A csak nemrég szolgálatba állított USS Voyager-t első küldetése Badlands-be irányítja: meg kell találniuk egy Maquis hajót, amelyen a Voyager leendő taktikai tisztje és biztonsági főnöke tevékenykedik. Ott azonban egy thetrion-hullámfront éri be Voyager-t, ami átjuttatja azt a Delta Kvadránsba, egy ismeretlen űrállomás, és a keresett Maquis hajó társaságába, mintegy hetvenezer fényévre a kiindulási pontjától.

A Voyager fedélzetén lassan kezd kialakulni a rend, már ami a Maquis, és a Csillagflotta legénységének együttműködését illleti. Persze vannak problémák, például Torres, a lobbanékony természetű klingon félvér alaposan helybenhagyja Carey-t, a megbízott főmérnököt. Chakotay ennek ellenére őt javasolja a főmérnöki posztra, amiről Janeway egyelőre nem mond véleményt. Részben azért, mert közben belefutnak egy kisebbfajta fekete lyukba, ami csapdába ejtett egy egyelőre ismeretlen csillaghajót.

A Voyager űrhajó lökéshullámot érzékel, mely egy közeli bolygón történt robbanástól keletkezett. Nem sokkal később felfedezik, hogy mindent elpusztított a robbanás. Szerencsére "űrközi töréseket" is találnak melyeken Janeway kapitány és Paris vissza tudnak menni az időben, a robbanás megelőző időszakba. Tenniük kell valamit, hogy megakadályozzák a szörnyű katasztrófát.

Az űrhajó legénysége dilithium kristály lelőhelyet keres, mely a hajó erőmagjának helyettesítéseként is szolgálhatna. Találnak egy bolygót, amely úgy néz ki, mintha tele lenne ezzel az anyaggal. Közelebbről vizsgálva kiderül, hogy a hely egy idegen kultúra bázisa, akik különböző testi szerveket lopnak el, hogy szembeszálljanak a kórral. A kórral, amely szinte felfalja az emberi testet.

Kim felfedez egy féregjáratot, amiről később kiderül, hogy túl pici ahhoz, hogy átutazhassanak rajta. Egy szondát a féregjáratba, amely elakad. De észreveszik, hogy a túloldalról egy másik hajó kezdte vizsgálni a szondát. Kiderül, hogy a túloldalon az Alfa Kvadráns van. A hajó egy romulán kutatóhajó. Janeway igyekszik rávenni Teleket, a romulán hajó kapitányát, hogy segítsen nekik hazajutni. Telek végül beleegyezik, de mikor a romulánt a Voyagerre sugározzák, Tuvok különleges felfedezést tesz.

Kim és Paris baneaiak bolygójára megy, hogy találkozzanak egy Tolen Ren nevű tudóssal. Ren meghívja őket vacsorára, ahol Paris beleszeret a tudós feleségébe. Nem sokkal később Tomot azzal vádolják meg, hogy megölte Rent. A büntetése ezért az, hogy beültetik a fejébe Ren emlékeit a haláláról, és azt újra és újra át kell élnie. De mivel a baneai és az emberi egy nem kompatíbilis, Parisnél komoly agyi mellékhatások jelentkeznek. Közben Tuvok igyekszik kivizsgálni az ügyet, és végük sikerül is bebizonyítania a hadnagy ártatlanságát.

Egy aszteroid vizsgálata közben Chakotay, Kim és B'Elanna a vhnori faj temetkezési helyére bukkan. A vizsgálódás alatt egy újabb test érkezik egy vakuolán keresztül, amely elkapja Kimet, és a vhnori anyabolygóra viszi. Az érkező vhnorit a Voyagerre viszik, ahol a Doktor meggyógyítja. Közben Kim igyekszik minél előbb elszabadulni a vhnoriktól, ezért egy kockázatos vállalkozásba fog.

