Die Voyager hilft einer sich bekämpfenden Spezies, während Captain Janeway über die Entscheidungen und deren Ergebnisse reflektiert, die sie während ihrer Zeit im Delta-Quadranten getroffen hat. (Sternzeit: 52081,2)

Um eine Sonde zu finden, die sich in einer gefährlichen Atmosphäre befindet, entwirft Tom Paris einen neuen Shuttle-Typ mit dem Namen "Delta Flyer". Torres beginnt rücksichtsloses Verhalten zu zeigen, indem sie sich an gefährlichen Holodeck-Programmen beteiligt.

Die Crew der Voyager stößt abermals auf Spezies 8472. Diese trainiert innerhalb einer Simulation des Sternenflottengeländes in San Francisco die Infiltration der Föderation. Durch eine Droge haben es die Wesen geschafft, menschliche Form anzunehmen. Jetzt liegt es an Captain Janeway (Kate Mulgrew) den Plan der Spezies 8472 zu verhindern.

Während die Voyager nach der Crew des abgestürzten Delta-Fliegers sucht, die aus Tuvok, Paris und Ensign Samantha Wildman besteht, muss Neelix auf Naomi aufpassen. Als sich herausstellt, dass Samantha schwer verletzt ist, muss er entscheiden, wie viel er ihrer Tochter sagen soll.

Die Voyager verwendet die neue Quantum-Slipstream-Technologie, um nach Hause zu kommen, doch wegen einer falschen Berechnung stürzt das Schiff auf einen Eisplaneten. Fünfzehn Jahre später stehlen die einzigen Überlebenden, Chakotay und Kim, den Delta Flyer, um eine Nachricht zurückzuschicken und die Katastrophe abzuwenden. Captain Geordi LaForge, der das Kommando über die USS Challenger hat, ist entschlossen, sie um jeden Preis zu stoppen.

Nachdem sie auf ein Stück Borg-Technologie namens Vinculum gestoßen ist, das die Gedanken der Drohnen miteinander verbindet, zeigt Seven of Nine die Persönlichkeiten der Menschen, die sie als Mitglied des Kollektivs assimilierte. Bald werden sie so stark, dass sie Sevens eigene Persönlichkeit überwältigen können.

Als sich eine Lebensform an B'Elannas Nervensystem anhaftet, bittet der Doktor um die Hilfe einer holographischen Nachbildung des cardassianischen Dr. Crell Mossett. B'Elannas lehnt jedoch jede Behandlung ab, als sie erfährt, dass dieser Arzt während der Besatzung für sadistische Kriegsverbrechen verantwortlich war.

Als die Voyager auf einen Planeten trifft, der komplett aus Wasser besteht, entdecken sie, dass das Kraftfeld, das seine Integrität aufrecht erhält, zusammenbricht. Tom Paris missachtet direkte Befehle, um den Planeten zu retten. Er wird zum Fähnrich degradiert und für 30 Tage in den Arrest gebracht.

Während die Voyager den Devore-Raum durchquert, muss Captain Janeway alle Telepathen an Bord im Transporter verstecken, da Telepathie nach dem Devore-Gesetz illegal ist. Nachdem die Voyager wiederholt durchsucht wurde, ersucht der Leiter der Ermittlungen um Asyl um sich abzusetzen.

Der Doktor entdeckt, dass sein Kurzzeitgedächtnis durch das Löschen einiger Ereignisse verändert wurde. Er leitet daher eine Untersuchung ein, wer oder was dafür verantwortlich sein könnte. Als ihm eine Falle stellt und der Täter gefasst wird, ist er schockiert darüber, wer es ist und warum er es tut.

Photonische Energie-Lebensformen verwechseln die Figuren in Toms Holo-Roman mit echten Menschen. Die Holodeck-Charaktere interpretieren dies als Angriff und bald versucht Dr. Chaotica, die fremden Lebensformen auszulöschen. Die einzige Person, die ihn aufhalten kann, ist Captain Janeway in der Rolle der Königin Arachnia.

Nachdem Tuvok, Paris und der Doktor auf einem Planeten abgestürzt sind, warten sie auf ihre Rettung. Aus ihrer Sicht sind viele Wochen ohne Kontakt mit der Voyager vergangen, während an Bord nur ein paar Stunden vergangen sind, als sie einen Rettungsversuch planen.

