Il Capitano Janeway riesce a negoziare un accordo con i Borg, che garantiscono alla Voyager il passaggio attraverso il loro spazio in cambio della tecnologia necessaria per combattere la Specie 8472. Chakotay si oppone a questa strategia, ma Janeway è irremovibile e chiama Tuvok sulla nave Borg per poter lavorare nei loro laboratori. Quando il Vulcaniano la raggiunge, i Borg tentano di impiantare a lui e a Janeway dei ricetrasmettitori sottocutanei in modo da collegarli alla collettività, ma il capitano della Voyager rifiuta categoricamente, minacciando di respingere l'accordo. Il compromesso è che i Borg scelgano un portavoce che possa interagire con l'equipaggio umano, esattamente come successe anni prima con Locutus. Dalle migliaia di Borg presenti sulla nave, viene scelta una Borg umana, designata Sette di Nove. Intanto, sulla Voyager, Kes continua ad avere delle allucinanti visioni e si rende conto che la Specie 8472 è fortemente telepatica e le sta trasmettendo il suo incredibile odio e la sua sete di vendetta nei confronti dei Borg.

Rimasta isolata dalla collettività, Sette di Nove chiede ripetutamente a Janeway di farla tornare con i Borg. Janeway, oltre a considerare la grande perdita di tempo necessaria ad un'inversione di rotta, è decisa a far riemergere in Sette di Nove la parte umana perduta anni prima con l'assimilazione. Nel computer della nave è infatti presente la fotografia di una bambina data per dispersa, che con i genitori finì per sbaglio nel Quadrante Delta e lì venne assimilata. Della bambina, Annika, non sembra però esserci traccia nella mente di Sette di Nove, che si trova spaventata e sola in un mondo che non conosce e che sta lentamente trasformando il suo corpo: l'estrema lontananza dalla collettività sta infatti creando una specie di reazione allergica, e la parte umana di Sette di Nove sta rigettando gli impianti Borg. Nel frattempo, anche Kes sta subendo un'inspiegabile trasformazione: i suoi poteri psicocinetici si stanno amplificando a dismisura...

Il tenente B'Elanna Torres sta per affrontare il suo Giorno dell'Onore, un antico rituale Klingon in cui viene esaminato il comportamento di un guerriero per stabilire se è meritevole. La giovane non è però molto convinta di volersi sottoporre a questo rituale, perché non si sente abbastanza legata al mondo Klingon. Nel frattempo, la Voyager è costretta a espellere il nucleo curvatura e si trova a proseguire il suo viaggio a velocità impulso, oltre a dover tenere lontani i Caatati, che vogliono prendere con la forza Sette di Nove. Questa razza, infatti, è costretta a viaggiare nello spazio, senza risorse e al limite della sopravvivenza, a causa degli attacchi che i Borg hanno portato al loro mondo natale, distruggendolo. La loro sete di vendetta è così grande che vogliono sfogare le propria rabbia su Sette di Nove.

Il comandante Chakotay si vede costretto ad un atterraggio di emergenza su un pianeta sconosciuto e, mentre attende che la Voyager venga a cercarlo, si trova coinvolto nelle battaglie degli abitanti del pianeta. Gli umanoidi che abitano quel mondo appartengono a due razze diverse e da molto tempo stanno disperatamente tentando di annientarsi reciprocamente, compiendo stragi e impegnandosi in continue guerriglie. Chakotay viene fatto prigioniero di una delle due fazioni e con il passare del tempo riesce non solo a comprendere le loro ragioni, ma anche a simpatizzare con loro e a partecipare in prima persona alla lunga e dura battaglia contro il feroce e insidioso nemico.

Mentre sulla Voyager Harry Kim viene incaricato di lavorare con Sette di Nove alla preparazione di un nuovo laboratorio astrometrico, B'Elanna e il Dottore Olografico vengono mandati a rispondere ad una peculiare richiesta di soccorso: un messaggio registrato proveniente da una nave il cui equipaggio è morto in circostanze misteriose. Il messaggio è stato lanciato da... un ologramma, programmato per servire l'equipaggio, che adesso accusa qualche guasto e necessita di riparazioni. Giunti sulla nave fantasma, B'Elanna e il Dottore Olografico si trovano di fronte un essere sicuramente senziente, ma stranamente ossessionato e con un atteggiamento nei confronti di B'Elanna che sfiora la follia. L'unico con cui sembra sentire affinità è il Dottore Olografico...

