Comienza un nuevo año para Zoey y sus amigos. Nicole deja la academia por su Desorden de Obsesión por el Sexo Masculino, por lo que Quinn es asignada como compañera de cuarto de Zoey y Lola. Cuando Chase quiere hablar en privado con Zoey, Quinn y Lola le insinúan que Chase quiere decirle que está enamorado de ella. Mientras, Michael y Logan están peleando por la cama individual.

Cuando Zoey quería preguntarle a Chase si está enamorado de ella, lo sorprende besando a una chica, Rebecca Martin, quien se hizo su novia durante el verano. Al principio, parece agradable, pero es insoportable ella le dice a Zoey que se aleje de Chase y deje de ser su amiga. Mientras, Logan tiene problemas con los tiros libres en baloncesto, por lo que Quinn decide ayudarlo, pero haciéndolo hacer cosas humillantes como venganza por decirle chiflada, ya que cuando era pequeña los niños se burlaban de ella diciéndole chiflada.

Cuando el Decano Rivers tiene un accidente con un modelo de avión de Dustin, llega en su reemplazo un decano joven y guapo, en el cual las chicas se interesan. Por centésima vez, Carl, el novio de Coco termina con ella, por lo que las chicas piensan que el decano guapo sería la pareja perfecta para Coco.

Zoey no tiene muy buenas calificaciones en química, por lo que se le asigna un tutor, quien resulta ser Logan, quien tiene muy buenas notas en química. Sin embargo, ninguno de los dos quiere que se sepa, por lo que Logan le hace creer a Chase que están saliendo. Mientras, Quinn quiere atrapar a una rata de laboratorio "dura de cazar".

El jugador estrella de la academia, Vince Blake, es codiciado por las chicas del campus. Chase, sin embargo, lo sorprende una noche robando los resultados de una prueba. Cuando habla con él, es amenazado por él y sus amigos para que no diga nada. Mientras, Zoey, Quinn y Lola tratan de poner en el dispensador de dulces unas Barras de Luna, unas barras de chocolate saludables.

Zoey, Quinn, Lola y Michael son invitados a una sociedad llamada Sociedad del Martillo de Plata. Chase rechaza la oferta y Logan trata de ser aceptado por dicha sociedad, pero no logra ser aceptado. Mientras, llega una chica nueva en la escuela, Sara, quien cree conocer a Quinn anteriormente en el pasado.

Michael se ha enamorado de Lisa, pero se pone nervioso con sólo verla y no puede hablarle. Zoey lleva a Lisa a la Noche de Canto en donde Michael se presentará, pero al verla, se pone tan nervioso que vomita sobre los zapatos de Lisa y los de otro chico, lo cual deprime a Michael. Mientras, Logan y Chase quieren hacer una carrera de go-kart.

Luego de separar una pelea, el entrenador quiere que Zoey entre al equipo de lucha de la academia. El día del campeonato, ninguno del equipo contrincante quiere luchar con Zoey al ser una chica, pero no así Chuck Javers, eterno campeón de luchas. Mientras, Lola quiere ser reportera del campeonato de lucha, coanimando así el evento con Jeremiah Trottman.

En una clase de Psicología, la maestra quiere que todos en la clase de Zoey escriban su gran secreto, lo aten a un globo y lo hagan volar por los aires. Sin embargo, alguien ve el globo de Zoey y sabe su secreto, chantajeándola con contar su secreto si no hace cosas humillantes, al final Zoey y los demás bailan "La Macalada" la parodia de Macarena.

Se acerca el cumpleaños de Chase, quien está empeñado en terminar un ensayo de 5000 palabras. Zoey entonces decide hacerle un regalo especial a Chase, trayendo a su abuela a la academia, quien está de cumpleaños en la misma fecha que Chase y que además tenía una relación muy especial con su nieto. Mientras, el brazo de Dustin queda atorado en la máquina expendedora cuando trataba de ayudar a Lola a sacar su galletina y Lola y Quinn lo ocultan para que no volviera a meterse en problemas.

Quinn inventa un germen, pero accidentalmente se le cae al interior del dormitorio, por lo que Chase, Logan y Michael también están atrapados ahí, mientras se determina si el germen es perjudicial a la salud. Todos tienen problemas y se vuelven locos, ya que Zoey tiene que salir con un chico guapo llamado Danny, Lola grita para audicionar para una película de terror, Quinn piensa que Mark la engaña, Michael tiene mucha hambre, Logan no deja de mirarse al espejo y Chase comienza a sentirse enfermo.

El abuelo de Chase le regala un viejo radio, pero él no lo quiere, por lo que se lo vende a Zoey por 5 dólares y un taco. Sin embargo, los problemas empiezan cuando todos se enteran de que el radio es un valor coleccionable y vale 10 mil dólares. Mientras, Quinn quiere hacer que Mark la bese, ya que Lola se burla de ella porque nunca lo ha besado.

Una chica muy inteligente llamada Paige Howard llega a la academia, por lo que Quinn se siente algo celosa ya que dejaría de ser la chica más inteligente de la academia cuando Paige decide instalar un convertidor de energía. Mientras, luego de que Michael se niega a hacer su parte del trabajo con Chase y Logan, ellos deciden hacerle una broma con ayuda del primo de Coco para hacerle creer que está loco.

