A Voyager egy az űr egy különleges részére érkezik, amelyből nem lehet "kilátni", és így teljesen sötétnek tűnik. A legénység rossz hangulatát még az is rosszabbítja, hogy a kapitány nem hajlandó kimozdulni a szobájából, mert kínzó önvádak gyötrik. A legénység a sötét űrben két új fajjal is találkozik. Az egyik az őshonos, a másik pedig a malon faj. A malonok ebbe a térségbe szállítják mérgező hulladékaikat, veszélyeztetve ezzel a másik fajt. A gyenge faj védelmében legénységnek nincs más lehetősége, mint szembeszállni a malonokkal, és a szennyezéssel.

Egy transzportálás során Hétkilenced nanoszondái asszimilálják a Doktor holosugárzóját. Ezzel egy teljesen új, minden eddiginél fejlettebb borg dolgozó születik meg a Voyager fedélzetén. A kapitány Hétkilencedet bízza meg a dolgozó tanításával. A kapitány azt szeretné, hogy az új borg a hajón maradva erősítse a legénységet. Eközben szuperborg a Kollektíva hívását várja. A Borg felfedezi az új lehetőséget, és meg akarja szerezni a szuperborgot, aki ehelyett feláldozza magát, és megmenti a Voyagert.

Torres egyre veszélyesebb holoprogramokat kezd futtatni, amelyek alatt kikapcsolja a biztonsági protokollt. B'Elanna társai igyekeznek rájönni, hogy mi lehet a hadnagy furcsa viselkedésének az oka. Végül Chakotay kideríti az igazságot, és meggyőzi Torrest, hogy hagyja abba a veszélyes játékait. Eközben a Voyager egyik szondáját egy gázóriás légkörébe rejti egy malon hajó elől. A szonda kimentésére Tom Paris vezetésével egy új hajót hoznak létre, a Delta kompot. Megindul a verseny a malon hajó és a Voyager között a szonda megszerzéséért.

A Voyager egy állomásra bukkan az űrben. Az állomásra átsugárzó Chakotay és Tuvok legnagyobb megdöbbenésükre a San Franciscóban található Csillagflotta Főparancsnokság pontos mását találják meg. Chakotay és Tuvok foglyul ejti az egyik ál-Csillagflotta tisztet, akiről kiderül, hogy a 8472-es faj egyik képviselője. Chakotay visszamegy az állomásra, hogy minél többet tudjanak meg az állomásról, és a másolat céljáról.

A Delta komp, fedélzetén Parisszel, Tuvokkal és Wildman zászlóssal, egy bolygóra zuhan. A zászlós súlyosan megsérül, és ha nem kerül idejében vissza a Voyagerre, akkor meg is halhat. Paris és Tuvok igyekeznek megjavítani a kompot, mielőtt még túl késő lenne. Eközben a Voyager fedélzetén Neelix Naomi Wildmant próbálja szórakoztatni addig, amíg meg nem találják az anyját, ezért részt vesz a Naomi által készített Flotter című holoregényben.

15 évvel az után, hogy a Voyager egy kísérleti próbaút során egy jégbolygóba csapódott, a baleset két túlélője, Chakotay és Kim visszatérnek a helyszínre. Az ellopott Delta komp segítségével fedezik fel a hajót, és legjobb reményeik ellenére sem találnak túlélőket. Csak a Doktor programját sikerül újjáéleszteni. Chakotay és Kim célja az, hogy egy lopott borg eszköz segítségével üzenetet küldjenek Hétkilencednek 15 évvel korábbra. Közben LaForge kapitány vezetésével megindul a hajtóvadászat a "tolvajok" ellen.

A Voyager egy borg eszköz hatása alá kerül. Az eszköz, amely a dolgozók elméit köti össze egy hajón belül, komoly hatásokat kezd kifejteni Hétkilenceden. Hetesben hirtelen más személyiségek kezdenek megjelenni, mint pl. egy klingon harcos, egy ferengi és egy 6 éves kislány. A Doktornak és Tuvoknak gyorsan kell cselekedniük, mielőtt Hetes személyisége teljesen elveszne.

Torrest egy bizarr és sérült idegen lény támadja meg, amely a hadnagy testéhez tapasztja magát. Miután a Doktor egyedül nem boldogul, létrehozza a kardassziai exobiológus, Dr. Crell Moset holografikus képét, hogy segítsen neki. De mivel a kardassziai orvosról köztudott volt, hogy a betegein etikátlan kísérleteket végzett, Torres visszautasítja a segítségét. A Doktornak döntenie kell, hiszen B'Elanna élete komoly veszélyben forog.