A Voyager a szikariai fajjal találkozik, amelynek egyik tagja, Gathhorel a Sikarisra invitálja a hajó legénységét. A Sikaris híres a vendégszeretetéről és a nyugalmáról. A kikapcsolódás során Kim felfedez egy szerkezetet, amellyel több ezer fényévet is képesek lennének megtenni, és így akár haza is juthatnának. A szikariaiak azonban nem hajlandók megosztani a technológiájukat másokkal. Kivéve egyiküket, aki átadná a szerkezetet, cserébe néhány történetért. A kapitány nem akarja elfogadni ezt az ajánlatot, de Tuvok másképp gondolja a helyzetet.

Egy új bolygó felszíni felderítése során egy kazon hajó jelenik meg a bolygó körül. A küldetésen lévőket gyorsan felsugározzák, csak Seska az, aki egy kicsit "késik". Három nappal később a Voyager egy segélykérő üzenetet fog egy kazon hajótól. A sérült hajó felderítése közben egy túlélőt találnak. A további kutatások nyomán kiderül, hogy a kazon hajó egy rosszul beüzemelt föderációs ételreplikátor miatt sérült meg. Mivel valószínűleg valaki a Voyager fedélzetéről adta át a technológiát, ezért Janeway és Tuvok igyekszik megtalálni a bűnöst.

Amikor a Voyager egy protocsillag közelébe ér, fotonikus energia részecskéket sugároznak a hajó fedélzetére. B'Elanna Kimmel együtt vizsgálná át a részecskéket, de a zászlós nem felel a hívásra. Kiderül, hogy az érzékelők szerint Kim nincs sem a holofedélzeten sem másutt a hajón. Tuvok és Chakotay a holofedélzetre indul megkeresni a zászlóst. De miután ők is eltűnnek, a kapitány a Doktort küldi az emberei után, aki felfedezi, hogy valójában egy idegen létforma rabolta el az embereket.

A Voyager egy kompja sérülten tér vissza. A Doktor megállapítja, hogy Tuvok igen komoly sérüléseket szenvedett, viszont Chakotay még ennél is súlyosabbakat, ugyanis ő agyhalott. A két tiszt egy fekete csillagködöt vizsgált, ahol valami megtámadta őket, és elszívta a parancsnok neurális energiáját. A Voyager elindul a csillagköd felé. Közben a legénység több tagjával furcsa dolgok kezdenek történni. Kes egy idegen jelenlétét kezdi érzékelni a hajón, és talán ez az idegen képes megszállni a legénység tagjait. Nincs más megoldás, meg kell találni az idegent.

Egy küldetés során a vidiiánok elrabolják B'Ellanát, Parist és Durst hadnagyot. A vidiián tudós, Sulan a kór ellenszerét keresi a bolygón. Egy kísérlet során B'Ellanát két létformára bontja: egy teljesen kligonra, és egy teljesen emberire, ugyanis Sulan szerint a klingonok immunisak lehetnek a kórra. A többieket közben alagútásásra használják. Közben a Voyager az eltűntek keresésére indul, és rájönnek, hogy a vidiiánok rabolták el őket. A Doktor Chakotaynak vidiián külsőt ad, aki bemegy a barlangokba, hogy kiszabadítsa az embereit.

Egy Dr. Ma'bor Jetrel nevű haakoniai tudós érkezik a hajóra, hogy megvizsgálja Neelixet. Jetrel tervezte a Talax holdjának, a Rinaxnak a lakosságát kiírtó metreon kaszkád fegyvert. Neelix kezdetben nem akarja alávetni magát a tudós vizsgálatainak, de és Kes végül meggyőzik. Kiderül, hogy Neelix metrémiában szenved, és hamarosan meg fog halni. Jetrel igyekszik meggyógyítani a talaxiait, és a két fél egyre többet megtud egymásról, és az is kiderül, hogy Jetrelnek valójában más céljai vannak a hajóval.

A kapitány és Chakotay 4 maquis legénységi tagot továbbképzésnek vetnek alá, mert nem felelnek meg a Csillagflotta standard elvárásainak. A feladatra Tuvokot jelölik ki, aki igyekszik a maquis-kat az akadémiai módszerek alapján tanítani. Ez komoly ellenállással találkozik a tanítványok körében. Eközben B'Elanna és a Doktor ismeretlen eredetű vírusfertőzésre bukkannak a neurális gélcsomagokban.