Nachdem die Lexx über 4332 Jahre durch den Raum trieb, erreicht sie den Orbit um die beiden Zwillingsplaneten Feuer und Wasser. Der Herrscher von Feuer, Prince, leitet eine Expedition in einem Ballon zur Lexx. Er bringt Stan und Xev nach Feuer. Er hält Stan für wenig nützlich und stellt ihn zur Zwangsarbeit ab. Er umwirbt Xev und sie verliebt sich fast in den romantischen Beherrscher des Planeten. Kai erwacht und repariert 790, welcher daraufhin in Kai verliebt ist. Da keine Motte mehr intakt ist, beschließt er, sich auf den Planeten Wasser fallen zu lassen, um die restliche Crew zu finden.

Nachdem Kai auf den Planeten Wasser gesprungen ist, trifft er auf die schöne May; die einzige Überlebende eines Angriffs auf die Stadt. Er bringt einen der angreifenden Ballons in seine Gewalt und segelt damit zum Planeten Feuer. Nachdem Prince erfahren hat, dass Stan den Key zur Lexx hat, wird dieser aus der Zwangsarbeit entlassen. Nachdem alle von Kai gerettet wurden, versucht May, Stan dazu zu überreden, Feuer zu zerstören. Lexx ist am Verhungern und kann sich nicht fortbewegen, bevor sie etwas gegessen hat. Eine kleine Wunde an Mays Schulter hat sich entzündet und sie droht zu sterben. Prince sucht Stanley auf und schlägt ihm einen Handel vor. Er kann May für immer haben, wenn er den Planeten Wasser zerstört.

Stanley überlegt, wie er Wasser zerstören kann. Kai weckt die Mottenbrüter und geht dann nach Gametown, um Futter für die Lexx zu suchen. Gametown ist eine schwimmende Stadt. Sie ist bevölkert mit Sportenthusiasten, die den ganzen Tag nur Basketball zu spielen scheinen. Es gibt aber einen Einwohner, der nicht so richtig hineinzupassen scheint: Fifi. Er hält sich nicht an die Spielregeln und stiehlt schließlich die Motten. Er nutzt seine Chance, um nach Feuer zu gelangen und sich dort Duke anzuschließen, um Wasser zu zerstören. Stanleys Versuch, Wasser zu zerstören schlägt fehl, weil Xev ihn mit ihren Brüsten fast erstickt, so dass er den Befehl an die Lexx nicht geben kann. May verspottet ihn und verschwindet mit Prince.

Duke und Fifi greifen Gametown an. Sie töten alle und brennen die Stadt nieder. Duke mag Fifi. Kai erobert eine angreifende Motte und begibt sich mit Bunny und Xev nach Boomtown. In Boomtown beschäftigen sich die Einwohner vorrangig mit Essen und Sex. Stan hat mit fünf Frauen Sex. Xev ist nicht so glücklich. Die Männer in Boomtown scheinen mehr auf ein endloses Vorspiel als auf echten Sex zu stehen. Bunny versucht immer noch, mit Kai Sex zu haben. Er schneidet seine rechte Hand ab, um ihr zu demonstrieren, wieso er keinen Sex mit ihr haben kann. May tötet Prince auf Feuer. Duke und Fifi beschließen, zur Strafe May und Dukes früheren Stellvertreter zu teeren und anzuzünden. Duke und Fifi fliegen nach Boomtown und brennen es nieder. Kai kapert eine der angreifenden Motten.

In K-Town bekommen es Xev und Stan mit Tunneln und deren verrückten und bösen Bewohnern zu tun. Sie treffen Menschen, die sie gern mit Steinen bewerfen. Kai trifft ebenfalls ein, findet Xev und Stan und hat dann einen Systemfehler. Beim Sprung aus der Lexx auf Wasser hat er Schaden genommen. In den Tunneln treffen sie auf Mantrid, der sich allerdings nicht an sein früheres Leben als Biovizier erinnern kann. Er hilft der Crew, Kais Systemfehler zu beheben. Da das alles nichts hilft, schlägt Kai vor, dass Xev und Stan ihn vom Turm stoßen, in der Hoffnung, dass dann sein Systemfehler behoben ist. Das funktioniert nicht und er wird gefangengenommen.

Kai wird vor eine Kommission gestellt, die seine menschlichen Schwächen aufdecken soll. Kai ist an dem Ausgang des Prozesses nicht interessiert und besteht darauf, dass er vom Turm gestoßen wird. Das Gericht fragt ihn, ob er als Attentäter jemanden getötet habe. Das ist Gelegenheit für Kai, wieder seine übliche Rede zu halten: „Ich habe Mütter mit ihren Babys getötet. Ich habe große Philosophen und stolze junge Krieger getötet. Ich habe die Guten und die Bösen getötet, die Intelligenten, die Schwachen und die Schönen. Aber es ist schon eine Weile her, seit ich einen ganze Raum voll kleinlichen Bürokraten abgeschlachtet habe.“ In der Zwischenzeit fällt Stan in die Hände eines Amateur-Chirurgen, der der Meinung ist, dass Stan Organe hat, ohne die er sich besser fühlen würde. Prince spielt den Guten und rettet Stan. Xev gerät an Frauen, die Bärenfallen mögen.

