La Voyager si trova a dover attraversare una vastissima regione di vuoto siderale, senza stelle e pianeti nel raggio di parecchi anni luce. Dopo 53 giorni di viaggio in questa 'notte' stellare, l'equipaggio comincia a dare gravi segni di cedimento. Peggio ancora, il capitano Janeway si è ritirata nel suo alloggio, evitando i contatti con gli altri, tormentata dai dubbi sulle decisioni prese durante la missione, e sulle conseguenze che queste hanno avuto sull'intero equipaggio. Improvvisamente, la nave si arresta e a bordo piomba l'oscurità: strani alieni appaiono, coinvolgendo la Voyager nella lotta tra due specie mai incontrate prima, una delle quali sta contaminando lo spazio dell'altra con rifiuti tossici, uccidendone lentamente gli abitanti. Intervenire in loro aiuto significherebbe inoltrarsi ancora di più nello spazio oscuro...

Una nuova e pericolosa forma di vita compare improvvisamente a bordo della Voyager: la fusione, avvenuta accidentalmente durante un teletrasporto, tra i circuiti dell'oloemettitore portatile del Dottore Olografico e le nanosonde provenienti dal corpo di Sette di Nove, ha dato vita ad una nuova specie di drone Borg... un Borg del 29° secolo. Il drone è infatti il prodotto dell'assimilazione, da parte di nanosonde Borg, di tecnologia del futuro. Sette di Nove diventa particolarmente protettiva nei confronti del drone, un sentimento che si rafforza nel momento in cui la collettività Borg del 24° secolo viene a sapere dell'esistenza di questo drone futuristico e si muove alla sua ricerca.

B'Elanna, nonostante sia passato molto tempo dagli eventi che l'hanno portata sulla Voyager, non ha ancora superato il forte risentimento che prova per aver abbandonato, in un momento di estrema difficoltà, i suoi compagni Maquis. Come valvola di sfogo per allontanare il dolore, si cimenta in attività sempre più rischiose, come il paracadutismo orbitale sul ponte ologrammi... con i controlli di sicurezza disattivati! Nel frattempo, per impedirne il furto da parte di un vascello Malon, la Voyager è costretta a dirottare una delle sue sonde nell'atmosfera ostile di un pianeta gassoso. Il recupero della sonda e dei dati in essa contenuti, che non può essere fatto con il teletrasporto, costituisce un'ottima occasione per collaudare il Delta Flyer, la nuova navetta progettata e realizzata da Tom Paris.

È un giorno come un altro all'Accademia della Flotta Stellare. Boothby, il giardinere, sta curando i suoi fiori, mentre l'Ammiraglio Bullock sta dando istruzioni ad alcuni dei nuovi arrivati. Poco lontano, qualcuno riprende la scena con un registratore olografico: si tratta di Chakotay... Entrato in un bar, poco dopo, Chakotay incontra Valerie, una graziosa comandante umana. Mentre i due fanno conversazione davanti ai loro drink, uno degli avventori del locale viene preso da violente convulsioni e, per un breve istante, si trasforma in qualcos'altro, prima di essere portato via. Valerie commenta la scena dicendo che anche lei ha ancora delle difficoltà ad adattarsi a molte delle abitudini umane, come respirare ossigeno o stare su due gambe. In seguito, Chakotay viene raggiunto da Tuvok, al quale riferisce la sconcertante scoperta: una razza di alieni si sta esercitando ad imitare gli esseri umani in vista di una futura invasione...

Sono passati ormai quindici anni da quando la U.S.S. Voyager è riuscita a fare ritorno nel Quadrante Alfa, utilizzando la propulsione slipstream. Ma il prezzo da pagare è stato troppo alto: gli unici sopravvissuti dell'intero equipaggio sono Chakotay e Kim, e la Voyager giace distrutta su un desolato pianeta coperto dai ghiacci. Kim, tormentato dal rimorso di essere stato, anche se indirettamente, la causa dell'incidente, trova il modo di rubare la Delta Flyer dagli hangar della Federazione, e con Chakotay si reca presso il relitto della Voyager. La loro speranza è di ritrovare il corpo di Sette di Nove e utilizzare i suoi impianti Borg per mandare un messaggio indietro nel tempo, così da avvertire l'equipaggio del disastro imminente. Ma tentare di alterare la linea temporale può provocare conseguenze imprevedibili, e il compito di fermare Chakotay e Kim è affidato al Capitano della U.S.S. Challenger... Geordi LaForge!

