Voyager został schwytany przez Kazona, a załoga zostaje porzucona na planecie we wczesnych stadiach ewolucji. Ponieważ tylko Tom Paris i Lon Suder uniknęli schwytania, to do nich i do EMH należy wymyślenie planu odzyskania statku.

Po zachorowaniu na coś, co wydaje się być wypartym wspomnieniem, Tuvok musi przeprowadzić mentalną meldunek z kapitanem Janeway, aby przeżyć. Meld zabiera ich z powrotem, gdy Tuvok był młodszym oficerem naukowym na pokładzie USA. Excelsior pod dowództwem kapitana Hikaru Sulu.

Paris i Kim zostają wysłani do akrickich więzień po oskarżeniu o zamach terrorystyczny.

Voyager napotyka region kosmiczny należący do tajemniczej rasy obcych, która zajęłaby 15 miesięcy. Po przekroczeniu granic rój statków przyłącza się do kadłuba Voyagera - czynu, który wysysa zasilanie statku i grozi jego zniszczeniem.

Para Ferengi zostaje zaklasyfikowana jako Bogowie do kultury jeszcze w epoce brązu. Odkryto, że przybyli przez tunel czasoprzestrzenny Barzan, który prowadzi z powrotem do kwadrantu alfa, jednak jego koniec Delta Quadrant jest bardzo niestabilny i zawsze się porusza.

Po tym jak Voyager napotka telepatyczny gatunek, B'Elanna zaczyna mieć potężne sny, które przedstawiają życie kobiety i jej kochanka w czasach wielkiego politycznego i społecznego wstrząsu.

Kapitan Janeway musi przejść rygorystyczny rytuał, aby ocalić życie Kesa, gdy straci przytomność.

Zarówno Voyager, jak i XXI-wieczny "Timeship" Federacji, Aeon zostały cofnięte w czasie do Ziemi pod koniec XX wieku. The Timeship Aeon rozpada się w Arizonie w latach 60. XX w., Podczas gdy Voyager pojawia się na orbicie wokół Ziemi w 1996 roku.

Próbując uratować Paryż i Tuvok, Torres i Chakotay zostają schwytani przez bandę przemytników broni, którzy wierzą, że są z rządu.

Ranny kosmita o imieniu Tieran przekazuje swoją świadomość do umysłu Kesa, zanim umrze. Potem zyskuje nad nią kontrolę i zaczyna wykorzystywać swoje umiejętności do kradzieży wahadłowca i powrotu do swojego ojczystego świata, by spróbować politycznego zamachu stanu.

Voyager napotyka kilka supernowych w małym obszarze przestrzeni. Wkrótce okaże się, że jest to następstwo wojny domowej w Q-Continuum. Q pojawia się i wierzy, że rozwiązaniem problemu jest wyprodukowanie dziecka, a jego ulubioną partnerką jest kapitan Kathryn Janeway. Sprawy są skomplikowane, gdy zazdrosna kobieta Q wydaje się twierdzić, że Q była jej chłopakiem.

Po powrocie z misji pierwszego kontaktu, Janeway, Neelix i the Doctor muszą ponownie odebrać Voyagera z inwazji mikroorganizmów, które rosną do niepokojących rozmiarów.

Voyager napotyka region przestrzeni o nazwie Nekrit Expanse. Ponieważ Neelix nie ma wiedzy o przestrzeni po tym punkcie, stara się, aby samemu poczuł się użyteczny dla załogi, próbując uzyskać mapę od starego przyjaciela o imieniu Wixiban, który używa go jako kuriera dla nielegalnych substancji.

Chorąży Kim prosi Tuvoka o nauczenie go Wulcanskich technik kontroli emocji, kiedy zakochuje się w holodekim o imieniu Marayna. Kim wkrótce staje się zazdrosny, gdy widzi Tuvoka wchodzącego w interakcje z nią za plecami, gdy próbuje go uwieść.

Kapitan Janeway wielokrotnie umiera po tym, jak ona i Chakotay wpadają na planetę, która wydaje się być pętlą czasową. Wkrótce pojawia się jej zmarły ojciec i mówi jej, że nie żyje i musi zaakceptować jej sytuację i iść dalej.

Chorąży Vorik wyraża pragnienie łączenia się z B'Elanną podczas jego Pon-Farr. Po tym, jak wdają się w bójkę, Torres zaczyna wykazywać oznaki samej Pon-Farr.

Podczas misji wyjazdowej, Chakotay odkrywa Federację, która pochodzi z obcej planety. Po wylądowaniu dowiaduje się, że wszystko nie jest spokojne, a ci, którzy mu pomagali, nie byli całkowicie szczerzy co do ich prawdziwego pochodzenia.

Kiedy lekarz stara się poprawić swoją osobowość poprzez uwzględnienie profili psychologicznych znanych i historycznych ludzi, jest przytłoczony ich ciemnymi stronami i zaczyna wykazywać oznaki rozdwojenia osobowości, jeden stały lekarz i inne ciemności i zło. Kes prosi o opuszczenie Voyagera, gdy napotkają wyścig z ogromną wiedzą na temat obszaru kosmosu, który obecnie eksploruje.

Neelix zostaje spychany do granic możliwości, gdy postawa Tuvoka staje się zbyt trudna do zniesienia, podczas gdy para jest na misji wyjazdowej, aby pomóc ewakuować planetę Nezu, która jest bombardowana asteroidami.

Harry Kim doświadcza silnych zmysłów deja vu w nieznanym regionie kosmosu. Wkrótce dowiaduje się, że pochodzi z tego regionu i że jest T'Karianem, a nie człowiekiem.

Kes zaczyna podróżować wstecz w czasie od momentu swojej śmierci. Z każdą zmianą zbliża się do rozwiązania, ale ona także rośnie o wiele miesięcy i młodszych w tym samym czasie.

Doktor postanawia, że powinien stworzyć rodzinę holograficzną, aby się rozwinąć. Kiedy B'Elanna jest zdegustowana swoim nierealistycznym perfekcjonizmem, zmienia program tak, aby zawierał losowe zdarzenia i wyniki z interesującymi i niszczycielskimi rezultatami.

Pewien paleontolog odkrywa wspólny rodowy związek między jego ludźmi a ludźmi. Wierzy, że to dowodzi, że jego ludzie (Voth) wyewoluowali na Ziemi i migrowali do Kwadrantu Delta miliony lat temu, ale jego rząd nie jest tak chętny, aby uwierzyć w swoją interpretację dowodów.

Członkowie załogi są wymieniani jeden po drugim z kosmitami z nieznanej rasy.

B'Elanna Torres odkrywa holodekowski program, w którym Chakotay i buntownik Maquis przeciw Janeway.

Voyager w końcu wchodzi do przestrzeni Borg, by odkryć zagrożenie silniejsze niż sam Borg.