Miután bebörtönözték egy újabb rejtély megfejtéséért, a Mystery Inc. banda egy újabb rejtélybe botlik: egy hátborzongató szörnyeteg a város alatt lapul, és mindenkit, aki a közelébe kerül, zöld golyóvá gubózik.

A banda úgy dönt, hogy nyomozást indít egy mitikus szellemváros ügyében, amelyet feltételezések szerint aligátorok laktak be.

Furcsa dolgok folytatódnak Crystal Cove-ban, amikor a kilincsek hirtelen eltűnnek, és valahol egy felbecsülhetetlen értékű gyémánt rejtőzik. Mindennek a tetejébe egy titokzatos Ghost Trucker is ijesztgeti a várost.

Egy Man Crab megtámadja a Crystal Cove strandot a Trickell's Triquid diétás keverék röplabda versenyén. A bandának meg kell állítania, és meg kell oldania ezt a rejtélyt, mielőtt a torna női játékosai, akiket az Emberrák megkedveltek, veszélybe kerüljenek. Eközben Velma párkapcsolati tanácsot kap Daphnétől.

Crystal Cove gyermekeit szörnyekké változtatja egy Que Horrifico nevű lény, ami megijeszti a város összes felnőttét. Ennek eredményeként elhagyják gyermekeiket, és az életükért futnak.

Fred egy középiskolai szerelmes célpontjává válik, amikor az új lány, Alice May beleszeret. Alice May azonban valójában egy szellem, aki arról híres, hogy fiúkat vitt magával, és örökre eltüntette őket.

A Hex Girls (Thorne, Dusk és Luna), Velma kedvenc bandája eljön Crystal Cove-ba, és azt tervezi, hogy koncertet ad a bandának. A dolgok azonban balul sülnek el, amikor hirtelen megjelenik a The Phantom, egy gonosz kísértet azzal a szándékkal, hogy végleg kivonja a The Hex Girlst a zenei üzletből.

A banda részt vesz a Crystal Cove-i Royal Knights Faire rendezvényen, de megjelenik egy váratlan vendég is. Egy ijesztő kinézetű gnóm mindenkit megbénít, aki kalóz jelmezt visel a vásáron.

Amikor két óriási szörnyeteg megtámadja Crystal Cove-ot, Jones polgármester megkéri Fredet és a bandát, hogy segítsenek neki és a seriffnek elfogni őket. Eközben Shaggynek választania kell Velmával való kapcsolata és Scoobyval való barátsága között.

A Fright Hound nevű szörnyeteg megtámadja a Crystal Cove-ot, és az emberek azt hiszik, Scooby-Doo áll mögötte. Lehet, hogy Scooby támadja meg a várost, vagy valaki beállítja?

Crystal Cove-ban van egy vámpír, aki terrorizálja a lakókat, és furcsa zsákmányt lop el. Amikor a banda szaglászni kezd, felfedeznek egy valószínűtlen gyanúsítottat… Daphne ANYÁJÁT. A Mystery Inc.-en belül már most feszültek a dolgok, és ezzel a legutóbbi csapással a banda valóban kettészakadt. Lányok az egyik oldalon, fiúk a másikon.

A Mystery Inc. felbomlása után a banda úgy dönt, hogy megnézik a középiskola utáni életet, és egy hétvégét a DARROW COLLEGE-ben töltenek. De a dolgok nem a tervek szerint alakulnak, amikor egy CHAR GAR GOTHAKON nevű lény terrorizálni kezdi az egyetemet. Kiderült, hogy ez a vadállat egy kitalált karakter, aki életre kel. A szerző alkotása, H.P. HATECRAFT, aki az iskola professzora.

A banda nyomozást folytat azután, hogy Crystal Cove halálos rovarfertőzésben szenved, amely a Shaggy és Scooby kedvenc falatait gyártó cég, a Destroido cég dolgozóit veszi célba.

