In dem kleinen Städtchen Gardenia lebt die 16-jährige Bloom mit ihren Eltern. Der erste Tag der Sommerferien ist angebrochen und für Bloom sieht es ganz so aus, als würde eine schrecklich langweilige Ferienzeit vor ihr liegen. Aber da täuscht sie sich gewaltig! Denn plötzlich gerät sie mitten in einen erbitterten Kampf zwischen der zauberhaften Fee Stella und einer Truppe Trolle, die von Knut dem Ungeheuer angeführt wird.

Nachdem Blooms Eltern sich Magix genau angeschaut haben, sind sie endlich damit einverstanden, ihre Tochter auf die Feen-Schule Alfea zu schicken. Sie erfährt, dass sie sich ein Appartement mit Stella und drei weiteren Feen namens Flora, Musa und Tecna teilt. Außer Alfea gibt es noch zwei weitere Schulen in Magix: Die Rote Fontäne Schule für junge Männer, die als Helden und Drachentöter geschult werden, und den Wolkenturm, in dem Hexen ausgebildet werden. Bloom muss schon bald feststellen, dass Hexen und Feen sich gar nicht grün sind: Sie wird nämlich in einen Kampf mit den berüchtigten Hexenschwestern Icy, Darcy und Stormy verwickelt...

Bloom fällt es schwer, im Unterricht richtig mitzukommen, schließlich ist alles noch ganz neu für sie. Währenddessen organisiert die Feenschule Alfea eine große Willkommens-Party für die neuen Schülerinnen. Auch die Jungs der benachbarten Rote Fontäne Schule sind dazu eingeladen. Doch die Hexen sind von der kommenden Feier nicht begeistert und haben ihre eigenen Pläne...

Die angehenden Feen absolvieren ihre erste praktische Übung im mysteriösen Schwarzschlamm-Sumpf. Doch das Training muss unterbrochen werden, als dort ein Flugzeug der Spezialisten notlandet. Mit an Bord ist der böse Troll, der einst Stella angegriffen hatte. Bei dem Crash gelingt es dem Ungeheuer, auszubrechen. Sofort machen sich Feen und Spezialisten auf die Suche nach ihm. Dabei entpuppt sich der Sumpf als ein sehr gefährliches Labyrinth...

Stella erhält mysteriöse eine Einladung zu einem Rendezvous mit Prinz Sky. Als Stella jedoch zurückkommt verhält sie sich irgendwie eigenartig...

Der Winx Club schleicht sich in den unheimlichen Wolkenturm, um den drei Hexen Stellas Ring wieder abzujagen. Sie geraten jedoch in das Magische Archiv, das geheimnisvolle Gewölbe unter dem Wolkenturm. Das Archiv steckt nicht nur voller Geheimnisse, sondern ist auch mit gefährlichen Fallen gespickt. Für die Winx wird es nicht leicht, hier wieder herauszukommen...

Bloom und ihre Freundinnen werden von Faragonda, der Direktorin von Alfea bestraft - denn schließlich sind sie ohne Erlaubnis in den Wolkenturm eingedrungen: Der Winx Club soll die gesamte Schule putzen, während die übrigen Feen sich auf einem Konzert vergnügen dürfen. Da trifft es sich gut, dass die Spezialisten vorbeischauen und die Winx bei der Arbeit unterstützen. Während sie gemeinsam putzen, dringen jedoch die Trix in die Schule ein.

Es ist Rosentag in Magix, der Muttertag der magischen Dimension. Die meisten Schülerinnen fahren deshalb nach Hause, doch Bloom, Stella und Musa bleiben in Magix. Während Musa in Alfea bleibt, gehen Bloom und Stella in die Stadt und schauen sich ein Motorradrennen an, an dem auch Brandon, Sky und Riven teilnehmen. Keiner ahnt, dass die drei Hexen ihre eigenen Pläne für das Rennen haben, die die Freunde in zwei Lager spalten.

Bloom hat mysteriöse Visionen: Im Traum erscheint ihr Daphne, eine geheimnisvolle Nymphe. Doch als ob das nicht genug wäre, wird Stella gemein und Musa verlässt tief gekränkt Alfea und läuft zu allem Überfluss auch noch den Hexen in die Arme.

Icy versucht mehr über Bloom und deren Herkunft zu erfahren. Woher stammen ihre unglaublichen Kräfte, die sie im letzten Kampf unter Beweis gestellt hat? Um das herauszufinden, haben die Hexen einmal mehr einen finsteren Plan ausgeheckt: Bloom muss eine Zwischenprüfung in Alfea absolvieren und wird hierzu von Professor Palladium mit der Simulationskammer auf den Planeten Domino gebeamt. Die Trix haben den Simulator aber manipuliert.

