A Hanon IV-en a Voyager legénységének tagjai igyekeznek magukat megvédeni a primitív lakók ellen. Eközben a hajón Culluh azt tervezi, hogy a Voyager segítségével térdre kényszeríti a többi kazon szektát. A Voyageren maradt Doktor és Suder igyekeznek visszaszerezni a hajót. Az erőszak Sudernek komoly nehézségeket okoz, és a Doktor deaktiválása után egyedül marad. Végül Tom Paris is megérkezik talaxiai hajókkal kiegészülve.

Tuvok agyában különös, gyerekkori emlékek okoznak nagyobb károkat. A trauma olyan naggyá válik, hogy az már a hadnagy életét fenyegeti. Az emlék teljes felidézése, és legyőzése érdekében a kapitánytól kér segítséget, akivel agyegyesítésre lép. Az agyegyesítés során Tuvok és Janeway a Sulu parancsnokolta Excelsiorra kerülnek a hadnagy emlékei által.

Paris és Kim egy idegen börtönbe kerül, amelyet csak egy csúszda köt össze a külvilággal. A börtönlakók fejébe egy "kapcsot" is beépítenek, amely felerősíti az alany agresszivitását. Kim és Paris igyekeznek minél előbb kijutni, de Paris súlyosan megsérül, és hamarosan rajtuk is elhatalmasodik az agresszió. Eközben Janeway kapitány az emberei ártatlanságát igyekszik bebizonyítani a hatóságoknak.

Parist és Torrest ismeretlen idegen lények támadják meg a kompjuk fedélzetén. Miután sikerült őket a Voyager fedélzetére vinni, a Doktor elfelejti a szükséges orvosi eljárást, hogy megmentse őket. Kiderül, hogy a Doktor memória áramkörei túlterhelődtek, és súlyos leépülésen mennek keresztül. Torres a Doktor diagnosztikai mátrixához fordul a holo-fedélzeten, ahol nem más, mint Dr. Zimmerman holografikus megfelelője igyekszik segíteni.

A Voyager replikátor technológia nyomaira bukkan egy bolygón. A bolygóra lesugárzott Chakotay és Paris megtalálják a forrását és a tulajdonosait. A nép ősi mítoszait kihasználva két ferengi igyekszik minél jobban kizsákmányolni a lakosokat. Chakotay, Paris és Neelix próbálják megszabadítani a bolygót "isteneitől".

A Voyageren az Enara Egyről származó telepatikus lények segítenek a térhajtómű fejlesztésében. Eközben Torres hadnagynak különlegesen intenzív, és érzelmes álmai vannak magáról, mint egy fiatal lányról és egy férfiról. A férfi a maradiaknak nevezett csoportosulás egy tagja. A hadnagy álmai egyre intenzívebbek lesznek, és lassan már ébren is kezd álmodni. Az álmok az enaraiak eddig rejtett és eltitkolt történelmi eseményeit mutatják be.

A nechanik bolygón Kes belép egy szentélybe, eltalálja egy energiakisülés, és kómába esik. A Doktor nem talál semmiféle gyógymódot, ezért a kapitány elhatározza, hogy egy ősi legendát követve átesik egy szertartáson, és visszahozza Kest az életbe.

A 29. századból visszajött Braxton el akarja pusztítani a Voyagert, mert az szerinte egy hatalmas katasztrófa okozója lesz. Janeway ezt nem engedheti meg, és ellenáll. A két hajó hirtelen egy térbeli szakadásba kerül, amelyen keresztül visszakerülnek a 20. századba, a Földre. A Voyager Föld-körüli pályára áll, és miután felfedezik, hogy Braxton valahol a Földön van, elindulnak megkeresni.

A kutatás során kiderül, hogy a komputermágnás Starling ellopta a 29. századi időhajót, és miután azt kijavította használni is akarja. Közben letölti a Voyager adatbankját a Doktorral együtt. Paris és Tuvok egy asztronómus segítségével igyekszik kapcsolatba lépni a hajóval. A segítségükre induló Chakotay és Torres kompja Arizonában lezuhan, és egy katonai csoport foglyul ejti őket.

A Doktor és Kes egy sérült hajó három túlélőjét kezeli. Egyikük Tieran meghal, de ezelőtt a tudatát Kes testébe költözteti irányítva őt, és az okampa képességeit. Nem sokkal később Kes/Tieran az Ilarira meg, hogy ott visszaszerezze korábbi hatalmát. A Voyager utánamegy, és nem sokkal később Tieran tudatának igencsak meggyűlik a baja a magát meg nem adó Kes tudatával.

Amikor a Voyager legénysége több szupernóva robbanást tanulmányoz, Q a kapitány szállásán jelenik meg, és arra akarja rávenni Janewayt, hogy hozzanak össze egy gyereket. Nem sokkal később egy női Q is megjelenik a Voyager. Miután a Voyager egy szupernóva lökéshullámába ütközik, Q visszamegy a Kontinuumba, és Janewayt is magával viszi. Itt Q elmondja, hogy a ténykedései miatt a Q-k között polgárháború tört ki, és ez az oka a gyakori szupernóva robbanásoknak is.

A Voyagert egy idegen makrovírus támadja meg. Az idegen életforma az egész hajót elfoglalja. Csak a Doktor, és a hajóra később visszaérkező Janeway és Neelix harcolhat ellenük. A gyengélkedőre érkező kapitánynak a Doktor elmondja, hogy ő hozta a fedélzetre a vírusokat, amikor visszatért egy általuk megfertőzött bányászkolóniáról.

