W królestwie oceanów na Andros odbywa się ceremonia koronacji jednego z braci bliźniaków Nereusa i Tritannusa. Podczas tej koronacji wujek Layli król Neptun wybiera na swego następcę Nereusa. Ceremonia zostaje zakłócona przez drugiego bliźniaka, którego król Neptun wrzuca do więzienia na Andros. Tam Tritannus poznaje Trix. W tym czasie Winx planują koncert w barze Frutti. Spotykają się tam z chłopcami i Roxy, która oznajmia, że dostała się do Alfei. Sky ma dla Bloom wisiorek Eraklyonu, który jest dla niego bardzo ważny. Niespodziewanie wybucha platforma wiertnicza blisko baru. Winx i specjaliści ruszają na pomoc pracownikom, w czasie ratunku Sky gubi naszyjnik.

Winx dają koncert dobroczynny by wspomóc wyczyszczenie plaży. Tritannus razem z Trix uciekają z więzienia. Absorbuje zanieczyszczenia z wycieku ropy, przez co staje się potężniejszy i przemienia się w potwora. Winx podczas czyszczenia plaży zostają zaatakowane przez zmutowane potwory morskie i Trix. Layla, Tecna i Flora wyruszają za potworami. Dowiadują się, że trudno jest używać mocy Believix pod wodą, gdyż jest mniej skuteczna. Layla dowiaduje się, ze ich nowym wrogiem jest jej kuzyn, który posiadł kontrole nad bramą z Andros na ziemie.

Winx wracają do Alfei by porozmawiać z panią Faragondą o nowym wrogu Tritannusie i o tym, że ich moce Believix są mniej skuteczne pod wodą. Dyrektorka mówi im, że muszą zdobyć przemianę Sirenix, starożytną moc i że ostatnia wróżką, która ją zdobyła była siostra Bloom, Daphne i tylko ona wie gdzie można znaleźć Księgę Sirenix. Bloom spotyka się z siostrą, która ostrzega ją przed tą przemianą jednak mówi gdzie znajduje się księga. Winx wraz ze Sky'em, Brandonem, Helią oraz księżniczką Crystal (księżniczką Limpfei) udają się do Magicznego Archiwum w Alfei. Trix atakują Winx, w czasie walki Sky dostaje w głowę i traci pamięć.

Crystal próbuje przywrócić Sky'owi pamięć, jednak wspomnienie zdobienia wisiorka Eraklyonu powoduje blokadę. Timmy pomaga Tecnie w napisaniu programu, który odnajdzie Księgę Sirenix. Trix sabotują ten program. Przez to telefon Tecny znajduje złą książkę, która zamienia czarodziejkę w robota. Na szczęście dziewczynom udaje się uratować przyjaciółkę i odnaleźć Księgę. Nereus i królowa Ligea szukają Tritannusa i znajdują go ale on zamienia brata w zmutowanego sługę, a od matki wyciąga informacje na temat przemiany Sirenix. Jednak te informacje, które zdobył są bezużyteczne, więc zamienia ją również w swojego sługę.

Trix powróciły, a Winx są w Alfei na treningu. Faragonda wzywa Winx do siebie i opowiada im o magicznej roślince Lilo która po raz pierwszy od wieków zakwitnie na ziemi w Gardenii. Trix również wyruszają w poszukiwania Lilo. Czarodziejki znajdują Lilo, okazuje się, że Macy, młodsza siostra Mitzy, jest w jej posiadaniu. Winx udaje się powstrzymać Trix przed wchłonięciem ogromnej mocy Lilo.

Dziewczęta muszą chcieć całym sercem otworzyć Księgę Sirenix. Faragonda wysyła je na zawody w Graynor. Wszystkie najlepsze czarodziejki z magicznego wymiaru rywalizują o dar Pradawnego Ducha Natury. Muszą znaleźć stworzenie z tęczową grzywą. Dziewczyny dzielą się na 2 zespoły. Podczas poszukiwań Tecna, Musa i Stella zostają zaatakowane przez Trix. Pozostałe dziewczyny zdążają przybyć zanim Trix zniszczyły pokonaną trojkę. Bloom ratuje konia, który okazuje się poszukiwanym stworzeniem. Uzdrawia Klub Winx i pokonuje Trix. Dziewczęta wygrywają zawody i wracają do Alfei.

Bloom, Stella i Layla poznają nową przyjaciółkę Salkie o imieniu Lemmy, która magicznie się połączyła z Laylą. Dziewczęta zostają poddane próbie pewności siebie i przechodzą ją. Dowiadują się, że klejnot pewności siebie znajduje się na rodzinnej planecie Stelli, Solarii. Bloom wraz z Tecną, Musą i Sky'em wyruszają na Ziemie, gdzie Trix i mutanty Tritannusa zwiększają zanieczyszczenie odpadami toksycznymi, aby Tritannus był potężniejszy. Dziewczęta pokonują Trix, a Sky przypomina sobie, że chciał podarować Bloom wisiorek Eraklyonu. W tym czasie Flora, Layla i Stella odnajdują klejnot pewności siebie.

