Poté, co Janeway nabídla pomoc Borgům při boji proti rase 8472 výměnou za bezpečný průlet jejich prostorem, posádka Voyageru je stále v pohotovosti.

Kes musí opustit Voyager, protože její tělo prochází buněčnými proměnami a současně se u ní objevují nekontrolovatelné psychokinetické schopnosti, které by mohly ohrozit loď.

Je Den Cti, den oslav pro všechny Klingony, kdy prochází různými rituály. Ale pro B'Elannu byl tento den vždy tím nejhorším. A jako na schvál se stane nehoda ve strojovně a Torres je přinucena odpálit warp jádro do vesmíru.

Chakotay ztroskotá na neznámé planetě, kde právě probíhá krutá válka mezi dvěma formami života, které zde žijí.

Kim má spolupracovat se Seven na nové Astrometrické laboratoři.

U Seven se z neznámého důvodu aktivuje zbylá borgská technologie - začne se opět chovat jako Borg.

Hvězdné datum: 51244.3

Série bizarních onemocnění postihne posádku Voyageru. Holodoktor a Sedmá z devíti odhalí tým cizích neviditelných výzkumníků, kteří na lodní posádce provádějí lékařské experimenty.

Hvězdné datum: 51268.4

Krenimský vědec Annorax chce pod vlivem ztráty své rodiny a celé kolonie lidí, změnit historii pomocí časové zbraně. Vzniká nebezpečí, že se změnou historie zanikne mnoho forem života. Naštěstí je na blízku Voyager s kapitánkou Janewayovou, která chce vědci v šíleném plánu zabránit...

Hvězdné datum: 51252.3

Rok po objevení Krenimské časové zbraně je stav Voyageru špatný. Je těžce poškozen. Většina posádky jej opustila v záchranných modulech. Paris a Chakotay jsou Annoraxovi zajatci. To by však nebyla kapitánka Janewayová, aby z nevýchodné situace našla řešení...

Hvězdné datum: 51367.2

Voyager navštíví planetu rasy Maris s telepatickými schopnostmi. Nejlepší způsob relaxace. Zákony planety však zakazují negativní myšlenky. B'Elanna Torres se však zaplete do jednoho incidentu a protože se dopustí zlé myšlenky na odplatu, je obviněna a uvězněna. Tuvok při odhalování okolností incidentu odhalí černý trh zabývající se násilnými myšlenkami.

Voyager je napaden a útočníkům se podaří uloupit technologii včetně počítačového jádra a programu Leonarda da Vinci.

Seven použije borgskou technologii k oživení Neelixe, který zemřel při nehodě raketoplánu. Neelix znovu žije, ale pochybnosti o posmrtném životě ho trýzní. Poprvé se zde objeví Naomi ne jako mimino.

Posádka je napadena rasou, která je telepaticky všechny uvrhne do REM spánku plného nočních můr. Tuvok přijde nahý na můstek a Neelix se vaří v hrnci se svými leola kořínky.

Voyager objeví síť hirogenských stanic a pošle po nich Doktora do Alfa kvadrantu. Doktor skončí na federační lodi Prometheus, obsazené Romulany, které pomocí PZH Mark 2 vyřadí z provozu, i když jim to dá zabrat.

Hvězdné datum: 51501.4

Voyager začne přijímat přes senzorovou síť zprávy z domova od přátel a od rodiny. Počáteční vzrušení posádky je pryč, když se na přenosové lince vyskytne porucha a data přestanou přicházet. Posádka zjistí, kde jsou zprávy zadržovány a změní kurz. Na místě zjistí existenci rasy Hirogenů - lovců, kteří nemají pochopení proto, že jejich technologii využívá cizí druh. Pokusy o diplomatické vyřešení selhávají.

Hvězdné datum: 51679.4

Mezihvězdný obchodník se zbraněmi Kovin nabízí své zboží kapitánce Janewayové. Instalace nových zbraňových systému vyžaduje rekonfiguraci počítače Voyageru. Janewayová pověří Sedmou z devítí, aby Kovinovi asistovala. Sedmé z devíti se však Kovin nezamlouvá a s pomocí Holodoktora si uvědomí, že Kovinovým záměrem je něco zcela jiného...

Rasa Hirogenských lovců napadne Voyager, ovšem nikdo z posádky si toho nevšimne. Hirogeni ovlivní mysl všech členů posádky, promění loď v obrovský simulátor, vybaví členy posádky novými identitami a do simulátoru pustí sekvenci 2. světové války. Hirogeni jsou nacisty a posádka členy odboje. Lov může začít.

Hvězdné datum: 51715.2

Hirogeni hrají se členy posádky hry na život a na smrt, ve kterých je posádka pokládána za kořist. Holodoktor nestíhá léčit zraněné. Podaří se mu zjistit, že Hirogeni ovlivnili mysl posádky a přesvědčí tajně Sedmou z devíti o pravdě. Ta se společně s Janewayovou a Harrym Kimem pokusí přemoci Hirogeny.

Tom se spřátelí s pilotem, který mu ukradne totožnost.

Voyager objeví blízkost částic Omega, které jsou vysoce destruktivní a i jejich existence je ve Hvězdné flotile klasifikována jako tajná informace. Borgové molekulu považují za dokonalou. Janewayová zničí dokonalost.

Chakotaye navštíví jeho bývalá láska, na kterou zapomněl, i když spolu chodili jen před měsícem. To způsobily feromony, které blokují dlouhodobou paměť jiných ras.

Stardate: Unknown. 700 years into the future the Doctor must defend the crew of Voyager and set history straight when an alien race claims that the Warship Voyager was responsible for war crimes commited against their race.

Voyager zoufale potřebuje deuterium, takže nakonec přistane na planetě třídy Y, nazývané také třída Démon. Planeta vypadá neobydleně, dokud nepotkají pár kopií vlastní posádky.

Posádka Voyageru musí na měsíc do stáze, aby se uchránila před radiací. Vzhůru zůstane pouze Doktor se Sedmou, avšak Doktorův emitor je radiací také poškozen a Sedmá se octne prakticky sama, pouze se svými halucinacemi.

Hvězdné datum: 51978.2 - 51981.6

Na Voyageru pobývá cestovatel jménem Arturis, kterému se podaří dékodovat zprávy z Hvězdné flotily, které Voyager obdržela před pěti měsíci. Zpráva nasměruje posádku do oblasti, kde se má nalézat nový typ lodě s pohonným systémem rychlejším než warp pohon, který je schopen přenést posádku do tří měsíců domů. Kapitánka Janewayová má však pochybnosti a navíc zneklidněná Sedmá z devíti požádá kapitánku, aby mohla opustit loď...