Die Entdeckung eines Wurmlochs, das direkt zur Erde führt, läßt die Crew euphorisch werden, aber Seven Of Nine ist nicht überzeugt, dass das Wurmloch real ist. Um ihrer Sache zu helfen, rekrutiert sie Naomi Wildman, den Doktor und einen außerirdischen Piloten namens Qatai, um das Schiff am Durchfliegen des Wurmlochs zu hindern.

Nachdem sie ein Borg-Schiff besiegt hat, beschließt Captain Janeway, eine andere beschädigte Sphäre anzugreifen, um eine Trans-Warp-Spule zu stehlen. Während sich die Crew auf ihren Überfall vorbereitet, ist der Borg-Königin der gesamte Plan im Geheimen bekannt. (Sternzeit: 52619,2)

Die Borg entdecken Janeways Plan eine Transwarp-Spule zu stehlen, und greifen auf den neuralgischen Transceiver von Seven Of Nine zu, um ein Ultimatum zu formulieren: Wenn Sie sich erneut dem Kollektiv anschließt, werden das Schiff und seine Crew nicht assimiliert. Wenn Seven einverstanden ist, wird dem Schiff eine sichere Passage durch den Borg-Raum garantiert.

Ohne ärztliche Freigabe wird Kim in eine Liebesbeziehung mit einem Mitglied der Varo verwickelt. Probleme entstehen, als sie nach dem Vorfall biochemisch voneinander abhängig werden. Doch es gibt noch weitere Komplikationen auf dem Generationenschiff der Varo, die zu einem Konflikt führen, in den die Voyager mit hineingezogen wird.

Nachdem Paris und Torres den Bund der Ehe eingegangen sind, beginnen sich das Schiff und seine Crew auf molekularer Ebene aufzulösen.

Beim Boxen auf dem Holodeck wird Chakotay von einer telepathischen Art kontaktiert. Eine längere Kommunikation kann ihn jedoch wahnsinnig machen und er beginnt den Verstand zu verlieren.

Die Voyager wird von einer als Hazari bekannten Rasse in einen Hinterhalt gelockt, aus dem es scheinbar keinen Ausweg gibt. Bald kommt ein außerirdischer "Think Tank" mit einer Antwort auf das Problem des Schiffes und alles, was sie dafür verlangen, ist Seven of Nine.

Auf einem beschädigten Malon-Frachter versucht eine Reparaturmannschaft von Voyager, ein gefährliches Leck einzudämmen, das einen nahe gelegenen bewohnten Planeten bedroht. Bevor sie sich auf die Mission begeben, warnen zwei Besatzungsmitglieder des Schiffes sie vor Kreaturen und vergifteten Monstern, die an Bord des Schiffes Verwüstungen anrichten sollen.

Der Doktor versucht, Seven of Nine in das Konzept des Dating einzuführen. Nach einem katastrophalen ersten Date führt der Doktor sie persönlich aus, aber er merkt bald, dass er selbst Gefühle für Seven entwickelt.

Captain Janeway erzählt die Geschichte ihrer entfernten Vorfahren Shannon O'Donnell während des Silvesterabends 1999 beim Bau des Millennium Gate auf der Erde. Sie muss den lokalen Buchhandlungseigentümer Henry Janeway davon überzeugen, den Plan zu genehmigen und sein Haus zu verkaufen.

Nach der Zerstörung der Voyager setzt sich Captain Braxton vom Zeitschiff Relativity aus dem 29. Jahrhundert mit Seven of Nine in Verbindung, um in die Vergangenheit zu reisen und herauszufinden, wer den "zeitlichen Disruptor" deponiert hat. Sie muss dies jedoch tun, ohne von der früheren Janeway entdeckt zu werden.

Nachdem Kim eine kleine Sonde mit künstlicher Intelligenz an Bord der Voyager gebeamt hat, verbindet sie sich mit den Systemen des Doktors und fordert, dass sie seine Mission der Massenvernichtung vollenden darf.

Die Voyager trifft auf ein anderes Raumschiff der Föderation, die Equinox, die von Captain Ransom befohlen wird und ebenfalls vom Fürsorger entführt wurde. Ein schreckliches Geheimnis wird jedoch über Captain Ransom enthüllt, der Technologie von der Voyager zusammen mit Seven of Nine und dem Doktor als Geiseln stiehlt.