A Voyager egy különleges bolygót talál, amely egy hatalmas gömbölyű tengerre hasonlít. Hamarosan kiderül, hogy a "bolygó" lakói súlyosan rongálják saját környezetüket, és fokozatosan tönkreteszik a különleges űrbeli tüneményt. Paris szokatlan megszállottsággal igyekszik ezt megakadályozni, és az Elsődleges Irányelvet és a kapitány parancsát megszegve megpróbál végetvetni a környezeti rombolásoknak - sikertelenül. Janeway lefokozza Parist zászlóssá, és 30 napi elzárásra ítéli. Tom a zárkában rögzítőre mondja a történteket, hogy egyszer majd az apja is megérthesse mit miért tett.

A Voyager a Devore birodalom területén halad át. A devorok üldözik a telepatákat, ezért a kapitány segít két telepata családot elbújtatni. A devorok sűrűn ellenőrzik és kutatják át a hajót. Egyszer az egyik devor alakulat vezetője, Kashyk felajánlja segítségét a kapitánynak. Elmondja, hogy ő valójában segíteni akar a telepatáknak. A kapitány és a legénység is nehezen bízik meg Kashykban, aki igyekszik bizonyítani. Kashyk és a kapitány egy tervet is kidolgoznak a két család kimenekítésére.

A Doktor sosem látott képeket talál a holofelvevőjében, és nem ismeri fel a képeken lévőket. Felfedezi, hogy valaki belepiszkált a memóriájába. Hétkilenced segítségével kideríti, hogy ez nem más volt, mint a kapitány. Kiderül, hogy a Doktor korábban súlyosan meghibásodott, miután Kim és egy másik legénységi tag sérüléseit kellett ellátni, és ő Kimet részesítette előnyben, míg a másik beteg meghalt. A Doktor etikai alprogramja visszacsatolásokat okozott, teljesen hasznavehetetlenné tették a Doktort, és ezért kellett eltávolítani ezeket az emlékeket.

Az ötödik dimenzióból származó idegen lények a holofedélzetre érkeznek, ahol éppen Paris Proton kapitány című holoregénye fut. Az idegenek azt hiszik, hogy a holovilág maga a valóság. Az idegenek Dr. Chaotica-t veszélyesnek találják, és harcot indítanak ellene. Eközben a Voyager rendszerei súlyos rongálódáson mennek keresztül. Janeway Arachnia, a Pókkirálynő szerepében igyekszik megállítani Chaotica-t, mielőtt még az egész hajó megsemmisülne.

Egy komp, fedélzetén Tuvokkal, Parisszel és a Doktorral eltűnik egy összeomló jelenségben, és egy sivatagos, kietlen bolygóra zuhannak. A bolygón az idő sokkal gyorsabban telik, mint a Voyageren, így több hónapot is ott töltenek, míg a hajón csak pár nap telik el. Amíg a Voyager igyekszik megtalálni őket, az eltűntek barátságba kerülnek Noss-szal, egy idegen nővel, aki szintén azon a bolygón rekedt. Noss beleszeret Tuvokba, és habár ez illogikus egy vulkáninak, ő is vonzódni kezd hozzá. Eközben az ott élő egyéb idegenektől is meg kell védeniük magukat.

Öt év után a Voyager egy féregjáratra bukkan, ami az Alfa Kvadránsba vezet. A legénység hihetetlenül boldog. Sikerül kapcsolatba lépni a Földdel, ahonnan jobbnál jobb hírek érkeznek. Egyedül Hétkilenced az, aki kételkedik a dolgokban. A Voyager legénysége a féregjáratba tartva valamilyen különleges oknál fogva kómába esik, kivéve Hétkilencedet és a Doktort. A hajó egy Qatai nevű idegennel is találkozik, aki elmondja, hogy a féregjárat valójában egy élőlény, amely képes belelátni az emberek leghőbb vágyaiba, és így csalja magához az áldozatait.

