El episodio empieza con una hada escapando con unas criaturas diminutas de un fénix malvado pero falla. Las Winx regresan para su segundo año en Alfea. Bloom descubre el famoso Archivo Mágico de la escuela y lo mantiene en secreto con la Pixie Concorda. Al final del día, las Winx se encuentran con un hada que está agotada, la que se escapó del fénix, pero sin las criaturas, a excepción de una.

La nueva hada se presenta como Layla y pide la ayuda de las Winx para rescatar a sus amigas Pixies secuestradas, que no las ha podido rescatar, pero resulta que tiene a una Pixie bebé, Piff. Las Trix escapan del Monasterio Rocaluz gracias al misterioso fénix que atacó a Layla y reciben el Gloomix del fénix, haciéndose casi tan fuertes como en la primera temporada.

Brandon y Stella encuentran una civilización subterránea conocida como Grutas Profundas, en la que son capturados. La princesa (llamada Amentia) se enamora de Brandon y lo obliga a casarse con él, Brandon se niega y la princesa llama a los guardias para impedir que Stella suba a la superficie. La princesa dice que si no se casa no dejará libre a Stella y ella morirá por claustrofobia y falta de luz. Brandon acepta casarse con la princesa para salvar a Stella, y ella llega a la superficie y se reúne con Bloom, Layla y Sky.

Bloom, Stella, Layla y Sky rescatan a las Pixies en una carrera contrarreloj para evitar la boda de Brandon. Encuentran la espantosa fortaleza del fénix y se enfrentan a las Trix, ayudados por un misterioso hombre alado. Las Pixies son liberadas y el grupo parte a Grutas Profundas.

Brandon está a punto de casarse con la princesa Amentia. Bloom, Stella, Layla y Sky no logran hacer nada pero Amore (la Pixie del amor, enlazada a Stella) ve a Sponzus (enamorado de la princesa Amentia) llorando y le da una flor con un aroma y la coloca en un ramo de flores. En la boda cuando le presentaron los anillos y el ramo de flores, la princesa huele el ramo y se enamora de Sponzus. Brandon está a salvo y con un regalo de Sponzus y todos vuelven a Alfea.

Una piedra, aparentemente metálica, aparece en el lago próximo a Alfea y las Winx tratan de destruirlo pero les resulta imposible. La directora Faragonda explica a las Winx la identidad del fénix, su nuevo enemigo: Lord Darkar, la encarnación de las sombras que se alía con las Trix para cumplir su venganza. Repentinamente aparece un nuevo profesor en Alfea llamado Avalon y Bloom, Stella y Layla lo reconocen como el hombre que los ayudó contra las Trix y él destruye la piedra metálica con un hechizo avanzado. Sky levanta celos de este profesor, ya que se gana toda la atención de Bloom, y ella y sus compañeras se unen al profesor.

Las Winx visitan Fuente Roja en la fiesta de inauguración. Las Trix se cuelan en la fiesta haciéndose pasar por otras personas porque las ha mandado Lord Darkar a buscar algo llamado "códice". La espantosa mascota de Darkar arruina la fiesta pero las Winx y los especialistas logran ganar la batalla con ayuda de Helia, el apuesto sobrino de Saladino, y Flora se enamora perdidamente de él.

El profesor Avalon levanta sospechas en las demás Winx (menos Bloom) y ellas creen que Avalon puede ser la criatura de la destrucción, vinculada a una oscura profecía. Todo resultó ser un malentendido.

Las Trix atacan nuevamente Fuente Roja para capturar una parte del códice, y lo consiguen. Sky muere pero es revivido por Bloom, y ella descubre el poder sanador del Dragón.

Bloom investiga sobre su poder sanador, pero encuentra un libro que no es de la biblioteca, y luego Faranganda le da el libro correcto. Por un conjuro, las Pixies se vuelven nostálgicas e intentan regresar a la Aldea Pixie. Tras este suceso, Faragonda explica a las Winx que Lord Darkar intenta conseguir las cuatro partes del códice y deben detenerlo. Las Pixies escapan y estaban cerca de llegar a su aldea pero Bloom logra calmarlas con su nuevo poder sanador.

Bajo un hechizo de Darcy, un especialista que está enamorado de Musa arruina el examen de convergencia de las Winx. Ellas lograron demostrar que son un grupo muy unido e hicieron su primera convergencia mágica, aprobando el examen.

Bloom, Stella, Musa y Layla viajan a la Tierra, mientras que Tecna y Flora se quedan en Magix. Bloom apoya a su madre en un juicio, Stella sale de compras y Musa y Layla van a bailar a una discoteca, llamado toda la atención por su magia, en especial a unos matones locales. Faragonda y Griselda encuentran a las Winx y las castigan por escaparse de Alfea.

Brandon, Bloom y Flora acompañan a Sky a su planeta natal, Eraklyon, ya que hubo una emergencia. La princesa Diaspro fue secuestrada por el malvado Yoshinoya y Sky, junto a sus amigos, la rescata. Mientras tanto, Musa lucha contra Stormy en Alfea y triunfa, pero Stormy planea venganza.