A nagy Mystery Solvers Club State Finals előtt ágyban fekve Scooby arról álmodik, hogy részt vesz a versenyen, és összeáll a többi rejtélymegoldó társával, Speed Buggy-val, Jabberjaw-val, Captain Caveman-vel és a The Funky Phantom-mal, hogy kimentse barátait a démoni Lord Infernicus karmaiból.

Amikor Fred meghívja a bandát saját és Daphne második randevújára, az Obnarb, a Wild Brood nevű ork motoros csoport vezetőjének karjaiba löki Daphne-t, aki bejött a városba. Amikor betörés történik a fegyvertárban, és ellopnak egy veszélyes fegyvert, a Wild Brood a fő gyanúsított. A bandán múlik, hogy megoldja ezt a rejtélyt, megmentse a Wild Broodot, és megtalálja a szélhámos Ork Motorost.

Amikor Crystal Cove egész városát elfoglalja Aphrodite szerelmi varázslata, csak Scooby-Doo és a nemrég megszökött Periklész professzor tudja megmenteni a bandát a varázslattól és megfejteni a rejtélyt. De vajon Periklész professzornak vannak hátsó szándékai?

Amikor a banda egy küldetésre indul, hogy megtudja, mi történt az eredeti Mystery Incorporated csoporttal a Darrow család és a kastély 75 éves eltűnésével kapcsolatos utolsó esetükben.

Amikor egy Mai Le nevű cserediák Crystal Cove-ba érkezik, megragadja Shaggy szeretetét. A Blake család által szervezett vacsorapartit megszakítja a Vörös Varázsló, aki figyelmezteti, hogy maradjon távol a Sárkányszívtől, amelynek mindenáron megvédésére esküdött. Később Mai Le-t és a bandát egy Fehér Varázsló támadja meg, aki Mai Le gyűrűjét keresi, a Vörös Varázsló pedig megmenti a bandát, de már későn menti meg a gyűrűt. A Vörös Varázslóról kiderül, hogy Chen úr, Chen internetkávézójának és teaházának tulajdonosa. Elárulja, hogy a Fehér Varázsló, aki immár mind a négy gyűrű birtokában van, képes kinyitni a Jade Dragon's Heart-ot, ami egy felbecsülhetetlen értékű rubin. Vajon a banda megoldja a rejtélyt, vagy nem minden úgy van, ahogy látszik?

Scooby és Shaggy esszéversenyt nyernek, hogy Vincent Van Ghoullal vacsorázzanak. A kastélyába mennek, és megtámadja őket egy szörny, aki Nightfrightnak nevezi magát. Shaggy felhívja a bandát, és a banda odarohan. Nightfright üldözi őket, bemennek egy szobába, és bezárják az ajtót. Fred csapdát csinál, és megkéri Vincentet, hogy csalja bele a szörnyet. Végül elkapják Nightfrightot Fred csapdájában. Az epizód végén az látható, amint vacsoráznak, Daphne pedig mindent felfal, amit csak lát, mert órák óta nem evett.

Velma úgy érzi, hogy kimarad a csoportból, és egyedül indul kivizsgálni kétéltű "Fish Freak" támadásait egy elhagyott olajfúró fúrótorony környékén, de talál egy barátot... egy sellő formájában!

Amikor Jones polgármester vásárol online egy ősi perzsa templomot, hogy fellendítse az üzletet a Crystal Cove vidámparkban, a "Creepy Spooky Terror Land"-ben, nem gondolta volna, hogy a templomban egy Manticore lesz, aki egy gonosz mitológiai állat, és terrorizálni kezdi a park látogatóit. Mivel nincs más lehetősége, megkéri Fredet és a bandát, hogy segítsenek neki elkapni a fenevadat.

Amikor Fred kedvenc kalandorja, Dr. Rick Spartan biológiát kezd tanítani a Crystal Cove's High School-ban, a banda találkozik vele. Fred elmeséli neki, hogy a bandának is volt része félelmetes élményekben, Spartan azonnal meghívja őket vacsorázni hozzá, ahol megígéri, hogy megmutatja nekik legújabb trófeáját, az elátkozott Shrunken Head of Squar Gringot. Ám amikor megjelenik a fejetlen teste, és azzal fenyegetőzik, hogy a professzort napjai végéig üldözi a sír kifosztásáért, a bandának meg kell találnia a módját, hogy megtörje az átkot.

