Załoga Voyagera wymyśliła rozwiązanie problemu Borg i chętnie podzieli się nim z nimi, jeśli zapewnią bezpieczne przejście na statek i jego załogę. Aby pomóc w negocjacjach, Borg wysłał drona wyznaczonego jako Siedem Dziewięciu jako przedstawiciela kolektywu.

Siły telekinetyczne Kesa osiągają taki poziom, że nie może ich już kontrolować. Aby zapobiec zniszczeniu Voyagera, musi opuścić statek.

Kiedy B'Elanna staje twarzą w twarz z Klingońskim Dniem Honoru, musi odzyskać rdzeń warp z Tomem Paryżem, który Voyager wyrzucił. Kiedy prom zostaje zaatakowany, B'Elanna i Tom zostają w dryfującej przestrzeni w kombinezonach środowiskowych. Wierząc, że wkrótce umrą, B'Elanna robi jedyną godną ubolewania rzecz, jaką może zrobić, i ujawnia swoje prawdziwe uczucia wobec Toma.

Chakotay jest osamotniony na planecie, na której dwie rasy próbują wymazać się nawzajem w wielkiej wojnie o planecie.

Kiedy Seven of Nine i Kim pracują razem w nowym Laboratorium Astrometrics, Seven interpretuje stosunek Kim do niej jako romantyczne zaproszenie, a Seven pragnie odkryć swoje nowe uczucia.

Kiedy Siedem Dziewięciu wierzy, że Borg kontaktuje się z nią, zostawia Voyagera tylko po to, by odkryć szczątki sześcianu, który, jak sądzi, był naczyniem, na którym po raz pierwszy zasymilowano ją jako małą dziewczynkę.

Kiedy załoga zaczyna cierpieć na nieznane choroby z każdą mijającą godziną, Seven of Nine jest jedyną osobą, która jest w stanie odsłonić zagrożenie dla załogi.

Voyager zostaje zaatakowany przez Statek Temporalny Krenima, który zmienia przebieg ewolucji, usuwając cały gatunek z osi czasu.

Gdy większość załogi porzuciła Voyagera i pozostała tylko ekipa szkieletowa, załoga zdaje sobie sprawę, że aby zatrzymać statek Krenim od zmiany historii, potrzebują oni sprzymierzeńców. Szybko zdają sobie sprawę, że cena historii jest wyższa, niż mogła przypuszczać każda z nich.

Kiedy piraci kradną część technologii Voyager, Janeway i Tuvok przeszukują swój rodzinny świat i odkrywają jej holograficznego Leonarda Da Vinci, który pomaga im w poszukiwaniach.

Neelix zostaje zabity podczas misji wyjazdowej, ale zostaje przywrócony, gdy Seven of Nine zmienia technologię Borg, aby go ożywić. Wkrótce zaczyna kwestionować wszystko, czego nauczono go o życiu pozagrobowym.

Załoga zostaje "zaatakowana" przez gatunek kosmitów żyjących w stanie ludzkiego snu. Od Chakotay, z rozległą wiedzą na temat stanu snu, zależy ocalenie statku i jego załogi.

Załoga odkrywa starożytne przekaźniki łączności, które rozciągają się do kwadrantu alfa. Są w stanie wysłać Doktora na statek Federacji na drugim końcu, eksperymentalnego USA. Prometeusz, ale odkrył, że został przejęty przez Romulan.

Voyager rozpoczyna odbiór wiadomości od Gwiezdnej Floty przez sieć komunikacyjną, teraz, gdy wie, że załoga żyje w kwadrancie Delta. Pewne złe wieści przyjmują niektórzy członkowie załogi, w szczególności kapitan Janeway. Po krótkiej chwili wiadomości zostają złożone w jednym z modułów, a załoga musi je odzyskać. Krótko mówiąc, są one brutalnie przedstawiane nowemu wrogowi, Hirogenom, który nie szuka niczego więcej, jak tylko zabić ofiary, by poczuć dreszczyk emocji związanych z polowaniem, a Voyager jest ich następnym celem.

