Après avoir été emprisonnée pour résoudre un autre mystère, la bande de Mystères Associés tombe sur un autre mystère: un monstre horrible se cache sous la ville et emprisonne qui s'en approche dans une bouillie verte.

La bande décide de lancer une enquête sur l'existence d'une ville fantôme mythique qui est supposée avoir été peuplée par des crocodiles.

Des choses étranges continuent de se produire dans Crystal Cove, alors que disparaissent soudainement les poignées de porte et qu'un diamant inestimable est caché quelque part. Pour couronner le tout, un mystérieux fantôme de camionneur sème la terreur dans la ville.

Un Homme-crabe attaque la plage de Crystal Cove lors d'un tournoi de volley-ball organisé pour la boisson Trickell Triquid. La bande doit l'arrêter et résoudre ce mystère avant que les joueuses du tournoi, dont l'Homme-Crabe a prit goût, soient mises en danger. Pendant ce temps, Vera obtient quelques conseils sur les relations amoureuses de la part de Daphné.

Les enfants de Crystal Cove sont transformés en monstres par une créature nommée Que Horrifico, effrayant tous les adultes de la ville. En conséquence, ils abandonnent leurs enfants et fuient pour leur vie.

Fred subit un changement dans ses études quand une nouvelle fille, Alice May, tombe amoureuse de lui. Toutefois, Alice May est en fait un fantôme qui a la réputation d'avoir pris les garçons avec elle et les faire disparaître à jamais.

Les Hex-Girls (composées de Thorne, Dusk, et Luna), groupe préféré de Vera, viennent à Crystal Cove et doivent donner un concert le gang. Mais les choses tournent mal lorsque le fantôme, un spectre pervers, apparaît soudainement avec l'intention de détruire définitivement les Hex-Girls.

Le gang assiste à la Royal Knights Faire dans Crystal Cove, mais elle accueille un invité inattendu. Un gnome effrayant paralyse tous les visiteurs vêtus de costumes de pirate.

Quand deux monstres géants commencer à attaquer Crystal Cove, le maire Jones demande Fred et sa bande de les aider, lui et le shérif, à les capturer. Pendant ce temps, Sammy devra choisir entre sa relation avec Vera et son amitié avec Scooby.

Un monstre appelé le chien terrifiant commence à attaquer Crystal Cove et les gens croient que Scooby-Doo est derrière tout cela. Est-ce vrai, ou quelqu'un veut-il nuire à Scooby ?

Il y a un vampire en quelque part dans Crystal Cove, terrorisant les habitants et volant un étrange assortiment de butin. Quand le gang commence à renifler, ils découvrent un drôle de suspect ... La mère de Daphné. Les choses sont déjà tendues au sein de Mystery Inc, et avec ce dernier coup, le gang est vraiment coupé en deux. Les filles d'un côté, les garçons de l'autre.

Avec Mystery Inc brisée, la bande décide de voir la vie après l'école secondaire et de passer un week-end à Darrow College. Mais les choses ne vont pas comme prévu quand une créature appelée Char Gar Gothakon commence à terroriser le campus. Il s'avère que cette bête est un personnage de fiction venu à la vie. Une création de l'auteur H.P. Hatecraft qui est professeur à l'école.

Crystal Cove souffre d'une infestation d'insectes mortels qui cible les travailleurs de la société Destroido, la société qui fabrique des snacks préférés Sammy et Scooby.

Malade dans le lit juste avant la grande finale Solvers Mystery Club, Scooby rêve d'aller à la compétition et de faire équipe avec ses acolytes résolveurs de mystère Speed ​​Buggy, Jabberjaw, Captain Caveman et Le Fantôme Funky pour sauver leurs amis des griffes du démoniaque Lord Infernicus.

Lorsque Fred invite la bande à son deuxième rendez-vous "amoureux" avec Daphné, il la pousse dans les bras de Obnarb, le leader d'un groupe d'Orc Biker appelé la horde sauvage qui sont venus en ville. Quand un cambriolage se produit à l'armurerie et une arme dangereuse est volé, la horde sauvage est le principal suspect. C'est à la bande de résoudre ce mystère, de sauver la Horde Sauvage, et de trouver l'imposteur Orc Biker.

Lorsque toute la ville de Crystal Cove est sous le charme du sort d'amour d'Aphrodite, seuls Scooby-Doo et le récemment échappé professeur Périclès peuvent sauver le gang de l'envoûtement et résoudre le mystère. Mais peut être que le professeur Périclès a un autre plan...

Quand le gang va dans une enquêter pour découvrir ce qui s'est passé pour le premier groupe Mystery Incorporated, ils se retrouvent piégés dans le manoir souterrain Darrow, qui a été piégé.