Amikor Fred apját megtámadja egy ismeretlen árnyékfigura, Scoobyn és a bandán múlik, hogy rájöjjenek a rejtély mélyére. Vajon képesek lesznek rá, vagy Frednek örökre fel kell adnia a rejtélymegoldást? És mi köze mindehhez a kirakós darabnak, ami Fred apja birtokában van?

Crystal Cove leghíresebb seriffjének, a Death Justice-nak a szelleme visszatért sírjából, hogy elszámoltassa Stone seriffet azzal, hogy csapdába csalta Crystal Cove legkiválóbb bűnözőit. Scooby és a banda meg tudja állítani a Death Justice-t, mielőtt túl késő lenne?

Az Obliteratrix nevű high-tech lény megtámadja a bandát, és arra kényszeríti őket, hogy H.P segítségével nyomozzák ki a kísértetjárta kincs ügyét.

A banda végül követi a nyomot, hogy megtalálja az elrejtett kincset, de nem gondolták, hogy a Freak utánuk indul. Másrészt sok igazság kiderül, köztük Periklész professzor célja és Fred szüleinek valódi kiléte. És mintha ez nem lenne elég, a banda nagy problémával néz szembe, amikor a szülők feldühödnek fiaik viselkedése miatt. És amikor a város rejtélye a legmagasabb szinten van, akkor ez a banda végét vagy egy új probléma kezdetét jelenti?

A Mystery Inc. feloszlott. Crystal Cove-ot megtámadja egy Man-Baby, akit Crybaby Clownnak hívnak. Nettles polgármestert megkeresi egy titokzatos alak, aki átadja neki a Mystery Inc.-nél lévő aktákat, miközben kijelenti, hogy újra össze kell hoznia a Mystery Inc.-t.

Velma és Hot Dog Water (Marcie) Oroszországba utaznak Mr. E-ért, és visszahoznak egy régi házat, amely lábakon áll és tombol a városon. Eközben a banda Daphne leváltását keresi, Velma pedig Hot Dog Water-et javasol.

Fred megpróbálja visszaszerezni Daphnét. Crybaby Clown visszatér, hogy kirabolja Crystal Cove-ot, és elrabolja Daphnét is. Daphnét megmentik, és beleegyezik, hogy visszatér a bandához. Mr. E megpróbálja újra beszervezni Angel Dynamite-ot.

A Dreamweaver életre kelt, és átmossa a Crypts and Creatures játékosok egy régi csoportjának elméjét (beleértve Bronson Stone seriffet is) azáltal, hogy alvás közben behatol az elméjükbe!

A The Hodag of Horror nevű lény megtámadja Crystal Cove-ot; Eközben Brad Chiles és Judy Reeves (Fred igazi szülei) hirtelen megjelentek egy kutyával együtt, akit Scooby megkedvelt.

Egy művész festménye életre kel, és megtámadja a múzeum mecénásait. A bandát felkérik a rejtély megfejtésére, hogy megmentsék a Művészeti Múzeumot.

Egy Graveyard Ghoul támad Nettles polgármester Horror Movie Nightjának közepén, és nyomozásra kényszeríti a bandát. Fred és Shaggy azonban le van nyűgözve három gyönyörű lánytól, akik most vándoroltak be Crystal Cove-ba, Daphne pedig evett anyjuk házi csokoládéjából, és függővé vált, így Velma és Scooby magukra hagyják a rejtélyt. Végül kénytelenek Stone seriffhez fordulni segítségért. Ezalatt Mr. E összeáll Periklész professzorral, hogy megkeresse azt, amit „kincsnek” hív.

Garyt és Ethant megtámadja a Sötét Lilith a Diabla-hegyen, és elveszítik a futballcsapat szerencsés futballlabdáját.