In risposta a quella che crede essere una chiamata da parte dei Borg, Sette di Nove lascia la Voyager. La giovane è combattuta tra la sua origine umana, che la lega ormai a doppio filo con l'equipaggio della nave, e il richiamo dell'unica vita che abbia mai conosciuto davvero, quella con il Collettivo Borg. Questo conflitto viene aumentato ancor di più quando Sette scopre i resti di una nave. Il relitto, rimasto intoccato da decenni, è la stessa nave su cui Sette aveva viaggiato quando ancora si chiamava Annika, quando era una ragazzina in viaggio nell'ignoto con i suoi genitori, quando i Borg non l'avevano ancora rapita e trasformata in una di loro...

Durante un incontro molto romantico in un Tubo di Jefferies, B'Elanna e Tom Paris subiscono una 'visita' molto particolare da uno sconosciuto, che rimane però invisibile, anche se B'Elanna sembra accorgersi di qualcosa. Da quel momento i loro incontri si fanno sempre più focosi ed indiscreti, tanto da meritarsi una reprimenda ufficiale da parte del capitano. Una simile visita viene fatta anche a Chakotay, il quale subisce però un violento e doloroso invecchiamento, senza che il dottore riesca a capirne la causa o a invertire il processo. B'Elanna e il dottore olografico iniziano ad indagare su questi misteriosi cambiamenti che colpiscono sempre più persone a bordo della Voyager, ma proprio quando sembrano arrivati ad una soluzione, B'Elanna viene colpita a sua volta e il dottore si salva per un pelo dall'essere cancellato trasferendosi nel ponte ologrammi.

Una prosperosa colonia aliena viene investita da un raggio di energia e sparisce completamente, sostituita da un bosco attraversato da un fiume, come se non fosse mai esistita. Sulla Voyager, intanto, il nuovo laboratorio astronometrico è finalmente completato e grazie ad esso viene elaborata una nuova rotta che permetterà alla nave di tornare nello spazio federale cinque anni prima del previsto. Subito dopo aver intrapreso questa nuova rotta, la Voyager viene intercettata da una nave krenim, che reclama quello spazio come proprio e intima al Capitano di tornare indietro. Dopo aver realizzato che la nave krenim non rappresenta un vero problema, Janeway decide di continuare ugualmente, ma poco dopo entrambe le navi vengono colpite da una fortissima onda di energia temporale...

La maggior parte dell'equipaggio della Voyager ha abbandonato la nave, tentando di sopravvivere agli attacchi dei Krenim sparpagliandosi per tutto il settore. Sulla nave della Federazione, che è gravemente danneggiata e a malapena riesce a continuare il viaggio, sono rimasti pochi volontari, tra cui Sette di Nove, Neelix e Tuvok. A complicare le cose, Chakotay e Paris sono stati rapiti da una nave che sta flagellando quell'area di spazio e il cui scopo è ripristinare una determinata linea temporale. Mentre Chakotay tenta di capire i meccanismi della potente arma temporale, il Capitano Janeway, sulla Voyager, è disposta a tutto pur di sconfiggere i Krenim. Nonostante la nave non disponga quasi più di supporto vitale e tutti i sistemi siano ai minimi termini, Janeway preferirebbe morire piuttosto che abbandonarla!

L'equipaggio della Voyager si può finalmente concedere un po' di riposo su di un pianeta ospitale, approfittandone per rifornirsi di frutta e verdura fresca. Al mercato, Tuvok scopre che la popolazione è composta da telepati, il che spiega l'assenza completa di crimini sul pianeta. Improvvisamente scoppia una violenta lite fra due abitanti, uno dei quali rimane gravemente ferito. L'ufficiale addetto alla sicurezza del pianeta, dopo aver interrogato gli ufficiali della Voyager presenti al fatto, decide di arrestare B'Elanna per aver avuto pensieri violenti, istigando così l'aggressione. La sua sorte sarà quella di dover subire un parziale lavaggio del cervello. Janeway e Tuvok non credono del tutto a questa possibilità e iniziano a riesaminare le prove raccolte, trovando una prova che potrebbe scagionare B'Elanna. Poche ore dopo, però, una nuova aggressione interrompe la calma del mercato e una giovane ragazza perde la propria vita per mano di un'anziana signora.