La Voyager trova, alla deriva nello spazio, i resti di quello che sembra essere un cubo Borg. Prima che i sensori possano individuarlo, uno strano oggetto tra i frammenti localizza Sette di Nove e si collega direttamente alla sua mente, sovrapponendo ad essa le personalità di individui precedentemente assimilati dai Borg, tra cui un guerriero Klingon, un Ferengi e una bambina di sei anni. L'oggetto, dopo essere stato teletrasportato a bordo, si rivela essere un 'Vincolo', un dispositivo usato per interconnettere le menti dei droni a bordo dei vascelli Borg. Per salvare Sette di Nove è necessario ridurre la potenza delle emissioni del 'Vincolo', ma l'oggetto resiste ad ogni tentativo di neutralizzazione e non può essere distrutto, pena la morte di Sette di Nove. Tuvok propone quindi, come ultimo tentativo, una fusione mentale vulcaniana con lei.

Una violenta onda d'urto investe la Voyager, mettendone fuori uso i motori. L'onda è stata causata da una nave aliena in procinto di disintegrarsi, a bordo della quale vi è un'unica forma di vita non umana. L'alieno viene teletrasportato in infermeria e confinato entro un campo energetico, ma quando B'Elanna raggiunge Janeway in infermeria, la creatura oltrepassa il campo di confinamento e trafigge Torres con un pungiglione, fondendo in questo modo il proprio sistema metabolico con quello della klingon. Non essendo possibile rimuovere l'alieno dal corpo di B'Elanna senza ucciderla, il Dottore crea un altro medico olografico, estraendo dal suo database le caratteristiche del migliore esobiologo a lui noto, il cardassiano Crell Moset. Ma un membro bajoriano dell'equipaggio riconosce in lui un crudele scienziato che ha condotto spietati esperimenti sui bajoriani ai tempi dell'occupazione cardassiana...

Tom Paris viene degradato da tenente a guardiamarina, e condannato a trenta giorni di cella... Tutto ha inizio quando la Voyager incontra un pianeta composto esclusivamente di acqua, abitato da una specie umanoide, i Moneani. Il globo acqueo sta lentamente perdendo coesione, e Janeway accetta di offrire l'assistenza tecnologica della Flotta Stellare. Allo scopo viene impiegata la Delta Flyer. Pilotata da un Tom Paris particolarmente entusiasta dell'incarico, la navetta è stata equipaggiata per sopportare la tremenda pressione nelle vicinanze del nucleo del pianeta. La ricognizione rivela che il pianeta è tenuto insieme da un antico generatore gravitazionale, danneggiato dall'azione degli impianti di estrazione dell'ossigeno degli stessi Moneani. Ma la burocrazia Moneana non è disposta ad effettuare i cambiamenti radicali necessari per la salvezza, e ciò spinge Paris a compiere una palese violazione di protocollo.

La U.S.S. Voyager sta attraversando un'estesa regione di spazio controllata dall'Impero Devore, una razza aliena potentissima e tecnologicamente molto avanzata. I Devore sono totalmente intolleranti verso tutte le specie telepatiche, come Vulcaniani o Betazoidi, e sottopongono ad ispezioni periodiche tutte le navi che attraversano il loro spazio. I vascelli sorpresi a trasportare esseri telepatici vengono bloccati, e tutto l'equipaggio viene rinchiuso in 'campi di concentramento'. La Voyager viene sottoposta ad un'ispezione mentre sta cercando di scortare un gruppo di rifugiati telepatici, nascondendoli nei buffer del teletrasporto. Il Capo Ispettore rivela a Janeway di aver scoperto lo stratagemma, ma è disposto a non rivelare il segreto alle autorità di Devore. Deciso a disertare, propone al capitano una via di fuga per la Voyager attraverso un tunnel spaziale.

Il Dottore, rivedendo le numerose immagini riprese con il suo scanner olografico, scopre di aver eseguito 18 mesi prima un'operazione chirurgica su Kim della quale non ha nessun ricordo! Ben presto il Dottore si rende conto che qualcuno ha manipolato i dati contenuti nel suo buffer di memoria a breve termine. Sospettando una cospirazione dell'equipaggio, il Dottore inizia ad investigare, scoprendo che il responsabile dei suoi vuoti di memoria è proprio il Capitano Janeway. Janeway, tuttavia, ha agito per impedire un danno irreparabile. Infatti, in seguito ad un attacco alieno il Dottore era stato costretto a scegliere chi salvare tra Kim e un'altra guardiamarina, entrambi gravemente feriti. Questa decisione aveva fatto emergere delle subroutine emozionali nel suo programma, causando un grave conflitto di sistema.