W Alfei odbywa się przyjęcie magików i czarodziejek, w czasie przyjęcia księga Sirenix ma kolejną zagadkę dla dziewczyn. Winx udają się na Melodie, planetę Musy. Musa zostaje zamieniona w potwora ratując Laylę przed Tritannusem. Selkie o imieniu Sonna pomaga Musie wrócić do normalnej postaci przez połączenie się. Layla, Stella i Musa rozwiązują zagadkę grając na koralowej harfie. Trix porywają Daphne by razem z Tritannusem dowiedzieć się jak zdobyć Sirenix.

Stella organizuje pokaz mody, ale nic nie idzie zgodnie z planem. A jej poszukiwanie inspiracji prowadzą do nieoczekiwanych konsekwencji. Zostaje zamieniona w dziecko, którym opiekują się Flora, Musa i Brandon. Tymczasem w wodach Zenitu czarodziejki wraz z Royem walczą z mutantami Trittannusa, próbując znaleźć klejnot empatii.

Bloom wybiera się na święta do Gardenii. Tłumaczy przyjaciółkom na czym polegają święta i że tam jak magia. Trix słysząc to postanawiają ukraść tę magie Bloom. Tworzą lodowe smoki, które więżą całą Alfee pod lodową kopułą. Winx razem ze specjalistami urządzają święta dla Bloom w Alfei. W końcu smoki zostają pokonane, a Faragonda otwiera przejście dla rodziny Bloom i dzieci do Magixa.

Daphne jest w niebezpieczeństwie ze strony Trix i Tritannusa, którzy za wszelką cenę chcą wydobyć z niej tajemnice pozyskania mocy Sirenix. W tym celu zamierzają posłużyć się szantażem poprzez porwanie jej siostry Bloom, co miałoby skłonić Daphne do wyjawienia tego najpilniej strzeżonego sekretu. W Alfei odbywa się turniej Czerwonej Fontanny na wiatrolotach. Trix zamieniają trzy z nich w lwy. Dzięki pomysłowi Sky'a udaje się je schwytać w ogniste klatki. Flora, Musa i Stella znajdują się na Limphei gdzie odbywa się pierwsza część testu odwagi. Bloom i Sky udaja się na randkę jednak Trix im ją przerywają. Czarodziejki ratują ją i Sky'a i pokonują Trix.

Bloom, Stella, Flora, Layla i Sky wybierają się na święto odrodzenia się Domino. Musa i Tecna zostają w Alfei, żeby poczekać na pojawienie się Księgi Sirenix. Księga mówi, że Klejnot Odwagi znajduje się w Żółtej Rafie, czyli na Domino. Czarodziejki odnajdują Rafę, którą okazuje się potwór. Bloom wyrywa z jego paszczy Klejnot Odwagi, dzięki czemu wróżki mogą zdobyć Sirenix. Winx spotykają również Serenę, Selkie, którą połączyła więź z Bloom. Tymczasem Trix szantażują Daphne poprzez przetrzymywanie jej rodziców. Dziewczyny ratują rodziców Bloom, ale Daphne zdradza strzeżony sekret. Disiri odnajduje naszyjnik Heraklionu i przekazuje go Florze. Sky odzyskuje kryształ i podarowuje go Bloom.

Tritannus dzięki swojej mocy sprawia, że jezioro Roccaluce zaczyna wysychać. Winx, które odnalazły już wszystkie trzy magiczne klejnoty potrzebne do uzyskania mocy Sirenix. Teraz stają przed nową misją - muszą ocalić jezioro, gdyż inaczej nie zdobędą nowej transformacji. Tritannus odbiera moce Sirenix Daphne i przekazuje je Trix. Winx dzięki połączonej mocy i harmonii z podwodnym światem ratują jezioro. W zamian za to strażniczka mocy Sirenix - Omnia obdarza je nową magią - Sirenixem. Czarodziejki po raz pierwszy mają dostęp do Nieskończonego Oceanu. Muszą jednak go bronić przed mrocznymi mocami. Tritannus wraz z Trix zanieczyszcza nowy podwodny świat. Daphne jest nadal w niewoli u Tritannusa. Czy Winx podołają zadaniu?

Winx sprzątają plażę w Gardenii, po którym Stella organizuje kolejny nieudany pokaz mody. Tritannus pochłania przeogromną ilość toksyn. Przez to staje się nie do pokonania. Stormy tworzy straszny huragan, który ogarnia Ziemię. Winx za wszelką cenę muszą go zatrzymać. Tritannus jest gotowy zniszczyć czarodziejki. Ma jednak zarezerwowaną specjalną niespodziankę dla swojej kuzynki - Layli/Aishy. Dziewczyna dowiaduje się kim są mutanty.

Król Teredor - ojciec Layli przekazuje swojej córce miecz króla Neptuna, który posiada potężną moc. Tritannus planuje uaktywnić Tron Cesarza. Winx muszą przywrócić porządek, po tym jak Tritannus zabiera pieczęć z „Filaru Światła”. W magicznym wymiarze zaczyna panować ciemność. Wszystko to jest w magiczny sposób powiązane z ojcem Stelli - królem Radiusem. W Nieskończonym Oceanie wybucha bitwa między siłami dobra i zła.

