Bloom è una normale ragazza di 16 anni che vive sulla Terra, a Gardenia. Un giorno, andando al parco con il suo coniglietto Kiko, si imbatte in una ragazza che combatte contro un orco: quando questa sta per avere la peggio, Bloom interviene e la salva, scoprendo così di possedere dei poteri magici. La ragazza si chiama Stella ed è una fata che proviene dalla dimensione magica di Magix; Stella invita Bloom ad andare con lei ad Alfea, la miglior scuola di fate di Magix, ma prima che Bloom possa decidere cosa fare, le due ragazze vengono assalite da un troll inviato da tre perfide streghe che si fanno chiamare Trix e che vogliono l'anello magico di Stella. In aiuto a Stella e Bloom arrivano gli Specialisti Sky, Brandon, Riven e Timmy, provenienti dalla scuola di Fonterossa. Insieme, riescono a catturare il troll e, alla fine, Bloom decide di partire per Alfea e diventare una fata.

Dopo aver personalmente visitato Magix, accompagnati da Stella e da Bloom, i genitori di quest'ultima decidono di lasciarle frequentare il college di Alfea. Grazie ad una escamotage di Stella, Bloom riesce ad essere ammessa alla scuola di fate. Le viene quindi indicato l'appartamento del College in cui si trova la sua camera, che è lo stesso di Stella e di altre tre fate: Flora, Musa e Tecna, con le quali forma il Winx Club. Bloom inizia a conoscere meglio Magix, Alfea e le fate che vi si trovano, così come i due college vicini: quello di Fonterossa (per gli aspiranti "specialisti") e quello di Torrenuvola (per le aspiranti streghe).

Alfea organizza una festa con gli specialisti, ma le Trix si intrufolano alla festa e cercano di sabotarla per rubare l'anello di Stella; Bloom se ne accorge e cerca di fermarle. La ragazza si trasforma in fata, ma non riesce a impedire che le streghe mettano in atto il loro piano. Flora e Stella però, grazie a un incantesimo, mettono dentro il cofanetto invece dell'anello un papero, che appena vede Icy la scambia per la sua mamma.

La classe delle Winx si reca alla palude di Melmamora per svolgere un compito che consiste nell'ascoltare la natura. Nel frattempo gli Specialisti trasportano il troll che avevano catturato tempo prima, ma le Trix intervengono per liberarlo, così le Winx si uniscono ai ragazzi per aiutarli a ritrovare la creatura. Le tre streghe però fanno svanire nel nulla il troll prima che le fate arrivino. Alla fine, le Winx arrivano ultime nel compito, ma riescono a passarlo per il coraggio e la solidarietà dimostrata.

Stella riceve un invito per un appuntamento dal principe Sky, che tuttavia si rivela essere un'ennesima trappola delle tre streghe per rapirla. Le Trix chiedono l'anello della ragazza come riscatto. Bloom e le sue amiche affrontano le perfide streghe, ma senza successo: vengono sconfitte e sono costrette a lasciare l'anello di Stella nelle mani delle nemiche.

Le Winx entrano di nascosto nel tenebroso collegio di Torrenuvola per sfidare nuovamente le tre streghe e recuperare l'anello di Stella. Nel frattempo le streghe si accorgono che l'anello non conserva il potere del leggendario Drago di cui vanno alla ricerca. Alla fine le fate hanno la meglio e si riprendono l'anello. Tentando di scappare da Torrenuvola, si ritrovano all'ingresso dell'Archivio sotterraneo, la più segreta delle stanze del collegio, dove sono tenuti tutti i documenti riguardanti le fate e il loro mondo. Prese dalla curiosità, il gruppo tenta di entrarvi, ma la stanza è piena di trappole e pericoli, e quando sembra ormai persa ogni speranza, Bloom sente una voce misteriosa che le suggerisce la via di uscita, riuscendo così finalmente a far ritorno ad Alfea.

Faragonda, la preside di Alfea, venuta a sapere dell'intrusione a Torrenuvola da parte delle Winx, costringe queste ultime a pulire tutta la scuola, mentre le altre studentesse vanno in città per vedere l'annuale Fiera della Magia di Magix. Inoltre, per evitare che le ragazze imbroglino usando la magia, Faragonda le priva temporaneamente dei loro poteri. Gli Specialisti corrono in loro aiuto. Anche le Trix giungono ad Alfea, per cercare la Fiamma del Drago che il loro rivelatore di energia, il Vacuum, ha indicato essere lì. Per cercarla indisturbate, evocano la presenza di un mostro, il Flagello, che inizia a distruggere il collegio. Tuttavia, le Winx e gli Specialisti riescono a sconfiggere il mostro, mandando in fumo il perfido progetto delle streghe, e, come ricompensa, Faragonda restituisce loro i poteri magici.