Hebediah Grim, egy zarándokszörny célba veszi, megtámadja és ítélkezik bizonyos Crystal Cove-i nőkkel a szerető forró pontján, a Lover's Lane-en.

A Burlington Könyvtárban nyaraló családot (ugyanaz a család, amely a "The Creeping Creatures"-ben nyaralt) megtámad egy farkaslény, és megijeszti. Később egy földcsuszamlás arra kényszeríti a bandát, hogy felhagyjon a sínyaralással, és ugyanabba a könyvtárba terelje őket, ahol a gondnoka, Dan Fluunk köszönti őket, aki elmagyarázza a bandának a kastély történetét, beleértve azt is, hogy építője és névadója a négyfős csoportok és egy állat elragadtatása. Hamarosan furcsa dolgok kezdenek történni a bandával, ahogy a kastélyban tartózkodnak. Végül kiderül, hogy élményeik hallucinációk, amelyeket egy különleges fa elégetése okoz. Eközben Cassidy Williams folytatja az igazság keresését a mögött, hogy az, ami a bandával most történik, az más bandákkal is megtörtént a múltban – köztük a Darrow családdal.

Egy második világháborús náci katonának álcázott robot megtámadja Cassidy Williamst a rádióállomásánál, végül önmagát megsemmisíti, miközben Cassidy visszavág, és magával viszi az egész épületet. Elmagyarázza a bandának, hogy ezek a robotok támadták őt az elmúlt héten. A robotok továbbra is támadják a bandát, miközben nyomoznak. Amikor a banda rájön, hogy a robotok mélyen a víz alól érkeznek. Nem sokkal az elmerülés után a tengeralattjárót egy csapat robot megtámadja és megsérül, a banda pedig egy víz alatti bázisra botlik, és megpróbálja megjavítani a tengeralattjárót, de rájön, hogy a bázis az a gyár, ahol a robotokat építik. Periklész professzortól. A végén Periklész megszökik, és elhagyja a laboratóriumot, hogy megsemmisítse magát, esetleg megöli Cassidy Williamst, miközben a banda, Tom és Tub, valamint Scooby, a fóka megszökik.

Egy medveszerű lény megtámadja Nettles polgármestert és Stone seriffet a Crystal Cove erdőben Destroido közelében. A bandához fordulnak segítségért, és elmagyarázzák, hogy a lényt Scarebear-nek hívják, és hetek óta a Destroido cég közelében lesett. A banda rájön, hogy a Destroido cég megengedte, hogy mérgező lítium kerüljön az erdőbe, ami az ott élő növények és lények, köztük a Scarebear mutációihoz vezetett. Eközben Mr. E és Pericles professzor felvették Bradot és Judyt, hogy segítsenek nekik megtalálni a banda darabjait a Planispheric Disk-en, és drasztikus intézkedésekhez folyamodtak, hogy a bandát félreállítsák az útból.

A környéket megrongáló tinédzser megtámad egy magát "Krampusnak" nevező lény, így a haja hófehér lesz a félelemtől. További három gyereket megtámadnak, amikor a banda találkozik Nettles polgármesterrel és Stone seriffel a görgőpályán és a játékteremben. Felismerve, hogy Krampus "rossz gyerekeket" támad, mint például a fent említett tinédzsert, a banda a bebörtönzött Mary-Ann Gleardonhoz fordul segítségért, hogy Krampusz megtámadja és elrabolja a börtönből. Végül kiderült, hogy a banda Hot Dog Water, Jason Wyatt, Mary-Ann Gleardon, Fred Jones Sr. ex-polgármester és Charlie, a robot (a Haunted Museum kiállításról) csapatait bevonta egy bonyolult tervbe, hogy ellopni az eredeti Mystery Incorporated darabjait a Planispheric Disk-ről. Miután a banda újra összeszereli a lemezt, a Kristálykoporsó szeme felizzik, és azt motyogja, hogy "Nibiru".

