De retour de vacances, le étudiants de Greendale assistent à un nouveau cours, «Anthropology 101», auquel participe également Señor Chang, qui s'inscrit comme étudiant. Britta, qui a osé avouer ses sentiments en public à Jeff durant le Bal de fin d'année, devient malgré elle la coqueluche du lycée. Mais cette situation l'embarrasse terriblement. Les tensions s'exacerbent entre Jeff, Britta et Annie. Troy, qui a passé l'été chez Pierce, s'amuse à poster sur un réseau social les propos désobligeants tenus par ce dernier durant l'été. Des propos bientôt relayés sur tout le campus...

A Greendale, Jeff tombe sur Alan, un ancien ami et collègue avec lequel il avait l'habitude de faire les 400 coups, venu participer à une réunion pour Narcotiques Anonymes. Alan invite alors Jeff à une soirée donnée par le cabinet d'avocats. Annie, qui a déjà croisé son chemin lors d'une réunion NA, se souvient l'avoir un jour entendu se vanter d'avoir fait radié un collègue. Pensant qu'il s'agit de Jeff, le groupe tente de mettre son ami en garde contre Alan et enquête durant la soirée. De son côté, Senor Chang espère pouvoir rejoindre le groupe lors de la compétition de danse organisée par le doyen...

Avec l'aide de ses amis, Pierce doit faire face au décès de sa mère. Ses croyances le poussent à croire qu'elle n'est pas partie pour toujours et que son âme vit dans une lampe. D'abord indifférent, Jeff se met en tête de lui prouver son erreur. Il est contrarié après avoir appris qu'il doit surveiller son cholestérol. Britta et Annie tentent de recueillir des donations pour la sauvegarde des fonds marins menacés après une marée noire. Le professeur Duncan, qui a remplacé June Bauer, peine à assurer le cours d'anthropologie...

Le doyen Pelton fait l'acquisition d'un vieux simulateur de vol, bien décidé à ne pas se laisser devancer par l'université rivale, sur le point de révéler sa propre navette. Alors que le groupe d'amis s'active pour remettre en état la machine, il déclenche accidentellement sa mise en route. Les apprentis astronautes entament alors un voyage inattendu et forcé dans l'espace. Abed, parti chercher sa combinaison au moment du départ, est le seul resté à terre. Il tente d'aider ses amis à reprendre le contrôle de la machine tout en oeuvrant à distance pour leur retour...

Pour exprimer sa foi chrétienne, Shirley se lance dans la réalisation d'une vidéo sur Jésus. Elle fait alors appel aux talents artistiques d'Abed. Mais celui-ci reprend vite le projet à son compte, allant même jusqu'à envisager d'interpréter le premier rôle. Choquée, Shirley tente de stopper la folie créatrice de son ami avant qu'il n'aille trop loin. Pendant ce temps, Pierce, le doyen du groupe, est recruté par un groupe d'élèves de son âge, une bande de têtes grises qui sème le trouble sur le campus...

Une étrange épidémie se propage durant la fête d'Halloween qui bat son plein à Greendale. Pierce, déguisé en Capitaine Kirk, et plusieurs autres élèves victimes d'une intoxication alimentaire se transforment progressivement en zombies. Jeff découvre alors que l'excentrique doyen Pelton, qui a profité de l'occasion pour se déguiser en Lady Gaga, s'est fourni en nourriture auprès d'un stock de surplus militaire. Ce dernier fait appel à l'armée qui décide de placer le campus en quarantaine. Elle recourt aussi à un produit chimique censé effacer la mémoire des participants. Pendant ce temps, Shirley et Señor Chang se rapprochent...

Un conflit éclate en plein cours entre un groupe d'étudiantes populaires et médisantes et les trois filles du groupe. Britta, Shirley et Annie appellent Abed à la rescousse. Chargé de remettre à sa place la bande d'arrivistes menée par la redoutable Meghan, Abed prend son rôle très à coeur. Il se transforme en vraie machine de guerre, s'en prenant même à ses amies. Pendant ce temps, Jeff et Troy découvrent un vieux trampoline sur le campus qui devient leur zone secrète de méditation. Mais Pierce, bien décidé à découvrir la source de leur félicité, se joint au binôme et transforme leur paradis en enfer...

Au moment où le groupe d'études s'apprête à sortir pour assister à un défilé de chiots dans la cour, Annie découvre que son stylo favori a disparu. Furieuse, elle soupçonne un de ses camarades de l'avoir dérobé et propose de fouiller les sacs un à un. Le groupe décide de s'enfermer jusqu'à ce que le coupable soit démasqué. Alors que Jeff prend la tête des opérations de recherche, l'équipe découvre un test de grossesse positif dans les affaires de Shirley. Abed, lui, a consigné dans un journal les dates des cycles menstruels de ses amies. Mais le fameux stylo, lui, reste introuvable...