Quand une étudiante d'échange appelé Mai Le vient à Crystal Cove, elle attire l'affection de Shaggy. Un dîner organisé par la famille Blake est interrompu par l'avertissement du Magicien Rouge de rester loin de Cœur du Dragon qu'il a juré de protéger à tout prix.

Lors d'un concours, Sammy et Scooby ont gagné une soirée avec une star de film d'horreur, Vincent Van Ghoul. Ils se rendent dans sa demeure pour un dîner exceptionnel. Les choses ne vont pas se passer exactement comme ils le croyaient...

Véra se retrouve seule pour le week-end, mais elle reçoit un email anonyme lui indiquant qu'il se passerait des événements étranges sur une plateforme pétrolière non loin de Crystal Cove. Tout excitée par ce nouveau mystère, Véra contacte ses amis pour aller enquêter, mais ces derniers semblent peu enclins à l'aider. Elle décide donc d'y aller seule et fait la connaissance de son informateur: une sirène. La rencontre est de courte durée car des monstres marins font leur apparition. Heureusement, elle parvient à s'enfuir et à prévenir ses amis. Informations prises, il semblerait que Destroïdo soit impliquée...

Le maire Johns achète sur Internet un temple antique pour améliorer le par d'attraction de Crystal Cove. Depuis, une bête mythique appelée "Manticore" rôde sur le parc et terrorise tout le monde. Ne voulant pas fermer le parc, le maire demande à Sammy et à toute l'équipe de neutraliser le Manticore.

Lorsque l'aventurier préféré de Fred, le Dr Rick Spartan, commence à enseigner la biologie à l'école secondaire de Crystal Cove, la bande arrive à sa rencontre. Lorsque Fred lui dit que le gang a également été dans certaines expériences terrifiantes, Spartan les invite immédiatement à dîner chez lui, où il promet de leur montrer son dernier trophée, le maudit chef Shrunken de Gringot Squar. Mais lorsque son corps décapité apparaît et menace de poursuivre le professeur jusqu'à la fin de ses jours pour avoir pillé sa tombe, le gang doit trouver un moyen de briser la malédiction.

Quand le père de Fred est attaqué par une ombre inconnue c'est à Scooby et sa bande d'aller au fond du mystère. Vont-ils y arriver, ou Fred devra-t-il renoncer à résoudre le mystère à jamais? Et qu'est-ce que la pièce de puzzle possédée par le père de Fred a à voir avec tout cela ?

Le fantôme du shérif le plus célèbre Crystal Cove, Dead Justice, est revenu de sa tombe pour que le shérif Stone quitte son emploi en piégeant grands criminels de Crystal Cove. Scooby et le bande pourront-ils stopper Dead Justice avant qu'il ne soit trop tard ?

Une créature de haute technologie appelé Obliteratrix attaque le gang et les oblige à enquêter sur l'affaire du trésor hanté avec l'aide de HP Hatecraft.

Le gang suit enfin la piste pour trouver le trésor caché, mais ils ne pense pas que Le Freak allait s'en prendre à eux. D'autre part, beaucoup de vérités sont révélées, y compris le but du professeur Périclès et la véritable identité des parents de Fred. Et comme si cela ne suffisait pas, le gang est confronté à un gros problème lorsque les parents se mettent en colère à cause du comportement de leurs enfants. Et juste au moment où le mystère de la ville est à son plus haut niveau, est-ce la fin la fin de la bande ou le début d'un nouveau problème?

Après la dissolution de Mystères Associés, Crystal Cove est attaquée par un homme-bébé appelé Crybaby Clown. Le successeur du Maire Fred Jones Sr., Janet Nettles, est approchée par un mystérieux personnage qui lui donne des fichiers sur Mystères Associés tout en précisant qu' elle doit obtenir leur retour.

Alors que Fred tente de retrouver l'amour de Daphné, une nouvelle venue arrive dans l'équipe: Miss Eau de Boudin. Ils devront affronter une sorcière venue de Russie avec sa maison sur pattes qui terrorise la ville.

Fred essaie de reconquérir Daphné. Le Clown Triste revient pour rançonner Crystal Cove et kidnappe Daphné. Elle est sauvée et accepte de revenir dans l'équipe. Mr. E essaie de recruter à nouveau Angel Dynamite

Dreamweaver ressuscite et lave le cerveau d'un ancien groupe de joueurs de Cryptes et Créatures (y compris le shérif Bronson Stone) en saisissant leur esprit pendant qu'ils dorment !

Une créature appelée La Hodag of Horror attaque Crystal Cove. En même temps, Brad Chiles et Judy Reeves (les vrais parents de Fred) ont soudainement réapparu.