Michael y Logan debe ayudar a Chase, convertirse en un bailarín maravilloso antes de un concurso de baile para bailar con Zoey. Lola quiere conseguir el papel principal en una obra de teatro, pero ella engaña a un chico español para salir a una cita con ella. Además, Michael, Logan y Quinn tratan de ser cliente de la semana para tomar un café.

Cuando la escritora favorita de Zoey viene al pueblo, ella obtiene permiso de su padre para dejar el campus e ir a la convención de libros para conocerlo. Pero el profesor que va a llevar a Zoey al lugar no puede ese día, Zoey intenta encontrar un adulto que la lleve hasta ahí. Ella encuentra a Coco, quien solamente lo hará si Michael le cocina el platillo de su familia, quien solamente lo hará si Stacey puede terminar con su proyecto por si misma, quien a cambio quiere salir con Logan. Logan quiere que Dustin le devuelva su anillo, Dustin quiere que Lola sea su asistente para su show de magia, Lola necesita que Chase cuide el niño del señor Bender. Chase ahora quiere que Zoey le diga a un puñado de nerds que lo dejen en paz, quienes solamente lo harán si Quinn les da un programa de computadora que hizo y a ella se le perdió y todos regresan los favores que iban a hacer al final Coco acepta la comida que hizo Michael además de que la tiro.

Tras la muerte del tío de Zoey ella recibe como 10 kl. de costillas y trata de organizar con Chase, Logan y Michael un concurso de costillas y Coco será la juez pero luego llega un cocinero famoso y Coco se convierte en su asistente. Mientras, Quinn pueba un experimento que deja sin cejas a Mark y ella inventa un líquido que hace crecer el cabello pero luego descubre que donde se pone el líquido crece muy rápido a Mark le crecen unas cejas inmensas y a Quinn una bola de pelo en la axila.

En una clase, se hará un examen que es el más difícil de todos, hecho por el profesor más estricto de todos. Dice la leyenda que un estudiante, Charles Galloway, se volvió loco por ese examen y desapareció. Zoey y sus amigos van a un lugar llamado Cañada Roca Roja, en donde se presume que Charles Galloway desapareció. Ahí encuentran un collar. Pero las cosas se salen de control cuando Logan toma el collar de Charles, cuyo espíritu maldice a los chicos.

Al tratar de huir a la academia, Zoey se rompe un tobillo y es llevada a la enfermería, pero la academia está maldita por el espíritu de Charles Galloway. Al descubrir que la maldición fue provocada porque Logan se llevó el collar, ellos deben ir a la cañada para devolver el collar y así salvar a la academia de la maldición.

Michael inventa una palabra llamada "Drippin", que significa "bueno", "asombroso" o "dulce" y quiere hacer que se ponga de moda, lo cual molesta a Chase y Logan. Mientras, Dustin se queda en la habitación de las chicas debido a que vio una película que lo asustó, y una alarma no deja de sonar en la estancia de los chicos.

Zoey comienza a salir con el hijo del Decano Rivers. En la academia, se lleva a cabo una rifa la cual gana Zoey, pero luego de tantos favores hechos por él, Lola y Quinn quieren convencer a Zoey de que el hijo del Decano arregló la rifa. Mientras, luego de hacer una caricatura con sus caras en dos pinos siendo derribados por una bola de boliche, Chase y Michael son demandados por un famoso programa de televisión, quien hizo la misma idea.

Se hace un concurso en la academia sobre quién puede poner su mano sobre la vagoneta de Blix por más tiempo y esa persona podrá ganar un viaje para dos a donde sea en un jet privado. Logan finge romperse una pierna para ganar de la forma más sucia y engañando a la gente. Mientras, Quinn inventa un aerosol para su mal aliento, pero éste provoca que ella no deje de reírse.

Logan hace un concurso de belleza de "Miss PCA", cuya ganadora aparecerá en la portada de una revista. Sin embargo, en dicho concurso han entrado Zoey y Lola, quienes comienzan a sabotearse la una a la otra, a pesar de su promesa de no dejarse llevar por el asunto. Mientras, Quinn es la única que no se ríe de los chistes de Michael, por lo que él intenta hacer lo posible porque ella se ría.

Luego de que Logan compra un auto sin el permiso de su padre, éste corta su tarjeta y deja de darle dinero, por lo que él ya no tiene dinero, por lo que Zoey y sus amigos intentan ayudarlo a hacer las cosas por sí mismo sin la ayuda del dinero. Mientras, Michael desafía a Quinn y Mark, diciéndoles que cualquier nudo que hagan, él puede deshacerlo.

Debido al trabajo del padre de Zoey, ellos deberán mudarse a Inglaterra. Zoey debe pensarlo y decide contárselo a sus amigos, pero quiere decírselo a Chase antes de tomar cualquier decisión. Chase se enoja y se muestra muy frío, ya que él se entera del asunto antes de que Zoey pueda decírselo. Ni siquiera va a despedirse de ella cuando se va, pero al enterarse de que ella quería hablar con él para tomar su decisión final, ya es muy tarde.

Luego de hablar con Zoey por videocámara, ella le dice a Chase que se quedará en Inglaterra porque su decisión ya está tomada, por lo que Chase comienza a pasar tiempo con una chica llamada Gretchen, muy parecida a Zoey físicamente (mas no psicológicamente). Luego de ello, Michael y Logan hacen que él admita que extraña a Zoey, pero debido a un malfuncionamiento de la cámara, Zoey ve a Chase confesar que está enamorado de ella.