Le streghe, infastidite dal continuo intervento degli Specialisti in aiuto delle fate, organizzano un piano malvagio che possa mettere fine alla loro amicizia. Durante un torneo di moto a Magix, le streghe provocano un orribile incidente a Riven e manipolano la situazione in modo tale che la colpa ricada su Bloom. Scoppia una tremenda disputa tra Riven e la ragazza, ma gli altri ragazzi sono dalla parte di Bloom e questo causa in Riven un profondo turbamento che lo porta a lasciare la squadra degli Specialisti. Le streghe, entusiaste dell'accaduto, offrono subito al ragazzo la loro amicizia.

La voce misteriosa che Bloom continua a sentire in sogno e che aveva salvato lei e le altre dai pericoli di Torrenuvola, è Daphne, una delle nove leggendarie Ninfe di Magix. Bloom, determinata a capire chi sia e che cosa voglia da lei, fa delle ricerche, interrotte però da Faragonda. Nel frattempo, Musa litiga con Stella e fugge dal college dirigendosi verso la città, ma sfortunatamente incappa nelle streghe, che immediatamente colgono l'occasione per attaccarla. Le sue amiche e gli Specialisti arrivano in tempo per salvarla. Durante il combattimento, Icy si rende conto dell'incredibile fonte di energia posseduta da Bloom e nota una forte somiglianza con il potere del leggendario Drago.

Icy è decisa a conoscere di più su Bloom e sul suo potere, molto simile a quello della Fiamma del Drago. Durante la verifica del primo semestre ad Alfea, Bloom affronta sfide difficili e pericolose nella terra virtuale ricreata dalla Camera della Simulazione, manomessa da Darcy per mettere alla prova il potere della fata. Le Trix, ormai certe che Bloom abbia dentro sé il potere del Drago, lasciano andare per il momento la ragazza, la quale nonostante tutto ottiene un buon punteggio all'esame.

Tutti sono presi per la verifica del primo semestre. La pozione che Flora deve preparare per l'esame consiste nel trovare un fiore raro e speciale che vive solo nella palude di Melmamora. Lei e le altre Winx si addentrano nella palude, dove incontrano delle piccole fate acquatiche, vittime di un incantesimo del Salice Rosso, capace di far cadere chiunque in un sonno lungo e profondo. Dopo aver sconfitto il salice, le cinque fate riescono a prendere il fiore che occorre a Flora per superare l'esame.

Mentre tutti sono impegnati a studiare per l'esame del primo semestre, Stella, invece di prepararsi, partecipa al concorso di bellezza "Miss Magix", che si sta svolgendo in città. Alla gara partecipa anche Lucy, studentessa di Torrenuvola, che chiede l'aiuto delle Trix per apparire più bella e vincere il titolo. La strega vince, ma Icy, Darcy e Stormy decidono di spezzare l'incantesimo e rivelare a tutti il suo vero aspetto. Dato che Lucy ha imbrogliato, viene incoronata Miss Magix la seconda arrivata, ovvero Stella. Tuttavia, non essendosi preparata, Stella non supera l'esame, e se non studia seriamente per l'esame finale, rischia di ripetere l'anno.

Durante le vacanze, Bloom ritorna a Gardenia per far visita ai suoi genitori e mostra loro con orgoglio i poteri che ha acquisito. La ragazza si accorge che sulla Terra può comprendere e vedere la natura e le buone o cattive intenzioni della gente: infatti, grazie a questo potere, Bloom riesce a scoprire i subdoli piani di due truffatori, i quali cercavano di ingannare i suoi genitori. Nella notte, Bloom sogna una bambina che viene salvata dalle fiamme; il giorno successivo apprende la notizia di essere stata adottata. Mike, suo padre, l'ha trovata proprio in mezzo alle fiamme durante lo spegnimento di un incendio. La ragazza, scioccata, torna ad Alfea, e con il supporto delle amiche, comincia a indagare sul suo passato e su chi siano i suoi genitori naturali.

Bloom, Tecna, Timmy e Brandon tentano nuovamente di entrare nell'Archivio sotterraneo a Torrenuvola per scoprire qualcosa di più sulle origini di Bloom, ma con grande stupore, scoprono che è una strega rinnegata e non una fata. Piena di vergogna, Bloom fugge, ignorando che si tratta di una trappola delle streghe. Approfittando della sua insicurezza, Icy, Darcy e Stormy tentano di attirare Bloom dalla loro parte, ma la strega Mirta avverte la fata dell'inganno. Furiosa per aver rovinato il piano, Icy trasforma Mirta in una zucca.

Nel corridoio della scuola, Bloom va a sbattere inavvertitamente contro il professor Wizgiz, causando la caduta della busta sigillata contenente le domande e le risposte del compito del giorno successivo. La tentazione è molto forte, ma alla fine nessuna delle ragazze apre la busta. Il giorno del compito molte delle loro compagne di classe si presentano con il volto colorato di vernice: in realtà, la busta non conteneva alcuna domanda o risposta, ma solo vernice che veniva spruzzata sul volto di chiunque avesse tentato aprirla. Visto che le Winx non l'hanno aperta, superano la prova.