En vérifiant les horaires des classes, le doyen de Greendale découvre une irrégularité dans le planning de Jeff. Ce dernier est accusé de s'être inscrit à un cours fictif consacré aux théories du complot, ce dont il se défend. Mais quand ce dernier semble sur le point d'être confondu, un mystérieux professeur dénommé «Professorson» sort de l'ombre et confirme la version donnée par Jeff. Celui-ci finit par avouer à Annie qu'il n'a jamais vu cet homme de sa vie, et les deux amis décident d'enquêter sur l'intrus. Ce faisant, ils reçoivent des menaces. De leur côté, Abed et Troy entament la construction d'un fort en couvertures et en coussins...

Troy a 21 ans. Pour fêter sa majorité, le groupe décide d' aller écumer les bars en sa compagnie. Les amis atterrissent au Ballroom, une adresse que connaît bien Shirley. Toute la soirée, la mère de famille tente de dissimuler des photos d'elle compromettantes affichées sur les murs de l'établissement. Abed fait la connaissance d'un geek fan de science-fiction en quête d'un partenaire sexuel. Britta et Jeff, visiblement éméchés, enchaînent les cocktails. Spectateur impuissant des ravages de l'alcool sur ses amis, Troy choisit l'abstinence et devient l'adulte du groupe pour un soir...

Le groupe d'amis se retrouve après les vacances d'hiver. Annie laisse entendre qu'elle a rencontré quelqu'un mais garde le secret sur son identité. Quand le professeur Rich fait une arrivée surprise en plein cours de poterie et se rapproche d'Annie, le groupe d'amis comprend alors qu'il s'agit de lui. Jeff voit d'un mauvais oeil cette idylle avec son ennemi juré, qu'Annie voudrait intégrer au groupe au détriment de Senor Chang. Shirley, quant à elle, s'est réconciliée avec son ex-mari André et dévoile sa grossesse. Mais Troy sème le trouble en révélant sa relation sexuelle avec Chang durant la fête d'Halloween...

Annie entreprend la réalisation d'un pièce de théâtre pour sensibiliser les jeunes d'un collège environnant contre les dangers de la drogue. Pierce tente par tous les moyens d'obtenir le premier rôle, quitte à manipuler Annie et à mettre en péril le spectacle. Appelé à la rescousse, Senor Chang suscite l'admiration de ses camarades. Parallèlement, il continue de courtiser Shirley, la harcelant de questions au sujet du bébé. De son côté, Britta entretient une relation équivoque avec son jeune cousin, à qui elle envoie des messages érotiques. Jeff la prend sur le fait...

Préoccupé par la situation de Neil, un camarade un peu solitaire souffrant de surpoids, Jeff en parle au groupe. Poussés par Abed, les amis décident alors d'organiser autour de lui une partie de Donjons et Dragons, pensant ainsi lui remonter le moral. Mais lorsqu'il s'aperçoit qu'il a été exclu du jeu, Pierce décide de s'y inviter de force. Pour se venger, il s'en prend à Neil et l'humilie, menaçant de ruiner la délicate stratégie du groupe et de gâcher la partie. Solidaire, les étudiants unissent leurs forces contre Pierce pour protéger Neil...

C'est la Saint-Valentin. Tous deux tombés sous le charme de la jolie bibliothécaire de Greendale, Troy et Abed rivalisent d'imagination pour s'attirer ses faveurs quitte à mettre en jeu leur amitié. Pour se prouver à elle et à ses camarades qu'elle a l'esprit ouvert, Britta sympathise avec une fille qu'elle pense lesbienne. Jeff, en quête de tranquillité, passe la soirée dans son appartement en compagnie du professeur Duncan, qui s'est invité pour regarder un match de foot. Mais une autre fête s'organise chez Señor Chang. D'abord agacé, Jeff réalise peu à peu que ses amis lui manquent. Sous antidouleurs, Pierce est frappé d'hallucinations...

Trouvé inconscient sur un banc du parc suite à une overdose d'antidouleurs, Pierce est admis d'urgence à l'hôpital. Ses amis se précipitent à son chevet. Amer, Pierce décide de se venger du manque d'attention du groupe à son égard. Il leur fait croire qu'il est agonisant et charge Abed de tourner un documentaire sur ses derniers instants. Il offre alors à chacun d'entre eux un cadeau d'adieu, secrètement choisi pour les tourmenter. Britta, la plus «désintéressée» du groupe en pleine difficulté financière, se voit remettre un gros chèque destiné à une action de charité. Il fait croire à Jeff que son défunt père est en route pour l'hôpital...

