A Borg és a Voyager közötti egyezség megköttetik. Janeway és Tuvok a borg kocka fedélzetére sugároznak, miközben a hajó a Voyagerrel együtt a Borg űr határa felé repül. Amikor egy borg dolgozó neuroadót akar a két Csillagflotta tisztbe ültetni, a kapitány azt javasolja, hogy válasszanak ki egy közvetítőt a dolgozók közül. Ez a dolgozó Hétkilenced lesz. Nem sokkal később egy 8472-es biohajó támadja meg a borg kockát, és el is pusztítja azt. A Voyageren lévők a hajóra sugározzák a sérült Janewayt, Tuvokot és néhány borgot. Amíg a kapitány fel nem épül Chakotay veszi át a parancsnokságot, és úgy dönt, hogy felbontja az egyezséget. Erre a borgok a Voyagert a folyadékűrbe viszik, így a hajónak nincs más választása: harcolniuk kell.

Kes telepatikus ereje minden eddiginél magasabb szintre kerül, de az okot senki sem tudja, de lehet, hogy a 8472-es fajjal való találkozás eredménye. Kes teste kezd átalakulni, és amikor már a hajóra is veszélyessé válik, elhagyja azt, de egy utolsó ajándékként kirepíti a Voyagert a Borg űrből. Eközben a hajón maradt Hétkilenced emberi fiziológiája újra életre kel, és az immunrendszer kezdi kivetni az implantátumokat, ezért a kapitány arra utasítja a Doktort, hogy távolítsa el a borg technológiát.

Torres hadnagy a becsület napja nevű klingon szertartáson igyekszik keresztül esni, amikor a Voyagernek ki kell dobnia a reaktormagot. B'Elanna és Paris egy komppal indulnak a mag után. A Voyager közben találkozik a katatikkal, egy fajjal, amelyet a Borg szinte teljesen asszimilált. A katatik megtámadják a kompot, és Torresnek és Parisnek el kell hagyniuk azt. Paris űrruhája megsérül, ezért kezd fogyni az oxigénje. A haláluk küszöbén Torres bevallja igazi érzelmeit Parisszel kapcsolatban.

Chakotay egy ismeretlen bolygón reked, ahol két faj harcol egymás ellen, hogy megszerezzék az egész bolygót. Chakotayt az egyik faj tagjai elfogják, és elmondják neki a háború történetét. A parancsnok szimpatizálni kezd fogvatartóival, és a harcban az ő oldalukra áll.

A Voyager egy segélykérő üzenetet kap egy hajóról, amelyet egy hologram küldött. A Doktor és Torres indulnak a hajóhoz, hogy segítsenek a hologramnak, mert a hajón rajta kívül mindenki meghalt. A hologram nem sokkal később furcsán kezd viselkedni. Eközben a Voyageren Kim és Hétkilenced az asztrometrikus labor felújításán dolgozik. Kim igyekszik minél közelebb kerülni a borghoz, de nagyon meglepődik, amikor Hétkilenced emberi oldalának megismerése céljából "beteljesíti" Harry romantikus vágyait.

Hétkilencedet különös látomások kezdik gyötörni, és amikor úgy hiszi, hogy a Borg akar eljönni érte, elhagyja a hajót. Egy jelet követve egy bolygóra ér, amelyen egy összetört hajóra bukkan. Arra a hajóra, amelyen ő és a családja utazott, hogy megfigyeljék a Borgot, de a Borg végül asszimilálta az egész családot.

A legénység egyre furcsább tüneteket kezd érezni. A kapitány feje állandóan fáj, Paris és Torres egymás iránti vágya az egekig fokozódik, a Doktorhoz egyre-másra jönnek a különböző tüneteket észlelő betegek. A Doktor és Torres megpróbálnak a dolgok végére járni, de a munkálatok közben a Doktor eltűnik, B'Elanna pedig megsérül. Kiderül, hogy a Doktor a holofedélzetre küldte magát, és Hétkilenced segítségével kiderítik, hogy a hajón különböző kísérleteket végző idegen lények tartózkodnak.

A krenim Annorax létrehozott egy olyan időnkívüli hajót, és fegyvert, amellyel képes egész civilizációkat is kitörölni az időkontinuumból. Annorax célja, hogy visszaállítsa az egykor hatalmas Krenim birodalmat. A krenim vezető terveit a sorozatos támadásokat átélő, és súlyosan sérült Voyager keresztülhúzza. Annorax elrabolja Parist és Chakotayt, hogy tanulmányozhassa őket. A szinte már alig működő Voyagert a legénység nagy része elhagyja, és csak a főtisztek maradnak a hajón.

