Miután bebörtönözték egy újabb rejtély megfejtéséért, a Mystery Inc. banda egy újabb rejtélybe botlik: egy hátborzongató szörnyeteg a város alatt lapul, és mindenkit, aki a közelébe kerül, zöld golyóvá gubózik.

A banda úgy dönt, hogy nyomozást indít egy mitikus szellemváros ügyében, amelyet feltételezések szerint aligátorok laktak be.

Furcsa dolgok folytatódnak Crystal Cove-ban, amikor a kilincsek hirtelen eltűnnek, és valahol egy felbecsülhetetlen értékű gyémánt rejtőzik. Mindennek a tetejébe egy titokzatos Ghost Trucker is ijesztgeti a várost.

Egy Man Crab megtámadja a Crystal Cove strandot a Trickell's Triquid diétás keverék röplabda versenyén. A bandának meg kell állítania, és meg kell oldania ezt a rejtélyt, mielőtt a torna női játékosai, akiket az Emberrák megkedveltek, veszélybe kerüljenek. Eközben Velma párkapcsolati tanácsot kap Daphnétől.

Crystal Cove gyermekeit szörnyekké változtatja egy Que Horrifico nevű lény, ami megijeszti a város összes felnőttét. Ennek eredményeként elhagyják gyermekeiket, és az életükért futnak.

Fred egy középiskolai szerelmes célpontjává válik, amikor az új lány, Alice May beleszeret. Alice May azonban valójában egy szellem, aki arról híres, hogy fiúkat vitt magával, és örökre eltüntette őket.

A Hex Girls (Thorne, Dusk és Luna), Velma kedvenc bandája eljön Crystal Cove-ba, és azt tervezi, hogy koncertet ad a bandának. A dolgok azonban balul sülnek el, amikor hirtelen megjelenik a The Phantom, egy gonosz kísértet azzal a szándékkal, hogy végleg kivonja a The Hex Girlst a zenei üzletből.

A banda részt vesz a Crystal Cove-i Royal Knights Faire rendezvényen, de megjelenik egy váratlan vendég is. Egy ijesztő kinézetű gnóm mindenkit megbénít, aki kalóz jelmezt visel a vásáron.

Amikor két óriási szörnyeteg megtámadja Crystal Cove-ot, Jones polgármester megkéri Fredet és a bandát, hogy segítsenek neki és a seriffnek elfogni őket. Eközben Shaggynek választania kell Velmával való kapcsolata és Scoobyval való barátsága között.

A Fright Hound nevű szörnyeteg megtámadja a Crystal Cove-ot, és az emberek azt hiszik, Scooby-Doo áll mögötte. Lehet, hogy Scooby támadja meg a várost, vagy valaki beállítja?

Crystal Cove-ban van egy vámpír, aki terrorizálja a lakókat, és furcsa zsákmányt lop el. Amikor a banda szaglászni kezd, felfedeznek egy valószínűtlen gyanúsítottat… Daphne ANYÁJÁT. A Mystery Inc.-en belül már most feszültek a dolgok, és ezzel a legutóbbi csapással a banda valóban kettészakadt. Lányok az egyik oldalon, fiúk a másikon.

A Mystery Inc. felbomlása után a banda úgy dönt, hogy megnézik a középiskola utáni életet, és egy hétvégét a DARROW COLLEGE-ben töltenek. De a dolgok nem a tervek szerint alakulnak, amikor egy CHAR GAR GOTHAKON nevű lény terrorizálni kezdi az egyetemet. Kiderült, hogy ez a vadállat egy kitalált karakter, aki életre kel. A szerző alkotása, H.P. HATECRAFT, aki az iskola professzora.

A banda nyomozást folytat azután, hogy Crystal Cove halálos rovarfertőzésben szenved, amely a Shaggy és Scooby kedvenc falatait gyártó cég, a Destroido cég dolgozóit veszi célba.

A nagy Mystery Solvers Club State Finals előtt ágyban fekve Scooby arról álmodik, hogy részt vesz a versenyen, és összeáll a többi rejtélymegoldó társával, Speed Buggy-val, Jabberjaw-val, Captain Caveman-vel és a The Funky Phantom-mal, hogy kimentse barátait a démoni Lord Infernicus karmaiból.

