circostante: per ogni secondo che passa sulla Voyager, sulla superficie è trascorso un giorno. La nave è in trappola: i motori a curvatura sono stati messi fuori uso dalle interferenze subspaziali generate dal nucleo del pianeta. Quando la sua orbita inizierà a decadere, anche la Voyager subirà l'effetto del differenziale, e la vita di Janeway e dell'equipaggio si consumerà in pochi istanti.

La U.S.S. Voyager si imbatte in un vascello Qomariano danneggiato, e offre il proprio aiuto per le riparazioni. Mentre gli uomini della Flotta Stellare incontrano qualche difficoltà nella comprensione dell'avanzatissima tecnologia qomariana, alcuni membri dell'equipaggio alieno, feriti in modo non grave, vengono sottoposti alle cure del Dottore Olografico. Casualmente, i Qomariani ascoltano il Dottore che, intento nei propri compiti, intona un motivetto a mezza voce. Gli alieni sono stupefatti: la loro civiltà, così progredita, non ha mai concepito nulla di simile alla musica. In poco tempo, su Qomar, il Dottore diviene una star canora di fama planetaria. Accompagnato da Harry Kim e il suo gruppo, i Kimtones, i suoi concerti sono visti da centinaia di milioni di Qomariani. Il sistema di comunicazioni della Voyager viene intasato dagli innumerevoli messaggi dei fan del Dottore, e le sue ammiratrici si fanno sempre più audaci e insistenti. Ma una in particolare, Tincoo, cattura il 'cuore' del Dottore, il quale è ormai deciso ad abbandonare la nave per rimanere insieme a lei.

La Delta Flyer, con a bordo Chakotay, Kim, Paris e Neelix, è di ritorno dopo una lunga e faticosa missione di esplorazione con un prezioso carico di dilitio per la U.S.S. Voyager. A bordo, B'Elanna ha una sorpresa per Tom: un televisore stile XIX secolo, assemblato personalmente da lei e munito di telecomando! Paris, deliziato da cartoni animati, telecronache di partite di hockey e spot pubblicitari, viene completamente rapito dall'antico elettrodomestico, finché non vede se stesso sullo schermo nel bel mezzo di un violento conflitto a fuoco, il quale improvvisamente diventa del tutto reale! Tom viene ferito, cade e si risveglia dal suo brutto sogno. Non è il solo ad aver avuto simili esperienze: anche Kim ne è vittima, ma il Dottore nota in lui solo i sintomi di un semplice attacco di ansia. Ben più strana è la sorte di Chakotay e Neelix, tormentati da incubi nei quali si ritrovano coinvolti in una guerra aliena, la stessa per entrambi. Il Dottore scopre però che non si tratta di semplici allucinazioni o sogni, ma di autentici ricordi.

Sul pianeta Norcadia, un cacciatore hirogen e un minaccioso guerriero alieno si affrontano in un violento combattimento corpo a corpo, di fronte ad una platea in delirio: si tratta di un incontro di Tsunkatse, una particolare forma di arti marziali. Tra il pubblico vi sono anche Chakotay e B'Elanna Torres, in licenza di sbarco. Di ritorno sulla Voyager, i due, entusiasti dello spettacolo, convincono Paris, Kim e Neelix ad assistere insieme a loro ad un successivo incontro. Tuvok e Sette di Nove decidono invece di partire a bordo di una navetta per studiare una micro-nebulosa nelle vicinanze. Durante la missione, i due vengono catturati da un vascello alieno e Tuvok resta gravemente ferito. Penk, il comandante della nave aliena, costringe Sette di Nove ad accettare di combattere in un incontro di Tsunkatse in cambio delle necessarie cure mediche per Tuvok. Chakotay, Kim, Paris e Neelix rimangono quindi sconvolti nello scoprire che il match a cui stanno per assistere vedrà Sette di Nove affrontare un pericolosissimo guerriero Pendari.

La Delta Flyer, con a bordo Chakotay, Kim, Paris e Neelix, viene intercettata e catturata da un cubo borg. I quattro si ritrovano in quella che appare essere una camera di assimilazione, in cui giace un drone i cui impianti cibernetici sembrano però essere stati malamente applicati. La U.S.S. Voyager ha nel frattempo raggiunto il cubo borg, il cui sistema di propulsione è fuori uso. Le due navi si affrontano, ma la strategia di combattimento del vascello nemico risulta estremamente confusa e inefficiente, e la nave federale riesce a neutralizzare con facilità gli armamenti del cubo. I droni propongono quindi uno scambio: la vita degli ostaggi in cambio del deflettore navigazionale della Voyager. Janeway non intende però accettare la proposta, consapevole del fatto che i Borg modificheranno il deflettore per contattare il Collettivo, e cerca di guadagnare tempo inviando Sette di Nove a bordo del vascello nemico per assicurarsi che i suoi uomini siano ancora vivi. Qui, la Borg scopre che l'intera nave è governata da soli cinque droni adolescenti.