W Nieskończonym Oceanie nadal trwa bitwa między Winx a Tritannusem i Trix. Magicznym wymiarem włada ciemność. Stella stara się przywrócić światło światom magii. Tym samym może uleczyć swojego ojca. Layla musi zmierzyć się w zamienioną w mutanty rodziną. Czy miecz króla Neptuna uratuje sytuację? Faragonda organizuje zebranie władców. Odbędzie się ono w najbliższym czasie na Domino. Winx przechodzą test Sirenix.

Daphne próbuje ostrzec Bloom przed planami Tritannusa. Winx muszą przeszukać Alfeę i odnaleźć Oko Inspiracji. Pomoże to czarodziejkom w uniemożliwieniu odnalezienia pozostałych dwóch pieczęci z magicznych filarów. Mike i Vanessa zaczynają sprzątać śmieciowe wyspy. Działanie to zostaje przerwane przez atak potworów i Tritannusa. Winx muszą interweniować zanim będzie za późno. Czarodziejki muszą pokonać potwora i uratować Selkie.

Tritannus zdobywa pieczęć z Filaru Równowagi. Dzięki Daphne czarodziejki dowiadują się, o tym co planuje wróg. Zaczyna się wyścig z czasem. Winx muszą walczyć z Tritannusem i Icy. Na planecie Musy - Melodii wydarzyło się coś czego nikt nie mógł przewidzieć. Dzięki temu Darcy i Stormy przychodzą z odsieczą.

Winx muszą ponownie przywrócić równowagę w podwodnym świecie. Cała nadzieja i szansa na powodzenie akcji spoczywa na Musie. Czarodziejka używa magii kołysanki z dzieciństwa i w oceanie zaczyna panować harmonia. Tymczasem nad związkiem Bloom i Sky'a gromadzą się czarne chmury. Winx muszą ostro pracować, aby zrozumieć świat natury. Dzięki temu będą mogły pokonać Tritannusa. Przez mały żart Stelli Florze grozi niebezpieczeństwo. Wszystko kończy się jednak dobrze.

Tecna i Timmy udają się na pierwszą wspólną randkę do ekskluzywnej restauracji w Magix. W tym czasie pozostałe Winx strzegą ostatniego z filarów w Nieskończonym Oceanie. Muszą ustrzec ostatniej z pieczęci. Dzięki temu Tritannus nie zdoła przejąć kontroli nad magicznym światem. Tecna musi opuścić ukochanego, aby uratować przyjaciółki przed strasznym potworem. Następnie cała szóstka niszczy pieczęć z filaru. Plan Tritannusa zostaje pokrzyżowany.

Rada władców magicznego wymiaru musi uzgodnić jak bronić świat przed atakami Tritannusa i Trix. Król Cryon z Zenith zamierza ochronić swoją planetę dzięki robotom. Tecnie zostaje powierzona kolejna misja. Musi uratować władcę swojej planety. Wszystko jest związane z naruszeniem przez Tritannusa Filaru Kontroli. Zaczynają dziać się dziwne rzeczy. Selkie stawiają czoła Tritannusowi. Ich atak kończy się wygraną.

Icy i Bloom oraz Darcy wraz z Stormy wyruszają na poszukiwanie Politei. Każdy chce przechwycić moc tajemniczej nimfy zamienionej w potwora. Bloom walczy z Icy. Jednak wyścig wygrywa Darcy i Stormy. Rodzice Stelli zostają zaproszeni na pierwszy udany pokaz córki. Sami także zaczynają się godzić. Riven udowadnia swoją miłość Musie.

Podczas zebrania władców na Domino pojawia się droga ku kompromisowi. Winx muszą wypełnić kolejną misję. Czarodziejki odnajdują pieczęć - Oddech Oceanu w głównej mierze dzięki Florze. W międzyczasie Tritannus zjawia się na Ziemi wraz z Icy. Przez swoje moce sprawia, iż zaczynają padać kwaśne deszcze. Specjaliści i część wojsk atakują Tritannusa. Dochodzi do walki. Pomimo iż Winx ratują skażony teren, czarodziejki mają wrażenie, że ich wróg jest coraz silniejszy.

Krystal stara się wytłumaczyć Florze co naprawdę czuje do Helii. Czarodziejka natury ma mieszane uczucia, ale wszystko się zmienia gdy jej ukochany pojawia się w sali baletowej. W tym samym czasie w Nieskończonym Oceanie szykuje się prawdziwa wojna. Tritannus po walce ze swoim bratem porywa Laylę.

Bloom wyrusza w pogoń za Tritannusem. Chce ona ocalić przyjaciółkę - Laylę. Tritannus aktywuje Tron Cesarza i stając się potworną bestią, zapomina o miłości do Icy. Trix łączą się ponownie. Dawni bracia ponownie krzyżują oręż. Andros jest w opałach. Roy wraz z syrenami walczy z mutantami, a wkrótce z pomocą przychodzi Tressa oraz czwórka z Winx. Czy Tritannus znów stanie się sobą i zostanie wymierzona sprawiedliwość? Kogo jeszcze uda się uratować?