在NCIS未能找到该部门的内奸后，国防部副部长Corbin Duggan坚持新的领导层，并从Hetty和Granger手中接管了洛杉矶部队。

该小组前往叙利亚逮捕一个高价值目标，任务出错时，一名小组成员受重伤。

NCIS LA小组在追捕两名成员时调查了一起绑架案，Hetty被关押在华盛顿特区接受审问，另一人在叙利亚执行任务后仍在重症监护室。

在一名国土安全局特工被一名臭名昭著的黑社会暗杀者毒死后，NCIS发现了一个伪造钱包的仓库和一条被盗政府资金的资金线索。此外，内尔也加入了球队的行列。

一名拥有高度安全许可的海军机械师被谋杀，这让该小组开始在全市范围内寻找证据。此外，Anna Kolcheck与Callen合作，Sam协助Hetty进行正在进行的内奸调查。

在一名维修人员救了一名中尉指挥官的命后，NCIS团队揭露了他的黑暗过去，这让当地一名青少年处于危险之中。此外，Sam必须决定带哪个同事去洛杉矶看足球赛。

在一名美国国家安全局分析员被鲨鱼吃掉后，该小组的调查将他们引向一个卡特尔的洗钱计划，并将Callen送往精神病院寻找关键证人；Kensi很难接受治疗。

Callen的父亲Garrison在一次辐射中毒案件中被发现在NCIS患者的病房里，Callen必须把他带到船棚接受审问。此外，团队还讨论了他们的感恩节计划。

在一名身份不明的女性袭击者在凯伦家门口杀死了两名伪装成谢里夫副手的男子后，NCIS小组在正在进行的内奸调查中获得了新的线索。此外，内尔访问了一所监狱，采访了一名隐瞒该部门泄密信息的囚犯。

该小组继续追捕一名被劫持为人质的海军分析员，却发现事情并不像看上去那么简单。

一名海军预备役军人在保护一名市议员时被杀后，山姆被派往一家与多个犯罪组织有联系的私人安保公司卧底。

在副部长达根（杰克逊·赫斯特饰）要求海蒂辞职的当天，内奸再次向NCIS团队妥协，因为植入的证据导致凯伦、山姆、格兰杰和迪克斯被捕。

海蒂变得无赖，让NCIS团队完全蒙在鼓里，鼹鼠绑架了其中一名特工。

当球队奋力从费里斯/沙利文手中拯救肯西时，他们发现自己在质疑，当老面孔再次出现时，他们可以信任谁。

当一名海军中尉和他的祖父在养老院被绑架时，调查小组的调查将他们引向了一对骗子夫妇和寻找一枚稀有硬币；与此同时，当他绑架孙子（和凯伦的侄子）的父亲时，凯伦不得不处理父亲的行为。

山姆恢复了一个旧化名，以打倒一名主要犯罪头目；Callen和Anna的浪漫之夜被打断了，因为他们的任务是护送一名高价值囚犯前往洛杉矶接受审问。

在美国财政部遭到黑客攻击后，内尔和埃里克秘密进入一对夫妇的休养所，追踪一对精通技术的夫妇与犯罪有关。此外，数字取证专家Dave Flynn（Scott Grimes饰）从圣地亚哥的NCIS网络办公室抵达，在Eric和Nell执行任务期间执行行动。

在一名正在开发新型导弹驱逐舰的工程师被谋杀后，Callen和Sam在一架飞往东京的飞机上秘密追踪他的同事，以出售机密情报。此外，Deeks还计划为Kensi和她的外地朋友们举办一次惊喜聚会。

NCIS团队调查了国防承包商Rebecca Larmont设计核攻击武器的情况，此前她分居的丈夫Victor Larmont表示，他有证据表明她正在向外国政府出售海军机密。此外，Kensi在丈夫工作的古巴俱乐部以职业舞者的身份卧底，而Deeks则以浴室服务员的身份卧底。

在备受赞誉的海军上尉查尔斯·兰斯顿绑架了一名一直在挪用资金的退伍军人事务管理人员后，NCIS团队必须与赫蒂的前越战同事、现已退休的海军上将AJ Chegwidden和海军上将Sterling Bridges合作破案。

NCIS团队与Hetty在越南战争中的前同事、退役海军上将AJ Chegwidden、海军上将Sterling Bridges和退役上尉Charles Langston合作进行了一项黄金盗窃调查。

山姆的妻子米歇尔被从家中带走后，绑匪要求将山姆的死敌塔希尔·哈立德释放，以换取她的下落信息。

在Sam的妻子Michelle Hanna被绑架后，Sam从NCIS团队中变得无赖，并试图阻止他的死敌Tahir Khaled再次以他的家人为目标。