Comienza un nuevo año para Zoey y sus amigos. Nicole deja la academia por su Desorden de Obsesión por el Sexo Masculino, por lo que Quinn es asignada como compañera de cuarto de Zoey y Lola. Cuando Chase quiere hablar en privado con Zoey, Quinn y Lola le insinúan que Chase quiere decirle que está enamorado de ella. Mientras, Michael y Logan están peleando por la cama individual.

Cuando Zoey quería preguntarle a Chase si está enamorado de ella, lo sorprende besando a una chica, Rebecca Martin, quien se hizo su novia durante el verano.

Cuando el Decano Rivers tiene un accidente con un modelo de avión de Dustin, llega en su reemplazo un decano joven y guapo, en el cual las chicas se interesan. Por centésima vez, Carl, el novio de Coco termina con ella, por lo que las chicas piensan que el decano guapo sería la pareja perfecta para Coco.

Zoey no tiene muy buenas calificaciones en química, por lo que se le asigna un tutor, quien resulta ser Logan, quien tiene muy buenas notas en química.

El jugador estrella de la academia, Vince Blake, es codiciado por las chicas del campus.

Zoey, Quinn, Lola y Michael son invitados a una sociedad llamada Sociedad del Martillo de Plata. Chase rechaza la oferta y Logan trata de ser aceptado por dicha sociedad, pero no logra ser aceptado. Mientras, llega una chica nueva en la escuela, Sara, quien cree conocer a Quinn anteriormente en el pasado.

Luego de separar una pelea, el entrenador quiere que Zoey entre al equipo de lucha de la academia.

En una clase de Psicología, la maestra quiere que todos en la clase de Zoey escriban su gran secreto, lo aten a un globo y lo hagan volar por los aires.

Se acerca el cumpleaños de Chase, quien está empeñado en terminar un ensayo de 5000 palabras. Zoey entonces decide hacerle un regalo especial a Chase, trayendo a su abuela a la academia, quien está de cumpleaños en la misma fecha que Chase y que además tenía una relación muy especial con su nieto. Mientras, el brazo de Dustin queda atorado en la máquina expendedora cuando trataba de ayudar a Lola a sacar su galletina y Lola y Quinn lo ocultan para que no volviera a meterse en problemas.

Quinn inventa un germen, pero accidentalmente se le cae al interior del dormitorio, por lo que Chase, Logan y Michael también están atrapados ahí, mientras se determina si el germen es perjudicial a la salud.

Una chica muy inteligente llamada Paige Howard llega a la academia, por lo que Quinn se siente algo celosa ya que dejaría de ser la chica más inteligente de la academia cuando Paige decide instalar un convertidor de energía.

Los chicos ya se encuentran en Undécimo Grado, Chase quiere bailar con Zoey para un concurso de baile, pero no sabe bailar por lo que le pide ayuda a Michael y Logan para que le enseñen a ser un gran bailarín.

Luego de que el padre de Zoey firmara un permiso para que ella pueda salir de la academia para ver a su autora favorita, ella tiene que hacer una cadena de favores para que Coco la lleve.

Un pariente lejano de Zoey muere y le deja una tonelada de costillas. A ella se le ocurre hacer un concurso para asar costillas entre equipos, pero ya que Michael y Logan no dejan de pelear, Zoey decide ser con Michael y Chase con Logan en el concurso. Mientras, en uno de sus experimentos, Quinn accidentalmente quema las cejas de Mark, por lo que inventa un tónico para acelerar el crecimiento del vello.

En una clase, se hará un examen que es el más difícil de todos, hecho por el profesor más estricto de todos. Dice la leyenda que un estudiante, Charles Galloway, se volvió loco por ese examen y desapareció. Zoey y sus amigos van a un lugar llamado Cañada Roca Roja, en donde se presume que Charles Galloway desapareció. Ahí encuentran un collar. Pero las cosas se salen de control cuando Logan toma el collar de Charles, cuyo espíritu maldice a los chicos.

Al tratar de huir a la academia, Zoey se rompe un tobillo y es llevada a la enfermería, pero la academia está maldita por el espíritu de Charles Galloway. Al descubrir que la maldición fue provocada porque Logan se llevó el collar, ellos deben ir a la cañada para devolver el collar y así salvar a la academia de la maldición.

Michael inventa una palabra llamada "Tripiante", que significa "bueno", "asombroso" o "dulce" y quiere hacer que se ponga de moda, lo cual molesta a Chase y Logan. Mientras, Dustin se queda en la habitación de las chicas debido a que vio una película que lo asustó, y una alarma no deja de sonar en la estancia de los chicos.

Michael se ha enamorado de Lisa, pero se pone nervioso con sólo verla y no puede hablarle.

Zoey comienza a salir con el hijo del Decano Rivers. En la academia, se lleva a cabo una rifa la cual gana Zoey, pero luego de tantos favores hechos por él, Lola y Quinn quieren convencer a Zoey de que el hijo del Decano arregló la rifa. Mientras, luego de hacer una caricatura con sus caras en dos pinos siendo derribados por una bola de boliche, Chase y Michael son demandados por un famoso programa de televisión, quien hizo la misma idea.

Se hace un concurso en la academia sobre quién puede poner su mano sobre la vagoneta de Blix por más tiempo y esa persona podrá ganar un viaje para dos a donde sea en un jet privado.

Logan hace un concurso de belleza de "Srta. ACP", cuya ganadora aparecerá en la portada de una revista. Sin embargo, en dicho concurso han entrado Zoey y Lola, quienes comienzan a sabotearse la una a la otra, a pesar de su promesa de no dejarse llevar por el asunto. Mientras, Quinn es la única que no se ríe de los chistes de Michael, por lo que él intenta hacer lo posible porque ella se ría.

Luego de que Logan compra un auto sin el permiso de su padre, éste corta su tarjeta y deja de darle dinero, por lo que él ya no tiene dinero, por lo que Zoey y sus amigos intentan ayudarlo a hacer las cosas por sí mismo sin la ayuda del dinero.

Debido al trabajo del padre de Zoey, ellos deberán mudarse a Inglaterra. Zoey debe pensarlo y decide contárselo a sus amigos, pero quiere decírselo a Chase antes de tomar cualquier decisión. Chase se enoja y se muestra muy frío, ya que él se entera del asunto antes de que Zoey pueda decírselo. Ni siquiera va a despedirse de ella cuando se va, pero al enterarse de que ella quería hablar con él para tomar su decisión final, ya es muy tarde.

Luego de hablar con Zoey por videocámara, ella le dice a Chase que se quedará en Inglaterra porque su decisión ya está tomada, por lo que Chase comienza a pasar tiempo con una chica llamada Gretchen, muy parecida a Zoey físicamente (mas no psicológicamente). Luego de ello, Michael y Logan hacen que él admita que extraña a Zoey, pero debido a un malfuncionamiento de la cámara, Zoey ve a Chase confesar que está enamorado de ella.