Icy, Darcy e Stormy vogliono a tutti i costi impossessarsi della Fiamma del Drago di Bloom e per questo evocano contro le Winx un mostro-ombra, capace di provocare terribili incubi durante il sonno. Le ragazze, tuttavia, riescono a scoprire la sua presenza e insieme provano a combatterlo, ma essendo troppo forte, interviene Faragonda che spazza via il mostro. Le streghe, assistita la scena, fanno ritorno a Torrenuvola, dove le aspetta una sonora lezione da parte della preside Griffin, la quale, avvisata sull'accaduto da Faragonda, le espelle dalla scuola di magia.

Bloom, durante il saggio a Fonterossa, casualmente viene a sapere che Brandon non è un semplice accompagnatore ed amico del principe Sky, ma è lui il vero principe Sky. Per motivi di sicurezza, i due ragazzi si erano scambiati i ruoli. Inoltre, la fata viene a conoscenza che Sky è già fidanzato con Diaspro, aristocratica di Eraklyion. Delusa e turbata, Bloom lascia Magix.

Arrivata a Gardenia, Bloom attaccata dalle Trix, le rivelano che è la sorella di Daphne, la stessa che le appare in sogno e che si è sacrificata per portarla in salvo dalla furia distruttiva delle Tre Streghe Antenate, le quali volevano impossessarsi della Fiamma del Drago. Bloom, ricattata, viene sconfitta da Icy, Darcy e Stormy, che assorbono così tutto il suo potere.

Con il potere della Fiamma del Drago preso da Bloom, le Trix si impossessano di Torrenuvola, imprigionando la preside Griffin e tutte le streghe che non vogliono unirsi a loro nel malvagio piano di conquista di Magix. Di lì a breve, le tre attaccano Alfea. La situazione a Magix diventa caotica e senza controllo, sotto il governo delle tre streghe.

Dopo molte insistenze, Faragonda accetta che Bloom e le sue amiche vadano ad esplorare il pianeta distrutto di Domino, nella speranza di trovare una qualche traccia del potere della Fiamma del Drago che possa salvare Magix. Nel frattempo, il collegio di Fonterossa viene distrutto e gli Specialisti si rifugiano ad Alfea. Appena arrivate a Domino, le fate vengono attaccate da un mostro delle nevi, evocato da Icy, a cui riescono a sfuggire.

Le Winx raggiungono le rovine dell'antico palazzo reale di Domino. Guidata dallo spirito di Daphne, Bloom trova la corona che tante volte le era comparsa in sogno, e nel momento in cui se la pone sul capo, vede il suo passato. Intanto il mostro delle nevi con l'esercito di Golem attacca nuovamente, ma gli Specialisti giungono in aiuto delle fate.

Tornati ad Alfea, le Winx e gli Specialisti si preparano al nuovo attacco da parte delle Trix. Bloom, accompagnata da Stella, Sky, Brandon e Knut, decide di andare a Torrenuvola per sfidare le tre streghe e riprendersi il suo potere. Riven, imprigionato, riesce a liberarsi e tornare dalla parte delle fate contro la minaccia di Icy, Darcy e Stormy.

A Torrenuvola, Bloom e gli altri liberano le streghe imprigionate e la preside Griffin e insieme progettano la fuga dal castello. Affinché tutti attraversino il portale verso Alfea, Sky e Bloom distraggono i mostri d'ombra al servizio delle Trix, ma durante il ritorno al college di Alfea, la loro moto esce fuori strada.

L'assedio delle streghe sta distruggendo Magix e ogni tentativo di resistenza sembra vano. Intanto Sky e Bloom si dividono, poiché quest'ultima sente di nuovo la voce di Daphne che la guida in fondo al Lago di Roccaluce. Seguendo lo spirito di sua sorella, Bloom riesce a riaccendere il potere della Fiamma del Drago, rimasto sin dall'inizio in lei.

Ritornata ad Alfea con Sky, Bloom si scontra con Icy e sembra avere la peggio, ma grazie ai suoi poteri sconfigge definitivamente Icy; Darcy e Stormy, invece, vengono imprigionate da Faragonda e Griffin. Le tre vengono poi portate a Roccaluce, dove sconteranno la pena. Tornata la normalità a Magix, le streghe e Griffin ritornano a Torrenuvola, mentre gli Specialisti, Codatorta e il preside Saladin a Fonterossa. Mirta trova una buona amica in Flora e decide di rimanere ad Alfea e diventare una fata anziché una strega. Bloom, intanto, decide di cercare e conoscere i suoi veri genitori, ancora in vita.