Kazonci hvataju Voyager i posadu ostavljaju na planetu na kojem su stanovnici u ranoj fazi evolucije. Jedino su Tom Paris i Lon Suder izbjegli hvatanje i moraju smisliti plan kako vratiti brod.

Tuvok podliježe bolesti koja korijen vuče iz potisnuta sjećanja. Nakon toga mora se mozgom spojiti s kapetanicom Janeway kako bi preživio. Spajanje ih odvodi u vrijeme kad je Tuvok bio mladi časnik na brodu kapetana Hikarua Sulua.

Paris i Kim idu u akritijski zatvor nakon što su optuženi za terorističko bombardiranje.

Voyager ulazi u područje svemira kojim vlada tajanstvena rasa tuđinaca. Njihovi se brodovi lijepe za Voyager i isisavaju mu energiju prijeteći uništenjem.

Dva Ferengija glume bogove kulturi koja je još u brončanom dobu. Ovamo su stigli kroz barazansku crvotočinu i vraćaju se u kvadrant Alfa. Ali kvadrant Alfa je nestabilan i uvijek u pokretu.

Nakon što se upoznala s rasom telepata B'Elanna počinje imati snove o ženi i njezinu ljubavniku u vrijeme velikih političkih i društvenih prevrata.

Kapetanica Janeway mora proći strogi ritual da bi spasila Kesin život nakon što ona padne u nesvijest.

Voyager i vremenski brod iz 29. stoljeća nalaze se na Zemlji kasnog 20. stoljeća. Dok se vremenski brod našao u Arizoni u 60-ima, Voyager se nalazi u orbiti oko Zemlje tijekom 1996.

Tores i Chakotaya zarobi banda krijumčara oružja. Krijumčari su uvjereni da su njihovi zarobljenici članovi vlade.

Ozlijeđeni tuđinac Tieran na samrti prebacuje svoju svijest u Kes. Time dobiva kontrolu nad njom i koristi se njezinim sposobnostima da se vrati doma i izvede politički prevrat.

Voyager nailazi na nekoliko supernova u relativno malom svemirskom prostoru. Kasnije saznaju da su one posljedica građanskog rata u Q-kontinuumu. Q vjeruje da je rješenje da on napravi dijete, a izbor družice pada na kapetanicu Janeway. Problemi se produbljuju kad se pojavi bivša ljubomorna Q-ova djevojka.

Kapetanica i Neelix vraćaju se iz misije i nalaze Voyager kako pluta, a posadu na rubu života. Saznaju da je brod preplavljen životnim oblikom koji naglo raste.

Kim zamoli Tuvoka da ga nauči obuzdavati osjećaje kad se zaljubi u holo-djevojku Marayanu. Postaje ljubomoran na njega kad uočava kako Maryana pokušava zavesti Vulkanca.

Kapetanica Janeway opetovano umire nakon što je s Chakotayem prisilno sletjela na neki planet. Pojavljuje se njezin pokojni otac i uvjerava je da je mrtva te da to prihvati da bi mogla krenuti dalje.

Vorik se želi pariti s B'Elannom za vrijeme Pon-Farra. Posvađaju se oko toga i Torres počinje i sama osjećati utjecaj Pon-Farra.

Na jednoj misiji Chakotay otkriva federacijski pozivni znak s nepoznatog planeta. Nakon što je sletio, shvaća da nije sve nevino, a oni koji mu pomažu nisu posve iskreni u vezi sa svojim porijeklom.

Kad doktor pokušava popraviti svoju osobnost unoseći u nju psihološke profile slavnih povijesnih ličnosti, preplavljen je njihovim mračnim stranama i počinje pokazivati znakove dvostruke ličnosti. Kes traži dopuštenje da napusti Voyager kad naiđu na rasu koja dobro poznaje regiju koju istražuju.

Neelixovo je strpljenje pri kraju zbog Tuvokova ponašanja tijekom misije pomoći na kojoj njih dvojica organiziraju evakuaciju planeta kojega bombardiraju asteroidi.

Harry Kim ima osjećaj već viđenoga u nepoznatom području svemira. Uskoro sazna da je tu rođen i čak da nije čovjek nego T'Karian.

Kes putuje unatrag kroz vrijeme od trenutka svoje smrti. Sa svakim je pomakom bliže rješenju, ali i svaki put je mlađa za nekoliko mjeseci ili godina.

Doktor želi stvoriti holografsku obitelj kako bi se proširio. B'Elanni se ne sviđa taj nerealni perfekcionizam i mijenja njegov program ubacivanjem slučajnih događaja i rješenja.

Tuđinski paleontolog otkriva drevnu vezu između svoje rase i ljudi. Vjeruje da to dokazuje kako je njegov narod evoluirao na Zemlji i preselio se u kvadrant Deltu prije milijun godina.

U holodek programu Seska predvodi pobunu Makija na brodu. Voyager je u opasnosti kad se program mijenja, a njegov autor ne zna kako ga zaustaviti.

Jedan po jedan član posade Voyagera nestaju i zamjenjuju ih stranci koji tvrde da ne znaju kako su se tu našli. Uskoro nestane cijela posada i čini se da nema načina da se spriječi strance u preuzimanju broda.

Voyager ulazi u prostor Borga i otkriva opasnost veću od samoga Borga.