Jeff refuse de reprendre Pierce dans le groupe. Abed va mal à cause de la nouvelle programmation de Cougar Town, et Britta essaye de lui trouver d'autres séries afin de lui remonter le moral. Jeff se fait virer de biologie et Pierce prend sa place. Quant au doyen, il se fait un nouveau rival...

Annie rencontre une élève qui lui ressemble énormément, lorsque cette dernière lui vole son idée d'ONU à Greendale, un débat est organisé. Jeff prend parti pour Annie. Britta quant à elle essaye de se révolter mais elle se heurte au nouveau vigile : Chang.

En classe de biologie, Kane désigne pour chacun un partenaire de laboratoire. La présence de Todd sème la zizanie. Le doyen cherche à faire des économies.

Troy et Abed organisent la pendaison de crémaillère de leur nouvel appartement. Pierce, triste de voir partir Troy, tente de cacher sa déception.

Comme Halloween approche à Greendale, Britta se met en tête d'organiser un groupe d'étude pour préparer la grande fête annuelle de l'université.

Pierce découvre avec stupeur que les lingettes qui ont fait la fortune de sa famille connaissent un grand succès au sein de la communauté gay.

Annie est ravie de quitter le quartier dangereux où elle vit pour emménager chez Troy et Abed, malgré les avertissements de Britta sur la colocation.

Après avoir été chargé de réaliser un spot télévisé, Dean fait passer un casting au groupe d'étude. Abed décide de filmer les coulisses du tournage.

Jeff est dérangé par des Allemands très bruyants qui jouent au baby-foot dans le salon des étudiants. Pour tenter de calmer le jeu, il leur lance un défi.

Après une crise de nerf, le Glee Club est envoyé à l'hôpital. Le spectacle de Noël étant en péril, le doyen demande au groupe d'étude de les remplacer.

Suite à la mort de son père, Pierce veut développer la société Hawthorne Industries et investit dans le projet de Shirley : une sandwicherie dans la cafétéria. Britta quant à elle, s’occupe d’organiser le nouveau mariage de Shirley et André. Elle se découvre un don pour l’organisation et a peur de devenir un jour une épouse et pire encore, une mère. Pour assurer le jour du mariage, Troy et Abed se purgent de leur bizarrerie et Jeff sombre dans l’alcool, n’ayant aucune idée pour l’écriture de son speach.

Grâce à sa thérapie, Jeff est enfin relax et reprend confiance en lui. Un peu trop peut-être. Britta craint que son ego grandissant ne prenne possession de sa personnalité. Abed engage des sosies pour rejouer des scènes de film avec lui, ce qui inquiète Troy qui voit son ami perdre tout contact avec la réalité. Abed s’endette auprès de l’agence et tout le groupe accepte d’interpréter gratuitement des célébrités lors d’une bar mitzvah, même Pierce qui doit jouer le «Gros Marlon Brando».

La bataille d'oreillers entre Abed et Troy se transforme en une guerre impitoyable. Alors que les étudiants de Greendale sont entraînés dans le conflit, Shirley et Pierce doivent choisir leur camp. Pelton, qui craint que la situation ne dégénère, demande à Jeff d'intervenir...

Alors que le carnaval de Greendale approche, Britta craint de retomber dans les bras de son ex-petit ami, qui travaille pour l'événement. Elle demande à Annie de l'empêcher de succomber à la tentation. Celle-ci enferme alors son amie dans l'appartement et lui confisque son téléphone portable...

Un cours de biologie est annulé au dernier moment. Annie y voit l'occasion rêvée d'organiser un tête à tête entre Troy et Britta. Elle propose à Abed, abandonné par son compagnon de jeu, d'aller au «dreamatorium» avec elle...

Troy et Abed tentent de démasquer celui qui a volontairement détruit la pomme de terre de la classe de biologie, objet d'expériences inédites. Ils apprennent ainsi que l'un des élèves disposait de la clé du laboratoire la nuit du délit et mettent sur pieds une opération d'infiltration...

Les élèves de Greendale font le deuil de «Star-Burns», décédé dans l'explosion d'un laboratoire de chimie. A cause de la tragédie, les cours de biologie sont annulés. Chacun doit alors s'inscrire aux cours d'été pour rattraper son retard...

Le groupe, expulsé de Greendale pour incitation à l'émeute, se retrouve pour un dîner. Abed débarque sous escorte policière : il a été arrêté en essayant de s'introduire sur le campus. Le doyen accepte de ne pas porter plainte si Abed prend rendez-vous chez un psychiatre...

Le groupe cherche à prouver que Chang a kidnappé le doyen Pelton. Troy demande au réparateur de la climatisation de l'école de lui fournir des informations. Celui-ci découvre alors que le doyen est enfermé au sous-sol...

Un avocat, dont la licence a été suspendue, est contraint de retourner sur les bancs de l'université pour obtenir à nouveau le droit d'exercer.

Jeff est confronté à son vieil ennemi, Alan, lors d'un procès au Greendale Tribunal, où s'affrontent Shirley et Pierce. Abed succombe à son alter-ego maléfique et Troy décide d'embrasser sa destinée à l'école de l'air conditionné.