L'USS Voyager traverse une région complètement dépourvue d'étoiles. Le capitaine Janeway commence à douter de la pertinence des décisions qu'elle a prises au cours de ces dernières années.

Un accident survenu pendant le processus de téléportation engendre la création d'un super Borg.

Le lieutenant Paris met au point une navette d'un nouveau genre, le Delta Flyer, pour récupérer une sonde qui s'est égarée dans un univers toxique. Pendant ce temps, Torres prend des risques inconsidérés, ce qui ne manque pas d'inquiéter ses collègues.

L'équipe de l'USS Voyager découvre que la Terre est en danger. Des extraterrestres, capables de prendre l'apparence d'êtres humains grâce à une drogue, préparent une offensive de grande envergure.

L'équipage recherche le Delta Flyer, qui s'est écrasé sur une planète inconnue avec à son bord Tom Paris, Tuvok et Samantha. Neelix prend donc sous son aile Naomi, la fille de Samantha. Apprenant que cette dernière est grièvement blessée, il ne sait pas comment annoncer la douloureuse nouvelle à l'enfant.

Le Voyager inaugure un nouveau mode de propulsion qui lui permettra de rentrer sur Terre plus rapidement. Mais l'expérience tourne mal : le vaisseau s'écrase sur une planète couverte par les glaces.

Quinze ans plus tard, Chakotay et Kim, seuls survivants de la tragédie, utilisent le Delta Flyer pour envoyer un message dans le temps et ainsi éviter la catastrophe.

Seven fait la découverte d'une pièce Borg appelée le vinculum, qui a pour fonction de relier tous les esprits Borg entre eux. Elle assimile donc plusieurs personnalités, mais ne parvient pas à en garder le contrôle.

Lorsque Torres est attaquée par une forme de vie extraterrestre qui s'implante dans son système nerveux, le Docteur utilise un hologramme pour l'en débarrasser. Or cet hologramme a été créé par un ancien criminel de guerre, dans des conditions très éloignées de l'éthique médicale...

Après avoir désobéi au capitaine Janeway, le lieutenant Paris est condamné à trente jours de cellule et rétrogradé au rang d'enseigne. Il profite de cette période d'isolement forcé pour raconter les événements qui l'ont mené en prison dans une lettre à son père.

Le capitaine Janeway accueille à bord de l'USS Voyager deux familles d'aliens en fuite. Le vaisseau est ensuite intercepté par un escadron Devore à leur recherche. C'est alors que Kashyk, l'officier à la tête de l'escadron, demande à son tour l'asile à Janeway.

Le Docteur a la désagréable surprise de constater que sa mémoire à court terme a été effacée, et que certains éléments de son programme ont été modifiés. Il met tout en œuvre pour retrouver le coupable, mais lorsqu'il découvre son identité le résultat de ses recherches le déstabilise...

Des aliens prennent les personnages du roman holographique du lieutenant Paris pour des êtres qui existent vraiment. Du coup, le capitaine Janeway vient à la rescousse des créatures holographiques.+

Une navette transportant Tuvok, Paris et le docteur finit par s'écraser sur une planète désertique, attiré par sa grande force de gravité. Le temps s'y écoule différemment. Tandis que les naufragés ont l'impression d'attendre d'être secourus depuis des semaines, il ne s'est passé que quelques heures pour les membres de l'équipage.

La découverte d'un vortex menant directement à la terre réjouit tout l'équipage. Seul Seven of nine ne semble pas convaincue par ce passage. Elle a raison. En l'empruntant, l'USS Voyager se retrouve piégé dans une créature qui dévore les vaisseaux.

Après avoir vaincu un vaisseau Borg, le capitaine Janeway décide de faire main basse sur leur technologie afin que l'USS Voyager regagne la terre plus rapidement.

Seven of nine est prise en otage par les Borgs, qui ont percé à jour les plans de Janeway.

Harry Kim rencontre Tal, qui appartient au peuple Varro, et entame une relation avec elle, sans aucune autorisation médicale. Des problèmes surviennent lorsque les deux

amoureux deviennent chimiquement dépendants l'un de l'autre.

Alors que Tom et Elena viennent de se marier, les membres de l'équipage est frappé par une étrange maladie, qui les désintègrent peu à peu.

Le vaisseau se retrouve coincé dans l'Espace chaotique, où les lois de la physique sont dans un état d'instabilité constante. Chakotay est victime d'hallucinations, qui se

manifestent sous la forme d'un match de boxe.

L'USS Voyager tombe dans une embuscade tendue par les Hazari. En échange de leur libération, ils exigent qu'on leur livre Seven of nine.

L'USS Voyager intercepte un cargo Malon endommagé. A bord, une fuite de gaz toxique menace une planète proche, aussi le lieutenant Torres envoie−t−il rapidement une

équipe afin de la réparer.

Le docteur tente d'apprendre à Seven of nine le concept du rendez-vous galant. Mais au fur et à mesure des leçons, il se rend compte qu'il est train de tomber amoureux

d'elle.

Le capitaine Janeway raconte l'histoire d'une de ses ancêtres, première d'une longue lignée d'exploratrices, Shannon O'Donnell. Elle fut à l’initiative d'un projet de pont qui

permit de relier la terre à sa première colonie, la planète Mars.

Cet épisode retrace le premier jour de Janeway à bord de l'USS Voyager jusqu'à la destruction du vaisseau. Braxton demande à Seven of nine de l'aider à découvrir ce qui

s'est passé afin d'éviter la catastrophe.

Après avoir reçu un signal de détresse émanant d'un missile extra−terrestre, Kim, Torres et le docteur découvrent qu'il s'agit en réalité d'une arme de destruction massive.

L'USS Voyager croise sur sa route un autre vaisseau de la Fédération en piteux état, l’Équinoxe. Le capitaine Janeway se prend de sympathie pour Rudy Ransom, le commandant de bord. Elle va l'aider à sauver son vaisseau afin qu'ils puissent faire route ensemble vers la terre.