A Voyager a Necrid-térség határához érkezik. Neelix rendkívül ideges lesz, mert innentől már ő sem ismeri az űrt, és úgy érzi, hogy majd nem lesz képes a kapitány hasznára lenni. Ezért aztán mindent elkövet, hogy a közeli űrállomáson lévő talaxiai barátja segítségével szerezzen egy térképet a térségről. Az üzlet végül nem várt bonyodalmakba ütközik.

Kim Tuvok segítségét kéri, hogy tanítsa meg egy olyan vulkáni technikára, amellyel elfojthatná az érzelmeit. A zászlós ugyanis halálosan beleszeretett egy Marayna nevű holoszereplőbe. Tuvok beszélgetésbe elegyedik Maraynával, és a nő egyre közelebb akar kerülni a vulkánihoz, Kim persze egyre féltékenyebb lesz. Erre Tuvok törli Maraynát, de aztán a nő a Doktor holosugárzójának segítségével meglátogatja a vulkánit a szállásán, és végül egyre veszélyesebb lesz.

Miután Chakotay és Janeway a vidiiánok támadása után egy bolygó felszínére zuhan, néhányszor újra és újra átélik a történteket. Nem sokkal később kiderül, hogy valójában csak a kapitány agyában zajlottak le ezek az események, aki már az első zuhanás után meghalt. Egy lény Janeway admirális alakjában mindenképpen rá akarja venni lányát, hogy hagyja el ezt a világot, és menjen vele a "túlvilágra".

Egy segélykérő üzenet nyomán Chakotay egy bolygón landol, ahol hamarosan megtámadják. A parancsnok hamarosan felfedezi, hogy korábban asszimilált borgok kolóniájára bukkant. Dr. Frazier a kollektívához csatlakozva meggyógyítja Chakotay neurális sérüléseit. Eközben a Voyager egy működésképtelen borg kockára bukkan, amelyről egy dolgozót a gyengélkedőre sugároznak, ahol a Doktor és Kes elemezheti.

A Doktor igyekszik önmagát fejleszteni, ezért a holofedélzeten történelmi személyek személyiségét és gondolatait próbálja beépíteni a saját személyiségébe. De mivel néhány figura személyisége úgymond összetűzésbe kerül egymással a Doktoron belül, így az OSH-nak is létrejön egy Mr. Hyde oldala. Eközben a Voyager a mikhal utazóktól igyekszik minél többet megtudni a térségről.

A Nezu bolygót aszteroidák fenyegetik, ezért a bolygót evakuálni kell. Tuvok és Neelix a Nezura megy, hogy segítsenek a mentésben. Hamarosan felfedezik, hogy egy áruló is van a menekülők között, és az aszteroidák sem azok amiknek látszanak. Ám amíg ez kiderül, addig Neelix igen keményen próbára teszi Tuvok híres vulkáni türelmét.

Kim zászlós a taréziaiak bolygója felé haladva egyre furcsábban kezdi érezni magát. Minden ismerősnek tűnik számára, és gyakran ösztönösen cselekszik. Ráadásul furcsa kiütések is megjelennek az arcán. A taréziaiak bolygóján aztán kiderül, hogy Kim egyike azon taréziaiak, akik más bolygókon születtek.

Amikor Kes átesik egy az életét meghosszabbító kezelésen egy biotemporális kamrában, különös dolgokat kezd tapasztalni. Lassan rájön, hogy elkezdett visszafelé ugrálni az időben. Kes emlékeit is elveszti. Az ugrások közben egyre többet tud meg magáról, a jövőről, és arról, hogy mi is történik vele tulajdonképpen.

A Doktor létrehoz magának egy holografikus családot, hogy ez alapján is még több tapasztalatot szerezhessen az emberektől, és a betegeiről. Az ideális családot Torres egy kicsit átprogramozza, hogy egy kicsit jobban hasonlítsanak a valóságra.

A hüllőszerű voth faj két tagja a Voyager után indul, mert szerintük a vothok és az emberek rokonok, és mindkét faj ugyanazon a bolygón fejlődött ki. A Voyagerre álcázva mennek, ahol végül lelepleződnek. Gegen Chakotayt magával viszi, hogy megmutassa Odala miniszternek, hogy az emberek és a vothok valóban rokonok. A Voyager a voth után indul, de a vothok elfogják a hajót. Gegennek végül komoly ellenállással kell szembenéznie a tanait illetően.

A Voyageren különös dolog történik. A hajó legénységének egy tagja eltűnik, és helyette egy idegen jelenik meg, és ez megy szépen lassan, addig, amíg az egész hajót el nem foglalják az idegenek. A Voyager legénységét egy mesterséges világban "szállásolják el". De a kapitány persze nem nyugszik, és mindenképpen ki akar szabadulni a fogságból.

B'Elanna egy különleges programra bukkan a holofedélzeten. A programot lejátszó személy egy biztonsági tisztet alakít, akit Chakotay megkörnyékez, hogy segítsen a maquisnak egy zendülésben. A program lassan az egész hajón ismertté, és népszerű válik, de nagy hibája, hogy nincs vége, és mivel a szerzője ismeretlen, így talán soha nem is lesz befejezve. Vagy mégis?

A Voyager a Borg űr szívébe érkezik. A hajó hamarosan egy idegen fajjal is találkozik, amely a Borggal éppen harcban áll, a Borg vesztésre áll. Amikor Kim és Chakotay egy sérült kocka fedélzetére lépnek, találkoznak egy idegennel, amely megsebesíti Kimet. A Doktor a zászlós gyógyítása közben létrehoz egy fegyvert az idegen faj ellen. Janeway alkut köt a Borggal: átengedik a Voyagert a Borg űrön, és cserébe megkapják a fegyvert. Eközben Kes telepatikus üzeneteket és képeket kap az idegen lényektől.