Un vascello alieno dalle ovvie intenzioni ostili attacca senza preavviso la Voyager e, utilizzando un incredibile tecnologia di teletrasporto, riesce a penetrare negli schermi difensivi della nave. Prima che il capitano Janeway e il suo equipaggio possano fare qualcosa, gli alieni analizzano il contenuto della Voyager e rubano diverse parti della nave. Una volta localizzato il pianeta da cui sono arrivati i pirati, Janeway e Tuvok si teletrasportano in superficie per recuperare almeno il computer principale della Voyager. Con loro grande sorpresa, trovano che la matrice del ponte ologrammi è attivata, e la ricostruzione di Leonardo Da Vinci è... pronta ad aiutarli a recuperare la tecnologia rubata, conducendoli dal leader dei pirati, Tau, per trattare!

Neelix sta preparando un party per celebrare la vigilia di Prixin, la festa Talaxiana dedicata alla famiglia. Chakotay e Paris, però, gli chiedono se può interrompere la preparazione per unirsi a loro in una breve missione. Neelix è più che contento di prestare il proprio aiuto, ma durante la missione la navetta su cui si trovano tutti subisce un incidente e riesce appena a tornare a bordo... Neelix però non ce l'ha fatta: è rimasto ucciso. La sua unica speranza è Sette di Nove che, con l'aiuto dell'intero equipaggio e delle tecniche cibernetiche dei Borg, riesce a riportarlo in vita. Scombussolato dall'esperienza, Neelix continua la preparazione delle celebrazioni del Prixin, con moltissimi dubbi che si affacciano alla sua mente, e che riguardano l'esistenza stessa...

Alcuni eventi molto strani iniziano ad accadere sulla Voyager: Tuvok arriva sul ponte completamente svestito, Janeway trova quattro membri dell'equipaggio mummificati in mensa, Kim subisce delle avances molto spinte da parte di Sette di Nove e la navetta di Tom Paris si schianta, uccidendolo. Fortunatamente si tratta solo di incubi, ma tutti, prima di svegliarsi, vedono nel loro sogno un alieno la cui razza non è mai stata incontrata, nemmeno dai Borg. Kim e un altro membro dell'equipaggio rimangono bloccati in uno stato di sonno profondo, dal quale neanche il dottore riesce a svegliarli. Chakotay propone allora di provare ad indagare nell'unico posto dove sembra esserci un indizio: nei loro sogni. Usando una tecnica che gli permette di controllare il corso dei propri sogni, si addormenta, alla ricerca dell'alieno che li ha contattati. L'alieno c'è, ed è ostile. Chakotay riesce però a convincerlo a non attaccarli più dicendogli che se ne sarebbero andati subito. Tutto sembra andare bene, fino a quando la nave viene abbordata dagli stessi alieni che avevano incontrato nei loro sogni. Improvvisamente, Chakotay si accorge però di stare ancora sognando...

Chakotay e Janeway vengono convocati urgentemente da Sette di Nove al laboratorio astronometrico: tramite le nuove apparecchiature, e una rete di sensori alieni abbandonati, è stata localizzata una nave della Federazione... nel Quadrante Alfa. Immediatamente viene inviato un segnale alla nave, ma il segnale è troppo debole e viene riflesso prima di arrivare a destinazione. La nave della Federazione sta per uscire dal raggio dei sensori alieni quando B'Elanna trova la soluzione: inviare un messaggio olografico... il dottore! Arrivato a bordo della Prometheus, una nave prototipo della Federazione, il dottore scopre, da un ufficiale in punto di morte, che la nave è stata abbordata dai Romulani, e che questi ne hanno preso il controllo. L'unico suo alleato è il nuovo modello di dottore olografico, molto poco propenso, però, a qualsiasi azione al di fuori dell'infermeria.

Janeway e il suo equipaggio sono riusciti a contattare la Flotta Stellare... o almeno a lasciar loro un messaggio sulla loro posizione e il loro status. Attraverso la stessa rete sensoriale aliena, la Voyager comincia a ricevere segnali di ritorno, da familiari e amici contenti che l'equipaggio stia bene... anche se migliaia di anni luce lontano da casa. Il guaio è che alcuni messaggi vengono trattenuti all'interno della rete sensoriale che sembra non funzionare appropriatamente. Tuvok e Sette di Nove vengono quindi inviati a scoprire quali sono i guasti, e si imbarcano in una navetta per raggiungere la struttura sensoriale aliena. Prima di arrivarci, però, vengono intercettati e catturati da una nave aliena. Intrappolati come animali, Tuvok e Sette di Nove scoprono l'esistenza degli Hirogen, una razza aliena ostile di predatori, che vivono per il solo scopo di predare e uccidere altri esseri senzienti...