Greendale est en pleine effervescence après l'annonce de la visite prochaine du vice-président Joe Biden, imminente. En signe de bienvenue, le doyen Pelton décide d'organiser une élection de dernière minute pour désigner un représentant des étudiants. Tous deux candidats, Annie et Jeff font campagne. Ce dernier entend bien réfréner l'idéalisme naïf de la jeune femme, et la lutte politique tourne rapidement à l'affrontement personnel. De son côté, Abed remarque la présence féminine d'un agent secret en repérage sur la campus. L'attirance est réciproque. S'engage entre les deux une relation clandestine et éphémère...

Annie organise une fête prénatale pour Shirley. Chang fait tout pour apparaître normal aux yeux de la future maman, désireux de faire partie de la vie de l'enfant. Mais il se heurte à un mur : Shirley veut lui faire signer des papiers pour qu'il renonce au bébé. Ses maladresses finissent par l'entraîner jusque dans la case prison. De son côté, Britta tombe sous le charme du nouvel ami de Troy et Abed, Lukka, un jeune homme au passé trouble originaire des Balkans. Malgré l'interdiction de ses amis, Britta sort avec Lukka jusqu'à ce qu'elle apprenne qu'il a participé à un génocide...

Pour fêter dignement l'anniversaire de leur ami Abed, le groupe d'étudiants organise une soirée surprise autour de son film préféré Pulp Fiction. La soirée doit avoir lieu dans le snack de Britta, où chaque membre, déguisé pour l'occasion, attend impatiemment l'arrivée d'Abed. Mais le geek de la bande se fait attendre. Attablé dans un restaurant chic en compagnie de Jeff, Abed confie à son ami son intention de changer. Fini les références cinématographiques et télévisuelles permanentes. Mais Jeff, étonné par son invitation et son attitude étrangement normale, découvre bientôt qu'Abed est en train de jouer un nouveau rôle...

Les membres du groupe doivent choisir leur option pour le nouveau semestre. Britta encourage Troy à rejoindre son cours d'interprétation, tandis qu'Abed s'associe à un spécialiste qui mène une étude poussée sur la sitcom des années 80, «Madame est servie». Pendant ce temps, Jeff et Pierce participent à un cours de dégustation de vins. Ils y rencontrent une mystérieuse chinoise nommée Wu Mei, qui fait immédiatement tourner la tête de Pierce. A la grande surprise de Jeff, la jeune femme accepte de se marier avec ce dernier. Suspicieux, il décide de mener l'enquête...

Les membres du groupe travaillent sur leur projet final d'anthropologie à la bibliothèque. Tout à coup, le singe apprivoisé par Troy fait son apparition puis disparaît aussitôt par une bouche d'aération, emportant avec lui un pinceau. Señor Chang se lance à sa poursuite et refait surface muni du butin accumulé par l'animal suite à ses nombreux rapts. L'incident fait ressurgir les souvenirs marquants vécus en commun par le groupe, déjà victimes du singe, durant l'année. Ils évoquent les rendez-vous galants clandestins de Jeff et Britta, la panoplie des costumes portés par le doyen Pelton, les bons moments et les disputes...

Au beau milieu de l'examen final d'anthropologie, Shirley ressent ses premières contractions. Rapidement, la future maman perd les eaux et le travail s'enclenche sous le regard médusé de Señor Chang, impatient de savoir s'il est le père. Dans le même temps, Greendale accueille un festival international consacré à l'alimentation. Dehors, une émeute éclate, empêchant les étudiants de rejoindre l'hôpital. La tension monte et le groupe se dispute au sujet de la marche à suivre pour mener à bien l'accouchement. La scène se déroule en présence d'un journaliste venu écrire un article sur le doyen Pelton...

Pour marquer la fin des cours, le doyen Pelton annonce la tenue d'un nouveau tournoi de paintball à Greendale, espèrant que les étudiants n'en profiteront pas pour dégrader les lieux. Le sponsor, un grand fabricant de crème glacée, promet une énorme récompense au vainqueur. Durant la partie, Neil est harcelé par Mike et sa bande. Des alliances se font et se défont, ébranlant les amitiés au sein du groupe. Alors que celui-ci parvient à faire partie des derniers survivants, un combattant d'un genre particulier fait son apparition. Ce «cavalier noir» semble un peu trop concerné par l'élimination des membres du groupe...

La partie de paintball a dégénéré de façon dramatique. Désormais Greendale est un champ de bataille dans lequel les étudiants sont peinturlurés par de mystérieux soldats en combinaison blanche. Qui est le responsable de ce carnage coloré ? Le doyen Black de l'université concurrente ! Ce dernier ne souhaite qu'une chose: la destruction de Greendale. Jeff et ses camarades décident de répliquer et élaborent un double plan audacieux mais risqué...