Öt évvel ezelőtt egy gigantikus sárkányrobot megtámadja a Quest Industries-t, majd azonnal eltűnik, eszméletlenül hagyva a biztonsági őr kutyáját; Dr. Benton Quest a kutya újraélesztésén dolgozik. Napjainkban ugyanaz a robot támadja meg a bandát a városházán, amikor elkezdik vizsgálni a Planispheric Disk célját; a bandát azonban megmenti Blue Falcon és Dynomutt, akik elmagyarázzák, hogy évek óta követik a robotot. Velma durván elmondja a hősöknek, hogy a Crystal Cove az ő gyepük, Blue Falcon pedig felajánlja a bandának, hogy csatlakozzanak hozzájuk. Együtt úgy találják, hogy a Quest Industries-t eladták a Destroidónak. A nyomozás nyomán a sárkány-robot megtámad, el akarja rabolni Dynomutt, de helyette Scooby-Doo-val távozik. A Falcon övén található nyomkövető eszköz segítségével a banda és Dynomutt képes megtalálni Dr. Zin odúját és megmenteni barátaikat.

A Crystal Cove Haunted Historical Society újrajátszási próbáját egy Fantommúmia zavarja meg. Behívják a Mystery Incorporated-t, és ő lesz a darab új szereplője és stábja.

A banda Stone seriff földönkívüli emberrablási vádjait vizsgálja, miközben valódi idegenek értékeket lopnak el Crystal Cove-ból.

Periklész professzor mutáns szarvasmarha-csordát hoz létre, hogy elpusztítsa a Crystal Cove-ot, és megpróbálja megtalálni a Planispheric Disk-t.

Egy elhunyt ska-zenekar visszatér a sírból, és hipnotizálja a bulizókat a helyi szórakozóhelyen, hogy táncoljanak a zenéjükre. A bandát arra hívják, hogy fejtse meg a rejtélyt, mielőtt halálra táncolnák magukat.

Egy torkos szörnyeteg megtámadja Francilee Jacksont a főzőműsorában. Miközben a banda megpróbál együtt vacsorázni, az éttermet összeomlik Rick Spartan és Cachinga, akik a szörnyre vadásznak. A szörnyeteg különböző helyekre támad a Crystal Cove környékén, beleértve a különböző éttermeket és a múzeumot, ahol Velma anyja dolgozik. Eközben Periklész professzor megőrült, így Mr. E. megpróbálja nélküle megkeresni a kincset. Brad és Judy elmondja Periklésznek E lázadását, Periklész pedig méreginjekciókkal kényszeríti Mr. E-t, hogy neki dolgozzon.

Egy magát Dandy Highwaymannek nevező, udvarias, maszkos angol férfi több nőt is elrabol Crystal Cove környékén, köztük Nettles polgármestert, Daphne-t és Mrs. Blake-et.

Miközben a banda egy kísértetjárta ház körül nyomoz, egy Fredre hasonlító férfi áthúzza Fredet egy tükörön, és elviszi egy olyan világba, ahol a Planispheric Disk elpusztította az egész Crystal Cove-ot. Eközben a való világban Fred furcsán kezd viselkedni. Az igazi Frednek sikerül elmondania a bandának, hogy a Fred az ő világukban hamis, miután rájött, amikor egy hamis Daphne a "tükörvilágban" feladta magát. Amikor a csalást felfedezik, Periklész professzor a Kriegstaffelbotokat használja, hogy megfenyegesse Daphnét, hogy átadják neki a síkgömbkorongot. Amikor Periklész professzor megkapja a Planispheric Disk-t, terveket készít "gazdája" kiszabadítására.

