Après la dissolution de Mystères Associés, Crystal Cove est attaquée par un homme-bébé appelé Crybaby Clown. Le successeur du Maire Fred Jones Sr., Janet Nettles, est approchée par un mystérieux personnage qui lui donne des fichiers sur Mystères Associés tout en précisant qu' elle doit obtenir leur retour.

Alors que Fred tente de retrouver l'amour de Daphné, une nouvelle venue arrive dans l'équipe: Miss Eau de Boudin. Ils devront affronter une sorcière venue de Russie avec sa maison sur pattes qui terrorise la ville.

Fred essaie de reconquérir Daphné. Le Clown Triste revient pour rançonner Crystal Cove et kidnappe Daphné. Elle est sauvée et accepte de revenir dans l'équipe. Mr. E essaie de recruter à nouveau Angel Dynamite

Dreamweaver ressuscite et lave le cerveau d'un ancien groupe de joueurs de Cryptes et Créatures (y compris le shérif Bronson Stone) en saisissant leur esprit pendant qu'ils dorment !

Une créature appelée La Hodag of Horror attaque Crystal Cove. En même temps, Brad Chiles et Judy Reeves (les vrais parents de Fred) ont soudainement réapparu.

La peinture d'un artiste vient à la vie et attaque les mécènes du musée. Le gang est invité à résoudre le mystère de sorte que le Musée d'art puisse être sauvé.

Une goule interdit l'accès à son cimetière.

Gary et Ethan sont attaqués par la sombre Lilith sur le mont Diablo et perdent le ballon fétiche de l’équipe de foot.

Notre équipe se rend dans une bibliothèque étrange où des monstres effrayants apparaissent et disparaissent dans chaque pièce.

Un robot style IIIème Reich attaque Cassidy Williams et détruit sa station de radio. L'enquête les mène à une cité engloutie.

Une créature semblable à un ours attaque le maire Nettles et Sheriff Stone dans les bois de Crystal Cove près de Destroido. Ils se tournent alors vers le gang pour demander de l'aide, expliquant que la créature s'appelle le Scarebear et traque depuis des semaines toute personne se trouvant sur les terres près de la compagnie Destroido...

Un adolescent vandalisant un quartier est attaqué par une créature qui s'appelle "Krampus". Trois autres enfants sont attaqués alors que le gang rencontre le maire Nettles et Sheriff Stone à la patinoire. Le gang se tourne vers la prisonnière Mary-Ann Gleardon pour obtenir de l'aide...

L'usine de Monsieur E est la cible d'un mystérieux dragon télécommandé par l'infâme Zin. Celui-ci est à la poursuite de la pile Quest X, qui est censée produire une énergie illimitée, mais elle a été dissimulée dans un endroit surprenant...

L'organisation "Crystal Cove Haunted Historical Society" effectue des reconstitutions de l'histoire de Crystal Cove chaque année. Pendant une répétition pour la représentation de cette année, une momie fantôme ressemblant à l'un des accessoires effraie les acteurs et les membres d'équipage. Vincent Van Ghoul, appelé à reprendre en main la production, trouve l'ensemble détruit et appelle Mystery Incorporated à la rescousse. Pendant ce temps, le professeur Pericles recrute Brad et Judy pour voler le disque planisphérique.

Le shérif Stone est persuadé que les extraterrestres ont envahi la Terre et qu'ils s'apprêtent à lui dérober son cerveau. Il demande aux membres de «Mystères Associés» de le protéger contre cette menace. D'autres indices semblent révéler la présence d'extraterrestres : un agroglyphe, d'étranges lumières flottantes, une panne subite de...

Le professeur Pericles crée un troupeau de bovins mutants pour détruire Crystal Cove dans le but de localiser le disque planisphérique.

Une musique envoûtante se répand sur Crystal Cove. Les habitants sont pris d'une frénésie de danse et ne peuvent plus s'arrêter. Y aurait-il un rapport avec ce groupe de musique «Ska» disparu il y a trente ans dans un accident d'avion ? Et que penser de ces signes inquiétants d'activités nocturnes dans le cimetière de Crystal Cove ?...

Alors que Francilee relance son émission de cuisine, elle est attaquée par un monstre qui s'en prend à toute nourriture à base de gluten. Le docteur Spartan, qui est devant sa télé, reconnaît le démon et décide de se rendre à Crystal Cove afin de l'empêcher de nuire...

Un bandit sévit sur les routes de Crystal Cove : il vole les gens et charme les femmes, qui comme hypnotisées, le suive dans son repaire. De son côté, Scooby-Doo fait de plus en plus de rêves étranges concernant Nibiru. Mais il se joint à l'équipe pour enquêter sur le mystérieux criminel...

Comme le gang enquête sur une maison hantée, un homme ressemblant à Fred attire Fred à travers un miroir et l'emmène dans un monde où le disque planisphérique a détruit tout Crystal Cove.

Après avoir été hypnotisé pour entrer dans le monde du rêve, le gang est poursuivi par le Monstre.

Le gang, accompagné de la mère de Velma, va au Yucatan dans une tentative pour chercher le cœur de la Jaguar après que le vieil ami d'Angie, le professeur Enrique Andelusossa, est «consommé par la jungle" près du temple des Chasseurs.

Toute la ville de Crystal Cove est kidnappée et forcée à creuser sous la ville pour retrouver la porte menant au sarcophage.

L'équipe originelle de Mystères Associés touche au but. Mais pour arriver à leur fin, ils ont besoin de leurs successeurs. Se servant de miss Eau de Boudin comme otage, le professeur Périclès parvient à forcer Scooby Doo et ses amis à l'aider...

Le dénouement est proche. L'entité maléfique qui se terre sous Crystal Cove est sortie de son sarcophage et menace de tout dévorer. Scooby va se dévouer pour mettre en échec les projets malfaisants du monstre...