Amikor Fred meghívja a bandát saját és Daphne második randevújára, az Obnarb, a Wild Brood nevű ork motoros csoport vezetőjének karjaiba löki Daphne-t, aki bejött a városba. Amikor betörés történik a fegyvertárban, és ellopnak egy veszélyes fegyvert, a Wild Brood a fő gyanúsított. A bandán múlik, hogy megoldja ezt a rejtélyt, megmentse a Wild Broodot, és megtalálja a szélhámos Ork Motorost.

Amikor Crystal Cove egész városát elfoglalja Aphrodite szerelmi varázslata, csak Scooby-Doo és a nemrég megszökött Periklész professzor tudja megmenteni a bandát a varázslattól és megfejteni a rejtélyt. De vajon Periklész professzornak vannak hátsó szándékai?

Amikor a banda egy küldetésre indul, hogy megtudja, mi történt az eredeti Mystery Incorporated csoporttal a Darrow család és a kastély 75 éves eltűnésével kapcsolatos utolsó esetükben.

Scooby és Shaggy esszéversenyt nyernek, hogy Vincent Van Ghoullal vacsorázzanak. A kastélyába mennek, és megtámadja őket egy szörny, aki Nightfrightnak nevezi magát. Shaggy felhívja a bandát, és a banda odarohan. Nightfright üldözi őket, bemennek egy szobába, és bezárják az ajtót. Fred csapdát csinál, és megkéri Vincentet, hogy csalja bele a szörnyet. Végül elkapják Nightfrightot Fred csapdájában. Az epizód végén az látható, amint vacsoráznak, Daphne pedig mindent felfal, amit csak lát, mert órák óta nem evett.

Velma úgy érzi, hogy kimarad a csoportból, és egyedül indul kivizsgálni kétéltű "Fish Freak" támadásait egy elhagyott olajfúró fúrótorony környékén, de talál egy barátot... egy sellő formájában!

Amikor Jones polgármester vásárol online egy ősi perzsa templomot, hogy fellendítse az üzletet a Crystal Cove vidámparkban, a "Creepy Spooky Terror Land"-ben, nem gondolta volna, hogy a templomban egy Manticore lesz, aki egy gonosz mitológiai állat, és terrorizálni kezdi a park látogatóit. Mivel nincs más lehetősége, megkéri Fredet és a bandát, hogy segítsenek neki elkapni a fenevadat.

Amikor Fred kedvenc kalandorja, Dr. Rick Spartan biológiát kezd tanítani a Crystal Cove's High School-ban, a banda találkozik vele. Fred elmeséli neki, hogy a bandának is volt része félelmetes élményekben, Spartan azonnal meghívja őket vacsorázni hozzá, ahol megígéri, hogy megmutatja nekik legújabb trófeáját, az elátkozott Shrunken Head of Squar Gringot. Ám amikor megjelenik a fejetlen teste, és azzal fenyegetőzik, hogy a professzort napjai végéig üldözi a sír kifosztásáért, a bandának meg kell találnia a módját, hogy megtörje az átkot.

Amikor Fred apját megtámadja egy ismeretlen árnyékfigura, Scoobyn és a bandán múlik, hogy rájöjjenek a rejtély mélyére. Vajon képesek lesznek rá, vagy Frednek örökre fel kell adnia a rejtélymegoldást? És mi köze mindehhez a kirakós darabnak, ami Fred apja birtokában van?

Crystal Cove leghíresebb seriffjének, a Death Justice-nak a szelleme visszatért sírjából, hogy elszámoltassa Stone seriffet azzal, hogy csapdába csalta Crystal Cove legkiválóbb bűnözőit. Scooby és a banda meg tudja állítani a Death Justice-t, mielőtt túl késő lenne?

Az Obliteratrix nevű high-tech lény megtámadja a bandát, és arra kényszeríti őket, hogy H.P segítségével nyomozzák ki a kísértetjárta kincs ügyét.

A banda végül követi a nyomot, hogy megtalálja az elrejtett kincset, de nem gondolták, hogy a Freak utánuk indul. Másrészt sok igazság kiderül, köztük Periklész professzor célja és Fred szüleinek valódi kiléte. És mintha ez nem lenne elég, a banda nagy problémával néz szembe, amikor a szülők feldühödnek fiaik viselkedése miatt. És amikor a város rejtélye a legmagasabb szinten van, akkor ez a banda végét vagy egy új probléma kezdetét jelenti?