Un nuovo anno scolastico comincia e il gruppo sceglie di seguire il corso di biologia. Jeff e il professore, un ex detenuto, partono subito col piede sbagliato. Intanto il signor Chang sta vivendo nei tubi dell'aria condizionata.

Il signor Chang assume le responsabilità del suo nuovo incarico al Greendal Campus come guardia giurata. Britta sta manifestando con la disobbedienza civile per il rapimento di un suo amico preso in ostaggio all'estero. Annie cerca aiuto dal gruppo per sconfiggere Annie Kim in un progetto scolastico.

Il gruppo si sta preparando per il primo test importante di biologia e litigano su come devono dividersi in coppie. Chang intanto sorveglia il campus immaginando di far parte di un romanzo noir.

Troy e Abed decidono di affittare un appartamento insieme e per festeggiare invitano tutta la gang per una festa che però ha la strana peculiarità di portarli in dimensioni alternative.

Dopo un test anonimo sulla personalità Brittany è convinta che uno del gruppo sia in realtà un sociopatico. Per scoprire di chi si tratta, lei e Jeff persuadono la gang a raccontarsi a vicenda delle storie dell'orrore.

Il gruppo cerca di aiutare Annie a trasferirsi da Abed e Troy ma le cose non vanno proprio per il meglio. Intanto il preside Pelton ricatta Jeff per fargli trascorrere un pomeriggio con lui.

Il Preside Pelton dirige uno spot pubblicitario usando come personaggi la gang di Jeff e soci. Abed intanto, gira un dietro le quinte di tutto quello che succede.

Jeff e Shirley trascorrono del tempo insieme giocando a biliardino. Dopo aver rotto l'edizione limitata di Dark Knight di Abed, Annie mente spudoratamente e afferma che qualcuno è entrato nell'appartamento e l'ha rubata.

Il Glee Club del Greendale Community sparisce senza lasciare tracce e il gruppo deve prendere il suo posto per salvare l'annuale sfilata natalizia.

Andre chiede nuovamente a Shirley di sposarlo. Britta e Annie cominciano subito a fare preparativi per il matrimonio. Jeff deve scrivere un discorso mentre Troy e Abed cercano di comportarsi normalmente per il matrimonio. Pierce e Shirley cercano di far installare uno stand di sandwich nella caffetteria.

Jeff comincia ad avere degli episodi di intenso narcisismo. Il gruppo aiuta Abed a estinguere un debito fingendosi delle celebrità a un bar mitzvah.

Un nuovo negozio si apre nella caffetteria e Shirley, Pierce e Britta cercano di sabotarlo. Il vicedirettore Laybourne cerca di attirare Troy dalla sua parte, mentre Troy e Abed fanno a gara a chi costruisce il fortino di coperte più bello.

Una banale discussione su cuscini e coperte si trasforma in una vera e propria guerra al Gleendale college. Il gruppo di studio sceglie da che parte stare mentre Jeff cerca, in separata sede, di negoziare una tregua, ma ne' Abed ne' Troy vogliono cedere sulle loro posizioni.

Una vecchia fiamma di Britta, Blade, arriva in città con un luna park ambulante e Britta confessa alla gang che ha bisogno di loro per tenersi lontana da lui. Troy e Abed le organizzano le giornate in modo da tenerla occupata, Jeff e Shirley si recano al luna park per dare un'occhiata all'uomo misterioso.

L'esame finale di biologia viene posticipato e Jeff invita tutti a un pranzo prolungato di tre ore, ma Annie convince Abed a trascorrere del tempo con lei nel "dreamatorium". Quella che comincia con un'innocente interpretazione dell'Inspector Spacetime diventa una seria analisi dei membri del gruppo e Annie impara qualcosa di più su Abed.

In un omaggio a Law & Order, la gang indaga su un crimine dopo che qualcuno ha sabotato il loro esperimento di scienze. Quando il gruppo scopre chi è stato, Annie intende organizzare un processo.

Il gruppo cerca di affrontare la morte di uno studente; Jeff supera la cosa facilmente, Britta si trasforma in consulente per il resto della gang usando le tecniche che ha appreso nel corso di psicologia. Chang intanto sta cercando di aumentare il suo potere e approfitta della rivolta che si scatena durante il funerale per prendere controllo della sicurezza del campus.

Abed è convinto che ci sia una cospirazione in atto e che il preside Pelton sia un impostore. Abed viene colto sul fatto mentre sta indagando sul campus e gli viene ordinato di consultare un terapista altrimenti finirà in prigione.

Pierce riceve un'eredità dal defunto braccio destro di suo padre, Gilbert Lawson. I ragazzi si recano con lui per offrirgli un supporto morale, ma presto si ritrovano coinvolti in una situazione bizzarra che potrebbe costare a Pierce la sua eredità.

Chang è a capo del Greendale e i ragazzi organizzano un piano elaborato per infiltrarsi nel campus senza farsi beccare. Chang è distratto dai preparativi per la festa del suo compleanno e Jeff e il gruppo lanciano la loro offensiva. Intanto Troy fa un patto con il diavolo.

Shirley e Pierce sono in disaccordo sul sandwich shop, Jeff si dice d'accordo con Shirley ma per sua sfortuna Pierce si rivolge al suo ex collega Alan Connor e i due devono vedersela nella Greendale Summer Fun Court. Intanto il vice preside Laybourne cerca ancora una volta di conquistarsi l'amicizia di Troy.