A bordo della Voyager è subito scontro armato quando alcuni alieni, provenienti dal subspazio fotonico, credono reale la rappresentazione olografica di 'Capitan Proton', ideata da Tom Paris. Pensando che il resto della nave sia un'illusione olografica, gli alieni disattivano i controlli del ponte Ologrammi, e ingaggiano una strenua battaglia contro il malefico Dr. Chaotica, il personaggio principale della rappresentazione. L'equipaggio della Voyager è costretto a prendere parte alla battaglia. Janeway si ritrova ad impersonare la potente Arachnia, e cercherà di infiltrarsi nella roccaforte del nemico, la Fortezza del Destino. Il Dottore assume invece il ruolo del Presidente della Terra, che aiuterà gli alieni a sconfiggere Chaotica, perdutamente innamorato di Sette di Nove.

Una navetta con a bordo Tuvok, Tom Paris e il Dottore scompare in una misteriosa singolarità gravitazionale, ed è costretta ad un atterraggio di fortuna su di un pianeta desolato. Qui incontrano Noss, un'esotica aliena, intrappolata sul pianeta da più di quattordici anni, vissuti in condizioni di estremo disagio. Ben presto, Noss si rende conto di essere innamorata di Tuvok, il quale, a sua volta, si accorge di provare una forte quanto illogica attrazione per l'aliena. Intanto, a bordo della Voyager, procedono senza sosta i tentativi di recupero della squadra di sbarco. Il compito è reso però estremamente difficoltoso dal fatto che il pianeta si trova in un flusso di tempo accelerato, cosicché un'ora a bordo della nave corrisponde a circa tre giorni trascorsi sul pianeta.

La Voyager incontra ciò che appare essere un tunnel spaziale, la cui estremità opposta conduce direttamente al Quadrante Alfa. Il fatto, evidenziato da Sette di Nove, che l'anomalia non sia stata individuata durante le precedenti analisi con i sensori a lungo raggio, non sembra destare sospetti. Si tratta in realtà di un organismo vivente, un predatore dello spazio che sta attirando la nave per 'consumarne' l'intero equipaggio. Per evitare resistenze, la creatura genera falsi messaggi dal Quadrante Alfa che inducono, in gran parte del personale di bordo, uno stato di 'beatitudine' ipnotica. Sette di Nove, il Dottore e Naomi Wildman contattano quindi una nave aliena, il cui occupante, Qatai, sta cacciando la creatura da molto tempo, nella speranza di riuscire a risvegliare il resto dell'equipaggio dal suo torpore ipnotico prima che sia troppo tardi.

L'equipaggio della U.S.S. Voyager affronta in battaglia un vascello borg, distruggendolo. Dopo un'attenta analisi dei resti della nave avversaria, Janeway decide di intraprendere un'azione che comporta altissimi rischi: l'invasione di una sfera Borg, individuata nelle vicinanze, allo scopo di trafugarne il nucleo di transcurvatura, per tentare di abbreviare il viaggio di ritorno della Voyager verso il Quadrante Alfa. Tuttavia la Collettività Borg scopre ben presto le intenzioni di Janeway, e comunicando con Sette di Nove attraverso il suo ricetrasmettitore neurale, le propone di ricongiungersi a loro. In cambio, la Voyager non verrà distrutta.

L'equipaggio della Voyager offre il proprio aiuto ai Varro, una razza fortemente xenofoba, per ripristinare i motori a curvatura danneggiati di una loro enorme astronave generazionale. Harry Kim, violando i protocolli e le disposizioni mediche relative ai rapporti con specie aliene, intreccia un'appassionata relazione con un'esploratrice dei Varro, l'esotica Derran Tal. Le peculiarità biologiche di questa specie fanno sì che tale rapporto intimo renda Kim e Tal biochimicamente interdipendenti. Nel frattempo, viene scoperta la causa del guasto ai motori della nave aliena: una 'malattia' sintetica che ne sta divorando l'intera struttura, e che minaccia di estendersi anche allo scafo della Voyager. A peggiorare le cose, vi è la presenza sull'arca aliena di un gruppo di dissidenti, che vede la nave e la sua missione come una prigionia dalla quale non desiderano altro che fuggire.