Prince benutzt bei seiner nächsten Reinkarnation Xevs Aussehen, um an den Schlüssel zur Lexx zu kommen. Stan wird von 790 untersucht und sie stellen fest, dass der Schlüssel entweder kurz vor dem Tod oder durch sexuelle Ekstase übertragen werden kann. Prince erklärt sich bereit, Stan den ultimativen sexuellen Höhepunkt zu bescheren und kommt dadurch in Besitz des Schlüssels. Kai ist misstrauisch geworden und testet Xev, indem er sie küsst. Nachdem Prince in Besitz des Schlüssels ist, widerruft er den Befehl, Feuer zu zerstören und richtet die Lexx gegen Wasser. Kai tötet Xev und der Schlüssel geht wieder an Stan über.

Kai und Stan finden die richtige Xev, die sich immer noch auf Feuer befindet. Sie fliegen nach Wasser, in die Stadt Garden. Dort treffen sie drei Frauen, die den ganzen Tag die zahlreichen Pflanzen pflegen. Kai beschließt, sich selbst zu kompostieren. Stan will gern bleiben. Xev möchte aber einen Mann finden und gern gehen. In einem Ritual mit halluzinogenen Pilzen erschaffen die Gärtnerinnen eine neue Lyekka-Pflanze. Mit ihrer Erlaubnis werden sie von Lyekka gefressen. Stanley sagt Xev, dass er froh ist, sie getroffen zu haben.

Garden wird von Prince geplündert und Stans Liebe, Lyekka stirbt mit fünf Pfeilen im Rücken. Xev wird entführt und Kai kapert einen der angreifenden Ballons. In dem darauffolgenden Kampf sterben sowohl Prince als auch Priest. Stan und Kai erreichen die Lexx und suchen danach nach Xev, die durch die Wüste läuft. Der reinkarnierte Prince geht mit ihr, da er sie in der Hitze sterben sehen will. Sie ist der erste Mensch, den er das erste Mal sterben sehen wird. Allerdings erweist sich Xev auf Grund ihrer Clustelizard-Gene als ziemlich hitzebeständig und so ist es Prince, der als Erster stirbt. Eine der Episoden mit den besten visuellen Effekten.

Stan und Kai suchen in Girltown nach Xev. Stans Körper erweckt das Interesse der Queen (die reinkarnierte Gigerotta), die keinen Körper hat. Sie wird in ihrem Vorhaben aufgehalten durch das weibliche Komitee von Girltown, das die nicht-sie- und nicht-er-Problematik endlos diskutiert. Zwischenzeitlich befreit Kai die Dragqueens, die nicht wissen, warum sie eigentlich auf Feuer gelandet sind, da sie eigentlich ganz nett sind. Bei der Flucht nach Wasser werden sie von der Lexx gefressen. Stan und Kai fallen auf Wasser ins Meer. Kai sinkt wie ein Stein ins Wasser. Mit Gaststar Jimmy Somerville.

Stan ertrinkt und wird an einen metaphysischen Strand gespült. Dort trifft er auf Prince, der ihm erklärt, dass jetzt über ihn Gericht gehalten wird. Stan wird gefragt, ob er irgendetwas Böses in seinem Leben getan hat. Stanley kann sich an nicht böses erinnern. Er wird nicht dafür verurteilt, die 94 Reformplaneten zerstört zu haben, da er dies nicht absichtlich getan hatte. Prince hält ihm seine Feigheit und den Versuch vor, Wasser zu zerstören. Xev findet Stans Körper und tut ihn in die Kältekammer, während sie nach Kai sucht. Kai sinkt nach unten zum Zentrum des Planeten Wasser. Dort sieht er viele Seelen, unter anderem seine eigene. Im Zentrum angekommen, passiert er ein weißes Licht. Danach erwacht er auf Gametown. Stan wird zur Hölle verurteilt.

Xev findet Kai, der dann in das Zentrum des Planeten Feuer springt, um Stan zu retten. Er hat im Zentrum des Planeten eine Unterhaltung mit Prince, der ihm Stanley zeigt. Dieser befindet sich in einer roten Aufbewahrungswolke für böse Seelen, wo die Seelen darauf warten, auf Feuer reinkarniert zu werden. Dort werden sie dann gefoltert und getötet, nur um dann wiedergeboren zu werden bis in alle Ewigkeit. Xev befreit Kai, indem sie Feuer zerstört. Daraufhin erlangt Prince die Kontrolle über die Lexx und zerstört Wasser. Die guten und die bösen Seelen werden daraufhin freigesetzt und fliegen zur Erde, die sich auf der anderen Seite der Sonne befindet. Prince bedankt sich bei der Crew dafür, dass sie ihn freigelassen haben. Stan erwacht wieder zum Leben, aber er erinnert sich nicht an das Gericht.