Alle in Alfea sind hochkonzentriert, denn die Zwischenprüfungen sind in vollem Gange. Flora muss eine äußerst seltene Blume finden, die nur im Schwarzschlamm-Sumpf wächst. So wagt sich der Winx Club geschlossen in den mysteriösen Sumpf. Dort stoßen die Freundinnen auf einige Wasser-Nymphen, die sie um Hilfe gegen das große Monster der schwarzen Insel bitten.

Immer noch beherrschen die anstehenden Zwischenprüfungen das Leben an der Schule von Alfea. Alle bereiten sich angestrengt auf ihre Aufgaben vor - alle außer Stella. Sie hat ein Auge auf den Titel der "Miss Magix" des jährlichen Schönheitswettbewerbs geworfen. Doch wo die Winx sind, sind die Trix meist auch nicht fern...

Bloom besucht ihre Eltern in Gardenia. Zwei Geschäftsleute möchten in den Blumenladen ihrer Mutter einsteigen. Geht es dabei wirklich mit rechten Gingen zu? Bloom entdeckt derweil neue Kräfte die ihr schon bald von Nutzen sein werden...

Bloom stößt mit Professor Wizgiz zusammen. Dabei verliert der Lehrer einen versiegelten Umschlag mit Fragen und Antworten für eine wichtige Prüfung am nächsten Tag! Bloom zeigt den wertvollen Fund ihren Freunden. Was sollen sie nur tun? Sollen sie den Umschlag öffnen und damit in den Besitz aller Fragen und Antworten für den Test kommen? Oder sollen sie ehrlich bleiben, auch wenn das bedeutet vielleicht durch die wichtige Prüfung zu fallen? Die Versuchung ist groß...

Die Trix bereiten den Winx eine schlaflose Nacht, allerdings auf eine ganz neue Weise...

Eine hochnäsige Prinzessin behauptet die verlobte von Blooms Freund zu sein. Was steckt dahinter? So viel ist sicher, ein Geheimnis wird aufgedeckt werden...

Aus Scham verlässt Bloom Alfea und geht zurück nach Gardenia. Sie ist traurig und vermisst ihre Freundinnen, will sich aber wieder einleben. Doch die Trix haben die Abreise ihrer Feindin bemerkt und folgen ihr...

Mit der Macht der Drachenflamme wollen die Trix die Armee der Finsternis beschwören. Doch laut Miss Griffin ist niemand in der Lage diese Armee zu kontrollieren. Könnte dies in der totalen Zerstörung der magischen Dimension enden?

Faragonda schickt die Winx nach Domino, in der Hoffnung dass Bloom in den Ruinen des königlichen Palastes Hinweise findet, wie die ihre Kräfte wiedererlangen kann. Aber natürlich bleibt diese Reise von den Trix nicht unbemerkt....

In den Ruinen des Palastes findet Bloom eine Krone, die ihr eine Vision offenbart. Wird diese Vision Bloom dabei helfen die Drachenflamme zurück zu erlangen?

Die Feen sind aus Domino zurückgekehrt. Um Blooms Kräfte zurückzuerlangen will sie in den Wolkenturm eindringen, das Zentrum der Macht der Trix.

Mit Knuts Hilfe schleichen sich Bloom und ihre Freunde in den Wolkenturm. Sie gelangen in einen Raum, mit einer großen Flamme. Ist das Bloom legendäre Drachenflamme? Erhält sie ihre Kräfte jetzt wieder zurück?

Nach der Bruchlandung mit Griffins Spacegleiter müssen Bloom und Sky zu Fuß nach Magix. Dort wollen sie schnellstmöglich Hilfe holen. Griffin und Faragonda kämpfen inzwischen gemeinsam in Alfea gegen die Armee der Finsternis.

Endlich am geheimnisvollen Roccaluce-See angekommen macht Daphne Bloom klar, dass sie ihre Kräfte keineswegs an die Trix verloren hat. Sie erzählt Bloom wie sie ihre Kräfte wiederfinden kann.

In Alfea bereiten sich derweil alle auf den großen Angriff der Trix vor, die gleich mit einer ganzen Armee im Anmarsch sind.

In einem letzten Kampf wollen die Mitglieder des Winx Club ihre ewigen Widersacher Icy, Darcy und Stormy endlich hinter Gitter bringen. Es kommt zum 1 gegen 1 Kampf zwischen Bloom und Icy. Durch diesen Kampf wird sich entscheiden, wer der würdige Träger der Drachenflamme ist...