L'equipaggio della U.S.S. Voyager continua a trascorrere gran parte del proprio tempo libero nella simulazione olografica della città di Fair Haven, nell'Irlanda del XIX secolo. Quando la vecchia automobile di Tom Paris si schianta contro un recinto, Seamus Driscol, uno dei personaggi della simulazione, assiste incredulo mentre il veicolo olografico torna istantaneamente come nuovo. Poco dopo, Harry Kim e Maggie sono sul punto di baciarsi, ma Paris decide di giocare uno scherzo all'amico trasformando la ragazza olografica in un'enorme mucca. Seamus e l'amico Milo sono testimoni di questa incredibile scena. Le voci si diffondono incontrollate, e ben presto la gente di Fair Haven si convince che Janeway e i suoi siano creature soprannaturali, costringendo il capitano della Voyager ad interrompere l'esecuzione della simulazione. Paris e Kim, cercando di determinare le cause della crescente curiosità dei cittadini olografici di Fair Haven, esaminano attentamente il programma e scoprono che i filtri di percezione di ciascun personaggio della simulazione sono fuori uso.

La U.S.S. Voyager viene contattata da un vascello alieno pilotato da un ex membro dell'equipaggio, la giovane guardiamarina Lyndsay Ballard, rimasta uccisa in una missione di ricognizione due anni prima. Janeway e gli altri ascoltano increduli il racconto della ragazza: il suo corpo, chiuso nell'involucro di un siluro fotonico alla deriva nello spazio, è stato riportato in vita dai Kobali, una specie aliena il cui sistema riproduttivo si basa sulla rianimazione dei morti di altre razze mediante l'introduzione del proprio DNA. Adottata da una famiglia Kobali, Lyndsay ha in seguito deciso di fuggire e mettersi alla ricerca della Voyager. A bordo della nave federale, l'ex guardiamarina torna a frequentare Harry Kim, ed è sconvolta nell'apprendere che, nonostante il DNA alieno abbia ormai alterato irreversibilmente la sua fisiologia, una cura sviluppata dal Dottore Olografico potrebbe restituirle l'aspetto di un essere umano.

I genitori naturali di Icheb, uno dei cinque bambini tratti in salvo qualche tempo prima da un cubo borg danneggiato e accolti a bordo della U.S.S. Voyager, vengono rintracciati. Icheb, spinto dall'amore per le materie scientifiche, ha addirittura inventato un dispositivo per individuare le emissioni neutriniche dei tunnel spaziali, ed è quindi riluttante all'idea di dover rinunciare agli studi per riunirsi alla sua famiglia, appartenente ad una specie le cui risorse tecnologiche, dopo l'invasione dei Borg, sono estremamente ridotte. Nel frattempo, Sette di Nove scopre che i genitori di Icheb hanno mentito a proposito delle reali circostanze in cui è avvenuta l'assimilazione del bambino da parte del Collettivo. Icheb era stato lanciato a bordo di una navetta appositamente progettata per essere catturata dai Borg: il suo corpo era stato infatti modificato geneticamente per diffondere un agente patogeno in grado di annientare i droni.

Dala e Mobar, due alieni appartenenti ad una banda di truffatori professionisti, approfittano di una disattenzione di Paris e Neelix per scaricare dalla Delta Flyer l'intero database della U.S.S. Voyager. In questo modo, i due ottengono informazioni sufficienti a permettere alla banda di assumere l'identità di Janeway e dei suoi ufficiali superiori, e di perpetrare una serie di truffe su numerosi pianeti. Quando il vero equipaggio della nave federale viene accusato di tali crimini, Janeway tenta di rintracciare la banda di truffatori con l'aiuto di un'altra loro vittima, il telsiano Orek. La nave di Dala e Mobar viene presto localizzata e raggiunta: il vascello è bloccato dal raggio traente di una nave molto più potente, appartenente a Varn, un terzo alieno anch'egli vittima degli imbrogli degli impostori. All'arrivo della nave federale, Dala, continuando a recitare la parte di Janeway, avverte Varn che la 'loro' nave madre è arrivata a soccorrerli. L'alieno decide quindi di attaccare la Voyager.

B'Elanna Torres, durante una missione sulla Delta Flyer alla ricerca di dilitio, è costretta ad un atterraggio di fortuna su un pianeta di classe L. I motori subiscono gravi danni e Torres perde i sensi per le ferite riportate. Al suo risveglio, la ragazza scopre che un alieno di nome Kelis le sta medicando le ferite. Kelis, attore e poeta, è convinto che B'Elanna sia la sua musa, ed intende trattenerla sul pianeta per trarre da lei l'ispirazione necessaria a comporre un'opera in grado di promuovere la pace tra i due clan rivali del pianeta. B'Elanna rifiuta, ma i suoi tentativi di riattivare i motori della navetta falliscono. Kelis le offre provviste e aiuto per le riparazioni, ma in cambio B'Elanna gli deve narrare le avventure della U.S.S. Voyager e del suo equipaggio. Il poeta è infatti convinto che i racconti possano suscitare un tale interesse tra gli appartenenti ai clan rivali, da far loro dimenticare i motivi del reciproco odio.

