Jeff è particolarmente concentrato sulla laurea e gli mancano pochi crediti per raggiungere il suo ambizioso traguardo; quando accade un piccolo disguido con la sua registrazione al corso di storia, Dean si ritroverà nel bel mezzo di un’agguerrita competizione per accaparrarsi il posto migliore a lezione. Nel frattempo, Britta si ritroverà ad aiutare Albed ad affrontare la sua ansia derivante dalla pressione degli esami e dalle recenti rotture che hanno sfaldato e diviso il gruppo.

I membri del gruppo di studio si preparano alla festa in costume, di Vicki, per Halloween, ma prima si ritrovano a dover fare una piccola deviazione a casa di Pierce, che si è accidentalmente chiuso nella sua stanza del panico. Mentre Pierce langue dietro le porte serrate, il gruppo dovrà cercare, nell’oscura ed inquietante magione, il libro che custodisce il codice per lo sblocco delle porte, scoprendo alcuni segreti della casa.

Troy e Britta cercano di tenere segreta la loro relazione ma Abed li scopre. Il gruppo va all’InspecTiCon, l’annuale convention sull’Ispettore dello spazio e del tempo per sostenere Troy e Abed; i problemi iniziano quando Toby Davies, un amico virtuale di Abed con il quale ha condiviso la passione per l’Ispettore, si frappone fra Troy e Abed. Nel frattempo, Annie lascia la convention per godersi l’albergo di lusso, mentre Jeff si rilassa al bar con Lauren, un’altra fan dell’Ispettore.

Il gruppo di studio si prepara a frequentare il corso di Storia Europea del professor Noel Cornwallis, dato che nessuno di loro è riuscito ad iscriversi all’interessantissimo corso di Storia del Gelato. In seguito, il gruppo dovrà fare di nuovo i conti con il gruppo di studenti tedeschi che abbiamo visto nella scorsa stagione e con i quali Jeff e Shirley si erano scontrati in una emozionante partita di biliardino ed inoltre, con grande sgomento di Dean Pelton, assisteremo al ritorno di Chang al campus.

Mentre l’intero campus cerca di scoprire che cosa ha portato alla perdita di memoria di Chang, Dean Pelton iscrive il gruppo a un programma che garantisce dei fondi per future ricerche mediche ed Abed filma le attività per un documentario. Intanto, Jeff sospetta che l’improvvisa perdita di memoria di Chang serva in realtà a nascondere qualcosa e indaga per trovare qualcosa che confermi la sua tesi.

Dean Pelton mette gli occhi su una balena, in gergo uno studente ricco con del potenziale e si fa aiutare da Jeff, Britta e Annie per poterlo reclutare nel gruppo di studio. Intanto, Abed viene iniziato alla fratellanza di Greendale, mentre Troy e Shirley si iscrivono ad un corso di educazione fisica in cui Shirley eccelle e Troy combina disastri.

Dean Pelton decide di organizzare un ballo Sadie Hawkins a Greendale e Britta decide di fargli concorrenza organizzando un ballo Sophie B. Hawkins in segno di protesta, ma in realtà è tutto quanto uno scherzo per Britta, dato che la donna è semplicemente confusa e non ha la più pallida idea di chi sia Sophie B.

Il gruppo di studio decide di prendersi una pausa dai loro impegni scolastici e di programmare un giro selvaggio in mongolfiera, ma accade un terribile imprevisto e quest’ultima si schianta in un bosco. Tuttavia non tutti i mali vengono per nuocere, dato che i ragazzi finiscono per trascorrere insieme dei bei momenti e riescono anche a fare amicizia anche con un uomo di montagna molto amichevole.

Jeff organizza una deliziosa vacanza nel suo appartamento, ma Annie invita segretamente il Professor Cornwallis nella speranza di riuscire ad entrare nelle sue grazie. Quando diventa ormai evidente che il professore ha intenzione di dar loro un brutto voto alla prova di Storia, l’atmosfera inizia a diventare molto pesante ed i ragazzi del gruppo decidono di entrare in azione.

Annie e Shirley scoprono che Leonard sta attualmente detenendo il posto del primo della classe, decidono di unire le forze per neutralizzarlo; intanto, Troy ed Abed si ricordano uno dei loro film preferiti dove avveniva uno scambio di corpi e quando rievocano una scena del film, le cose iniziano a diventare decisamente strane a Greendale.

Abed si convince che il gruppo di studio era destinato ad incontrarsi a Greendale e cerca di ricostruire il passato di ogni membro del gruppo, scoprendo che anche allora le loro vite si erano intrecciate. Mentre Abed è impegnato a ricostruire il passato dei suoi compagni, Chang complotta per poter finalmente distruggere Greendale una volta per tutte.

In questo finale della quarta stagione: Jeff ha raggiunto il numero di crediti sufficiente per potersi finalmente laureare ed inizia a pensare al giorno della sua laurea e a quello che vorrebbe fare una volta ottenuto il titolo di studio. Intanto, il gruppo di studio sarà impegnato in una rivisitazione della linea temporale più oscura, che riprende la narrazione dall’episodio Remedial Chaos Theory della scorsa stagione.