กำลังใจของลูกเรือถึงจุดตกต่ำเมื่อยานโวยาจเจอร์ต้องเดินทางผ่านระบบดวงดาวที่ปราศจากสัญญาณชีวิตใดๆ มาเป็นเวลากว่าสองปี

หลังจากออกไปปฏิบัติภารกิจ ยานอวกาศติดอยู่ในการระเบิด ตัวปล่อยแสงของหมอติดนาโนโพรบของเซเวนออฟไนน์

เพื่อทำใจจากการสูญเสียเพื่อนมาคีส์ อัลฟา ควอแดรนท์ บีอีแลนนาเข้าร่วมโปรแกรมห้องสามมิติอันตรายมากมายอย่างลับๆ

ทีมได้พบแบบจำลองการทำงานของสำนักงานใหญ่ของสตาร์ฟลีทโดยเผ่าพันธุ์ 8472 ซึ่งเป็นศัตรูที่พวกเขาเคยปราบได้ด้วยความช่วยเหลือของบอร์กก่อนหน้านี้

การคำนวณผิดพลาดของผู้หมวดคิมทำให้ยานโวยาจเจอร์ตกในการทดสอบการเดินทางสลิปสตรีมครั้งแรก

ยานโวยาจเจอร์ได้พบกับเทคโนโลยีบอร์กที่ทำให้เซเวนออฟไนน์แสดงลักษณะนิสัยต่างๆ ออกมา

สิ่งมีชีวิตไซโตพลาสมิกที่บาดเจ็บผูกติดตัวเองอยู่กับบีอีแลนนา เกาะร่างกายของเธอราวกับปรสิต

ในจดหมายส่งถึงพ่อ ทอม ปารีสบอกเล่าเรื่องราวเหตุการณ์ที่ลดขั้นเป็นผู้หมวด และการติดคุกในห้องขังของโวยาจเจอร์ 30 วัน

ยานโวยาจเจอร์ต้องบินผ่านส่วนอวกาศที่สิ่งมีชีวิตอ่านใจได้น่าสงสัยเผ่าหนึ่งควบคุมอยู่ ลูกเรือหาทางแต่งเรื่องเพื่อให้ผ่านได้อย่างปลอดภัย

หมอเปิดเผยหลักฐานที่ความทรงจำของเขาถูกลบเมื่อ 18 เดือนก่อน ร่องรอยของภารกิจต่างๆ เกือบทั้งหมดถูกลบออกไป

ขณะที่ปารีสและคิมเปิดใช้งานโปรแกรมห้องสามมิติ "กัปตันโปรตอน" ยานโวยาจเจอร์ติดอยู่ในชั้นอวกาศย่อยที่มีเอเลี่ยนโฟโตนิกส์อาศัยอยู่

ยานอวกาศโวยาจเจอร์ควบคุมโดยทูวอค ปาริส และหมอถูกดึงเข้าไปในแรงดึงดูดของอวกาศย่อย และตกลงบนดาวเคราะห์ประเภทดีที่อยู่ภายในนั้น

ยานโวยาจเจอร์พบสิ่งที่ดูเหมือนรูหนอนที่จะพากลับอัลฟา ควอแดรนท์ และบ้าน ภาพของโลกและจดหมายจากครอบครัวทำให้ลูกเรือปิติยินดี

ลูกเรือของโวยาจเจอร์ฝึกฝนเพื่อโจมตียานของบอร์ก ระหว่างหลังสองปีหลังจากถูกปลดปล่อย เซเวนออฟไนน์เข้าร่วมกลุ่มบอร์ก ดูเหมือนเป็นเจตนาของเธอเอง

ยานโวยาจเจอร์พบกับพวกเร่ร่อนตัวอันตรายที่อยู่ในอวกาศมา 400 ปีซึ่งอยู่ในยานที่เสียหายเป็นส่วนใหญ่ ลูกเรือจึงเสนอการช่วยเหลือที่นำไปสู่ผลลัพธ์ตามมาที่ร้ายแรง

แม้อยู่ระหว่างคำสั่งหยุดพัก แต่พลังลึกลับส่งผลต่อทุกอนูของยานโวยาจเจอร์ เพื่อแก้ปริศนา สมาชิกของลูกเรือต้องย้อนรอยของตัวเอง

ยานโวยาจเจอร์ติดอยู่ใน "อวกาศปั่นป่วน" คล้ายกับสามเหลี่ยมเบอร์มิวดา ซึ่งเซ็นเซอร์ทั้งหมดใช้งานไม่ได้และการบินเป็นเส้นตรงกลับทำให้ยานบินวนไปมา

เมื่อฮันซารีซึ่งเป็นนักล่าฆ่าหัวผู้ไร้ความปราณีแห่งเดลต้า ควอแดรนท์ออกค้นหายานโวยาจเจอร์ กลุ่มนักแก้ปัญหาช่วยเสนอทางเอาชนะฮันซารีให้

หลังจากตอบสัญญาณขอความช่วยเหลือจากยานขนส่งมาลอน ทอร์เรส นีลิกซ์ ชาโคเทย์ และมาลอนที่รอดชีวิตมีเวลาหกชั่วโมงที่จะหยุดการแผ่รังสีเตต้า

ยานโวยาจเจอร์ติดต่อคาดิเป็นครั้งแรก ซึ่งเป็นชนเผ่าที่มีโปรโตคอลการติดต่อทางสังคมเข้มงวด ระหว่างนั้นเซเวนออฟไนน์ได้รับคำชี้แนะเรื่องการเดทจากหมอ

สมาชิกลูกเรือยานโวยาจเจอร์แลกเปลี่ยนเรื่องราวประวัติครอบครัวของตัวเอง เจนเวย์ภาคภูมิใจในบรรพบุรุษของเธอ แชนนอน โอดอนเนลล์ นักบินอวกาศผู้มีเกียรติอย่างมาก

เมื่อยานโวยาจเจอร์ถูกทำลาย กัปตันแบร็กซ์ตันแห่งยานข้ามเวลาศตวรรษที่ 29 ติดต่อเซเวนออฟไนน์เพื่อหาข้อมูลว่าใครเป็นผู้ติดตั้งเครื่องทำลายกาลเวลา

ขีปนาวุธเอเลี่ยนที่ครอบครองโดยปัญญาประดิษฐ์เริ่มเป็นภัยร้ายสำหรับลูกเรือของยานโวยาจเจอร์

โวยาจเจอร์พบกับยานอีคิวน็อกซ์ ยานของสตาร์ฟลีทที่เสียหายหนักซึ่งติดอยู่ในเดลต้า ควอแดรนท์ เนื่องจากเอเลี่ยนตัวเดียวกับที่พายานโวยาจเจอร์มาที่นี่