L'équipage du Voyager fait un compromis avec les Borgs : une arme sera développée pour vaincre l'espèce 8472, à condition que le Voyager traverse leur territoire en toute

sécurité.

Ses pouvoirs de télékinésie progressent à tel point que Kes ne parvient plus à les contrôler. Afin d'éviter une catastrophe, elle doit alors quitter le vaisseau.

Tandis que B'Elanna et Tom sont en exploration à l'extérieur du vaisseau, le Voyager est attaqué. B'Elanna et Tom partent alors à la dérive dans l'espace. Se croyant condamnée à mourir, B'Elanna avoue à Tom les sentiments qu'elle éprouve à son égard.

La navette de Chakotay s'écrase sur une planète, et l'ancien maquisard se retrouve au milieu d'un conflit qui oppose deux espèces qui mènent une guerre totale.

Seven et Harry unissent leurs compétences pour travailler dans le nouveau laboratoire. Durant son travail, Seven interprète le comportement de Harry comme une invitation. Parallèlement, lors d'une mission de sauvetage, Torres se retrouve piégée par un hologramme psychopathe...

Croyant être contactée par les Borgs, Seven quitte le Voyager. Plus tard, elle découvre les débris d'un vaisseau qu'elle a jadis connu. Cet événement fait ressurgir de mauvais souvenirs pour Seven, qui se retrouve confrontée aux souvenirs de son assimilation...

Le Voyager est envahi par une race d'aliens qui entreprend des expériences dangereuses. Par la suite, les membres de l'équipage souffrent de maladies des plus étranges. Seven semble être la seule à pouvoir les sauver...

Avec son vaisseau temporel, Annorax change le cours du temps pour restaurer la grandeur des Krenims. Mais ces ruptures du continuum espace-temps ont des répercussions à grande échelle et affectent même le Voyager. Alors que le navire est quasiment détruit, le capitaine Janeway fait évacuer l'équipage.

Paris et Chakotay tentent de raisonner Annorax, et de ramener, d'une manière ou d'une autre, le Voyager sur la route du quadrant Alpha. Pendant ce temps, à bord du vaisseau de la Fédération, les officiers supérieurs, restés à bord, tentent eux aussi de remettre le navire en état pour pouvoir récupérer l'équipage et reprendre leur chemin.

Une étude est lancée sur une planète habitée par une espèce télépathique. Cette dernière condamne toutes les personnes ayant des pensées malsaines et des actions violentes. C'est alors que B'Elanna est arrêtée pour avoir exprimé un sentiment de vengeance...

Une partie du matériel du Voyager a été dérobé par un transporteur. Kathryn Janeway et Tuvok se lancent alors à la poursuite des voleurs et tentent de découvrir leur lieu de résidence. Afin d'y parvenir, ils obtiennent l'aide de l'hologramme du mentor de Kathryn : Leonard de Vinci.

Neelix est tué au cours d'une mission. Utilisant la technologie des Borgs, Seven fait le ramène à la vie. Mais Neelix commence alors à douter des croyances spirituelles qui lui ont été inculquées, à savoir qu'il existe une vie après la mort...

Le capitaine Janeway et son équipe sont attaqués par des aliens qui hantent les rêves des Humains. Grand connaisseur de l'état de rêve, Chakotay fait tout son possible pour sauver le vaisseau et son équipage.

L'équipage du Voyager fait la découverte d'un relais de communication et tente de joindre un vaisseau de Startfleet. Cependant cela échoue. La seule solution envisagée est d'utiliser Prometheus, un prototype aux capacités tactiques avancées, que les Romuliens sont très désireux d'examiner...

Grâce aux relais de communication, Startfleet envoie des messages au Voyager. Les membres de l'équipage reçoivent alors des nouvelles de leurs proches. Parallèlement, ces derniers vont rencontrer de nouveaux ennemis, les Hirogènes, des chasseurs dont ils sont la prochaine cible.

Seven cherche à améliorer le système du Voyager. Pour cela, elle se procure de nouvelles armes auprès d'un marchand, Kovin, et lui demande son aide pour l'installation de l'équipement. Plus tard, elle prétend que Kovin l'a agressée...

Le capitaine Janeway, Torres, Tuvok et Seven sont piégés dans un monde imaginaire qu'ils pensent être réel. Ces derniers deviennent alors membres de la résistance française durant la Seconde Guerre mondiale. Afin de les aider à s'échapper de leurs rêves, le Docteur tente de neutraliser les dispositifs.

Soutenu par son équipe, le capitaine Janeway entreprend de vaincre les Hirogènes et de récupérer leur vaisseau.

Un alien, capable de permuter les corps, cherche à échapper à la justice. Il réclame alors de l'aide auprès de l'équipe du Voyager, mais celle-ci refuse. Bientôt, le fugitif prend possession du corps de Tom...

Les membres de Voyager découvrent, à bord du vaisseau, une particule dangereuse et puissante, baptisée Oméga. Selon les directives de Starfleet, la particule doit être détruite au plus vite...

Une jeune femme, Kellin, demande asile à bord du Voyager. Par la suite, elle annonce qu'elle fut passagère sur ce vaisseau, un mois auparavant, et qu'elle est tombée amoureuse de Chakotay. Pourtant, ni lui, ni le reste de l'équipage ne se souviennent d'elle...

Le Docteur doit défendre l'équipage et rétablir la vérité et l'Histoire lorsque, 700 ans dans le futur, une race extraterrestre affirme que le vaisseau de combat Voyager est à l'origine des crimes de guerre commis contre eux.

Kim et Tom découvrent une planète ayant les réserves suffisantes pour réapprovisionner le Voyager. Équipés de leurs tenues d'exploration, ils se rendent sur place pour en récupérer. Bientôt, ces derniers sont retrouvés par leurs confrères, sans combinaison et incapable de supporter l'atmosphère du vaisseau...

Le Voyager rencontre une zone radioactive mortelle. Les membres contaminés sont placés dans une chambre de décontamination. Accompagné de Seven et du docteur, le capitaine Janeway tente de sauver le vaisseau. Bientôt, Seven est en proie à des hallucinations et doit faire face à ses craintes les plus profondes...

Un traducteur étranger, nommé Arturis, parvient à déchiffrer le message envoyé par Starfleet cinq mois auparavant. D'après la traduction d'Arturis, un nouveau vaisseau les attendrait. Il posséderait un moteur plus puissant et pourrait les ramener chez eux dans les trois mois...