Kiedy Voyager napotyka uszkodzony statek Hirogen z rannym Hirogenem na pokładzie, kapitan Janeway wysyła go na pokład. Wkrótce ofiara ścigana przez tego konkretnego Hirogena, członka gatunku 8472, wchodzi na pokład statku. Jedynym natychmiastowym rozwiązaniem jest uwolnienie Hirogena na statku w celu zaatakowania go.

Podczas odnawiania systemów Voyager nowymi narzędziami, Seven of Nine twierdzi, że został zaatakowany przez Kovina, handlarza bronią. Doktor wkrótce dokonuje zaskakującego odkrycia na temat sytuacji.

Kiedy przechwytują Hirogen i pokładowy Voyager, odkrywają, że holodeck może być użyty do polowania, umieszczając ofiarę w różnych sytuacjach i miejscach. W jednej sytuacji kapitan Janeway, Torres, Tuvok i Seven of Nine są członkami francuskiego ruchu oporu w okupowanej Francji z Hirogenem w roli nazistowskich oficerów SS. Odkąd załoga została wszczepiona podskórnymi przekaźnikami, nie mają pojęcia, że to jest na holodeksie i myślą, że to prawda. To od lekarza w ambulatorium zmuszony jest leczyć rannych, aby wyłączyć urządzenia i pomóc załodze uciec.

Załoga musi znaleźć sposób na pokonanie Hirogenów i odzyskanie Voyagera.

Pilot do testów obcych, który ma zdolność przełączania ciał, udaje się zająć miejsce Toma na pokładzie Voyagera, aby uniknąć prawa.

Voyager zostaje wypchnięty z osnowy przez wykrycie niebezpiecznej i potężnej cząstki o nazwie "Omega", o której na pokładzie statku wie tylko Janeway i Seven of Nine. Ze względu na naturę cząstki, tylko kapitanowie Gwiezdnej Floty są informowani i mają za zadanie ją zniszczyć za wszelką cenę, ponieważ ma ona moc niszczenia podprzestrzeni. Janeway musi skorzystać z pomocy starszego ekipy, aby ją zniszczyć.

Obca kobieta, która prosi o azyl na pokładzie Voyagera, twierdzi, że była na pokładzie statku miesiąc temu, a ona zakochała się w Chakotay.

700 lat później Doktor musi bronić załogi Voyagera i uporządkować historię, gdy obca rasa twierdzi, że Voyager był odpowiedzialny za zbrodnie wojenne popełnione przeciwko ich rasie.

W poszukiwaniu istotnego deuteru chemicznego niezbędnego dla zasobów energii Voyager, odkrywają planetę "Demona" z rezerwami wystarczająco dużymi, aby uzupełnić statek. Chorąży Kim i Tom Paris biorą rejs na powierzchnię planety w kombinezonach ekologicznych. Wkrótce zostają znalezione na planecie bez skafandrów, a atmosfera statku staje się dla nich trująca.

Kiedy Voyager napotka śmiertelną radioaktywną mgławicę, kapitan Janeway postanawia zaoszczędzić czas, przechodząc przez to i umieszczając załogę w ochronnym zastoju z tylko Siedem Dziewięciu i Doktorem odszedł, by chronić statek. Siedem wkrótce zaczyna doświadczać halucynacji, gdy cudzoziemiec chce handlować ważnymi towarami.

Obcy tłumacz o imieniu Arturis jest w stanie ostatecznie rozszyfrować wiadomość Gwiezdnej Floty otrzymaną przez Voyagera pięć miesięcy temu. Mówi im, aby udali się na nowy typ statku, czekając na nich z układem silnika szybszym od napędu warp, który jest w stanie sprowadzić ich do domu w ciągu trzech miesięcy.