La U.S.S. Voyager incontra una nave Hirogen alla deriva; il suo pilota è gravemente ferito e Janeway dà ordine che questi sia trasferito nell'infermeria, nonostante Sette di Nove cerchi di convincerla che l'alieno riprenderà a dare la caccia all'equipaggio non appena ristabilito. La presenza a bordo dell'Hirogen si fa ancora più pericolosa di quanto l'equipaggio avesse immaginato, quando la creatura a cui stava dando la caccia - appartenente alla specie 8472, letale anche per i Borg - sale a bordo della Voyager.

Kovin, un mercante di armi alieno, è a bordo della Voyager per barattare un potente sistema di armi. Janeway da ordine a Sette di Nove, che era già stata sul pianeta di Kovin a verificare il funzionamento del sistema, di riconfigurare gli schemi della Voyager secondo le specifiche del mercante. Purtroppo, poco dopo aver iniziato a lavorare, Kovin viene colpito al volto, apparentemente senza motivo, da Sette di Nove. Entrambi vengono portati in infermeria, il primo per essere curato, e la seconda per cercare di capire cosa le abbia preso. Il dottore, tramite regressione ipnotica, scopre però che forse lei non è la colpevole, ma la vittima...

Gli Hirogen hanno invaso e sottomesso la Voyager imparando poi ad utilizzare il ponte ologrammi per creare nuove ambientazioni dove cacciare i membri dell'equipaggio. Uno degli scenari si svolge nella Francia occupata, con gli Hirogen come ufficiali nazisti a caccia del Capitano Janeway, Sette di Nove, Tuvok e Torres nei panni di membri della Resistenza francese. Al di fuori del ponte ologrammi, il Dottore cerca di curare al meglio le ferite sempre più gravi che gli alieni infliggono all'equipaggio. Curando Sette di Nove, colpita alla base del cranio, fa in modo che l'impianto che le è stato inserito e che le fa credere di essere a sua volta un personaggio del ponte ologrammi, bruci non appena lei ci venga riportata. Nel ponte ologrammi, intanto, arrivano gli Americani, comandati da Chakotay, ed iniziano a bombardare la base dei Tedeschi, che salta in aria, squarciando le pareti del ponte ologrammi e rivelando gli interni della nave...

Nel ponte ologrammi, anche Janeway ha recuperato la propria identità e, assieme a Sette di Nove, sta cercando di 'risvegliare' anche il resto dell'equipaggio che si trova sul ponte ologrammi. La guerra, intanto, si sta allargando anche sui ponti interni della nave e gli stessi Hirogen non riescono più a controllarla per gli eccessivi danni riportati dal ponte ologrammi in seguito all'esplosione. Janeway riesce a far bruciare tutti gli impianti che controllano l'equipaggio, ma viene catturata. In accordo con il capo degli Hirogen, inizia a sovraccaricare gli emettitori olografici, in modo da riuscire a spegnere il ponte ologrammi.

L'equipaggio rimane sconcertato quando il Capitano Janeway e Sette di Nove iniziano un'importante e segretissima operazione in risposta a uno strano disturbo subspaziale. Chakotay riesce, dopo molte insistenze, a convincere il capitano a parlare, almeno con gli ufficiali, del problema, in modo da poterlo affrontare insieme. Janeway spiega che i sensori della Voyager hanno scoperto la presenza di una sostanza altamente pericolosa e completamente instabile, chiamata Omega. La molecola ha la capacità di distruggere il subspazio in modo da impedire ogni spostamento a velocità curvatura. Gli ordini della Flotta stellare riguardanti Omega, classificati al più alto livello di sicurezza, sono di distruggere ogni molecola di tale sostanza appena la si incontra. Sette di Nove afferma però che i Borg credono di avere conoscenze sufficienti per imbrigliare e stabilizzare Omega, in modo che non sia più un pericolo, conoscenze che lei vorrebbe utilizzare.