A működésképtelenség határáig roncsolódott Voyageren már a létfenntartás is akadozik, de a kapitány továbbkeresi a két eltűnt tisztjét. Eközben a krenim időhajón Paris és Chakotay mindinkább megismerkedik Annorax céljaival. Chakotay igyekszik segíteni a krenimnek, de miután látja, hogy Annoraxot nem is igazán birodalma, hanem csak egyetlen bolygó sorsa érdekel, Paris tanácsára a szökésen kezd el gondolkodni. A Voyagernek sikerül szövetségeseket találnia. Chakotay és Paris néhány krenim segítségével szabotálják Annorax hajóját, és megindul a Voyager vezette támadás is a hajó ellen.

A Voyager egy telepatikus faj bolygójára érkezik, ahol a társadalom szinte tökéletesen működik. Azonban a bolygón olyan dolog történik, ami már régen nem fordult elő: gyilkosság. A gyilkosság egyik vádlottja B'Elanna, mert úgy hiszik, hogy az ő erőszakos gondolata volt az eset kiváltó oka. A kapitány ezt nem hagyhatja annyiban, ezért Tuvokot leküldi a bolygóra, hogy vizsgálja ki az esetet. A vulkáni egy tiltott gondolatokkal üzletelő csoportra bukkan.

Egy kicsi idegen hajó támadja meg a Voyagert, és egy nagy energiájú transzporter segítségével áttörnek a pajzson, és több fontos felszerelést is ellopnak, köztük a főszámítógép processzorát. Janeway és Tuvok a rablók bolygójára sugároz, hogy megtalálja a processzort. Nagy meglepetésükre találkoznak a Janeway áltat létrehozott holografikus Leonardo da Vincivel. Da Vinci lesz a kapitányék által kieszelt terv kulcsfigurája, hogy visszaszerezzék az ellopott eszközöket a kalózok vezetőjétől, Tautól.

Egy felderítő küldetés során egy balesetben Neelix súlyosan megsérül, és végül meghal. De Hétkilenced egy borg technológia segítségével feltámasztja a talaxiait. Ezek után Neelixet kétségek gyötrik, mert bár valóban halott volt, mégsem jutott el a talaxiaiak túlvilágára, ahol szerettei várnák. Végső kétségbeesésében vissza akar menni a baleset helyszínére, hogy most valóban meghaljon.

A Voyager legénységét egy idegen faj támadja meg, mégpedig az álmaikban. A legénység tagjai közül egyre többen zuhannak kómaszerű mélyálomba, és a többiek sem tudhatják, hogy most éppen ébren vannak, vagy alszanak. Egyedül Chakotay az, aki az álmokkal kapcsolatos ősi tudása miatt képes lehet megfékezni az idegeneket.

A Voyager kapcsolatba lép az Alfa Kvadránsban lévő Csillagflotta hajóval, a Prometheus-szal. Miután az üzeneteikre nem kapnak választ, a Doktort egy ősi kommunikációs hálózat segítségével a Prometheusra transzportálják. A hajó fedélzetén a Doktor felfedezi, hogy a Prometheus egy új prototípus titkos technológiákkal, köztük az új OSH-val. Kiderül, hogy a romulánok próbarepülésen ellopták a hajót. A két OSH-ra vár a feladat, hogy visszafoglalják a Prometheust.

A Doktor sikeres küldetésének köszönhetően a Voyager egy ősi kommunikációs hálózat segítségével kapcsolatba léphetett a Csillagflottával, és a Földdel. A hajó rengeteg üzenetet kap a legénység tagjainak családjától és barátaitól. Számos üzenetet még mindig nem sikerült letölteni, amikor a Voyager egy idegen hajóval találkozik, amelynek utasai felszólítják a Voyagert, hogy ne használja a hálózatot, mert az az övék. Ezt a kapitány elutasítja, erre az idegenek megszakítják a letöltést. Tuvok és Hétkilenced egy komppal indul a hajó felé, de az idegenek elfogják őket. Az idegenekről kiderül, hogy ők a haroginok, egy vadászokból álló faj, és a Voyager most a préda.

A Voyager egy harogin hajóra bukkan, fedélzetén egy sérült haroginnal, akit a hajóra sugároznak. A harogint erőtérbe zárják, hogy még véletlenül se legyen kedve a legénység tagjaira vadászni. Ám a helyzet megváltozik, amikor a harogin legújabb prédája, a 8472-es faj egy tagja is a hajó fedélzetére érkezik. A kapitány végül kiengedi a harogint, hogy néhány ember segítségével elfogják a 8472-est.

Egy idegen fegyverszakértő, Kovin érkezik a hajóra, hogy a kapitánynak fegyvert adjon el. Az új fegyverek beállításában Hétkilenced segít Kovinnak. Azonban Hétkilenced - látszólag minden ok nélkül - rátámad Kovinra. A kapitány megint meg akarja fegyelmezni Hetest, amikor a Doktor különös dolgokra bukkan. Hétkilenced ugyanis olyan elrejtett képeket kezd felidézni, amelyek szerint Kovin valamilyen kísérletet hajtott végre a borgon.