Amikor Scooby rémálmaiban megjelenik a Freak of Crystal Cove szörnyű változata, a banda úgy dönt, hogy kivizsgálja, mi történik. A visszahúzódó hipnotizőr, Horatio Kharon professzor segítségét kérik (a könyv szerzője, akit Velma olvas), aki álmaiban is látta a korcsot, valamint feltűnt a Scooby's-ban. Miután hipnotizálták, hogy belépjenek az álomvilágba, a bandát a Szörnyű Freak üldözi az egész dimenzióban. Hamarosan felfedezik a gonosz entitást, amely csapdába esett az átkozott kinccsel, és azt, hogy az entitás hogyan manipulálta a korábbi rejtélycsoportokat és a kinccsel kapcsolatban álló embereket. A Nován keresztül beszélő lény elmondja a Mystery Incorporatednek, hogy meg kell találniuk a Jaguár Szívét, hogy elpusztíthassák a kristályszarkofágba zárt gonosz entitást.

A banda Velma anyja kíséretében Yucatánba megy, hogy megkísérelje felkutatni a Jaguár Szívét, miután Angie régi barátját, Enrique Andelusossa professzort „elemészti a dzsungel” a Vadászok Temploma közelében. Yucatánba érve a banda felkeresi Enrique professzor antikváriumát, ahol dühös felesége fogadja őket, aki szerint Mrs. Dinkley okolható az eltűnésért. Órák után a banda visszatér a boltba, de a maja papnő megtámadja őket, és figyelmezteti őket, hogy távolodjanak el a templomtól. A banda figyelmen kívül hagyja a fenyegetést, és a dzsungelbe utazik, hogy megtalálja a templomot. Fred mesteri csapdakészségeinek köszönhetően a Mystery Incorporated legyőzi a templom ördögi csapdáit, és felfedezi a Jaguár Szívét a sírban. A papnő támad, de kudarcot vall, és elfogják a templomban lévő csapdák, amelyeket ő indított el. Ezután megjelenik egy nő, aki a banda után kémkedett, de kiderül, hogy Nettles polgármesterrel dolgozik.

Amint a banda visszatér Crystal Cove-ba, rájönnek, hogy a városban mindenki eltűnt a föld alatt. Később aznap, miután Nettles polgármester és Stone seriff eltűnésének szemtanúja volt, a banda Fred házához megy, hogy megvitassák a Planispheric Disc-t, a Nibirut, az elátkozott kincset és a közelgő bolygóegyenesedést. Miután meghallották a régi Mystery, Inc. közötti beszélgetést, a banda meg van győződve arról, hogy megőrültek, és taktikai tervet dolgoznak ki, hogy mindenkit leverjenek és leállítsák a műveletet. Miután a hír elterjedt, Stone seriff mindenkit fellázad a Kriegstaffelbotok ellen, és lázadást indít. Hamarosan a Kriegstaffelbotok megállítják Fredet, Velmát és Daphnét, és arra kényszerítik őket, hogy felrobbantsák a Rejtélygépet. Miután minden megoldódott, és megnyílik az ajtó az átkozott kincs előtt, a banda felszereli az ereklyéket, és követi az eredeti rejtélyt a barlangokba.

Miközben a banda követi az eredeti Mystery, Inc.-t a barlangokon keresztül, mindannyian megközelítik az elátkozott kincs első kapuját. Periklész professzor tudja, hogy a banda követte őket, mivel felszólítja őket, hogy hozzák a kulcsokat, hogy kinyithassák a kapukat. A banda rájön, hogy az álomvilágban látott Kulcsok és forgatókönyveik így vonatkoznak a kapukra és a nyitandó kapukra. A banda úgy dönt, hogy együttműködik, miután Periklész felfedi, hogy van Hot Dog Water, és kinyitja az első kaput.

A banda és az eredeti Mystery Incorporated a Gonosz Entitás előtt állnak. Az entitás megragadja Scooby-Doo-t, és megemlíti, hogy meg kell halnia, és újjászületnie kell, mint egy edény a sötétségbe. A banda felállít egy új Rejtélygépet, és új úti céljuk felé utazik, miután üzenetet kap Harlan Ellisontól, amelyben megfogadja, hogy megold minden rejtélyt, amivel találkoznak. Ahogy a banda elhajt, Nova figyeli őket, aki szerint Scooby a valaha élt legbátrabb kutya, és köszönetet mond neki és a bandának.