La Voyager atiende una llamada de socorro de la USS Equinox, encontrándola gravemente dañada por los ataques de unos alienígenas que han matado a la mayor parte de la tripulación. Los supervivientes no quieren dar explicaciones sobre los posibles motivos del ataque.

La Voyager se encuentra con una forma de vida inteligente y pronto descubren que ésta ha introducido una potente arma de destrucción masiva dentro de la nave que puede detonar en cualquier momento.

Siete de Nueve se presenta ante el capitán Braxton, de la nave del tiempo Relatividad. Siete es enviada de vuelta al pasado hasta el primer día de Janeway como capitana de la Voyager y con el objetivo de evitar la destrucción de esta nave por un saboteador.

Janeway cuenta a la tripulación una historia sobre una antepasada suya llamada Shannon O´Donell y su lucha para evitar la construcción de la Puerta del milenio, junto a un librero llamado Henry Janeway.

El Doctor está intentando que Siete de Nueve sea más sociable y la enseña a conversar, cantar y bailar. Pronto aparece un inesperado pretendiente para Siete.

Una patrulla de la Voyager aborda un carguero Malone para intentar evitar la explosión de la nave a pesar de las advertencias de los Malone sobre una supuesta criatura que está acechando la nave.

Janeway es perseguida por un grupo de caza recompensas Hazari. Durante su huida, se encuentra con unos alienígenas dispuestos a ayudarla a cambio de que Siete de Nueve se quede para siempre con ellos.

La Voyager se encuentra al borde de la destrucción y sólo puede ser ayudada por unos alienígenas invisibles. Chakotay tiliza una alucinación sobre un combate de boxeo para intentar comunicarse con los alienígenas.

Después de casarse B'Elanna y Paris, la tripulación de la Voyager empieza a sufrir una degeneración molecular que les va a llevar irremediablemente a la muerte. Chakotay y Tuvok hacen un descubrimiento que implica que el supuesto destino fatal de la tripulación cambie radicalmente porque no son los verdaderos, sino una copia que hicieron de la Voyager en el planeta "Demonio", y tienen que volver allí o morirán.

Harry Kim tiene relaciones con una hembra Varro. Por culpa de las relaciones mantenidas, un vínculo bioquímoco surge entre los dos, haciendo que su separación física provoque un intenso dolor a Kim.

Janeway cree haber encontrado una forma de destruir a los Borg y está decidida a robarles la tecnología transwarp que llevaría rápidamente a la Voyager a la Tierra. Para llevar a cabo el plan, decide infiltrar a Siete de Nueve en el enemigo.

Siete de Nueve es descubierta por la reina Borg y le encarga la misión de conseguir que los Borg asimilen a la humanidad. Mientras tanto, Janeway está decidida a recuperar a Siete de Nueve y prepara un plan de rescate.

Siete de Nueve regresa de una misión y encuentra a la tripulación tremendamente alegre al haber descubierto, supuestamente, un agujero de gusano que lleva directamente al Cuadrante Alfa. Pronto, Siete de Nueve descubre que la tripulación está siendo manipulada por alguien.

Tuvok y Paris quedan atrapados en un planeta del que muy pronto va a ser imposible escapar. Mientras Janeway prepara un rescate, Tuvok se encuentra en una incómoda situación al enamorarse de él una mujer nativa del planeta llamada Noss.

Unos alienígenas invaden la Voyager y están convencidos que el programa holográfico Las aventuras del capitán Protón, de Tom Paris, es real. Con el fin de que los alienígenas logren derrotar al villano del programa holográfico, la tripulación de la Voyager decide colaborar representado personajes de la aventura.

El Doctor está investigando una intervención quirúrgica que efectuó a Harry Kim hace 18 meses, sin embargo no recuerda cómo lo hizo. Pronto descubre que su memoria se está perdiendo poco a poco e intenta buscar un remedio para solucionarlo.

La Voyager está atravesando el espacio de los Devore. Janeway permite que su nave sea registrada por esta raza para poder continuar el viaje de regreso a casa. Los Devore están buscando a una raza telépata que la Voyager transporta en secreto.

Tom Paris es rebajado a alférez y recluido 30 días en el calabozo después de haber incumplido órdenes directas de Janeway y haber violado la primera directriz, lanzando un ataque contra una instalación minera alienígena.

La Voyager rescata a un alienígena herido que ataca a B'Elanna Torres introduciéndose en su torrente sanguíneo. El Doctor no sabe como extraer a ese ser sin provocar un daño irreparable a B'Elanna y decide recurrir a la ayuda de un polémico exobiólogo cardasiano.

Siete de Nueve empieza a tener un comportamiento extraño mostrando múltiples personalidades y hablando diferentes lenguas. El Doctor pronto descubre que uno de sus implantes Borg ha sido infectado por un desconocido virus alienígena.

15 años en el futuro Chakotay y Harry Kim viajan a una Voyager que se encuentra congelada en la superficie helada de un planeta desconocido, salvándose sólo ellos y el Doctor. La misión consiste en cambiar la historia y evitar que la Voyager llegue a ese trágico final.

La alférez Samantha Wildman, la madre de Naomi Wildman (ahijada de Neelix), resulta gravemente herida en un accidente. Para evitar un trauma a la niña, Neelix utiliza la holocubierta para presentarle las aventuras de Flotter.

Chakotay se encuentra inexplicablemente en el Cuartel General de la Flota Estelar en la Tierra. De vuelta a la Voyager, contempla el suicidio de un alférez y acaba siendo interrogado por Janeway.

Los Malón están tratando de robar una sonda que ha sido lanzada por la Voyager. Janeway decide desplazar la sonda hasta una estrella de gas gigante donde no puede ser alcanzada con facilidad. Tom Paris y los Malon compiten en desarrollar una nave, el Volador Delta, capaz de soportar la atmósfera de la estrella para recuperar la sonda.

Un fallo en el transportador provoca que el holoemisor del Doctor interfiera con algunas nanosondas de Siete de Nueve. El resultado es una entidad que acaba convirtiéndose en el Borg más desarrollado visto hasta ese momento.

La Voyager está atravesando una extensa franja del espacio en la que sólo existe el vacío. Pronto se dan cuenta de que hay una serie de naves alienígenas que utilizan el vacío para algo inesperado.