Musa está lista para cantar en un concierto de Fuente Roja, pero su padre se opone a su interés por la música, además él no aprobaba a Riven y quiere trasladar a su hija a otro colegio. Stormy vuelve a mitad del concierto para vengarse de Musa, pero Musa sigue el consejo de su madre y logra ganar nuevamente con ayuda del público.

Mitzi invita a Bloom y sus amigos a su fiesta de Halloween en una casa abandonada de Gardenia. Jolly, la Pixie de las profecías, advierte a las Winx sobre una antigua profecía de las tres hermanas sin rostro, pero resultó ser una pesada broma y fue Mitzi la que cayó víctima del engaño.

Las Winx viajan a Torre de Nubes con Mirta para cuidar otra parte del códice oculto allí. Tecna investiga sobre dónde puede estar el códice, pero lo ha calculado mal. Las Trix atacan la escuela y luchan por encontrar el códice, pero fracasan en su primer intento por usar el cálculo erróneo de Tecna.

En su segunda intento, las Trix atacan Torre de Nubes y las Winx son separadas e intentan detenerlas con la convergencia mágica pero fallaron, y las Trix robaron el códice de la escuela.

Con ayuda del profesor Avalon, Bloom viaja por su pasado pero un extraño virus oscuro la ataca y, un rato después, Bloom es poseída por Lord Darkar y se transforma en Dark Bloom, atacando el Archivo Mágico de Alfea con el fin de encontrar el códice de Alfea. Las Winx no lograron detener a Dark Bloom y el códice es robado. El profesor Avalon logra regresar a Bloom a la normalidad.

El profesor Avalon es envenenado y necesita un ingrediente específico de la Aldea Pixie para ser curado. Siendo seguida por Icy, Livy viaja a la Aldea Pixe para encontrar la medicina del profesor Avalon. Las Winx y los especialistas se van de vacaciones a los Páramos. Bloom se gana el Charmix al recuperar la confianza de sus amigas, amigos, y novio. Después de una gran pelea en Grutas Profundas, Icy recupera el códice de la Aldea Pixie.

Las Winx continúan en los Páramos y Stella gana el Charmix admitiendo su aislamiento del grupo. Lord Darkar envía a las Trix para capturar a Bloom, porque ella es la única que puede ayudarle a conseguir el máximo poder y así será más fuerte, porque necesita el Fuego del Dragón. Musa gana su Charmix confiando en Riven. Las Winx y los especialistas son perseguidos por los poseídos monstruos de las Trix, pero el Charmix y el ingenio es suficiente para sobrevivir.

Las Winx y los especialistas se preparan para enfrentarse a las Trix y a su ejército de monstruos. Layla se separa del grupo y Bloom sale a buscarla. Mientras todos pelean, Layla gana el Charmix derrotando su miedo a la soledad y se reúne con Bloom. Las Trix son derrotadas y Tecna gana el Charmix admitiendo su amor a Timmy. Las Pixies se enferman y deben volver a la Aldea Pixie para curarse.

Mientras las Winx entrenan en Alfea con su Charmix, Flora se queda en la Aldea Pixie para curar la Flor de la Vida, y lo consigue. Las Pixies se curan y Flora consigue el Charmix confesando su amor a Helia. El verdadero profesor Avalon escapa de la guarida de Lord Darkar y llega a Alfea. Las Winx y Faragonda descubren que el profesor Avalon que les estuvo enseñando todo el tiempo es un espía de Darkar. Antes de poder luchar, Bloom es secuestrada por el falso Avalon y llevada a la guarida de Lord Darkar.

Las Winx, las Pixies, y los especialistas salen desesperadamente a rescatar a Bloom. En una carrera contrarreloj, Brandon y Sky visitan a la princesa Amentia para contar con su ayuda. Darkar transforma a Bloom en Dark Bloom otra vez y ahora ya está listo para completar su plan.

Las Winx, las Pixies y los especialistas llegan a la fortaleza de Lord Darkar con ayuda de la princesa Amentia. Darkar se prepara para entrar a la dimensión Realix con Dark Bloom y hace que Bloom active el códice. Como que ahora Darkar es más fuerte, traiciona a las Trix enviándolas al vacío.

Dark Bloom inicia el ritual de la dimensión Realix para convocar la fuente del Fuego del Dragón. Mientras las Pixies mantienen el portal abierto, las Winx y los especialistas entran en la dimensión Realix para detener a Darkar. Las Trix, unidas en un solo cuerpo, también aparecen para vengarse de Darkar. En el momento decisivo, Sky le confiesa a Dark Bloom su verdadero amor por ella y entonces Bloom regresa a la normalidad, mucho más fuerte. Con una gran Convergencia Charmix, Lord Darkar es derrotado, pero ellas pierden el Charmix y vuelven a su anterior transformación, y la aventura termina. En Alfea, hay una gran fiesta porque Magix quedó a salvo. Flora y Helia quedan como novios, y Bloom y Sky están más enamorados que nunca.