Společnost Mystery Inc. byla rozpuštěna. Na Crystal Cove zaútočí člověk-baby zvaný Crybaby Clown. Starostku Nettlesovou osloví tajemná postava, která jí předá složky Mystery Inc. a zároveň prohlásí, že musí dát Mystery Inc. znovu dohromady.

Velma a Hot Dog Water (Marcie) se vydají do Ruska na misi pro pana E a přivezou starý dům, kterému vyrostou nohy a řádí ve městě. Mezitím parta hledá náhradu za Daphne a Velma navrhne Hot Dog Water.

Fred se snaží získat Daphne zpět. Plačtivý klaun se vrátí, aby vykradl Křišťálovou zátoku, a unese i Daphne. Daphne je zachráněna a souhlasí s návratem do party. Pan E se snaží znovu naverbovat Angela Dynamita.

Dreamweaver ožívá a vymývá mozky staré skupině hráčů Crypts and Creepers (včetně šerifa Bronsona Stonea) tím, že vstupuje do jejich myslí, zatímco spí!

Na Křišťálovou zátoku zaútočí bytost zvaná Hodag hrůzy; mezitím se náhle objeví Brad Chiles a Judy Reevesová (Fredovi skuteční rodiče) a pes, kterého si Scooby oblíbil.

Umělcův obraz ožívá a útočí na návštěvníky muzea. Parta je požádána, aby záhadu vyřešila a zachránila muzeum umění.

Umělcův obraz ožívá a útočí na návštěvníky muzea. Parta je požádána, aby záhadu vyřešila a zachránila muzeum umění.

Gary a Ethan jsou na hoře Diabla napadeni Temnou Lilith a ztratí šťastný fotbalový míč fotbalového týmu.

Hebediah Grim, poutnické monstrum, se zaměřuje na některé ženy z Křišťálové zátoky, útočí na ně a soudí je na horkém místě milenců, v Milenecké uličce.

Rodina, která tráví dovolenou (stejná rodina, která trávila dovolenou ve filmu "Plíživé bytosti") v Burlingtonské knihovně, je napadena vlčí bytostí a vyplašena. Později je parta kvůli sesuvu půdy nucena opustit lyžařskou dovolenou a oklikou se vydá do téže knihovny, kde je přivítá její správce Dan Fluunk, který partě vysvětlí historii sídla, včetně toho, že jeho stavitel a jmenovec byl fascinován skupinami čtyř lidí a zvířete. Brzy se s postupem pobytu v sídle začnou partě dít podivné věci. Nakonec se ukáže, že jejich zážitky jsou halucinace vyvolané spalováním zvláštního druhu dřeva. Cassidy Williamsová mezitím pokračuje v pátrání po pravdě, proč se to, co se nyní děje gangu, stalo v minulosti i jiným gangům - včetně rodiny Darrowových.

V lese Crystal Cove poblíž Destroidu napadne starostu Nettlese a šerifa Stonea medvědovitý tvor. Ti se obrátí na partu s prosbou o pomoc a vysvětlí jim, že tvor se jmenuje Strašidelný medvěd a už několik týdnů slídí po pozemcích poblíž společnosti Destroido. Parta zjistí, že společnost Destroido nechala do lesů uniknout toxické lithium, což mělo za následek mutaci tamních rostlin a tvorů včetně Strašidelného medvěda. Mezitím pan E a profesor Pericles naverbovali Brada a Judy, aby jim pomohli najít části Planisférického disku, které má gang k dispozici, a uchýlili se k drastickým opatřením, aby gang dostali z cesty.

Teenagera, který demoluje sousedství, napadne stvoření, které si říká Krampus, a strachem mu zbělají vlasy. Další tři děti jsou napadeny, když se parta setká se starostou Nettlesem a šerifem Stonem na kluzišti a v herně. Když si uvědomí, že Krampus útočí na "zlobivé děti", jako je výše zmíněný teenager, obrátí se parta o pomoc na uvězněnou Mary-Ann Gleardonovou, jen aby ji Krampus napadl a unesl z vězení. Nakonec vyjde najevo, že parta zapojila síly Hot Dog Water, Jasona Wyatta, Mary-Ann Gleardonové, bývalého starosty Freda Jonese staršího a robota Charlieho (z výstavy Strašidelné muzeum) do promyšleného plánu, jehož cílem bylo ukrást části Planisférického disku původního Mystery Incorporated. Poté, co parta disk znovu sestaví, oči Křišťálové rakve se rozzáří a ona zamumlá "Nibiru".