La U.S.S. Voyager riceve una richiesta di soccorso da una piccola navetta pilotata da Kes, che appare prematuramente invecchiata. Janeway la autorizza a salire a bordo, ma Kes fa schiantare la navetta contro la Voyager, teletrasportandosi fuori pochi istanti prima dell'impatto. L'Ocampa ricompare nella sezione ingegneria, ove fa uso dei suoi poteri psicocinetici per disabilitare tutti i sistemi di bordo. I tentativi di arrestare il suo cammino non fanno che scatenare la sua rabbia, che esplode in vampate di energia neurogenica, seminando distruzione sulla nave federale. Quando B'Elanna tenta di impedire a Kes di raggiungere il nucleo di curvatura, l'Ocampa la uccide, per poi scomparire nel nulla. Kes viaggia indietro nel tempo, ricomparendo a bordo della U.S.S. Voyager di cinque anni prima. Dopo essersi sostituita alla giovane Kes, l'Ocampa contatta segretamente una nave dei Vidiani, promettendo loro preziose informazioni sulla Voyager in cambio del suo ritorno incolume al pianeta Ocampa.

Grazie al progetto Pathfinder la U.S.S. Voyager riceve il primo gruppo di trasmissioni dalla Terra. Il Dottore Olografico viene così a sapere da Reginald Barclay che il creatore del suo programma, il dottor Lewis Zimmermann, è in fin di vita, affetto da una grave forma di degradazione subcellulare acuta. Deciso a salvare il 'padre' che non ha mai conosciuto, il Dottore si fa teletrasmettere nel Quadrante Alfa per offrirgli il suo aiuto. Zimmermann non ha però alcuna fiducia nelle capacità del Dottore, un semplice medico olografico di Tipo Uno, dal momento che le cure dei migliori medici della Flotta Stellare, tra i quali molti medici olografici di Tipo Due, Tre e Quattro, non hanno avuto esito positivo. Dopo molti tentativi, Barclay chiede l'aiuto del consigliere Deanna Troi per convincere Zimmermann che il Dottore Olografico ha acquisito un'enorme esperienza durante il servizio ininterrotto a bordo della Voyager. Poco dopo però, Barclay scopre un malfunzionamento nel programma del Dottore.

Mentre la U.S.S. Voyager sta attraversando una nebulosa, i quattro bambini borg ospiti della nave federale vengono bruscamente risvegliati. L'alimentazione delle loro camere di rigenerazione è stata disattivata. Mentre gli uomini dell'equipaggio si occupano dello spegnimento di tutti i sistemi della nave, compreso il Dottore Olografico, i bambini si chiedono se tutto ciò non abbia a che fare con il misterioso fantasma, che si dice infesti una sezione del ponte 12, isolata dal resto della nave. Neelix cerca di rassicurare i bambini, poiché il black out è solo temporaneo, e racconta loro dell'ultima volta in cui la Voyager ha attraversato una nebulosa, per raccoglierne il deuterio. Kim aveva scoperto che la raccolta di gas stava destabilizzando la nebulosa, e Chakotay aveva convinto Janeway che la Voyager doveva abbandonare la zona al più presto. Immediatamente dopo, la nave era stata colpita da una scarica di energia che aveva messo fuori uso la maggior parte dei sistemi della nave.

Al risveglio dopo un periodo di rigenerazione, Sette di Nove si rende conto di aver 'sognato' una meravigliosa foresta, piena di alberi e fiori, nella quale viveva come un essere umano, con il nome di Annika. Turbata dall'esperienza, la Borg si ritira nuovamente nella camera di rigenerazione, indossando un monitor corticale per registrare le sue reazioni. Improvvisamente, Sette di Nove si ritrova nella stessa foresta precedentemente visitata in sogno, ove la voce di una creatura di nome Axum le rivela che l'ambiente in cui si trova è reale ed è chiamato Unimatrix Zero. Si tratta di un 'luogo' che solo alcuni droni borg, caratterizzati da una rarissima mutazione recessiva, possono raggiungere durante il loro sonno rigenerativo, e nel quale possono esistere liberamente come individui. Axum ha bisogno dell'aiuto di Sette di Nove per salvare Unimatrix Zero. La Regina Borg conosce infatti l'esistenza di questo luogo, e intende localizzare tutti i droni dotati della mutazione per isolare la loro frequenza di legame subspaziale e distruggere Unimatrix Zero.