La peinture d'un artiste vient à la vie et attaque les mécènes du musée. Le gang est invité à résoudre le mystère de sorte que le Musée d'art puisse être sauvé.

Une goule interdit l'accès à son cimetière.

Gary et Ethan sont attaqués par la sombre Lilith sur le mont Diablo et perdent le ballon fétiche de l’équipe de foot.

Jebediah Grim, un monstre pèlerin traque, attaque et juge certaines femmes de Crystal Cove au hotspot de l'amant, Chemin des amoureux.

Notre équipe se rend dans une bibliothèque étrange où des monstres effrayants apparaissent et disparaissent dans chaque pièce.

Un robot style IIIème Reich attaque Cassidy Williams et détruit sa station de radio. L'enquête les mène à une cité engloutie.

Une créature semblable à un ours attaque le maire Nettles et Sheriff Stone dans les bois de Crystal Cove près de Destroido. Ils se tournent alors vers le gang pour demander de l'aide, expliquant que la créature s'appelle le Scarebear et traque depuis des semaines toute personne se trouvant sur les terres près de la compagnie Destroido...

Un adolescent vandalisant un quartier est attaqué par une créature qui s'appelle "Krampus". Trois autres enfants sont attaqués alors que le gang rencontre le maire Nettles et Sheriff Stone à la patinoire. Le gang se tourne vers la prisonnière Mary-Ann Gleardon pour obtenir de l'aide...

L'usine de Monsieur E est la cible d'un mystérieux dragon télécommandé par l'infâme Zin. Celui-ci est à la poursuite de la pile Quest X, qui est censée produire une énergie illimitée, mais elle a été dissimulée dans un endroit surprenant...

L'organisation "Crystal Cove Haunted Historical Society" effectue des reconstitutions de l'histoire de Crystal Cove chaque année. Pendant une répétition pour la représentation de cette année, une momie fantôme ressemblant à l'un des accessoires effraie les acteurs et les membres d'équipage. Vincent Van Ghoul, appelé à reprendre en main la production, trouve l'ensemble détruit et appelle Mystery Incorporated à la rescousse. Pendant ce temps, le professeur Pericles recrute Brad et Judy pour voler le disque planisphérique.

Le shérif Stone est persuadé que les extraterrestres ont envahi la Terre et qu'ils s'apprêtent à lui dérober son cerveau. Il demande aux membres de «Mystères Associés» de le protéger contre cette menace. D'autres indices semblent révéler la présence d'extraterrestres : un agroglyphe, d'étranges lumières flottantes, une panne subite de...

Le professeur Pericles crée un troupeau de bovins mutants pour détruire Crystal Cove dans le but de localiser le disque planisphérique.

Une musique envoûtante se répand sur Crystal Cove. Les habitants sont pris d'une frénésie de danse et ne peuvent plus s'arrêter. Y aurait-il un rapport avec ce groupe de musique «Ska» disparu il y a trente ans dans un accident d'avion ? Et que penser de ces signes inquiétants d'activités nocturnes dans le cimetière de Crystal Cove ?...

Alors que Francilee relance son émission de cuisine, elle est attaquée par un monstre qui s'en prend à toute nourriture à base de gluten. Le docteur Spartan, qui est devant sa télé, reconnaît le démon et décide de se rendre à Crystal Cove afin de l'empêcher de nuire...

Un bandit sévit sur les routes de Crystal Cove : il vole les gens et charme les femmes, qui comme hypnotisées, le suive dans son repaire. De son côté, Scooby-Doo fait de plus en plus de rêves étranges concernant Nibiru. Mais il se joint à l'équipe pour enquêter sur le mystérieux criminel...

Comme le gang enquête sur une maison hantée, un homme ressemblant à Fred attire Fred à travers un miroir et l'emmène dans un monde où le disque planisphérique a détruit tout Crystal Cove.

Après avoir été hypnotisé pour entrer dans le monde du rêve, le gang est poursuivi par le Monstre.

Le gang, accompagné de la mère de Velma, va au Yucatan dans une tentative pour chercher le cœur de la Jaguar après que le vieil ami d'Angie, le professeur Enrique Andelusossa, est «consommé par la jungle" près du temple des Chasseurs.

Toute la ville de Crystal Cove est kidnappée et forcée à creuser sous la ville pour retrouver la porte menant au sarcophage.

L'équipe originelle de Mystères Associés touche au but. Mais pour arriver à leur fin, ils ont besoin de leurs successeurs. Se servant de miss Eau de Boudin comme otage, le professeur Périclès parvient à forcer Scooby Doo et ses amis à l'aider...

Le dénouement est proche. L'entité maléfique qui se terre sous Crystal Cove est sortie de son sarcophage et menace de tout dévorer. Scooby va se dévouer pour mettre en échec les projets malfaisants du monstre...