Před pěti lety zaútočí na společnost Quest Industries obrovský dračí robot, který vzápětí zmizí a zanechá psa ochranky v bezvědomí; doktor Benton Quest se snaží psa oživit. V současnosti stejný robot napadne partu na radnici, když začíná vyšetřovat účel Planisférického disku; partu však zachrání Blue Falcon a Dynomutt, kteří vysvětlí, že robota už léta sledují. Velma hrdinům hrubě řekne, že Křišťálová zátoka je jejich území, a Modrý sokol nabídne partě, aby se přidala. Společně zjistí, že společnost Quest Industries byla prodána Destroidovi. Při vyšetřování dračí robot zaútočí a má v úmyslu unést Dynomutta, ale místo toho uteče se Scooby-Doo. Pomocí sledovacího zařízení umístěného na Falconově opasku se partě a Dynomuttovi podaří najít doupě doktora Zina a zachránit své přátele.

Historická společnost Crystal Cove Haunted každoročně pořádá rekonstrukce historie Crystal Cove. Při zkoušce letošního představení vyděsí herce a členy štábu přízračná mumie, která se podobá jedné z rekvizit. Vincent Van Ghoul, povolaný k převzetí produkce, najde zničené kulisy a zavolá organizaci Mystery Incorporated, která se stane novým obsazením a štábem hry. Profesor Pericles mezitím naverbuje Brada a Judy, aby ukradli Planisférický disk zpět gangu.

Parta vyšetřuje tvrzení šerifa Stonea o únosech mimozemšťany, zatímco skuteční mimozemšťané kradou v Crystal Cove cennosti.

Profesor Pericles vytvoří stádo zmutovaného dobytka, aby zničilo Křišťálovou zátoku a pokusilo se najít Planisférický disk.

Zemřelá ska kapela se vrací z hrobu a hypnotizuje návštěvníky večírku v místním nočním klubu, aby tančili na jejich hudbu. Parta je povolána, aby záhadu vyřešila dřív, než se utančí k smrti.

Na Francilee Jacksonovou v její kuchařské show zaútočí nenasytná příšera. Zatímco se parta pokouší společně povečeřet, do restaurace vtrhnou Rick Spartan a Cachinga, kteří se vydávají na lov monstra. Příšera napadá různá místa v okolí Crystal Cove, včetně různých restaurací a muzea, kde pracuje Velmina matka. Mezitím se profesor Perikles zbláznil a nechává pana E, aby se pokusil hledat poklad bez něj. Brad a Judy řeknou Periklesovi o Eově vzpouře a Perikles použije jedové injekce, aby donutil pana E pracovat pro něj.

Zdvořilý Angličan v masce, který si říká Dandy Highwayman, unese několik žen z okolí Crystal Cove, včetně starostky Nettlesové, Daphne a paní Blakeové.

Když parta vyšetřuje strašidelný dům, muž podobný Fredovi ho protáhne zrcadlem a přenese ho do světa, kde Planispheric Disk zničil celou Crystal Cove. Ve skutečném světě se mezitím Fred začne chovat podivně. Skutečný Fred stihne partě říct, že Fred v jejich světě je falešný, protože to zjistil, když se falešná Daphne v "zrcadlovém světě" prozradila. Když je lest odhalena, profesor Pericles použije Kriegstaffelboty, aby Daphne zastrašil a přiměl ji k vydání Planisférického disku. Když profesor Pericles Planisférický disk získá, spřádá plány na osvobození svého "pána.

Když se ve Scoobyho nočních můrách začne objevovat obludná verze Zrůdy z Křišťálové zátoky, rozhodne se parta vyšetřit, co se děje. Požádají o pomoc samotářského hypnotizéra profesora Horatia Kharona (autora knihy, kterou Velma četla), který také vídá Zrůdu ve svých snech a objevuje se i ve Scoobyho snech. Poté, co je zhypnotizován a vstoupí do světa snů, je parta pronásledována Obludným Zrůdou po celé dimenzi. Brzy zjistí, jaká zlá entita byla uvězněna spolu s prokletým pokladem a jak byly předchozí záhadologické skupiny a lidé spojení s pokladem touto entitou manipulováni. Bytost promlouvající prostřednictvím Novy sdělí Záhadné skupině, že musí najít Srdce jaguára, aby zničili zlou entitu zapečetěnou v křišťálovém sarkofágu.

