Ricominciano le lezioni al Greendale Community College ed il gruppo si prepara per le nuove lezioni di Antropologia e relativa insegnante, June Bauer. Jeff deve risolvere le tensioni con Britta ed Annie dopo quello che è successo al ballo e Chang si iscrive come studente per potersi unire al gruppo di studio.

Jeff si imbatte in un vecchio collega e torna alle vecchie abitudini fatte di feste ed abiti costosi ed i suoi amici cercano di recuperarlo.

Quando la madre di Pierce muore, il gruppo cerca di confortarlo. Jeff finisce in ospedale a causa di uno scherzo degenerato, la professoressa Bauer si assenta ed il professor Duncan cerca di rubarle il posto.

Greendale acquista un simulatore spaziale dopo che il preside scopre che il City College, loro rivali da sempre, hanno inaugurato il loro simulatore orbitale. Il gruppo è costretto a pulire il simulatore dopo essersi iscritti a un'associazione dell'ateneo. Una volta all'interno del simulatore, il marchingegno si mette in moto accidentalmente.

Alcuni membri dello staff del Greendale e qualche studente ingeriscono una sostanza chimica e si trasformano in zombie. Il gruppo deve salvarsi dagli infetti quando il preside li rinchiude insieme ai malati.

Dopo un incontro con un gruppo di ragazze snob, Abed si rivolge ad Annie, Britta e Shirley per riuscire a rispondere a tono al loro prossimo scontro. Nel frattempo Jeff e Troy decidono di abbracciare la filosofia Zen.

Annie sospetta che qualcuno abbia rubato la sua penna preferita. L'aula di studio viene chiusa e Jeff conduce delle indagini per scoprire il colpevole. Troy e Abed però non vedono l'ora di uscire per poter partecipare alla parata della Greendale.

Il preside scopre che Jeff è iscritto a un corso che non esiste. Ma proprio quando Jeff sta per essere scoperto, si fa avanti un misterioso professore affermando che Jeff ha frequentato le sue lezioni di storia delle teorie delle cospirazioni in America.

E' il 21esimo compleanno di Troy e il gruppo decide di festeggiare con un giro dei bar. Jeff e Britta bevono come spugne, Shirley si fa scattare foto incriminanti e Annie decide di fingersi la persona che ha sui suoi documenti falsi.

Abed si risveglia in versione stop-motion e si convince che il gruppo debba riscoprire il vero significato del Natale. Con l'aiuto del Professor Duncan, il gruppo di amici esplora il meraviglioso mondo invernale di Abed e scopre la verità che si nasconde dietro la follia del ragazzo.

Il gruppo discute se accogliere Rich, che ha iniziato da poco a studiare antropologia, o senor Chang tra loro. L'ex marito di Shirley arriva con notizie importanti.

Il Greendale Community College mette in scena una commedia contro la droga in una vicina scuola media. Pierce è entusiasta e vorrebbe un ruolo più ampio di quello affidatogli, ma il suo comportamento diventa eccessivo, mettendo tutti in difficoltà.

Jeff non è contento che Abed ed un altro studente invitino "Fat Neil" a giocare a Dungeons & Dragons con il gruppo. Pierce, sentitosi tagliato fuori, mette a rischio i piani dei ragazzi.

E' il giorno di San Valentino al Greendale. Troy ed Abed cercano di ottenere l'attenzione della bibliotecaria della scuola e Britta cerca di fare amicizia con una studentessa che pensa sia gay. Jeff invece si ritrova a dare una festa nel suo appartamento ed il professor Duncan si auto-invita a guardare una partita di calcio.

Dopo aver ingerito delle misteriose pillole, Pierce crede di essere in punto di morte e dedica al gruppo le sue ultime parole e regali attentamente selezionati. Questi doni hanno in realtà lo scopo di tormentarli.

Greendale si prepara per la visita del Vice Presidente. Il rettore Pelton organizza le prime elezioni studentesche, mettendo Annie contro Jeff, Leonard e Star Burns. Intanto Abed sviluppa un'amicizia con l'agente speciale Robin Vohlers.

Annie decide di organizzare una festa per Shirley. Quest'ultima, allo stesso tempo, cerca di tenere lontano da lei Senor Chang. Britta ha un uomo misterioso interesse sentimentale.

Jeff inserisce l'amore di Abed per il cinema e la cultura popolare in una festa speciale a tema Pulp Fiction per lui. La situazione precipita perché Abed organizza un'altra cena in un altro locale, mentre il gruppo di studio aspetta il loro arrivo.

La gang cerca di selezionare i corsi per il semestre primaverile, Pierce si ritrova fidanzato e in procinto di sposare una bellissima giovane asiatica, tuttavia Jeff sospetta che sotto ci sia qualcosa di losco.

L'anno scolastico sta per finire ed il gruppo inizia a lavorare al progetto conclusivo di antropologia, iniziando a ricordare eventi del passato che hanno vissuto insieme.

Mentre stanno facendo gli esami per il corso di antropologia Shirley va in travaglio. Chang è ansioso di conoscere la verità sul bambino. Nel frattempo Greendale ospita il Festival per i Cibi di tutto il Mondo nel parcheggio.

Il campus del Greendale College festeggia l'ultimo giorno di scuola con un picnic ed il rettore Pelton annuncia di aver organizzato un altro torneo di paintball. Durante il gioco, un uomo misterioso appare nel campus.

Nuovi partecipanti entrano in gioco durante il torneo di paintball ed il gruppo di studio capisce di dover restare unito per battere il nemico, nonostante i disaccordi nel definire la strategia.