Janeway kapitány egy igen kockázatos vállalkozást tervez: egy sérült borg gömb fedélzetéről el akar lopni egy transztértekercset. A Borg hamar kideríti a kapitány terveit, és kapcsolatba lép Hétkilenceddel. A Borg üzletet ajánl: ha Hetes újra csatlakozik a Kollektívához, akkor megkíméli a Voyagert. Ezért Hetes is jelentkezik a küldetésre induló csapatba. Hétkilenced a szülei által készített feljegyzések alapján igyekszik minél többet megtudni, és találnak is egy eszközt, amellyel elbújhatnak a Borg elől. A küldetés megkezdődik, a transztértekercset ellopják, de Hétkilenced nem akar visszatérni a Voyagerre. A hajóra visszatérő kapitány dühös, hogy ekkorát kellett csalódnia, de később kiderül, hogy a Borg üzeneteket küldött Hetesnek. Ezek után megindul az akció, hogy kiszabadítsák Hetest.

A kapitány parancsát megszegve Kim beleszeret Derran Talba. Tal a varro fajhoz tartozik, amely egy hatalmas állomáson él. A varrok különlegessége, hogy a szerelmes Kim és Tal egymástól biokémiailag függővé válnak. Eközben a varrok között egy függetlenséget követelő csoportosulás szabotálni kezdi az állomást.

B'Elanna és Tom éppen egy holografikus utazáson vesz részt, amikor egy szokatlan jelenség rombolni kezdi a Voyager szerkezetét, és dezintegrálja nemcsak a hajót, hanem a legénységet is.

A hajó a kaotikus űrben reked, ahol a fizika törvényei állandó hullámzásban vannak. Chakotayt hallucinációk kezdik gyötörni, és azt hiszi, hogy ő egy maquis bokszoló, akinek ki kell állnia Delta Kvadráns bajnokával, Káosz Kölyökkel.

A hazarik által üldözött Voyager az "agytröszttől" kap segítséget, amely egy problémákra szakosodott, különböző idegen lényekből álló kis csoport. A csoport szóvivője, Kurros felajánlja segítségét a hazarik ellen, ha Hétkilenced hajlandó csatlakozni a csoporthoz. Miután Hetes visszautasítja az "ajánlatot", az agytröszt megpróbálja erővel megszerezni.

A Voyager két malon ment meg egy súlyosan megrongálódott hajóból. A malon hajóra induló csapatot Torres vezeti. Feladatuk a théta sugárzás megfékezése - Fesek és Pelk, a két malon figyelmeztetése ellenére. A két malon létezik egy legenda, a Romlás Angyala, és ő lehet a felelős a történtekért.

Az emberi énjének jobb felfedezése érdekében Hétkilenced a Doktortól vesz leckéket a társasági élet és a párkapcsolatok rejtelmeiről. Paris és a Doktor fogadást kötnek arról, hogy vajon Hétkilencedből sikerül-e egy "normális" embert faragni. Az együtt töltött órák alatt a Doktor ráeszmél, hogy beleszeretett Hetesbe. Eközben egy rengeteg kötöttséggel rendelkező faj nagykövete látogat a hajóra, akit Neelix ellát minden jóval.

Janeway Shannon O'Donnel nevű ősére emlékezik vissza, akinek fontos szerepe volt a Földön található Millenium Kapu megépítésében. A kapitány az ősének történetét olvasva eleveníti fel a múltat.

A 29. századi Föderáció időhajójának fedélzetén Braxton kapitány igyekszik rájönni, hogy ki rakott temporális bombát a Voyagerre, és pusztította el azt. Ehhez Hétkilenced segítségét kéri, aki először a hajó kifutása előtt, majd a kazonokkal történt összecsapáskor próbálja megtalálni a bombát. A keresgélés közben Hetes lebukik, és a kapitány - akivel akkor még nem ismerték egymást - kérdőre vonja, ezért a figyelmeztetések ellenére Janewayt is beavatja a dolgokba.

A Voyager egy másik föderációs csillaghajóra bukkan a Delta Kvadránsba. A U.S.S. Equinox tudományos hajót egy párhuzamos valóságból származó idegen faj tartja támadás alatt. Janeway segít megjavítani az Equinoxot, hogy együtt indulhassanak hazafelé. Közben a Voyager legénysége igyekszik megtudni, hogy az idegenek miért támadták meg a hajót. A Doktort az Equinox kutatólaborjába küldik, aki felfedezi, hogy Ransom kapitány súlyosan megsértette a Csillagflotta szabályait. Az Equinox legénységének sikerül megszöknie Janeway elől, és a Doktort és Hétkilencedet túszként magukkal viszik.