Parta se v doprovodu Velminy matky vydává na Yucatán, kde se snaží najít Srdce jaguára poté, co je Angiein starý přítel, profesor Enrique Andelusossa, "pohlcen džunglí" poblíž Chrámu lovců (pohřebiště Lovců tajemství, kde je Srdce jaguára uloženo). Po příjezdu na Yucatán parta navštíví starožitnictví profesora Enriqueho, kde je přivítá jeho rozzlobená manželka, která tvrdí, že za jeho zmizení může paní Dinkleyová. Po několika hodinách se parta vrací do obchodu, jenže je napadena mayskou kněžkou, která je varuje, aby se nevraceli do chrámu. Parta její hrozbu ignoruje a vydává se do džungle chrám najít. Díky Fredovým mistrovským schopnostem v chytání pastí překoná Mystery Incorporated ďábelské pasti chrámu a objeví v hrobce Srdce jaguára. Kněžka zaútočí, ale neuspěje a je zajata pastmi v chrámu, které spustila.

Když se parta vrátí do Křišťálové zátoky, zjistí, že všichni ve městě zmizeli pod zemí. Později téhož dne, poté co se stanou svědky zmizení starosty Nettlese a šerifa Stonea, se parta vydá do Fredova domu, aby si promluvili o Planisférickém disku, Nibiru, prokletém pokladu a nadcházejícím vyrovnání planet. Po vyrušení Kriegstaffelbotů se parta vydá pod Křišťálovou zátoku a zjistí, že všichni ve městě pracují pro profesora Perikla a zbytek původních Mystery Incorporated. Po vyslechnutí rozhovoru mezi starými Záhadami, Inc. je parta přesvědčena, že se zbláznili, a vymyslí taktický plán, jak všechny vypráskat a operaci ukončit. Shaggy a Scooby se vydávají v přestrojení za Kriegstaffelboty, zatímco Fred a dívky zaútočí v obleku Záhadného stroje. Poté, co se to rozkřikne, šerif Stone nechá všechny vzbouřit se proti Kriegstaffelbotům a vyvolat vzpouru.

Když parta sleduje původní Mystery, Inc. a prochází jeskyněmi, všichni se blíží k první bráně k prokletému pokladu. Profesor Pericles ví, že je parta sleduje, protože je vyzve, aby přinesli klíče, aby mohli bránu otevřít. Parta si uvědomí, že Klíče a jejich scénáře viděné ve snovém světě jsou tím, jak se všichni vztahují k bráně a jejímu otevření. Gang se rozhodne spolupracovat poté, co Perikles prozradí, že mají Hot Dog Water, a otevře první bránu. Díky Hot Dog Water se parta dostane do první brány; Hot Dog Water je však téměř hned poté zabit Kriegstaffelboty. Parta dorazí k druhé bráně a otevře ji pomocí mísy s moždířem.

Parta a původní Mystery Incorporated stojí před Zlou entitou. Entita popadne Scooby-Dooa a zmíní se, že musí zemřít a znovu se narodit jako nádoba její temnoty. Scooby se osvobodí, ale Perikles se dobrovolně nechá bytostí posednout, s čímž Entita souhlasí. Profesor Perikles se domnívá, že získal konečnou moc (díky tomu, že se zvětšil a vypadá lépe), ale Zlá entita Perikla zabije a zmutuje jeho tělo do podoby chobotnice. Entita poté převezme kontrolu nad Kriegstaffelboty a přivolá další zlé Anunnaky, kteří pokračují v obětování obyvatel města, aby je Entita zkonzumovala. Když Scooby zničí sarkofág, Entita je zabita a vír vcucne všechno kromě bandy a pak exploduje. Parta se ocitne v nové verzi Křišťálové zátoky a Země samotné. Po několika podivných setkáních si Záhada sboru uvědomí, že všechno zlo, které kdy Entita způsobila, bylo zrušeno, čímž se změnily dějiny.