Tom Paris e B'Elanna Torres vengono uniti in matrimonio, con il tradizionale rito terrestre officiato dal Capitano Janeway, ma la sposa è destinata a morire poco dopo... tutto ha inizio in seguito a una modifica radicale dei motori a curvatura della U.S.S. Voyager, che permetterà alla nave federale di raggiungere la Terra in soli due anni, nonostante la nave si trovi ancora nel Quadrante Delta. Sfortunatamente gli effetti collaterali delle modifiche effettuate sono devastanti: le emissioni subspaziali del nucleo di curvatura potenziato distruggono gradualmente la coesione molecolare delle strutture della nave e degli stessi membri dell'equipaggio, i quali muoiono uno dopo l'altro. I loro resti, però, risultano essere inspiegabilmente composti dello stesso fluido bio-mimetico scoperto sul pianeta di classe 'Demon', che la Voyager aveva visitato circa un anno prima.

Mentre la U.S.S. Voyager è intrappolata nello Spazio Caotico, una regione cosmica in cui le leggi della fisica sono in uno stato di continua mutazione, un'enità aliena invade il ponte Ologrammi inserendosi nel programma di boxe che Chakotay stava utilizzando. Questo provoca nell'ex maquis un'allucinazione, facendogli credere di essere un famoso campione di boxe del XXIV secolo, 'il Massacratore Maquis', in procinto di affrontare sul ring il campione del Quadrante Delta, Kid Chaos. La posta in palio è il ritorno della Voyager nel Quadrante Alpha! Grazie a una visione onirica rivelatrice, Chakotay si rende conto che gli alieni stanno cercando di comunicare con lui mediante allucinazioni basate sulle sue esperienze, allo scopo di fornirgli istruzioni su come riconfigurare i motori a curvatura della nave per ritornare nello spazio normale.

La Voyager è inseguita dalle navi degli Hazari, una razza di cacciatori di taglie ingaggiati da una terza fazione, ancora sconosciuta, per catturare la nave federale e il suo equipaggio. Accerchiati dagli inseguitori, gli uomini della Flotta Stellare vengono contattati da una piccola nave, contenente esemplari delle più diverse forme di vita, in grado di comunicare telepaticamente, che insieme formano un 'comitato di esperti', specializzato nel risolvere problemi... Il loro portavoce, Kurros, si offre di risolvere la situazione della Voyager con gli Hazari, e il prezzo di questo aiuto è che Sette di Nove si unisca al gruppo di Kurros, così che le sue enormi potenzialità possano essere sfruttate al massimo. Kurros non sembra disposto ad accettare un 'no' come risposta, e quando Sette di Nove declina la sua offerta, il gruppo di alieni decide di 'reclutarla' con la forza.

La U.S.S. Voyager trae in salvo due membri dell'equipaggio di un cargo malon abbandonato, che sembra essere completamente fuori controllo. Le analisi dei sensori rivelano che i sistemi di contenimento della nave, contenente rifiuti altamente tossici, stanno per cedere, minacciando di rilasciare nell'intero settore grandi quantità di radiazioni theta. B'Elanna Torres, alla guida di una squadra di ricognizione, viene quindi teletrasportata a bordo del cargo. Il compito degli uomini della Voyager è di manomettere i sistemi di navigazione del cargo malon, così da farlo dirigere contro un vicino sole, prima che la nave possa liberare il suo mortale carico. La missione sembra procedere senza problemi, malgrado gli avvertimenti dei due Malon superstiti, Fesek e Pelk, circa un misterioso 'Angelo del Decadimento' che si aggira sulla nave seminando il terrore...

Per ampliare la sua conoscenza dei comportamenti e delle abitudini umane, Sette di Nove prende lezioni dal Dottore Olografico su come socializzare e su come ci si comporta durante un 'primo appuntamento'. Tra le pareti della simulazione olografica del nightclub di Sandrine, la Borg impara l'arte delle conversazioni da salotto, ma anche a ballare un lento e a cantare! Alla fine, però, è proprio il Dottore che si innamora di Sette di Nove. Nel frattempo, Neelix è impegnato in un'importante missione diplomatica: facilitare le trattative per un accordo commerciale con la colonia dei Kadi, un popolo dai rigidi costumi monastici. Il Talassiano commette, però, un grosso passo falso, fornendo all'ambasciatore dei Kadi, Tomin, provviste e bevande che risultano essere rubate.