A Voyagert haroginok szállják meg, és a holofedélzet segítségével egy olyan világot hoznak létre, amelyben kényükre-kedvükre vadászhatnak a legénység tagjaira. Csak a legénység néhány tagját, mint pl. a Doktort és Kimet hagyják ki a "játékból", akik igyekeznek visszaszerezni a hajót. A legénység többi tagja a második világháború alatt megszállt Franciaországban találja magát. A fejükbe épített adóvevők miatt a legénység nem tudja, hogy valójában mi is történik vele. A Doktornak végül sikerül Hétkilenced adóját hatástalanítani, és ezt a legénység többi tagján is végre akarják hajtani, elsőként a kapitánnyal.

A harcok közben a legénység egyre több tagja szenved súlyosabb sérüléseket, vagy hal meg. Az adóvevőjétől megszabadított Janeway Hétkilenced segítségével igyekszik megmenteni a többieket is. Miután kiderül, hogy a kapitány tudatánál van, a haroginok vezetője elmondja, hogy faja megmentése érdekében akarta tesztelni a holofedélzetet, hogy a haroginok letelepedésük után is kiélhessék vadászösztönüket. De egy másik harogin nem ért egyet vezetőjével, és a legénység levadászására indul társaival.

A Voyager különös vészjelzéseket kezd hallatni, és csak Janeway és Hétkilenced tudja az okát. A kapitány titokzatos műveletekbe kezd, de Chakotay meggyőzi, hogy mondja el a legénységnek, hogy mi történt valójában. Janeway elmondja, hogy a hajó érzékelői egy igen veszélyes, és instabil részecskére, az Omegára bukkantak. Mivel az Omega rendkívül veszélyes, a Csillagflotta utasításai szerint minden molekulát el kell pusztítani. De Hétkilenced szerint az Omega molekula stabilizálható, és tanulmányozható, ezért megint szembekerül a kapitánnyal.

A Voyager egy sérült hajóra bukkan, amelynek utasa, Kellin arra kéri Chakotayt, hogy mentse meg. Miután Kellint sikeresen a hajóra hozták, elmondja, hogy már mindenkit ismer a hajón, hiszen már korábban is járt itt, de fajának különleges adottsága miatt nem emlékezik rá senki. Kellin a kormánya elől menekült a hajóra, és most menedéket kér. A legénység tagja, leginkább Chakotay nem tudják, hogy hihetnek egy Kellinnek vagy sem.

A Kyrián Múzeumban Quarren egy történetet mesél a látogatóknak arról, hogy egy U.S.S. Voyager nevű hajó hogyan robbantott ki egy apokaliptikus háborút a bolygón élő két faj között. A kyriánok és a vaszkanok között még 700 évvel a Voyager beavatkozás után is komoly ellentét dúl. Egyes vaszkani szerint a kyrián történelem hibás, ezért Quarren aktivál egy különös eszközt, amelyből a Voyager holografikus Doktora lép elő. A Doktor Quarrennek elmondja a 700 évvel korábban történteket úgy, ahogy az valóban történt.

A Voyager üzemanyaga vészesen kevésre csökkent, ezért külön örülnek, amikor egy deutérium lelőhelyet fedeznek fel egy bolygón. A bolygó egy "démon bolygó", mert a környezeti tényezők halálosak az emberre. Paris és Kim űrruhában a bolygóra sugároz, hogy deutérium mintákat gyűjtsenek. Nem sokkal később a ruháik megsérülnek, és levegőjük elfogy. Az utánuk küldött emberek Parist és Kimet az űrruhájuk nélkül találja meg. Mikor a hajóra sugároznak, Tom és Harry rosszul lesznek, kiderül, hogy valamiért az oxigén a számukra méreggé változott.

A Voyager egy halálosan radioaktív csillagködhöz ér. A legénység minden tagja, kivéve a Doktort és Hétkilencedet, rosszul lesz. A kapitány elhatározza, hogy nem kerülik meg a csillagködöt, inkább átvágnak rajta. A legénység tagjai stáziskamrákba fekszenek, és Hétkilenced a Doktor segítségével felügyel rájuk. Hétkilenced egyedül járja be a hajó folyosóit, és a korábbi borg hallucinációkat kezd látni. Egy Trajis Lo-Tarik nevű idegennel is találkoznak, aki újabb komoly gondokat okoz Hétkilencednek, főleg azután, hogy a Doktor is meghibásodik.

Az öt hónappal ezelőtt fogott súlyosan sérült Csillagflotta üzenetet Arturis segítségével sikerül megfejteni, aki egy hihetetlen fejlett nyelvérzékkel rendelkező faj tagja. Az üzenet alapján a Voyager egy mindennél fejlettebb és gyorsabb Csillagflotta hajóra bukkan. A hajó segítségével 60.000 fényévet három hónap alatt tennék meg. A legénység minden tagja rendkívül izgatott, hogy nemsokára hazaérhet, de Janeway igyekszik lehűteni a kedélyeket. A hajó átvizsgálása közben különös szerkezetekre bukkannak, és a kapott üzenetről is kiderül, hogy teljesen más áll benne, mint ahogy azt Arturis lefordította.