A Mystery Inc. feloszlott. Crystal Cove-ot megtámadja egy Man-Baby, akit Crybaby Clownnak hívnak. Nettles polgármestert megkeresi egy titokzatos alak, aki átadja neki a Mystery Inc.-nél lévő aktákat, miközben kijelenti, hogy újra össze kell hoznia a Mystery Inc.-t.

Velma és Hot Dog Water (Marcie) Oroszországba utaznak Mr. E-ért, és visszahoznak egy régi házat, amely lábakon áll és tombol a városon. Eközben a banda Daphne leváltását keresi, Velma pedig Hot Dog Water-et javasol.

Fred megpróbálja visszaszerezni Daphnét. Crybaby Clown visszatér, hogy kirabolja Crystal Cove-ot, és elrabolja Daphnét is. Daphnét megmentik, és beleegyezik, hogy visszatér a bandához. Mr. E megpróbálja újra beszervezni Angel Dynamite-ot.

A Dreamweaver életre kelt, és átmossa a Crypts and Creatures játékosok egy régi csoportjának elméjét (beleértve Bronson Stone seriffet is) azáltal, hogy alvás közben behatol az elméjükbe!

A The Hodag of Horror nevű lény megtámadja Crystal Cove-ot; Eközben Brad Chiles és Judy Reeves (Fred igazi szülei) hirtelen megjelentek egy kutyával együtt, akit Scooby megkedvelt.

Egy művész festménye életre kel, és megtámadja a múzeum mecénásait. A bandát felkérik a rejtély megfejtésére, hogy megmentsék a Művészeti Múzeumot.

Egy Graveyard Ghoul támad Nettles polgármester Horror Movie Nightjának közepén, és nyomozásra kényszeríti a bandát. Fred és Shaggy azonban le van nyűgözve három gyönyörű lánytól, akik most vándoroltak be Crystal Cove-ba, Daphne pedig evett anyjuk házi csokoládéjából, és függővé vált, így Velma és Scooby magukra hagyják a rejtélyt. Végül kénytelenek Stone seriffhez fordulni segítségért. Ezalatt Mr. E összeáll Periklész professzorral, hogy megkeresse azt, amit „kincsnek” hív.

Hebediah Grim, egy zarándokszörny célba veszi, megtámadja és ítélkezik bizonyos Crystal Cove-i nőkkel a szerető forró pontján, a Lover's Lane-en.

A Burlington Könyvtárban nyaraló családot (ugyanaz a család, amely a "The Creeping Creatures"-ben nyaralt) megtámad egy farkaslény, és megijeszti. Később egy földcsuszamlás arra kényszeríti a bandát, hogy felhagyjon a sínyaralással, és ugyanabba a könyvtárba terelje őket, ahol a gondnoka, Dan Fluunk köszönti őket, aki elmagyarázza a bandának a kastély történetét, beleértve azt is, hogy építője és névadója a négyfős csoportok és egy állat elragadtatása. Hamarosan furcsa dolgok kezdenek történni a bandával, ahogy a kastélyban tartózkodnak. Végül kiderül, hogy élményeik hallucinációk, amelyeket egy különleges fa elégetése okoz. Eközben Cassidy Williams folytatja az igazság keresését a mögött, hogy az, ami a bandával most történik, az más bandákkal is megtörtént a múltban – köztük a Darrow családdal.

Egy második világháborús náci katonának álcázott robot megtámadja Cassidy Williamst a rádióállomásánál, végül önmagát megsemmisíti, miközben Cassidy visszavág, és magával viszi az egész épületet. Elmagyarázza a bandának, hogy ezek a robotok támadták őt az elmúlt héten. A robotok továbbra is támadják a bandát, miközben nyomoznak. Amikor a banda rájön, hogy a robotok mélyen a víz alól érkeznek. Nem sokkal az elmerülés után a tengeralattjárót egy csapat robot megtámadja és megsérül, a banda pedig egy víz alatti bázisra botlik, és megpróbálja megjavítani a tengeralattjárót, de rájön, hogy a bázis az a gyár, ahol a robotokat építik. Periklész professzortól. A végén Periklész megszökik, és elhagyja a laboratóriumot, hogy megsemmisítse magát, esetleg megöli Cassidy Williamst, miközben a banda, Tom és Tub, valamint Scooby, a fóka megszökik.

Egy medveszerű lény megtámadja Nettles polgármestert és Stone seriffet a Crystal Cove erdőben Destroido közelében. A bandához fordulnak segítségért, és elmagyarázzák, hogy a lényt Scarebear-nek hívják, és hetek óta a Destroido cég közelében lesett. A banda rájön, hogy a Destroido cég megengedte, hogy mérgező lítium kerüljön az erdőbe, ami az ott élő növények és lények, köztük a Scarebear mutációihoz vezetett. Eközben Mr. E és Pericles professzor felvették Bradot és Judyt, hogy segítsenek nekik megtalálni a banda darabjait a Planispheric Disk-en, és drasztikus intézkedésekhez folyamodtak, hogy a bandát félreállítsák az útból.

