A Voyager egy bolygón landol, ahonnan furcsa segélykérő jeleket fogtak. A bolygón megtalálják a jel forrását, egy 20. századi repülőgépet. További vizsgálódások nyomán felfedeznek egy kamrát, amelyben 8 embert találnak, köztük Amelia Everhartot. Miután kiengedik őket kiderül, hogy mindannyijukat 1937-ben rabolták idegen lények.

Chakotay egy szertartás elvégzése miatt egy űrkomppal elhagyja a hajót. A kompjával a kazon-ogla területére téved, és egy fiatal kazon rátámad, hogy megölésével megkaphassa az oglabeli harcos nevét. Chakotaynak sikerül megsemmisítenie a kazon hajót, és a kompba sugározza a fiatal kazont. Hamarosan egy nagyobb kazon hajó is megérkezik, és elfogják a kompot.

A Doktor aktiválódás után arról értesül a komputertől, hogy a hajót a kazonok megtámadták, és a legénység nagy része elhagyta a Voyagert. De a kapitány és B'Elanna a hajón maradtak, akik hamarosan a gyengélkedőre érkeznek, és ott a Doktor megállapítja róluk, hogy valójában hologramok, és igazából ő a hús-vér ember. Nem sokkal később feltűnik Barclay hadnagy is, aki szerint a Doktor nem más, mint Dr. Lewis Zimmerman, aki egy a holofedélzetet is érintő baleset folytán elvesztette az emlékeit.

Agresszív űrbeli életformák tapadnak a hajóra, és elektroforetikus mezőt hoznak létre. Ez felborítja Kes metabolizmusát, és hamarabb lép be az elogiumba - az élet azon szakaszába, amikor az okampa nők képesek teherbe esni. Mivel az elogium egy okampa életében csak egyszer van, ezért Kesnek és Neelixnek el kell dönteniük, hogy akarnak-e gyereket.

Harry Kim megdöbbenésére a 24. századi San Franciscóban ébred föl. Kim kideríti, hogy tervezőként dolgozik a Földön, és sosem volt a Voyager legénységének tagja. Mivel úgy érzi, hogy mindenképpen vissza kell jutni a hajóra, ezért Paris segítségét kéri, aki szintén nincs a Voyager fedélzetén, hanem éppen Marseille-ben tartózkodik.

A Voyager egy térbeli torzulással találkozik, amely szépen lassan az egész hajó szerkezetét megváltoztatja. A legénységnek nagyon gyorsan kell cselekednie, ha nem akarják, hogy a hajó megsemmisüljön.

Amikor Kes egyre több időt kezd Tom Paris-szel tölteni, Neelix rendkívül féltékeny lesz, és végül verekedésbe keveredik a hadnaggyal. Ezek után a kapitány egy bolygó felszínére küldi őket, hogy feltöltsék az ételkészletüket. Paris és Neelix a bolygón egy barlangra bukkannak, amelyben egy idegen faj fészkét fedezik fel. És az idegenek hamarosan visszatérnek kicsinyeikért.

A Voyager a bothan fajjal találkozik, amikor egy különös pszionikus mező a hajó legénységének tagjainál furcsa hallucinációkat okoz. Lassan mindenki a hallucinációk hatása alá kerül, és csak Kes és a Doktor marad ébren, hogy felvehesse a harcot a mező ellen.

Chakotay és csapata egy indián eredetű kultúra nyomaira bukkan egy idegen bolygón. Chakotay elszakad a csapat többi tagjától. A parancsnok, mikor felfedezi, hogy a bolygólakók is hasonló tetoválást viselnek, mint ő, rájön, hogy valójában népének őseit találta meg. Eközben a hajón a Doktor influenza vírus szimulációját ülteti a programjába, hogy ő is átélhesse azt, amit a betegei.

A legénység egy űrállomásra bukkan, amelyen okampák laknak. Az egyik okampa, Tanis elmondja, hogy a nőnemű Gondviselő vezette őket ide. Tanis beleegyezik, hogy segít beszélni Suspirával, női Gondviselővel. Közben Tanis egyre több képességét mutatja meg Kesnek, amit akár ő is könnyen elsajátíthat, ha az állomáson marad.

Kazonok támadják meg a Voyagert, és ellopnak egy transzporter vezérlőmodult. A támadás mögött Seska áll, akinek az a célja, hogy a kazonok segítségével elfoglalja a hajót. Chakotay egyedül indul Seska után. A parancsnokot a kazonok elfogják, a Voyager a megmentésére indul.

Janeway, Tuvok, Torres és Neelix a mokrák által megszállt alszauriai városban igyekszik tellériumhoz jutni. A mokrák elfogják Tuvokot és Torrest, a kapitány pedig sebesülten az egyik ellenállóhoz kerül, aki a lányát látja benne. Chakotay diplomáciai úton igyekszik kiszabadítani az embereket, de ez nem sikerül. A kapitány Caylem segítségével próbálja kiszabadítani Torrest és Tuvokot.

A legénység egy deaktivált humanoid robotra bukkan az űrben. Torresnek sikerül megjavítania a robotot, amely életre keltése után azt kéri tőle, hogy építsen belőle még többet. Torres ezt visszautasítja, és miután felfedezik a robot hajóját, az android elrabolja B'Elannát.