La Voyager si imbatte improvvisamente in un vascello alieno inseguito da altre navi occultate. L'unico passeggero della nave, un'aliena di nome Kellin, chiede espressamente l'aiuto di Chakotay, affermando di averlo già conosciuto in precedenza. Pur non ricordando nulla di un tale incontro, il primo ufficiale guida una squadra di salvataggio sulla nave gravemente danneggiata. Poco dopo, sulla Voyager, Kellin racconta di essere già stata a bordo non molto tempo prima, e di aver avuto una appassionata storia d'amore proprio con Chakotay! In fuga da tempo dall'oppressivo governo del suo pianeta natale, Kellin chiede asilo sulla nave, ma Chakotay, peraltro sempre più attratto da lei, non sa se crederle o no.

In un museo di un lontano pianeta, si svolge una curiosa rappresentazione olografica: il curatore, Quarren, illustra ai visitatori come l'intervento della nave stellare Voyager diede inizio all'apocalittica guerra tra i Kyrian e i Vaskan. Settecento anni dopo, le tensioni etniche tra queste due razze sono ancora molto aspre, e alcuni dei visitatori Vaskan sono impressionati dalla ricostruzione storica effettuata dai Kyrian, basata sui pochi reperti riportati alla luce. Uno di questi, ritrovato recentemente, è un antico dispositivo di memoria, ancora funzionante. Quando Quarren lo riattiva, compare il Dottore Olografico, che si ritrova sotto processo per i terribili crimini di guerra attribuiti all'equipaggio della USS Voyager più di sette secoli prima.

Le riserve di deuterio della Voyager sono quasi terminate, e la nave è costretta a viaggiare con tutti i sistemi non essenziali disattivati. Quando anche il laboratorio astronometrico sta per essere chiuso, Sette di Nove scopre un pianeta poco distante, ricco di deuterio. Si tratta di un pianeta di classe 'Demon': così sono comunemente soprannominati i pianeti di classe Y, per via del loro ambiente altamente incompatibile con la vita umana. Non essendo possibile il teletrasporto del deuterio, Paris e Kim sono costretti a scendere sul pianeta, ma i comunicatori non funzionano e i due non tornano quando previsto. Usciti per cercarli, Chakotay e Sette di Nove li ritrovano senza le tute protettive. Tornati a bordo, scoprono che ora è l'ambiente della Voyager ad essere tossico per Paris e Kim.

La Voyager incontra una vasta nebulosa altamente radioattiva, e Janeway, per non allungare ulteriormente il viaggio, decide di attraversarla, piuttosto che aggirarla. L'intero equipaggio viene posto in stasi criogenica e il comando viene lasciato a Sette di Nove, che rimane sola, con l'unica compagnia del Dottore Olografico. Il lungo viaggio solitario attraverso la nebulosa comincia a giocare dei brutti scherzi alla mente di Sette di Nove, la quale sperimenta ciò che gli umani chiamano 'allucinazioni'. Quando un alieno di nome Trajis Lo-Tarik, anche lui in viaggio attraverso la nebulosa, contatta la Voyager, gli strani eventi che iniziano a verificarsi lasciano estremamente perplessa Sette di Nove, che comincia a dubitare perfino della reale esistenza dell'alieno.

Il messaggio in codice, fortemente disturbato, proveniente dal Comando della Flotta Stellare e ricevuto dalla Voyager cinque mesi prima, viene finalmente decodificato da Arturis, un alieno invitato recentemente a bordo, la cui specie ha una spiccata predisposizione per le tecniche del linguaggio. Gli ordini in esso contenuti portano la Voyager ad incontrare una nave stellare, che emette una traccia di curvatura tipica delle navi della Flotta Stellare, ma per il resto diversa da ogni altro vascello conosciuto. La USS Dauntless, completamente priva di equipaggio, è dotata di un sistema di propulsione sperimentale molto superiore ai motori a curvatura, in grado di riportare l'equipaggio della Voyager sulla Terra, attraversando 60000 anni luce, in meno di tre mesi. Nonostante Janeway si mantenga cauta, la segreta speranza di tornare presto a casa accresce l'euforia dell'intero equipaggio, ma anche l'ansia di Sette di Nove all'idea di vivere tra miliardi di umani. La Borg chiede al capitano di lasciarle esplorare da sola il Quadrante Delta.