La pandilla se ha disuelto y Cueva Cristal está siendo atacada por el malvado Bebé Bufón.

Velma y Hot Dog Water colaboran con el Sr. E para intentar «adquirir» una pieza de la exposición de un museo de Moscú.

La pandilla se pone manos a la obra cuando Bebé Bufón regresa buscando venganza y comienza a secuestrar gente por toda Cueva Cristal, ¡incluso a Daphne!

Se está produciendo una serie de crímenes extraños por la ciudad. Varios ciudadanos destacados de Cueva Cristal están destruyendo las cosas que más quieren.

Cuando la obra de un artista local cobra vida e intenta acabar con su creador, la alcaldesa Nettles le pide a la pandilla que investigue.

La pandilla está viendo una vieja película de Vincent Van Ghoul en el cementerio de Cueva Cristal cuando de repente les ataca el Espectro del Cementerio.

Dos montañeros han sido atacados por Lilith, un sombrío ángel de la destrucción. Una vez en la ciudad, la pandilla decide resolver el misterio.

Un juez fantasmagórico y demente se dedica a aterrorizar a los jóvenes de Cueva Cristal, por lo que la pandilla Misterios, S. A. decide intervenir.

Durante una excursión a la nieve, una avalancha hace la pandilla Misterios, S. A. pierda el rumbo y tenga que pasar la noche en una antigua y espeluznante biblioteca.

Cuando Cassidy Williams es atacada por robots asesinos de las profundidades marinas, Misterios, S. A. la ayuda a descubrir quién los envía y por qué.

La alcaldesa recluta a la pandilla para investigar el misterio del Oso Monstruoso, un monstruo mutante que aterroriza a la ciudad de Destroido.

Cuando el malvado demonio Krampus comienza a aterrorizar a los niños malos de Cueva Cristal, la pandilla Misterios, S. A. decide investigar.

Dinamita y Fabulman se unen a la pandilla Misterios, S. A. para desentrañar el misterio de un terrible dragón-robot que aterroriza Cueva Cristal.

Cuando la pandilla Misterios, S. A. indaga en la historia de Cueva Cristal, la momia de un fraile franciscano cobra vida y comienza a aterrorizarles.

El sheriff pide ayuda a Misterios, S. A. porque cree que los extraterrestres están robando dispositivos de alta tecnología de Cueva Cristal para reconstruir su nave.

Una manada de vacas mutantes amenaza Cueva Cristal, pero la pandilla descubre que todo es parte de un complot del profesor Pericles para recuperar el disco planisférico.

Una banda de músicos fantasmas está convirtiendo en zombis a todos los que escuchan su música. Shaggy y Scooby son los únicos que pueden encontrar el remedio.

La pandilla debe detener a un demonio glotón del gluten antes de que acabe con todo el pan y la pasta de Cueva Cristal.

Un extraño motero está raptando a todas las mujeres de Cueva Cristal, así que la pandilla debe intervenir.

Fred es transportado a un futuro donde Cueva Cristal es un páramo y todos han muerto, excepto Daphne, que ahora es una anciana.

La pandilla se somete a hipnosis para saber más sobre la antigua raza Annunaki, la Malvada Entidad que hay bajo Cueva Cristal y cómo derrotarla.

Misterios, S. A. viaja al sur de la frontera en busca del Corazón del Jaguar.

La pandilla regresa de Yucatán y descubre que el malvado profesor Pericles ha esclavizado a toda la ciudad para desenterrar el tesoro maldito.

Siguiendo la pista del profesor Pericles, la pandilla viaja a través de cuevas subterráneas para descubrir por qué han estado recogiendo las cuatro llaves.

El equipo de Misterios, S. A. tiene que colaborar para evitar que la Malvada Entidad acabe con el mundo.