A környéket megrongáló tinédzser megtámad egy magát "Krampusnak" nevező lény, így a haja hófehér lesz a félelemtől. További három gyereket megtámadnak, amikor a banda találkozik Nettles polgármesterrel és Stone seriffel a görgőpályán és a játékteremben. Felismerve, hogy Krampus "rossz gyerekeket" támad, mint például a fent említett tinédzsert, a banda a bebörtönzött Mary-Ann Gleardonhoz fordul segítségért, hogy Krampusz megtámadja és elrabolja a börtönből. Végül kiderült, hogy a banda Hot Dog Water, Jason Wyatt, Mary-Ann Gleardon, Fred Jones Sr. ex-polgármester és Charlie, a robot (a Haunted Museum kiállításról) csapatait bevonta egy bonyolult tervbe, hogy ellopni az eredeti Mystery Incorporated darabjait a Planispheric Disk-ről. Miután a banda újra összeszereli a lemezt, a Kristálykoporsó szeme felizzik, és azt motyogja, hogy "Nibiru".

Öt évvel ezelőtt egy gigantikus sárkányrobot megtámadja a Quest Industries-t, majd azonnal eltűnik, eszméletlenül hagyva a biztonsági őr kutyáját; Dr. Benton Quest a kutya újraélesztésén dolgozik. Napjainkban ugyanaz a robot támadja meg a bandát a városházán, amikor elkezdik vizsgálni a Planispheric Disk célját; a bandát azonban megmenti Blue Falcon és Dynomutt, akik elmagyarázzák, hogy évek óta követik a robotot. Velma durván elmondja a hősöknek, hogy a Crystal Cove az ő gyepük, Blue Falcon pedig felajánlja a bandának, hogy csatlakozzanak hozzájuk. Együtt úgy találják, hogy a Quest Industries-t eladták a Destroidónak. A nyomozás nyomán a sárkány-robot megtámad, el akarja rabolni Dynomutt, de helyette Scooby-Doo-val távozik. A Falcon övén található nyomkövető eszköz segítségével a banda és Dynomutt képes megtalálni Dr. Zin odúját és megmenteni barátaikat.

A Crystal Cove Haunted Historical Society újrajátszási próbáját egy Fantommúmia zavarja meg. Behívják a Mystery Incorporated-t, és ő lesz a darab új szereplője és stábja.

A banda Stone seriff földönkívüli emberrablási vádjait vizsgálja, miközben valódi idegenek értékeket lopnak el Crystal Cove-ból.

Periklész professzor mutáns szarvasmarha-csordát hoz létre, hogy elpusztítsa a Crystal Cove-ot, és megpróbálja megtalálni a Planispheric Disk-t.

Egy elhunyt ska-zenekar visszatér a sírból, és hipnotizálja a bulizókat a helyi szórakozóhelyen, hogy táncoljanak a zenéjükre. A bandát arra hívják, hogy fejtse meg a rejtélyt, mielőtt halálra táncolnák magukat.

Egy torkos szörnyeteg megtámadja Francilee Jacksont a főzőműsorában. Miközben a banda megpróbál együtt vacsorázni, az éttermet összeomlik Rick Spartan és Cachinga, akik a szörnyre vadásznak. A szörnyeteg különböző helyekre támad a Crystal Cove környékén, beleértve a különböző éttermeket és a múzeumot, ahol Velma anyja dolgozik. Eközben Periklész professzor megőrült, így Mr. E. megpróbálja nélküle megkeresni a kincset. Brad és Judy elmondja Periklésznek E lázadását, Periklész pedig méreginjekciókkal kényszeríti Mr. E-t, hogy neki dolgozzon.

Egy magát Dandy Highwaymannek nevező, udvarias, maszkos angol férfi több nőt is elrabol Crystal Cove környékén, köztük Nettles polgármestert, Daphne-t és Mrs. Blake-et.

Miközben a banda egy kísértetjárta ház körül nyomoz, egy Fredre hasonlító férfi áthúzza Fredet egy tükörön, és elviszi egy olyan világba, ahol a Planispheric Disk elpusztította az egész Crystal Cove-ot. Eközben a való világban Fred furcsán kezd viselkedni. Az igazi Frednek sikerül elmondania a bandának, hogy a Fred az ő világukban hamis, miután rájött, amikor egy hamis Daphne a "tükörvilágban" feladta magát. Amikor a csalást felfedezik, Periklész professzor a Kriegstaffelbotokat használja, hogy megfenyegesse Daphnét, hogy átadják neki a síkgömbkorongot. Amikor Periklész professzor megkapja a Planispheric Disk-t, terveket készít "gazdája" kiszabadítására.