A számos ember halálát követelő kazon támadások után Janeway úgy dönt, hogy meg kell erősíteniük helyzetüket a kvadránsban, és szövetségre kell lépniük egy erős szektával. Miután a kazon szekták valamelyikével való szövetségkötés kudarca fullad, a Voyagernek más lehetőségek után kell néznie. Ekkor találkoznak a trábokkal, a kazonok ellenségeivel, akikről kiderül, hogy ők sem sokkal jobban a korábbi szolgáiknál.

Paris hadnagynak sikerül az, ami korábban még senkinek: átlépi a 10-es fokozatot. De nem sokkal ezután a hadnagy komoly biokémiai változásokon megy keresztül. A Doktor erőfeszítése ellenére Paris meghal. Órákkal később felfedezik, hogy a hadnagy még él, csak éppen gyorsított mutáción esett keresztül, amely során az emberi evolúció egy későbbi szakaszába lépett - egy hüllőszerű lénnyé alakulva.

Amikor a legénység egy tagját megölik, Tuvok kideríti, hogy a tettes Suder zászlós volt. A vulkáni igyekszik megérteni a zászlós indítékait, ezért agyegyesítést hajt végre. A Doktor nem sokkal később felfedezi, hogy a vulkáni elvesztette az érzelmei feletti kontrollt, és ezáltal nagyon veszélyessé vált.

A Voyager felfedez egy kardassziai csatahajót a Delta Kvadránsban. A csatahajót korábban a maquis elfogta, és Torres átprogramozta, hogy a kardassziaiakat támadja meg. Most a csatahajó a Rakosan bolygó felé repül, és Torresnek még az előtt kell megállítania, hogy elérné a bolygót, és megsemmisítené azt. Eközben Jonas kapcsolatba lép Seskával, és a hajó kémje lesz.

A Voyager legénysége véletlenül kiszabadítja az egyik Q-t, Quinnt a fogságából. Quinn mindenáron meg akar halni, és ezért börtönözték be. Nemsokára Q is a hajóra érkezik. Quinn menedékjogot kér a kapitánytól, amit Q határozottan ellenez. Janeway egy tárgyalást tervez, ahol a két Q képviselheti eltérő álláspontjait.

A Voyager egy halálosan beteg vidiiánt sugároz a gyengélkedőre. A Doktor a betegnek, Danara Pelnek átmenetileg létrehoz egy holografikus testet. A Doktor a hosszú együttlét alatt beleszeret Pelbe. Eközben Paris egyre inkább kifordul magából, és a kapitány végül fogdába záratja.

Miután Neelix a hajó újságírójává "lépteti elő" magát, kideríti, hogy Paris elhagyni készül a hajót, és egy talaxiai konvoj pilótája lesz. Nem sokkal azután, hogy a hadnagy elhagyja a Voyagert, a kazon-nistrim megtámadja a talaxiai konvojt, és Parist elrabolják. Neelix ezek után folytatja a nyomozását, amely során kideríti, hogy valaki titkos adásokat továbbít a kazonoknak.

A Voyager a vidiiánok elől egy plazmafelhőbe menekül, és mielőtt kiérhetnének belőle a hajtóművek hirtelen leállnak, az antianyag tartalékok eltűnnek és valaki lőni kezdi őket fotontorpedókkal, ami komoly sérüléseket okoz a hajónak és a legénységnek. Miután Kes eltűnik, felfedezik, hogy a hajó megduplázódott, és a másik Voyageren is ugyanazok a személyek vannak. A két kapitány igyekszik egyesíteni a hajót, mielőtt a vidiiánok rájuk találnának.

Tuvok kompja egy bolygóra zuhan, amelyet a drayanok szent helyükként tisztelnek. Hamarosan három ijedt drayani gyerek csatlakozik a hadnagyhoz. Az egyikük elmondja, hogy elhagyták őket, hogy itt haljanak meg. A gyereket Tuvok segítségét kérik, hogy mentse meg őket a "morrok"-tól - a halál hírnökétől.

A Voyager egy automatikus üzenetet fog egy környezeti katasztrófával sújtott bolygóról. A katasztrófa túlélői mesterséges hibernációba helyezték magukat, hogy itt várják meg, amíg a bolygó újjáéled. A hibernációs egységeket a hajóra sugározzák, ahol kiderül, hogy a túlélők egy számítógép vezérelte világot hoztak létre a maguk szórakoztatására. De a szerkezet elromlott, ezért Torres és Kim belépnek a programba, ahol felfedezik, hogy egy bohóc irányítja az egész világot.

Egy transzporter baleset következtében Neelix és Tuvok egy lénnyé egyesül. Tuvix igyekszik mindkét részének korábbi feladatait ellátni, és hamarosan az egész legénység megkedveli. Közben a Doktor rájön, hogy hogyan lehetne szétválasztani Tuvixot, aki ebbe nem megy bele, hisz nem akar meghalni. Végül a komoly döntést a kapitánynak kell meghoznia.

Seska egy üzenetet küld Chakotaynak, miszerint fiát Culluh elrabolta. A Voyager Seska után indul. Találkoznak egy kazon hajóval, amelyről a fedélzetre sugározzák Seska egyik emberét, aki elmondja, hogy Seska meghalt. Teirna a Voyagert biztonságos területekre vezeti, de kiderül, hogy valójában csapdába csalták őket: a kazon-nistrim megtámadja, és elfoglalja a hajót, de Parisnek egy komppal sikerül megszöknie. Culluh a Voyager legénységének tagjait egy vad bolygón hagyja, ahol az embereknek újra a legalapvetőbb eszközökhöz kell fordulniuk a túlélés érdekében.