Po odkryciu ciężarówki Forda z 1936 roku, która unosi się w kosmosie, Voyager odkrywa serię komnat krio-statycznych, które zawierały uprowadzonych z Ziemi w latach trzydziestych, w tym Amelię Earhart i jej nawigatora.

Młody Kazon, który próbuje zdobyć swoje imię i miejsce wśród swoich ludzi, porywa Chakotaya.

Kiedy Doktor zostaje aktywowany podczas czerwonego alarmu, dowiaduje się, że statek został porzucony, a na pokładzie pozostały tylko B'Elanna Torres i ranny kapitan Janeway. Niedługo potem pojawia się porucznik Barclay i mówi mu, że cały czas spędzony na Voyagerze jest skomplikowaną symulacją, a on naprawdę jest holo-inżynierem o nazwisku Zimmerman na stacji Jupiter w Kwadrancie Alfa, który został uwięziony na holoteku przez sześć godziny. Jeśli nie zniszczy rdzenia warp Voyager, a wkrótce zakończy program, umrze.

Kiedy załoga statku Voyager bada gromadę kosmicznych form życia, Kes zostaje zmuszona do wejścia w fazę swojego życia znaną jako "Elogium". To jedyny czas w życiu, kiedy może mieć rodzinę.

Harry Kim pojawia się pewnego ranka, by odkryć, że wraca z powrotem do San Francisco na Ziemi ze swoją dziewczyną Libby. Aby pomóc mu przywrócić rzeczywistość, zwraca się o pomoc do cienistej postaci we Francji o nazwisku Tom Paris, który nie ma pojęcia, kim jest Harry.

Przestrzenny pierścień zniekształcający zaczyna ponownie konfigurować wewnętrzny układ Voyager. Gdy załoga nie jest w stanie dostać się do ważnych systemów, a kapitan odniósł kontuzję po wejściu w kontakt z anomalią, statek jest powoli skręcony, gdy pierścień imploduje i zagraża załodze.

Kiedy Neelix i Paris zostają uwięzieni na planecie nazwanej "Planet Hell", stają się niechętnymi rodzicami niemowlęcia, który jest bliski śmierci. W międzyczasie pojawia się statek i zaczyna atakować Voyagera.

Kapitan Janeway zaczyna widzieć postacie i obiekty z jej holo-powieści na statku. Wkrótce potem załoga zaczyna wchodzić w stan katatoniczny jeden po drugim, podczas gdy tylko Kes i Doktor pozostają nienaruszeni.

Po odkryciu symbolu kulturowego narysowanego w ziemi na planecie, która została użyta przez jego przodków do "uzdrowienia ziemi", Chakotay próbuje skontaktować się z istotami, które jego plemię nazwał "duchami nieba".

Załoga Voyagera nawiązuje kontakt z kumplem Opiekuna, Suspirią. Kes spotyka się z potomkami innych Ocampa na tablicy Suspirii, która opuściła planetę ponad 300 lat temu. Wkrótce jej zdolności umysłowe zaczynają rosnąć do punktu, w którym nie może już kontrolować ich, i prawie zabija Tuvok w tym procesie.

Po tym, jak Kazoni ukradli jakąś technologię Federacji, Chakotay sam poszedł za nimi i został schwytany.

Tuvok i B'Elanna zostają schwytani i uwięzieni po misji wyjazdowej w celu uzyskania substancji chemicznej niezbędnej dla systemów Voyager z czarnego rynku. Janeway jest nieprzytomna i zostaje uratowana przez mężczyznę, który wierzy, że jest jego córką.

Po znalezieniu i naprawieniu robota znajdującego się w przestrzeni kosmicznej, B'Elanna zostaje uprowadzona i zmuszona do zaprojektowania nowego prototypu lub Voyager zostanie zniszczony.

Janeway próbuje zawrzeć przymierze z sektami Kazonów dla własnej ochrony, aby mogli kontynuować podróż przez Kwadrant Delta.

Po znalezieniu typu dititu, który może przetrwać w wyższych temperaturach, Tom Paris wymyśla pomysłową próbę przekroczenia progu transwarp, aby szybciej znaleźć drogę do domu. Po wyboistym starcie i pomocy Torresa i Kima udaje im się przeprowadzić holodekiczną symulację. Kiedy jest prezentowana kapitan Janeway, jest pod wrażeniem i daje im szansę, aby spróbować, ale podróżowanie szybciej niż warp 10 nigdy wcześniej nie było próbowane. Pierwszy bieg idzie bardzo dobrze. Tom Paris udaje się przekroczyć próg osnowy, co oznacza, że ​​statek wahadłowy, którym podróżuje, istnieje wszędzie. Ale Tom znika, a Harry nie może go znaleźć nigdzie w ciągu pięciu parseków. Tom w jakiś sposób udaje się powrócić do Voyagera przez podprzestrzeń, ale pojawiają się nieprzewidziane skutki uboczne jego podróży przez transwarp i Tom zaczyna mutować. Lekarz stara się potraktować go jakimś rodzajem promieniowania, które zabrania mutacji komórek, jednak to się nie udaje i Tom umiera.

Aby pomóc Lon Suder, psychopacie, który zabił członka załogi, Tuvok wykonuje meldunek umysłu. Wkrótce zaczyna wykazywać gwałtowne tendencje, które rozwijają się, dopóki nie straci kontroli.

Kiedy Voyager napotka na statek pocisku kardasjańskiego w kwadrancie Delta nazwanym "Dreadnought", B'Elanna musi go rozbroić, zanim zniszczy planetę z milionami niewinnych ludzi.

Samobójcze Q zagraża przyszłości Q-Continuum po tym, jak poprosi o azyl na pokładzie Voyagera.

Po otrzymaniu Vidiian pacjenta, który ma umrzeć z Phage, lekarz przenosi swoją świadomość do komputera statku i tworzy ciało holograficzne. Wkrótce staje się dla niej bardzo pociągający.

Po tygodniach błędnego zachowania Tom Paris opuszcza Voyagera i dołącza do konwoju Talaxian.

Wypadek w chmurze plazmowej powtarza Voyagera po tym, jak zostaną zaatakowani przez Vidiians. W następstwie tego statek zostaje poważnie uszkodzony, umiera dziecko chorąży Wildman, a Harry Kim zostaje wciągnięty w kosmos przez naruszenie kadłuba.

Kiedy Tuvok rozbija się na księżycu, odkrywa trzy małe dzieci, które wierzą, że wkrótce umrą.

Załoga Voyagera napotyka planetę, która niedawno weszła w epokę lodowcową. Odkrywają serię komór stazy, w których niewielka grupa ludzi jest mentalnie połączona ze sztucznym środowiskiem, które stało się okropnie złe.

Wypadek transportera łączy Tuvoka i Neelixa w jedną nową istotę, która nazywa siebie "Tuvix".

Voyager otrzymuje sygnał o niebezpieczeństwie od Seski, która twierdzi, że Maje Cullah zabierze jej dziecko, dziecko, które mówi, że jest Chakotay. Chakotay jest sceptyczny, ale nie może ryzykować porzucenia swojego dziecka, jeśli naprawdę okaże się jego.

Janeway autoryzuje misję ratowania dziecka Chakotay, a statek przenosi się głęboko na terytorium Kazon Nistrim. Jednak: czy Seska była prawdziwa, czy też jest to wymyślna pułapka?