Amikor Scooby rémálmaiban megjelenik a Freak of Crystal Cove szörnyű változata, a banda úgy dönt, hogy kivizsgálja, mi történik. A visszahúzódó hipnotizőr, Horatio Kharon professzor segítségét kérik (a könyv szerzője, akit Velma olvas), aki álmaiban is látta a korcsot, valamint feltűnt a Scooby's-ban. Miután hipnotizálták, hogy belépjenek az álomvilágba, a bandát a Szörnyű Freak üldözi az egész dimenzióban. Hamarosan felfedezik a gonosz entitást, amely csapdába esett az átkozott kinccsel, és azt, hogy az entitás hogyan manipulálta a korábbi rejtélycsoportokat és a kinccsel kapcsolatban álló embereket. A Nován keresztül beszélő lény elmondja a Mystery Incorporatednek, hogy meg kell találniuk a Jaguár Szívét, hogy elpusztíthassák a kristályszarkofágba zárt gonosz entitást.

A banda Velma anyja kíséretében Yucatánba megy, hogy megkísérelje felkutatni a Jaguár Szívét, miután Angie régi barátját, Enrique Andelusossa professzort „elemészti a dzsungel” a Vadászok Temploma közelében. Yucatánba érve a banda felkeresi Enrique professzor antikváriumát, ahol dühös felesége fogadja őket, aki szerint Mrs. Dinkley okolható az eltűnésért. Órák után a banda visszatér a boltba, de a maja papnő megtámadja őket, és figyelmezteti őket, hogy távolodjanak el a templomtól. A banda figyelmen kívül hagyja a fenyegetést, és a dzsungelbe utazik, hogy megtalálja a templomot. Fred mesteri csapdakészségeinek köszönhetően a Mystery Incorporated legyőzi a templom ördögi csapdáit, és felfedezi a Jaguár Szívét a sírban. A papnő támad, de kudarcot vall, és elfogják a templomban lévő csapdák, amelyeket ő indított el. Ezután megjelenik egy nő, aki a banda után kémkedett, de kiderül, hogy Nettles polgármesterrel dolgozik.

Amint a banda visszatér Crystal Cove-ba, rájönnek, hogy a városban mindenki eltűnt a föld alatt. Később aznap, miután Nettles polgármester és Stone seriff eltűnésének szemtanúja volt, a banda Fred házához megy, hogy megvitassák a Planispheric Disc-t, a Nibirut, az elátkozott kincset és a közelgő bolygóegyenesedést. Miután meghallották a régi Mystery, Inc. közötti beszélgetést, a banda meg van győződve arról, hogy megőrültek, és taktikai tervet dolgoznak ki, hogy mindenkit leverjenek és leállítsák a műveletet. Miután a hír elterjedt, Stone seriff mindenkit fellázad a Kriegstaffelbotok ellen, és lázadást indít. Hamarosan a Kriegstaffelbotok megállítják Fredet, Velmát és Daphnét, és arra kényszerítik őket, hogy felrobbantsák a Rejtélygépet. Miután minden megoldódott, és megnyílik az ajtó az átkozott kincs előtt, a banda felszereli az ereklyéket, és követi az eredeti rejtélyt a barlangokba.

Miközben a banda követi az eredeti Mystery, Inc.-t a barlangokon keresztül, mindannyian megközelítik az elátkozott kincs első kapuját. Periklész professzor tudja, hogy a banda követte őket, mivel felszólítja őket, hogy hozzák a kulcsokat, hogy kinyithassák a kapukat. A banda rájön, hogy az álomvilágban látott Kulcsok és forgatókönyveik így vonatkoznak a kapukra és a nyitandó kapukra. A banda úgy dönt, hogy együttműködik, miután Periklész felfedi, hogy van Hot Dog Water, és kinyitja az első kaput.

A banda és az eredeti Mystery Incorporated a Gonosz Entitás előtt állnak. Az entitás megragadja Scooby-Doo-t, és megemlíti, hogy meg kell halnia, és újjászületnie kell, mint egy edény a sötétségbe. A banda felállít egy új Rejtélygépet, és új úti céljuk felé utazik, miután üzenetet kap Harlan Ellisontól, amelyben megfogadja, hogy megold minden rejtélyt, amivel találkoznak. Ahogy a banda elhajt, Nova figyeli őket, aki szerint Scooby a valaha élt legbátrabb kutya, és köszönetet mond neki és a bandának.