Janeway si abbandona ai ricordi, rivivendo la storia di una sua lontana antenata: Shannon O'Donnel. Shannon è vissuta sulla Terra alla fine del ventesimo secolo, ed è stata la prima di una lunga stirpe di esploratori, appartenuti alla stessa famiglia del capitano della U.S.S. Voyager. Con gli occhi della mente, Janeway si ritrova, nei panni di Shannon, nella città di Portage Creek, il giorno di Capodanno del 1999. Mentre la fine del millennio è sempre più vicina, Shannon ha in mente un ambizioso progetto: la costruzione dell'enorme Millennium Gate, un edificio alto oltre 800 metri, che servirà come modello per la costruzione della prima colonia terrestre su Marte. Ma bisogna prima ottenere l'approvazione del cittadino più testardo di Portage Creek, il proprietario della libreria locale Henry Janeway!

Nei cantieri spaziali di Utopia Planitia, una nuova nave federale è ormai pronta al lancio: la U.S.S. Voyager. Il Capitano Janeway fa il suo ingresso in plancia, ove viene informata che il Tenente Tuvok è riuscito, senza destare sospetti, a unirsi all'equipaggio Maquis comandato da Chakotay. In plancia, Janeway incrocia una giovane guardiamarina con l'uniforme della sezione scientifica: è Sette di Nove, con i suoi impianti ottici Borg abilmente nascosti dalla chirurgia plastica del futuro. Sette di Nove è stata infatti inviata in missione nel passato, per conto del Capitano Braxton della Relativity, una nave stellare della Federazione del 29( secolo. Il suo compito è individuare e rimuovere un ordigno temporale, nascosto sulla Voyager. Solo i suoi impianti borg le permettono di rilevare l'ordigno, reso invisibile mediante sfasamento temporale, tramite le distorsioni chroniton che esso emette. (Titolo della versione TV: Relativity)

La U.S.S. Voyager risponde a un segnale automatico di soccorso proveniente da un vicino pianeta. La squadra di ricognizione, inviata a rintracciare il punto d'origine della trasmissione, trova un dispositivo alieno, dotato di circuiti bioneurali. Il Dottore riconosce i segnali emessi dalla macchina come algoritmi duotronici e, interpretandoli, scopre che la macchina, inconsapevole di essere di natura artificiale per via dei pesanti danni subiti ai banchi di memoria, sta chiedendo disperatamente il loro aiuto. Il dispositivo viene quindi teletrasportato a bordo della nave, mentre il Dottore propone di trasferire l'intelligenza artificiale della macchina nella sua matrice olografica durante il tempo necessario per le riparazioni. Nel frattempo, Janeway e Sette di Nove individuano le tracce di un identico dispositivo che, entrato in collisione con la superficie del pianeta, ha provocato un enorme cratere costellato di detriti radioattivi. (Titolo della versione TV: Testata eplosiva)

La nave stellare federale Equinox è sotto attacco: spettrali creature aliene si materializzano sul ponte, emergendo da fessure subspaziali. Il segnale di soccorso da essa lanciato viene captato dalla Voyager, che ne individua la sorgente poco lontano. Janeway non riesce a spiegarsi come una piccola nave come la Equinox, progettata per la ricerca scientifica planetaria, possa trovarsi nelle profondità del Quadrante Delta. Una squadra di salvataggio recupera i superstiti dell'equipaggio della Equinox, tra i quali vi è il Capitano Ransom, il quale spiega a Janeway che la sua nave, come la Voyager, è stata trascinata nel Quadrante Delta dal Guardiano. Sette di Nove individua dei punti deboli negli scudi della Voyager, che Ransom rivela essere provocati dagli stessi esseri che hanno attaccato la Equinox: alieni provenienti dal subspazio, che possono resistere solo pochi secondi nello spazio normale. Janeway propone quindi di portare a termine la costruzione, iniziata dall'equipaggio di Ransom, di un campo di forza multifasico in grado di intrappolare e neutralizzare gli alieni. (Titolo della versione TV: Equinox - Parte I)